O tipo de fármaco que pode levar à destruição da biota intestinal, mesmo quando não utilizado de forma contínua, são os antibióticos. Eles podem alterar a composição da microbiota intestinal, resultando em reduções na absorção de nutrientes como carboidratos, vitamina B12, cálcio, ferro, magnésio e cobre. É importante usar antibióticos com cautela e sempre sob orientação médica para minimizar esses efeitos.