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Os prótons e elétrons são partículas subatômicas que compõem os átomos, estudadas pela física e química. Já os chakras são conceitos da tradição espiritual e não têm base científica na física quântica. Portanto, os chakras não são prótons nem elétrons, e a física quântica não explica os chakras como partículas físicas. São áreas diferentes: a física trata da matéria e energia mensuráveis, enquanto os chakras pertencem a sistemas de crenças espirituais.