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ROBERTA MEDEIROS – 2021 Genética GENES E CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA EXCEÇÕES AO DOGMA CENTRAL: • O fluxo da informação genética pode voltar do RNA para o DNA (retrovírus, elementos de transposição) graças à atuação da enzima transcriptase reversa; • Em alguns genes, o RNA é o fim das transcrições (produto final); • Para outros genes, mais de uma proteína pode ser traduzida com base em um único transcrito de RNAm. PROGRAMA GENOMA HUMANO: Até 2013, estimava-se que, em 23.000 genes dos quais: • 1,5% eram genes codificadores de proteínas (exoma: sequência de éxons); • Exons: trechos do RNAm final na região formada que serão codificadores de aminoácidos. • Grande maioria dos genes codificam RNAs que não serão traduzidos em proteínas, mas que se envolvem com o splicing (Divisão) do RNAm e atuam na regulação da expressão gênica); • Outros são os pseudogenes (sequência gênicas inativas). TIPOS DE RNA RNAtm: Transportador e mensageiro ao mesmo tempo. GENES E CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA: • Gene: (Wilhelm Johannsen, 1909): Unidade funcional que controla a síntese de um produto final, o qual pode ser uma molécula de RNA ou um polipeptídio (proteína); • Qualquer sequência de DNA que é transcrita em uma molécula de RNA; Logo, existem dois tipos de genes funcionais no genoma humano: os que codificam RNAs e os que codificam proteínas (único papel é gerar proteínas). HOJE PODE-SE CONSIDERAR O CONCEITO DE GENE COMO SENDO: Qualquer intervalo ao longo DO DNA que é transcrito em uma molécula de RNA funcional ou que é transcrito em RNA e é então traduzido em uma proteína funcional. (Incluindo a parte codificante e não codificante). • GENES: possuem números diferentes de pares de base (nucleotídeos), dado que correspondem a segmentos diferentes do DNA situados em locos diferentes de um cromossomo. • Alelos: por corresponderem a segmentos homólogos de DNA, referentes ao mesmo gene, possuem o mesmo número de pares de base. Em geral, os alelos diferentes de cada gene possuem o mesmo número de éxons e íntrons. • Éxons: Começam e terminam a transcrição. CONFORMAÇÕES DA MOLÉCULA DE DNA: A conformação adotada por um segmento de DNA está muito relacionada com a regulação da expressão gênica naquela região. • DNA A e DNA B têm giro da molécula para a direita (dextrógiro); • DNA Z tem giro para a esquerda (levógiro) • Watson & Crick (1953) estudaram a forma B. DNA, GENES E ALELOS: ROBERTA MEDEIROS – 2021 • Existe uma grande variação na quantidade de DNA entre os diferentes organismos; • Organismos superiores em geral, têm excesso de DNA. • Ex: O milho (vegetal eucarioto) possui cerca de 1.500 vezes a quantidade de DNA da bactéria (procarioto) Escherichia coli; • O DNA dos procariontes faz parte quase que somente de seus genes; • Nos eucariotos, contudo, há três classes de DNA: o 1) Os altamente repetitivos; o 2) Os moderadamente repetitivos e; o 3) Os não-repetitivos. TIPOS DE DNA DOS EUCARIOTOS: • 1) Altamente repetitivo: (5% do genoma humano): Sequências curtas (DNA satélite com 171 pb em humanos), sendo cada sequência repetitiva em tandem inúmeras vezes por todo o genoma. • Concentra-se, sobretudo, próximos do centrômero e sua função pode estar relacionada com o alinhamento dos cromossomos durante as divisões celulares. Por isso, são genes estruturais. • 2) Moderadamente repetitivo: (representam a maior parte do DNA repetitivo): incluem diferentes tipos de repetições que se encontram dispersas pelo genoma humano como: longas sequências repetidas em tandem (minissatélites), curtas sequências repetidas em tandem (microssatélites); elementos de transposição; região telomérica (não é transcrita, mas tem relação com a expressão gênica); e genes codificantes de RNAr. Em geral, correspondem às inúmeras sequências não-codificantes que participam da regulação da expressão dos genes. • 3) Não-repetitivos (DNA de cópia única): representam a maioria dos genes codificadores de proteínas. Uma vez que não tem esse gene, ele não é expresso. ESTRUTURA DE UM GENE • Região promotora (1 extremidade) e Região Finalizadora (2 extremidades); • Éxons impetrados com introns; • Na transcrição só é replicado um trecho de interesse, dependendo do ambiente nos procariotos e depende da finalidade que é regulada pelo espaço e do tempo em eucariotos) • A transcrição começa no primeiro nucleotídeo dos éxons. • Slicing: remoção dos introns é a junção dos éxons (RNA MADURO AGORA). GENES E CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA • GENES ESTRUTURAIS: Codificam proteínas com função estrutural ou enzimática, que desempenham um papel estrutural na célula ou são usadas no metabolismo ou biossíntese. • GENES REGULADORES: São genes cujos produtos (RNA ou proteínas) interagem com outras sequências reguladores de DNA afetando as taxas de transcrição ou tradução dessas sequências. • Em muitos casos, seus produtos são proteínas de ligação ao DNA, conhecidas como fatores de transcrição transatuantes que se ligam a segmentos do DNA chamados de elementos cisatuantes. • A regulação da expressão gênica ocorre por dois mecanismos: REPRESSÃO da expressão gênica (controle negativo); ATIVAÇÃO da expressão gênica (controle positivo). • Bactérias e eucariotos usam os dois tipos de controle (negativo e positivo) para regular seus genes. • Contudo, para bactérias prevalece o controle negativo, enquanto para eucariotos, o controle positivo. CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA EM BACTÉRIAS: • Um gene regulador sofre transcrição e gera um RNAm, ele sofre tradução e gera uma proteína reguladora. A proteína reguladora vai para outra região (operon) onde ela se liga com o operador e acontece a reação de ligação (ou não) da RNA polimerase ao sítio promotor. ROBERTA MEDEIROS – 2021 RNAm policistrônico: molécula de RNA transcrita a partir de um grupo de genes contínuos que será traduzida em múltiplas proteínas. CONTROLE NEGATIVO EM BACTÉRIAS: • Gene regulador = gene repressor, fabrica uma proteína repressora; • Indutor negativo: quer dizer que essa proteína repressora inicialmente está ativa. Ao ligar se com o operador ela impede que a RNA polimerase se liga à região promotora do gene. • O óperon está normalmente desligado e na presença do indutor torna-se ativo; • Normalmente, são operons que controlam proteínas com função enzimática; • Ex: Óperon da lactose (óperon Lac) em E. coli. • No esquema B, a proteína repressora se liga a um substrato e fica inativo e não consegue mais se ligar ao operador é com isso a RNA polimerase consegue ligar a região promotora do do gene. Enzima da Lactose, que possui o operon Lac que ajuda no metabolismo, que atua no sistema digestório. • Gene repressível dizer que, inicialmente, quando o códon repressor está ausente, ocorre a transcrição. • Gene regulador fabrica uma proteína repressora, e ela está inativa não consegue se ligar ao operador. Então ele libera o sítio promotor com a ligação da RNA polimerase e acontece a transcrição normalmente. • Essa transcrição vai fabricar enzimas que vão atuar sobre um substrato gerando produto. • Na situação B: proteína correpressora presente. Isso significa que o repressor inativo,vai se tornar ativo. Quando a proteína correpressora se liga a ele, ele muda de confirmação e completa a ligação, associando a RNA polimerase, se ela não se associa, a transcrição não acontece. • Inicialmente a transcrição acontece porque ela está ativa, porque o repressor está inativo e vai ser interrompida porque a um excesso de produto desses genes contíguos, na biossíntese de um produto, por exemplo, de um aminoácido, a medida que o aminoácido é sintetizado e ele passa a se acumular na bactéria não há mais necessidade das células fabricar ele, logo não convém ela gastar energia fabricando mais e ela jápossui uma quantidade necessária para aquele momento. • Ou seja, o produto serve como um inibidor para que mais produtos não sejam fabricados. Por isso o nome: Correpressora. ROBERTA MEDEIROS – 2021 O operon TRP controla a biossíntese do aminoácido triptofano E.coli CONTROLE POSITIVO EM BACTÉRIAS: • Gene regulador = gene ativador; • Normalmente, o óperon está inativo; • O ativador se liga a uma região do DNA-alvo em um sítio diferente do operador; • O indutor é um precursor da reação controlada pelo óperon. • Indutível positivo quer dizer que ele tem que ser induzido a ser ativado. • Já o repressivo positivo quer dizer que ele tem que ser desativado. • No esquema B: O indutor está presente e é um substrato. RESUMO DOS CONTROLES: A diferença entre os processos positivo e negativos: O tipo de produto fabricado pelo gene regulador. • Negativo: produz proteína repressora; • Positivo: produz proteína ativadora. A. Proteína repressora ativa: inicialmente a transcrição está em um nível basal(desligada), se liga à região do operador, RNA polimerase e não consegue ligar o promotor. No segundo momento: O substrato inativa ou repressor e a RNA polimerase consegue ligar o promotor. Assim a transmissão é ligada e as enzimas são produzidas atuando no substrato e são transformadas no produto. Uma parte desse produto segue sendo produto e a outra serve para bloquear a rota anterior começando novamente o processo. B. No momento inicial a transpiração está ligada e precisa ser reprimida (desligada). O repressor inativo não se liga à região operadora, e libera para o RNA polimerase e ROBERTA MEDEIROS – 2021 o substrato está sendo traduzido em produto. O produto para de acumular no meio (ele mesmo serve para desligar o esquema) e não precisa de mais produto a célula está nutrida. C. O gene regulador fabrica uma proteína ativadora (inicialmente inativa), é preciso induzir, as enzimas não estão sendo fabricadas. Começam então a transcrever um nível de enzimas que vão gerar uma quantidade de produto e um produto intermediário que vai modificar o próprio ativador (de inativo para ativo) e passa se ligar uma sequência DNA. D. Ativador ativo RNA polimerase se liga ao sítio promotor e acontece a transcrição (produzem enzimas que produzem os estados produtos que inativam o ativador). CONTROLE POR ATENUAÇÃO EM BACTÉRIAS: • Se o controle anterior falhar, este se soma. • Alguns operons têm um nível de controle adicional que afeta a continuação da transcrição em vez do seu início. • Na atenuação, a transcrição começa no sítio de início, mas o término é precoce, antes que a RNA polimerase alcance os genes estruturais. • A atenuação ocorre em vários óperons que codificam as enzimas participantes da biossíntese dos aminoácidos. o Ex: óperon do trp na E. coli pode ser regulado tanto pela repressão quanto pela atenuação, o que é incomum em outros óperons. Ele possui em sua região 5’UTR (sequência líder) 162 nucleotídeos formando 4 regiões anteriores aos genes estruturais (genes E, D, C, B e A) que levam à síntese do triptofano. É somente no início do códon que vai começar a transcrição. REGULAÇÃO GÊNICA EM PROCARIOTOS vs EUCARIOTOS: • Nas bactérias, a regulação gênica mantém a flexibilidade interna, ligando e desligando os genes em resposta às mudanças ambientais. • Nos eucariotos, a regulação gênica produz a diferenciação celular (espaço-temporal); DIFERENTES NÍVEIS DE CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA EVIDENCIADOS EM EUCARIOTOS: Níveis: 1. O DNA é compacto não consegue se ligar; 2. Sofre um relaxamento e fica envolto em histonas e se torna mais acessível; 3. Ele sofre transcrição e se tornam pré RNA mensageiro e vai ser processado em RNA maduro; 4. Recebe um capacete que é um meteoro da guanina e uma cauda poli-a com isso ele adquire estabilidade e perde introns; 5. Vai para o hospital plasma e sofre tradução para gerar o polipeptídeo e após o processo ROBERTA MEDEIROS – 2021 de tradução ela é modificada e se torna uma proteína ativa. CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA EM EUCARIOTOS Os elementos cia atuantes regulando a expressão gênica. Controle da expressão gênica ocorre via ligação de fatores de transcrição upstream (anteriores ao sítio de início da transcrição na caixa TATA). E outras sequências reguladoras por exemplo DNA pode acontecer dentro de introns e exons. 1. A transcrição se inicia no promotor pela para ligação de uma RNA e a polimerase. 2. Quando ela se liga as sequências posteriores serão lidas; 3. Por possuir exons e introns se trata de um RNA primário. EPIGENÉTICA • EFEITOS EPIGENÉTICOS: Alterações herdáveis e reversíveis na expressão gênica, que não são causadas por mudanças na sequência de bases do DNA, e que servem para silenciar gene(s). o Frequentemente, estas alterações estão associadas com mudanças químicas na estrutura da cromatina (DNA + histonas = nucleossomais). • A cromatina descompactada permite a transcrição gênica; • Existem dois tipos de cromatina: o Eucromatina: Região do DNA que pode ou não ser transcrita, dependendo dos mecanismos de controle da expressão gênica. (verdadeira, a que se expressa). o Heterocromatina: Região do DNA sempre inativa; Condensada. Inativa a maior parte do tempo. • GENES INDIVIDUAIS ou GRUPOS DE GENES podem ser ativadas ou reprimidas de forma reversível, porém estável de uma geração para outra de células ou até de organismos. • Mas, existem situações em que conjuntos de genes podem ser silenciados permanentemente. o Ex: imprinting parental de genes; formação do corpúsculo de Barr nas mulheres (inativação de um dos dois cromossomos X - fenômeno conhecido como compensação de dose); genes situados em tecidos específicos (cânceres diversos); retrotransposons (elementos transponíveis); e quando sujeitos a efeitos ambientais. • Existem evidências de que: o A nutrição fetal no útero pode influenciar o risco posterior de diabetes tipo 2, devido a marcas epigenéticas estabelecidas durante o desenvolvimento fetal; – a resposta de um indivíduo ao estresse pode ser mediada pelas marcas epigenéticas que ocorreram durante sua infância em resposta à alimentação. o A contribuição da epigenética para a saúde é uma área de pesquisa emergente e muito importante para se conhecer a susceptibilidade a doenças comuns. ROBERTA MEDEIROS – 2021 HHISTONAS 1. O DNA dá voltas ao redor das histonas. 2. O DNA tem carga negativa logo é atraído pelas histórias que possui carga positiva. 3. Acetilação: É o processo de fornecimento de grupos acetil, as caudas das histonas são atraídas pelo grupo metil e se desprendem da molécula de DNA (a interação fica fraca) e ele fica exposto. Assim, ocorre a ativação gênica (liberação de trechos do DNA para que ocorra transcrição). 4. Desacetilação: É o processo ao contrário, ou seja, a remoção do grupo acetil e as histonas voltam a se atrair pela molécula de DNA e voltam para a formação anterior e ocorre a inativação dos genes na região do DNA. 5. As histonas podem sofrer (des)acetilação); (des)fosforilação e (des) metilação. Favorecendo (quando se liberam do DNA) ou não (quando se aderem) a expressão gênica. • Metilação do DNA: está associada com a repressão da transcrição em vertebrados e plantas. o Desmetilação: Associa-se à transcrição de câncer; o Padrões anormais de metilação: (Hipo/hipermetilação) estão também associados com alguns tipos de câncer; o É mais comum sobre bases citocinas adjacentes a guaninas, em regiões próximas ao promotor do gene conhecidas como ilhas CpG (p:grupo fosfato no esqueleto do DNA). METILAÇÃO DE MANUTENÇÃO • Se uma fita nova herda a fita de cima, a segunda, consequentemente, ficará com a de baixo; • A metilação é herdável entre as gerações de moléculas de DNA. • A enzima metiltransferase,na replicação, vai reconhecer as citocinas que não estão melitadas na fita filha e vai metila-las. • Após isso, teremos uma repetição e essas fitas serão idênticas entre si e entre a fita mãe HERANÇA EPIGENÉTICA: Herança de estados da cromatina de uma geração celular para a seguinte, ou seja, na replicação do DNA, tanto a sequência do DNA como a estrutura da cromatina são transmitidas fielmente para a próxima geração celular. ROBERTA MEDEIROS – 2021 • A fita em vermelho, fita filha, está sem metilação; • Moléculas híbridas no processo 3; • As fitas com citosinas passam a ser metiladas no processo 4; • No final, todas então metiladas. METILAÇÃO DE NOVO: No zigoto, os dois cromossomos X estão ativos. No início do desenvolvimento, aleatoriamente, um deles se torna inativo (cromossomo vermelho) em cada célula. A partir disso, todas as células-filhas manterão o mesmo cromossomo X inativo que o da célula mãe. SPLICING (RECOMPOSIÇÃO) ALTERNATIVO • É quando o RNA heterogêneo nuclear, primeiro a ser transcrito do DNA, tem que ser recomposto para gerar uma molécula de DNA moldura. • Mecanismo pelo qual ocorre a união combinatória diferencial dos éxons, originando diferentes sequências de aminoácidos com base num mesmo transcrito de pré-RNAm. • Isto possibilita produzir múltiplas proteínas distintas a partir do mesmo gene, aumentando a diversidade de proteínas codificadas pelo genoma • Estima-se que 60% de todos os genes humanos sofrem splicing alternativo. SPLICEOSSOMO: Complexo de pequenos RNA nucleares (snRNA) chamados “un~”, associados a proteínas que participam da recomposição do RNAm de eucariontes. ROBERTA MEDEIROS – 2021 • Retirada de trechos (segmentos) pode alterar o quadro de leitura. • No Skipexo C, a numeração será substituída de 2,3 por 1,2... EDIÇÃO DO RNAm: • Modificação pós-transcricional: Ocorre a troca enzimática de bases nitrogenadas individuais; • Ex: a proteína apolipoproteína B existe em duas formas distintas: uma de 48kDa produzida no intestino e outra de 100kDa (kilodaltons) produzida no fígado. Ambas as formas são o produto do mesmo gene. o No intestino, a enzima citidina deaminase altera uma C para U no códon 2.153, mudando o códon 5’ CAA 3’ (correspondente a uma glutamina) para 5’ UAA 3’ (codón de parada, ou seja, a proteína deixa de ser traduzida), truncando o peptídeo para a forma de 48kDa. MECANISMOS DE REGULAÇÃO GÊNICA PELA INTERFERÊNCIA POR RNA: • RNAs de interferência pequenos (siRNA) e microRNAs (miRNA) regulam a expressão gênica por meio de pelo menos quatro mecanismos distintos: o 1) Silenciamento da transcrição; o 2)clivagem do RNAm; o 3) Degradação do RNAm; ou o 4) Inibição da tradução. • Atuam no próprio RNAm, regulando a atividade que vai ser traduzido pela proteína, ou na própria tradução. CONTROLE POR miRNA (microRNA) 1. Esse tipo de RNA é sintetizado no núcleo na forma de dupla fita, recebe uma cauda poliademilada e um capeamento. Ainda no núcleo, ele sofre uma transformação pela enzima Drosha, perdendo a cauda de poli adenina e o capi; 2. Já se encontra maduro para ir ao citoplasma, onde vai ser clivado pela enzima Dicer; 3. A enzima Dicer, vai separar a fita dupla em fita única e o RNA se associa ao Complexo de Silenciamento Induzido por RNA (RISC - Complexo de proteínas); 4. Quando ele se associa, o complexo vai em direção ao RNA maduro e tenta se parear, uma vez que, o RNA é uma fita dupla agora. Ao se juntar, ele degrada sequências de RNAm ou impede a tradução(quando ocorre o pareamento imperfeito). CONTROLE POR siRNA e miRNA (microRNA) ROBERTA MEDEIROS – 2021 1. Na etapa C, o silenciamento ocorre no início, na transcrição. Assim a enzima metilante é atraída e adiciona o grupamento metil. Inibindo a transcrição. Portanto, o controle da expressão gênica é controlado por esses RNAs que não são traduzidos, mas que possuem um papel primordial dentro da célula, que é controlar a expressão de outros genes. MODELOS POSSÍVEIS PARA A REPRESSÃO DA TRADUÇÃO PELO miRNA a. Uma extremidade capiada e a outra poliadenilada. O primeiro ribossomo a entrar é o de número 4, por percorrer uma distância maior e o produto protéico já é maior e já leu vários códons; b. O complexo RISC se associou ao RNAm e impediu a ligação do cap (na extremidade) ao ribossomo, interferindo no início da tradução. O cap, facilita a junção do RNAm com o ribossomo; c. O complexo RISC está interferindo na montagem do ribossomo, interferindo no início da tradução, pois se o ribossomo na sua unidade maior não se junta na sua unidade menor, que é a parte que vai ficar em contato direto com a fita de RNAm, não há como sintetizar a proteína. d. O RISC interfere no alongamento, de modo que, o ribossomo ao se aproximar dele encontra um empecilho e não consegue prosseguir devido a localização do complexo; e. Interfere na molécula do RNAm quando ele cliva a cauda poliA, de modo que, se ela sair a molécula fica toda desestabilizada, atrapalhando o processo de tradução.
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