Atividades de 7 E 10

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Atividades 7
1. Defina o que é o NCBI e cite uma das suas ferramentas, explicando-a.
Gabarito
O NCBI nada mais é do que uma plataforma online responsável pela criação e administração de vários bancos de dados públicos relacionados às áreas de Biologia Molecular e Bioinformática. Exemplo de ferramentas: GenBank. Nele, estão depositadas as sequências gênicas e anotações de todas as sequências de DNA disponíveis ao público que foram descritas em diferentes partes do mundo.
2. Explique a diferença entre o alinhamento global e o local. Exemplifique cada um deles com as ferramentas apresentadas nesta aula.
Gabarito
O alinhamento global utiliza toda a extensão da sequência produzindo um alinhamento que garanta a maior similaridade, enquanto o local foca o alinhamento em pequenas regiões de alta similaridade. Exemplos das ferramentas: ClustalW (global) e BLAST (local).
3. A escolha do gene de interesse e o desenho de um primer são as primeiras etapas a serem pensadas ao se iniciar um estudo em Biologia Molecular. Dessa forma, cite 3 critérios importantes para o desenho de um primer.
Gabarito
· Percentual de CG em 45%-55%.
· Tamanho do primer entre 18-24pb.
· Não apresentar sequências repetidas e consecutivas.
Atividades 10
1. O aluno Manuel recebeu de sua orientadora de iniciação científica a sequência nucleotídica de um gene. Ela pediu para que ele verificasse qual gene era aquele, usando ferramentas de Bioinformática. Qual das seguintes opções você indicaria a Manuel?
a) Acessar o banco de dados KEGG.
b) Realizar um alinhamento da sua sequência com as sequências nucleotídicas do GenBank usando a ferramenta BLAST.
c) Acessar a plataforma do Gene Ontology.
d) Buscar pelo nome da proteína no Swiss-Prot/UniProt.
e) Buscar pela estrutura da proteína no PDB.
Gabarito
Parabéns! Você acertou!
Resposta correta: letra B
Como Manuel ainda não sabe de qual gene se trata, o recomendado é que o primeiro passo seja realizar um alinhamento da sua sequência com as sequências nucleotídicas do GenBank usando a ferramenta BLAST. As próximas ferramentas precisam de um conhecimento prévio da sequência biológica com a qual se está trabalhando.
2. Luana é aluna de Biomedicina e está no oitavo período. Ela está muito animada com a possibilidade de publicar o seu primeiro artigo científico. O foco do seu artigo é uma determinada proteína que atua no metabolismo de lipídios. No entanto, Luana verificou que autores diferentes usam nomes distintos para descrever a função biológica dessa proteína. Qual dos bancos de dados discutidos nesse capítulo é o mais recomendado para que Luana encontre uma nomenclatura padronizada para a função da sua proteína?
a) GenBank
b) Gene Ontology
c) PDB
d) KEGG
e) Swiss-Prot
Gabarito
Infelizmente, você errou!
Resposta correta: letra B
O GO busca usar um número limitado de palavras para descrever três conjuntos de informações sobre uma proteína: Sua função molecular, o processo biológico no qual ela está envolvida e qual a sua localização dentro da célula. Dessa forma, ele consegue padronizar a nomenclatura usada para definir essas moléculas biológicas, que pode ser usada como referência.
3. Analise as seguintes afirmativas sobre bancos de dados biológicos:
I. Swiss-Prot é um banco curado de proteínas.
II. GenBank é um banco de sequências de DNA.
III. PDB é um banco de vias metabólicas.
Escolha a opção correta referente a essas afirmativas:
a) Todas as afirmativas estão corretas.
b) Apenas a afirmativa I está correta.
c) Apenas a afirmativa II está correta.
d) Apenas a afirmativa III está correta.
e) As afirmativas I e II estão corretas.
Gabarito
Infelizmente, você errou!
Resposta correta: letra E
Apenas a afirmativa III é incorreta, pois PDB é um banco de dados de estruturas tridimensionais de proteínas. O KEGG é o banco de dados que disponibiliza em detalhes várias vias metabólicas das quais as proteínas participam.