Blast e Bioedit - resumo

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Res��� �ob�� B��s�
e B��ed��
Mil��� O�ti�
Para quem já
sequenciou uma
amostra biológica,
certamente já se
deparou com o
programa Bioedit para
editar ou alinhar
sequências. Portanto,
este é um resumo dos
principais usos do
programa e suas
funções.
O sequenciamento
Sanger permite que
consigamos saber a
ordem de nucleotídeos
de uma região
específica e um dos
programas que temos
para analisar a
sequência que iremos
analisar é o Bioedit.
Existem diversos tipos
de alinhamentos, mas
antes de alinhar é
necessário saber se a
amostra “ficou boa”, ou
seja, se foi
sequenciada de
maneira correta e se
não tem impurezas,
sendo que eventuais
erros podem ser
editados. Ao abrir a
sequência obtida pela
técnica de Sanger no
Bioedit, os picos devem
estar uniformemente
espalhados, sem
sobreposição de picos
e com os nucleotídeos
espaçados entre si.
Para saber se um pico
sobreposto é um erro
do sequenciamento é
essencial obter as
sequências forward e
reverse para saber a
constituição da
sequência.
Lembre-se: é
essencial abrir o
eletroferograma para
entender se é a
constituição genética
que você determinou
ou se é fruto de uma
contaminação. Os
picos vão revelar!!
Além disso, o
eletroferograma irá
permitir identificar se
será possível ou não
editar a sequência em
nucleotídeos que o
sequenciamento não
conseguiu revelar,
principalmente pela
comparação entre as
sequências F e R.
Sequência consenso →
em comum entre a
Forward e a reverse.
1) Edição para o
alinhamento
Remover os dados
com baixa qualidade,
para não gerar
problemas para a
análise. Para fazer o
consenso, precisamos
fazer o complemento
reverso da forward, ou
seja, fazer o reverso da
reverse.
Antes de fazer o
alinhamento, então,
precisamos fazer o
consenso de cada
amostra: forward,
reverse e fazer o
reverso da seq. reverse
(seleciona a sequência
reversa → sequence →
nucleic acid → reverse
complement). Para
gerar a consenso →
seleciona as duas
sequências (reverse e
forward) → accessory
application → ClustalW
→ run.
Após a sequência
consenso, alinhar as
sequências para ver
quais partes precisam
ser editadas Alterar
para edit → Copiar a
sequência forward e
colar a sequência do
início na mesma
região. Apagar as seq.
consenso e reverse e
deixar apenas a
sequência consenso →
salvar como .fasta
SOBREPOSIÇÃO -
IUPAC
Quando há
sobreposição de G e T
(heterozigoto), nós
editamos para K.
Sobreposição de A
com G é R, A com C é
N e sobreposição de C
com T é Y. Quando
temos uma
sobreposição de G com
C é S. As sequências
devem ser analisadas
ATENTAMENTE, visto
que um erro pode
prejudicar toda a
análise e o trabalho ser
muito prejudicado.