As proteínas são moléculas formadas pela união de vários aminoácidos, compostos originados por ligação peptídica entre um grupo amino e um grupo carboxílico. As proteínas podem ter quatro estruturas. A estrutura primária é mantida por ligações peptídicas, que são ligações covalentes entre as moléculas de aminoácidos citadas acima. A estrutura secundária geralmente é o resultado de ligações de hidrogênio que ocorrem entre o hidrogênio do grupo - NH e o oxigênio do grupo C=O. Dessa forma, ocorre a formação de estruturas similares a uma mola. A estrutura terciária da proteína abrange praticamente todos os tipos de ligações não-covalentes, como ligações de hidrogênio, ligações iônicas, dipolo-dipolo, entre outras, e ocorrem principalmente entre os grupos R das proteínas. Por fim, a estrutura quaternária mantém praticamente as mesmas ligações da estrutura terciária.

As principais ligações que mantém a estrutura proteica (PRIMÁRIA) intacta e estabilizada são as covalentes entre os grupos COOH e NH3 presente nas extremidades dos aminoácidos, mas esta estabilização é a nível primário.

Se você considerar a estrutura secundária de uma proteína (α-hélice ou β-conformação), então as ligações que estabelizam as moléculas já não são mais covalente e sim intermoleculares: como as ligações de hidrogênio no caso das suas. Só que na alfa-hélice, as ligações de hidrogênio acontecem em poucas moléculas e de formar a enrolar a molécula, diferente das beta-conformação que, neste caso, quase todo o grupo R dos aminoácidos acabam por formar pontes. 

Se você considerar a estrutura terceária, então você também terá que considerar que o que ajuda a estabilizar uma proteína são as interações eletrostáticas entre elas bem como as interações intermoleculares.

Já se você considerar a estrutura quartenária, então você terá que considerar a morfologia das proteínas envolvidas, os ligantes de cada uma delas e suas interações intramoleculares.

Existem várias formas de resonder esta pergunta porque depende de qual nível de proteína você está falando.

Abraço e bons estudos.

São três ligações não covalentes as responsáveis pela estabilização da estrutura terciária da proteína: as interações de Van der Walls sendo a força principal e as pontes de hidrogênio e as ligações iônicas servindo como forças auxiliares para a manutenção daquela estrutura tridimensional.