A prescrição Civil também funciona no âmbito administrativo?

Não !

Por quê?

É possível que a prescrição civil atue no âmbito administrativo, mas desde que a Administração Pública, direta ou indireta, esteja atuando em relações de natureza horizontal, ou seja, atuando como privado.

Exemplificando, se a Administração atua no exercício do poder de polícia, promovendo a interdição de um estabelecimento, não se aplicará a prescrição civil. Situação diversa ocorre no caso de a Administração estar locando determinado imóvel de um particular.

No entanto, precisamos atentar para a existência de outros prazos prescricionais  ou decadenciais previstos em legislação diversa da civil, sendo certo que também o direito da Administração e de exigências feitas em face dela, bem como das respectivas pretensões, perecem com o tempo.