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A alanina também possui um papel especial no transporte do grupo amino ao fígado de uma forma não tóxica, através da via chamada de ciclo da glicose-alanina. Em músculos e outros tecidos que utilizam aminoácidos como combustível, o grupo amino é captado, através de transaminação, na forma de glutamato. O glutamato pode ser convertido a glutamina, e essa vai para o fígado, ou o grupo amino do glutamato pode ser transferido, sob a catálise da alanina aminotransferase, para o piruvato, um produto da glicólise muscular prontamente disponível no citosol. A alanina assim formada chega ao fígado através da corrente sanguínea. No citosol dos hepatócitos, a alanina aminotransferase transfere o grupo amino da alanina para o α-cetoglutarato, formando piruvato e glutamato. O glutamato pode então entrar na matriz mitocondrial, onde a reação catalisada pela glutamato desidrogenase libera NH4, ou pode sofrer transaminação com o oxaloacetato para formar aspartato, outro doador de nitrogênio na síntese de ureia. O uso de alanina para transportar amônia dos músculos esqueléticos para o fígado é outro exemplo da economia intrínseca de energia dos organismos vivos. Músculos esqueléticos em contração vigorosa utilizam o metabolismo anaeróbio, produzindo piruvato e lactato a partir da glicólise bem como alanina e glutamina a partir da degradação de proteínas. Esses produtos são encaminhados ao fígado, onde o piruvato e o lactato são utilizados na síntese de glicose — que então retorna aos músculos — e a alanina e a glutamina doam NH4 para o ciclo da ureia (direta e indiretamente, respectivamente). O ciclo da glicose-alanina, juntamente com ciclo de Cori, realiza essa troca. Desse modo, o gasto energético da gliconeogênese é deixado a cargo do fígado, e não dos músculos, e todo o ATP disponível nos músculos é direcionado à contração.
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