A principal aplicação da microbiologia industrial em bioprocessos, onde se utiliza de sistemas celulares celulares para gerar produtos de interesse. A utilização de microorganismos ocorre devido a diversidade metabólica, facilidade na manipulação e curto tempo de crescimento entre gerações, podendo ser empregados diversas espécies de bactérias, arqueas, fungos e algas.
A Microbiologia industrial visa estudar processos onde se emprega o uso de microrganismos, otimiza-los e até mesmo descobrir novos processos.
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