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Rafaela Gontijo Lima –@rafaela_gontijo Aula 1 – 10/08/2021 Introdução Genética é conceituada como a ciência que estuda os genes, seu funcionamento, os mecanismos através dos quais os traços biológicos são transmitidos para a próxima geração e expressos em um indivíduo. Tem contribuição clínica, de pesquisa e de ensino, além de transformação do conhecimento em benefício da população. Três datas importantes para a genética são: O nascimento da ovelha Dolly em 1997; O projeto genoma humano em 2000 (rascunho), com término em abril de 2003; e As atualidades como CRISPR. A edição genética em adultos com mutações únicas causais (CRISPR/Cas9) é algo presente, como edição do gene da beta-hemoglobina, que gera anemia falciforme. Também tem-se reprogramação de células por meio da tecnologia CRISPR/Cas9 para tratamento do câncer. Vacinas comestíveis com DNA- recombinante e CRISPR/Csa9 também são realidade. Na Austrália criaram tabaco com genes do vírus do sarampo. O próximo passo é criar alface com sequências do vírus do sarampo que estimulem a formação de anticorpos, o que poderia gerar uma proteção imunológica mais eficiente, além de ter mais fácil armazenamento e evitar reações alérgicas. A vacina contra o SARS-COV-2 (DNA- recombinante e CRISPR/Cas9) foi desenvolvida com técnicas genéticas. Os painéis de genotipagem são usados para emitir a predisposição ao câncer de mama e ovário, além de outras doenças. O teste genético pré-implantacional pode gerar edição de embriões. A epigenética e a epigenômica permitem reprogramação do DNA humano sem alterá-lo. A genética médica foi considerada especialidade médica pelo Conselho Federal de Medicina em 1983. Em 1986, tem-se a fundação da Sociedade Brasileira de Genética Médica. Faz-se atendimentos clínicos, realização de exames de diagnóstico laboratorial e pesquisa de causas e padrões de herança de doenças genéticas. Alguns exemplos são defeitos congênitos e dismorfologia; síndromes teratogênicas; erros inatos do metabolismo e displasias esqueléticas. Na prática clínica, o médico geneticista faz aconselhamentos pediátricos, adultos ou combinados; pré-natal de risco gestacional, etc. Existem vários testes realizados por essa área, como testes moleculares simples (teste do pezinho); sequenciamento completo; sequenciamento do exoma; painéis genéticos etc. Epigenética, ou epigenômica, é a reprogramação do genoma sem alterá-lo, por exemplo em doenças como a obesidade, que pode-se alimentar melhor, se exercitar etc. Conceitos O DNA se encontra na maior parte do tempo na forma de cromossomos, por a estabilidade proteger as bases, evitando surgimento de mutações pontuais na dupla- hélice. A menor espiralização é a cromatina, tendo-se a eucromatina e a heterocromatina. O DNA é composto por pentoses, grupamentos fosfato e bases nitrogenadas (timina, adenina, citosina e guanina). Timina e adenina têm dupla ligação de hidrogênio e citosina e guanina têm tripla. Os nucleotídeos são ligados entre si através da pentose e os grupos fosfatos formam uma cadeia. O carbono livre da pentose se localiza na região 5’ e a hidroxila na região 3’. O DNA pode ser B, A, Z, tríplice ou quádruplo, todos de forma natural in vivo. Porém, existem outros sintéticos, como E, H, L e P. O DNA B é um espiral dextra (gira para direita), sendo o mais comum. O DNA A também é um espiral dextra, mas é mais achatado e é encontrado em amostras desidratadas. O DNA Z é um espiral levogiro (gira para esquerda). É uma estrutura mais rara, relacionado com a metilação das bases nitrogenadas, principalmente da guanina. Advém principalmente de processos epigenéticos. O DNA triplo possui uma terceira cadeia de RNA, também sendo uma cadeia rara, acontecendo mais em regiões ricas em timinas e adeninas. O DNA quádruplo é também chamado de G-tetradas ou G-DNA. É um DNA duplo que faz loops entre ele mesmo, gerando ligações entre esses loops, que são estabilizados por cátions Acontecem principalmente durante a divisão celular. O RNA também é um ácido ribonucleico. Existe em tipo mensageiro, tradutor, ribossômico, além de vários outros tipos como codificadores (mensageiros) e não codificadores, que não sintetizam proteínas. Aula 2 – 17/08/2021 Genes Genes são um conjunto de bases nitrogenadas unidas entre si, que podem ou não serem transcritos e traduzidos para proteínas. Na região promotora a polimerase inicia a transcrição. Exons são as regiões codificadas. Intron é uma região que não é traduzida. A região terminadora contém sinais para finalizar a transcrição. A região 5’ UTR é uma região que não é traduzida. É uma região importante para o processo de identificação de espécies. A transcrição ocorre na região ORF (Open Reading Frame). Promotor Dentro do promotor existem várias regiões em que fatores de transcrição (proteínas de regulação) se aderem para dar o início da transcrição. Tem-se o sítio de início da ação da polimerase (ATG), onde se inicia a transcrição. Antes dela, tem-se regiões negativas do gene e, depois, regiões positivas. Tem o GC box, que é uma repetição de guanina e citosina; e o TATA box, repetição de timina e adenina. Introns e exons Todo início de intron é caracterizado por uma guanina e uma timina, sendo a terceira base uma adenina ou uma guanina. O final do intron tem ou uma sequência de citosina ou uma de timina, e, por fim, uma adenina ou uma guanina. Tem-se, no meio, o sítio branch, que é uma região de reconhecimento do splicing. O splicingossomo pode não ocorrer na região do intron do sítio branch se essa região estiver com uma mutação. Nesse caso, o intron não será retirado, ocorrerá sua transcrição e a proteína não será funcional. Terminador No terminador está a 3’ UTR, com stop códon, o sinal de poliadenilação e estruturas secundárias. Genoma Genoma é a totalidade do material genético da espécie. É transmitido de geração em geração e contém as informações sobre as principais características hereditárias. Podem ser estudados por sua forma estrutural ou funcional. Na forma estrutural, tem-se sequenciamento completo do genoma, com regiões gênicas e intergênicas. Já na forma funcional, tem-se estudo das regiões que codificam proteínas e que possuem funções celulares, metabólicas e fisiológicas. Existe uma diferença entre o tamanho do DNA de plantas e animais. Plantas possuem genoma maior que o dos humanos, pois são poli cópias do genoma. Projeto Genoma Humano Iniciou-se para saber a estrutura (sequência) de todo o DNA humano. Posteriormente, queria-se descobrir e localizar genes presentes nos cromossomos humanos (mapa genético). Tem aplicação de teste genético, genômica e terapia gênica, além de molecular, para melhorar o diagnóstico de doenças, detectar predisposições genéticas para doenças, criar drogas com base em informações moleculares etc. Cariótipo é constituído por cromossomos e a forma como eles são dispostos, de acordo com o tamanho e o tipo do cromossomo. Os cromossomos podem ser metacêntricos, submetacêntricos, telocêntricos ou acrocêntricos, dependendo do tamanho do braço P (curto), definido pela posição dos centrômeros. O genoma se divide em nuclear e mitocondrial. O genoma nuclear é linear, com 23 pares de cromossomos, sendo 22 pares autossômicos e 1 par sexual, com: Sequências gênicas <5%; (exons ~ 1,5% e introns ~3,5%); Regiões intergênicas > 95%, sendo > 50% de sequências repetitivas. Já o DNA mitocondrial possui origem materna, sendo pequeno e circular e tendo várias cópias por organela. Pseudogenes São segmentos de DNA (genes) que perderam alguma funcionalidade.Pode desempenhar funções reguladoras. DNA espaçador Sem função aparente, são as regiões intergênicas. São repetitivos. Famílias gênicas São genes que estão localizados em diferentes regiões do genoma e que codificam uma sequência de polipeptídeos que se unem e formam uma única estrutura. Um exemplo é a família das globulinas, que se unem e formam as hemácias. Minissatélites São sequências não codificadoras repetitivas (tandem). Possuem de 10-100 pares de bases. São mais encontrados em regiões telomérica. Microssatélites São STR – Short Tandem Repeats. Consistem em pequenas sequências com 1 a 4 nucleotídeos, repetidas. Podem ser mononucleotídeos, dinucleotídeos, trinucleotídeos ou tetranucleotídeos. Mini e microssatélites são marcadores moleculares, usados para identificar pessoas. Elementos transponíveis São unidades de DNA que se movem em resposta ao que a célula precisa no momento, promovendo variabilidade genética e mutações, atuando, assim, diretamente na evolução. Podem aumentar o tamanho do genoma, reestruturar a arquitetura genômica, causar mutações, regular a expressão gênica e originar novos genes. Se inserido em exons, gera efeito deletério. Se inserido em introns, gera novos exons. Pode ser reversível ou irreversível. DNA mitocondrial O DNA mitocondrial faz identificação molecular e herança materna. Aula 3 – 24/08/2021 Regulação e expressão gênica Os procariotos, por não terem núcleo, realizam o processo de transcrição e tradução mais rapidamente, se comparados com os eucariotos, que possuem núcleo. A transcrição ocorre através da enzima DNA polimerase 2, que transcreve o RNA m e produz o transcrito primário. Logo após, ocorre o splicing, adicionando a cauda poli A (na posição 3’) e o CAP 5 (na posição 5’). O ambiente, tanto macroscópico quanto micro (no interior das células), influencia na expressão dos genes. Dentro da classificação dos genes tem-se os constitutivos e os induzíveis. Os genes constitutivos são genes que são constantemente expressos para funcionamento da célula, como, por exemplo, genes de síntese de histonas. Já os genes induzíveis são genes cuja expressão varia de acordo com as condições das células, como o gene da actina, por exemplo. O controle da expressão desses genes se dá por ativadores e repressores. Tanto o controle positivo como o negativo podem gerar indução ou repressão. RNAs codificadores, elementos transponíveis, hormônios e fatores de transcrição atuam nessa regulação. A regulação também pode ser temporal e/ou espacial. A temporal pode ocorrer em somente um momento da vida, enquanto a espacial ocorre de acordo com as necessidades da célula. Os eucariotos são menos sensíveis às alterações externas. Sinais que atuam na regulação gênica Os sinais que atuam no controle da expressão gênica são tanto mudanças nutricionais e ambientais quanto hormônios. Neste segundo, esteroides penetram na célula, podendo formar complexos hormonais e atuando como promotor ou inibidor do gene. Os peptídeos atuam como receptores. Os pontos de controle são a ativação dos genes, a regulação em nível de transcrição, o processamento do RNA e a tradução. A ativação de genes depende tanto da heterocromatina quanto da eucromatina, sendo a segunda a que expõe os genes para a transcrição. Epigenética A epigenética é definida como modificações do genoma que são herdadas pelas próximas gerações, mas que não alteram a sequência de genes, sendo uma modificação química. Esses mecanismos de modificação são: Metilação do DNA, com repetição de citosinas e guaninas (ilhas CpG). Metilação de histonas, gerando condensação do DNA. Silenciamento, através do RNA de interferência. A metilação gera inativação da estrutura. Regulação em nível de transcrição Aqui, existem fatores de transcrição que se aderem e formam um complexo transcricional essencial. Ainda, necessita-se da RNA polimerase, de fatores de transcrição e da região promotora. Splicing alternativo Splicing alternativo é o uso alternativo de exons. Regulação em nível de tradução Aqui, tem-se proteínas de transporte que podem impedir a saída do transcrito para o citoplasma. Mutações As mutações são alterações do material genético (DNA) que originam novas versões. As mutações podem ser gênicas ou cromossômicas. As mutações gênicas podem ser por inserção, substituição ou deleções, que são mutações pontuais em bases nitrogenadas. Dentro das mutações cromossômicas podem ser numéricas ou estruturais, afetando os cromossomos. As mutações gênicas são classificadas como: Por efeito na estrutura, sendo inserção, deleção ou substituição (INDELs). Muda-se a matriz de leitura da proteína. Por função genética do DNA. Por aspecto do genótipo afetado, com alterações morfológicas no fenótipo ou bioquímicas. E pela herança, podendo ser autossômico dominante, recessivo ou sexual. Essas mutações podem ser, ainda: Silenciosas (sinônima ou neutral); Com perda de sentido (não- sinônima ou missense), como na anemia falciforme; e Sem sentido (ou nonsense), originando uma proteína mais longa ou mais curta do que a original por alteração do stop códon, normalmente sendo deletéria. Polimorfismo Polimorfismo é uma mutação que ocorre em mais de 1% da população. Normalmente, está associada com a variabilidade genética. Marcadores moleculares Marcadores moleculares são sequências de DNA que possuem polimorfismo entre indivíduos geneticamente relacionados. São classificados em minissatélites, microssatélites, SNPs e aloenzimas. SNPs, ou Single Nucleotide Polymorphism, é uma pequena mutação em um único nucleotídeo em uma dada sequência de DNA e que aparece em mais de 1% da população. Já aloenzimas são formas variantes de uma enzima que estão codificadas por diferentes alelos de um mesmo locus. É importante a diferenciação de aloenzimas de isoenzimas. Essas segundas realizam a mesma função, mas são codificadas nos genes localizadas em diferentes loci. Aula 4 – 14/09/2021 Métodos de análise de ácidos nucleicos Os métodos de análise dos ácidos nucleicos envolvem extração de DNA ou RNA; quantificação do DNA; reação em cadeia da polimerase (PCR); eletroforese em gel de agarose e poliacrilamida; sequenciamento e SNP-Chip. Extração de DNA ou RNA É um processo que segue a seguinte linha: lise das membranas lipídicas, purificação, precipitação e reidratação do DNA. As membranas são constituídas de fosfolipídeos, sendo necessário detergente para rompê-las. A purificação e precipitação ocorre com utilização de sais e álcool. Faz-se o processo de secagem para que o álcool evapore completamente. Isso é seguido da reidratação do DNA, o que pode ser feito com alguma substância salina ou água ultrapura. Quantificação do DNA Após a extração, faz-se espectrofotometria. O DNA possui leitura de absorbância em um comprimento de onda na faixa de 260nm, e as proteínas na faixa de 280nm. Assim, a razão entre 260/280nm mostra a pureza do material extraído: > 1,75 até 1,8 é um material puro; < 1,75 indica contaminação por lipídeos e/ou proteínas. Já o RNA a razão ideal seria 2,0. Eletroforese A eletroforese separa, identifica e purifica fragmentos de DNA e de proteínas. Consiste na separação de moléculas ionizadas de acordo com sua carga elétrica e seu peso molecular. Os ácidos nucleicos possuem carga total negativa, migrando para o polo positivo. Dentro da cuba, adiciona-se o tampão de sal. O gel de agarose é preparado com cavidades, nas quais a amostra de DNA será adicionada com coloração. Ao ligar a energia, o DNA é atraído para o outro polo. Em contraste com a luz ultravioleta,consegue-se observar as bandas de DNA, sendo as mais largas e mais intensas as de melhor qualidade. PCR – Reação em Cadeia da Polimerase A PCR faz amplificação in vitro de sequências específicas do DNA. Se divide em três fases: Abertura, com aquecimento até 95º para quebra das ligações de hidrogênio; Anelamento do primer, à 60º; e Extensão, pela Taq polimerase, que sintetizará o novo nucleotídeo, à temperatura de 72º. São necessários os iniciadores, ou primers, sendo o senso (forward), que se liga na fita 3’ - 5’; e o antissenso (reverse), que se liga na fita 5’ - 3’. A visualização dos resultados também ocorre pela eletroforese em gel de agarose. As aplicações desse método são: identificação molecular para medicina forense e para diagnóstico; identificação de polimorfismos; teste de paternidade; clonagem; estudos de espécies, entre outros. Um exemplo importante é o teste de paternidade. Dentro da PCR, tem-se várias variações, porém com o mesmo princípio de três fases. Uma delas é a multiplex, utilizada no teste de paternidade. Na PCR-multiplex tem-se 16 STR (microssatélites) simultaneamente, usando oligonucleotídeos marcados (primers) com fluorescências de diferentes cores. As amostras são submetidas à eletroforese em gel de acrilamida ou capilar para separação dos fragmentos de acordo com o tamanho molecular. Por fim, a comparação destes perfis deve ser acompanhada de análise estatística para estabelecer a probabilidade de vínculo biológico. Também tem-se a RFLP, polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição, na qual primers específicos flanqueiam a região do gene da cadeia beta da globina. É utilizado para observação da anemia falciforme. Uma das PCRs mais utilizadas é a PCR quantitativa em tempo real, utilizada em quantificação relativa, para estudos da expressão gênica, e também na quantificação absoluta, para contagem da carga viral, essa com a utilização de fluoróforos. Pode ser necessário a utilização da transcriptase reversa para conversão do RNA para DNA, podendo utilizar-se da qRT2-PCR. A PCR também é utilizada para detecção dos sorotipos da dengue, utilizando marcadores fluorescentes e primers específicos. Sequenciamento O sequenciamento existe em 4 gerações. Em 1980 tem-se a primeira geração, ou método enzimático, utilizando da PCR. Em 1996, tem-se a segunda geração, ou método de pirosequenciamento, que é um método por síntese direta de grande escala, como genomas completos, metagenomas etc. Em 2011 tem-se a terceira geração, ou Single Molecule Real Time (SMRT), permitindo um sequenciamento ainda mais rápido. Em 2013, tem-se o sequenciamento completo em tempo real através da frequência de cada base nitrogenada. Ainda, em 2014, a tecnologia MiniOn permite o sequenciamento em tempo real com detecção de alterações epigenéticas. Métodos de edição gênica Um dos métodos é a clonagem, que pode ser natural, como no processo no qual o zigoto se divide, dando origem a dois zigotos independentes, possuindo o mesmo genoma (gêmeos univitelinos). Também tem-se a clonagem induzida, dividida em reprodutiva e terapêutica, que se dividem de acordo com o objetivo. A clonagem induzida é realizada artificialmente em laboratórios. Para a clonagem induzida reprodutiva é retirado de uma célula o núcleo, e de um óvulo a membrana. A junção dos dois depois é colocada numa barriga de aluguel. Essas células carregam a carga de envelhecimento da célula doadora. Já a clonagem induzida terapêutica é utilizada na reprodução de células tronco, o processo sendo semelhante à clonagem reprodutiva, porém não sendo introduzida no útero. Agora, além da clonagem, tem-se o DNA-recombinante, ou clonagem gênica. A tecnologia do DNA recombinante (TDR) é um conjunto de técnicas que permite o isolamento de fragmentos gênico. Além do vetor e do fragmento de DNA, também é necessário enzimas de restrição. A estratégia geral da clonagem segue 7 passos: 1. Isolamento de um fragmento de DNA (PCR); 2. Inserção em um vetor de escolha (DNA recombinante ou quimera), com utilização de uma enzima de restrição para cortar o plasmídeo e possibilitar a inserção; 3. Transporte para o interior de uma célula hospedeira (transformação); 4. Seleção de células transformadas; 5. Replicação da molécula de DNA recombinante; 6. Multiplicação de células, cada uma contendo cópias do mesmo plasmídeo recombinante (clones); e 7. Isolamento e estudos para a caracterização do fragmento de DNA purificado (gene isolado). Na técnica de edição genética por DNA recombinante, possibilita-se o isolamento e multiplicação de genes in vitro para posterior análise e caracterização. Duas importantes classes de enzimas são as endonucleases de restrição e a DNA ligase. A DNA recombinante é utilizada na agropecuária (animais e plantas transgênico) e na saúde (vacinas, hormônios etc.). Outra técnica de edição genética é o silenciamento de genes. É utilizado o RNA de interferência, que é um mecanismo celular responsável pelo silenciamento gênico pós- transcricional, atuando sobre o RNA mensageiro. Ainda, outra técnica é a CRISPR/Cas9. O sistema CRISPR/Cas procariótico funciona codificando proteínas que atuam como um sistema imune adaptativo. A imunidade é mediada pelas nucleases Cas e pequenos RNAs guias, que especificam o sítio de clivagem dentro do genoma invasor. Esse sistema é formado pelo Cas, ou catalizador, com os tipos I, II e III, Cas 1 ao 10. E, também, pelo loco CRISPR, com memória genética e RNAs guias. É uma técnica utilizada para edição do DNA, marcação do DNA, regulação da expressão de genes, mapeamento de genes, clivagem de RNAs e rastreamento de RNAs. Aula 5 – 28/09/2021 – 2º bimestre Citogenética Citogenética é o estudo do cromossomo como um todo. Para visualização de cromossomos, a célula precisa estar em divisão. Assim, in vivo, células constantemente em divisão se encontram, nos mamíferos, no baço e na medula óssea, por exemplo. Já in vitro, tem-se os leucócitos, porém com vida curta; e os fibroblastos, que é uma cultura permanente, porém mais invasiva. Cariotipagem é a representação do conjunto de cromossomos homólogos emparelhados. A análise dos cromossomos pode ser feito por bandeamento das bandas C, colorindo os centrômeros; ou de banda G, com coloração em regiões ricas em timinas e adeninas. O bandeamento permite a individualização dos cromossomos; a observação de polimorfismo. A citogenética molecular permite a localização de sequências específicas no cromossomo, através da utilização de sondas, que visualizam sequências de DNA complementar marcada com fluorocromo. Também existe a técnica FISH, que utiliza sondas de DNA marcadas com fluorescência para detectar anomalias cromossômicas, como microgeleções e rearranjos cromossômicos complexos. Ainda, tem-se a SKY. Colore de forma integral os cromossomos. Também tem-se a técnica CGH, de hibridação genômica comparativa, para detectar ganhos e perdas de regiões genômicas. Permite localização de sequências em excesso ou ausentes no genoma tumoral. Caracterização dos cromossomos Existe a organização por grupos, que vão de A a G de acordo com o tamanho e tipo dos cromossomos, estando os maiores no A e os menores no G. Também existe a classificação por bandas. Para isso, deve-se lembrar que o braço q é o longo e o p é o curto. Já os cromossomos sexuais são caracterizados por o Y determinar o sexo masculino, não importando quantos X existam (por exemplo, na síndrome de Klinefelter tem-se XXY). A ausência de Y determina o sexo feminino, mesmo na Síndrome de Turner (X-). No caso masculino (XY), mesmo os cromossomos sendo diferentes,tem-se regiões semelhantes que permitem um pareamento homólogo. A citogenética é indicada para: alterações de crescimento e desenvolvimento; faces dismórfica; malformações; baixa estatura; deficiência mental; genitália ambígua; natimortos e óbito neonatal; infertilidade ou abortos recorrentes; neoplasia; história familiar positiva de cromossomopatia; gestação em mulher com idade elevada (>35 anos). Anomalias cromossômicas numéricas Dentro das variações numéricas tem- se euploidia, aneuploidia e cromossomos supernumerários. Nas numéricas, altera-se o número de cromossomos. A euploidia altera por completo o genoma. É incompatível com a vida. A poliploidia é um tipo de euploidia, na qual tem-se conjuntos cromossômicos extras (3n, 4n). É raro em mamíferos, ocorrendo mais em plantas. A origem é através de erros meióticos e erros mitóticos (endomitose). A aneuploidia altera um ou outro cromossomo. É compatível com a vida. Um exemplo é a síndrome de Down (trissomia 21; translocação do extra 21 ou mosaico). Quanto maior a idade materna, maior a chance de ocorrer alterações cromossômicas. Isso, por acúmulo de mutações nos óvulos. Também tem-se a síndrome de Edwards, sendo uma trissomia do 18, e sendo grave. Gera hipertrofia muscular, atraso psicomotor grave, micrografia, anomalias cardíacas, mãos achatas e tendência de sobreposição de dedos. Ainda, tem-se a síndrome de Patau, com trissomia do 13. Pode gerar deficiência mental severa, fissura labial ou palatina, anomalia cardíaca e polidactilia. Também tem-se a síndrome de Turner, com monossomia do X. Gera baixa estatura, pescoço alado, dismorfias no aparelho reprodutor, características infantilizadas e deficiência mental. Já a síndrome do triplo X gera maior estatura, atraso de fala, tônus muscular fraco, dedos mais curvos, problemas de saúde mental, falência ovariana prematura ou anormalidades no ovário, constipação ou dores abdominais e anormalidades nos olhos. Agora, tem-se a síndrome de Klinefelter, com XXY. Gera traços femininos, como crescimento de mamas, estímulos reduzidos, calvície frontal e braços e pernas alongados. Tem-se a síndrome do duplo Y, XYY, na maioria das vezes não apresentando anomalias fenotípicas. Pode gerar indivíduos mais altos, dificuldade de aprendizagem, atraso no desenvolvimento da fala. A cromatina sexual é importante para diagnóstico dessas síndromes. A ausência de cromatina sexual na mulher indica síndrome de Turner. Uma cromatina sexual em homens indica Síndrome de Klinefelter. Duas cromatinas sexuais indica síndrome do triplo X. Ainda, nas categorias, tem-se os cromossomos supernumerários. São cromossomos extras, com comportamento meiótico irregular e que não sofrem recombinação. As causas dessas síndromes é a não disjunção na gametogênese materna ou paterna. A não disjunção na meiose I gera gametas com cromossomos duplicados e gametas com cromossomos ausentes. A disjunção também pode ocorrer na meiose II. Também pode ocorrer o mosaico, com indivíduos que sofreram não disjunção na primeira clivagem do zigoto normal. Isso gera genomas diferentes em um mesmo indivíduo. Aula 6 – 19/10/2021 Anomalias cromossômicas estruturais Tem-se deleção, duplicação, translocação e inversão. Sendo 50% dos abortos devido à alterações genéticas, 3% são por variações estruturais. A deleção pode ser terminal ou intersticial, sendo a perda de um pedaço do cromossomo sem incluir o centrômero. Um exemplo é a síndrome de Cri-du-Chat, no braço p do cromossomo 5. Gera choro semelhante a miado de gato; microcefalia; hipertelorismo (olhos afastados) e micrognatia com retardo metal. A duplicação geralmente não geram efeitos fenotípicos, mas pode gerar, por exemplo, a síndrome de Charcot-Marie- Tooht, que gera uma duplicação de um pequeno fragmento na cromátide do cromossomo 17 e gera perda de sensibilidade das mãos e pés. A translocação é a transferência de um segmento de um cromossomo para outro não homólogo. Pode ser simples ou recíproca. Não há perda ou ganho de material genético, somente tendo uma redistribuição. Pode vir de fusão cêntrica. Mulheres com translocação Robertsoniana 14/21 possui maior chance de ter filhos com síndrome de Down. A inversão é quando um cromossomo é rompido em dois pontos e reorganiza-se de forma invertida, podendo ser paracêntrica ou pericêntrica (pegando o centrômero). A maioria não gera efeitos fenotípicos, mas pode gerar hemofilia tipo A por inversão no cromossomo X que inativa o fator VIII de coagulação. Alterações cromossômicas podem ter algum efeito adaptativo ao meio, mesmo quando não causam alterações fenotípicas aparentes. Podem, por exemplo, gerar barreiras reprodutivas, restringindo o fluxo gênico entre os indivíduos de uma população, transformando-a em subpopulações. Citogenética do câncer A citogenética de câncer estuda as aberrações cromossômicas adquiridas durante um processo tumoral. As técnicas de estudo são bandeamento GTC; FISH - hibridização fluorescente in situ; SKY - cariotipagem espectral multicolorida. Faz-se biópsia de tumores sólidas no tecido atingido. Busca-se rearranjos, alterações clonais, trissomia ou rearranjo estrutural em pelo menos 2 metáfases e monossomia em pelo menos três metáfases. Esse estudo é realizado principalmente em doenças hematológicas malignas, como: desordens mieloproliferativa crônica; síndromes mielodisplásicas; leucemias mielóide agudas e crônicas etc. Síndromes mielodisplásicas Acomete principalmente indivíduos idosos. O processo patológico que desencadeia as anomalias hematológicas inclui o aumento da apoptose que leva à hematopoese ineficaz e citopenias periféricas, e transformação para leucemia mielóide aguda. Pode vir de alterações nos cromossomos 5, 7, 8, 11, X ou Y. As leucemias mielóides agudas geram anomalias cromossômicas em 2/3 dos casos, com alterações mais frequentes sendo trissomia do 8, monossomia do 7, monossomia do 5 ou rearranjos estruturais. Já a leucemia mielóide crônica pode vir de translocações ou alterações adicionais. Câncer de mama Pode vir de trissomia do 7 ou 12; deleção 1p gerando progressão e metástase. Pode-se ter ganhos do cromossomo 7. Também envolve cromossomos 1, 3, 6, 7, 11 e 12. O papel da citogenética é de fundamental importância, pois auxilia o diagnóstico, prognóstico, classificação, acompanhamento evolutivo, escolha terapêutica e melhor entendimento da biologia da doença. Padrões de herança e doenças associadas Existem alterações cromossômicas, monogênicas (com mutações em um único gene), que geram, por exemplo, anemia falciforme, fenilcetonúria, fibrose cística, hemofilia A e talassemia. E, ainda, tem-se alterações poligênicas (quantitativa, com interação entre vários genes), gerando cor da pele, olhos e cabelo e doenças como Alzheimer, mal formações congênitas e câncer. Na herança mendeliana monogênica só está envolvido um par de genes e no poligênico mais de um par. Acondroplasia Gera baixa estatura desproporcionada, com membros mais encurtados e o tronco relativamente preservado. Os dedos das mãos são curtos e tem-se uma disposição que lembra um tridente. A face é característica com a fronte proeminente e o aumento da circunferência da cabeça. O genótipo DD é letal, Dd é nanismo e dd é normal. Todo acondroplásico é heterozigoto. É de herança dominante. São três mutações específicas no FGFR3. Pode ser aleatória ou herdada. As alterações são no G1138A (97% dos casos); G1138C e C1620A. Distrofia miotônica de Steinert Na forma clássica, os afetados têm fraqueza e atrofia muscular, catarata, fenômeno miotônica (dificuldade de relaxar a musculatura das mãos após a contração). Podem ocorrer, ainda:pitose das pálpebras, calvície frontal precoce no sexo masculino, dificuldade para falar e engolir, sonolência, alterações hormonais (diabetes, infertilidade, distúrbios menstruais) e cardíacas (especialmente distúrbios de condução e arritmias). É de herança dominante. Polidactilia Tanto AA quanto Aa são afetados, sendo aa é normal. Herança dominante. Síndrome de Marfan É multissistêmica, afetando o aparelho cardiovascular, musculoesquelético e ocular. A dilatação da aorta é a principal causa da morbimortalidade. Gera o peito achatado. O gene FBN1, situado no cromossomo 15, afeta a produção de fibrilina da glicoproteína. As moléculas de fibrilina-1 formam as estruturas chamadas microfibrilas, necessárias para fornecer elasticidade aos tecidos e conjuntos dos ossos. Herança dominante. Neurofibromatose Atinge pele e nervos. Existe no tipo 1, 2 e 3. Gera manchas hiperpigmentadas na pele, nódulos de Lisch na retina e neurofibromas. Herança dominante. Fibrose cística Recessiva, os pacientes apresentam mutações no gene CFTR, podendo apresentar a forma clássica (com pneumonias de repetição com ou sem envolvimento pancreático), bem como sinais leves da doença. Anemia falciforme Caracterizada por uma alteração nos glóbulos vermelhos, que perdem a forma arredondada e elástica, adquirindo o aspecto de uma foice endurecida, o que dificulta a passagem do sangue pelos vasos de pequeno calibre e, consequentemente, a oxigenação dos tecidos. É para homozigoto recessivo com mutação no gene da beta hemoglobina. Fenilcetonúria – PKU É uma doença genética em que a pessoa é atingida por um defeito ou falta na enzima fenilalanina hidroxilase. A consequência é o acumulo de fenilalanina no organismo, que se torna tóxica e atinge principalmente o cérebro, causando retardo mental irreversível. É recessiva. Padrões de herança e doenças associadas ao sexo Dominantes ligado ao X Homens e mulheres são afetados, com maior frequência em mulheres. Homens transmitem o distúrbio para todas as filhas. Mulher afetada tem 50% de chances de ter filho ou filha afetado. Raquitismo hipofosfatêmico Capacidade reduzida de reabsorção tubular renal do fosfato filtrado. Síndrome de Rett Caracterizado por uma síndrome com deficiência intelectual acentuada. Recessivos ligado ao X Ocorre quase que exclusivamente em homens, transmitida por mulheres portadoras não-afetadas para seus filhos. Homens afetados não podem transmitir o distúrbio para seus filhos, mas podem ter netos afetados através de suas filhas portadoras obrigatórias. Daltonismo Afeta os cones da retina, gerando incapacidade de distinguir entre as cores vermelho e verde. Ligados ao Y Esse tipo de herança corresponde aos poucos genes localizados no cromossomo Y, denominados de genes holândricos, herdados de pai para filho. Hipertricose auricular Crescimento de pelos na orelha. Calvície Causada por genes localizados nos autossomos, com manifestação diferenciada nos sexos. O gene se expressa melhor na presença de testosterona. Aula 7 – 04/11/2021 Fatores que afetam os padrões de herança Penetrância É a probabilidade de que um gene venha, de fato, a possuir uma expressão fenotípica. É ter ou não ter. Expressividade É a gravidade da expressão do fenótipo entre os indivíduos com o mesmo genótipo causador da doença. É a intensidade. Um exemplo é a neurofibromatose, distúrbio comum do sistema nervoso, caracterizada pelo crescimento de múltiplos tumores carnosos benignos na pele, tumores no sistema nervoso central etc. O portador possui fenótipo pleotrópico. Idade de início Os distúrbios genéticos podem surgir a qualquer momento da vida. Um exemplo é a adrenoleucodistrofia (ALD), hereditária recessiva, ligada ao cromossomo X. Também conhecida como doença de Lorenzo, acomete o sistema nervoso central e as glândulas suprarrenais. Por exemplo, a adrenoleucodistrofia (ADL), se neonatal, pode provocar convulsões, deformações faciais e retardo mental. Já na infantil, é considerada a forma mais grave, surgindo entre 4 e 10 anos e provocando demência severa, perda de visão, audição e fala. Já a adulta surge no final da adolescência ou no início da vida adulta e pode ser controlada por décadas, provocando disfunção erétil e incontinência urinária. Ainda, entre mulheres, que é mais rara e branda, provoca perda de equilíbrio e coordenação, além de fraqueza nas pernas. Padrões de herança não mendelianos São: Dominância incompleta, com herança sem dominância, ocorrendo em heterozigotos, ocorrendo mistura, diferente dos parentais; Codominância, como no tipo sanguíneo AB; Alelos letais, que, quando em homozigose, são letais. Aqui, a proporção fenotípica é de 2:1, sendo um exemplo a Acondroplasia; Efeitos maternos (genes nucleares), que, independente do genótipo, o filho apresenta o fenótipo igual ao da mãe; Herança extranuclear, ou seja, mitocondrial. Herança epigenética, com alterações no genoma que não alteram a sequência de nucleotídeos, sendo um exemplo o imprinting, ou seja, a expressão do fenótipo da doença dependente de se o alelo mutante foi herdado da mãe ou do pai; Herança poligênica, quando múltiplos genes influenciam a expressão de uma característica que geralmente é quantitativamente variável. Dominante dá efeito aditivo. Recessivo gera efeito não-aditivo; Herança multifatorial. Aula 8 – 09/11/2021 Erros inatos do metabolismo Todo erro inato do metabolismo envolve uma mutação genética envolvendo enzimas, proteínas ou transporte. Existem proteínas de manutenção, presentes em todas as células; e proteínas especiais, histoespecíficas. A maioria das alterações são deterioração neurológica rápida e progressiva (alteração de consciência, do tônus, movimentos anormais, alteração o eletroencefalograma), odor especial na urina, miopatia, cardiomiopatia e dismorfia crânio-facial. A primeira categoria são alterações que afetam um único sistema orgânico ou apenas um órgão, como o sistema imunológico e os fatores de coagulação ou túbulos renais e eritrócitos. Já a categoria dois abrange um grupo de doenças cujo defeito bioquímico compromete uma via metabólica comum a diversos órgãos, como as doenças lisossomais, ou restrito a um órgão apenas, porem com manifestações humorais e sistêmicas, como a hiperamonemia nos defeitos do ciclo da ureia. A categoria dois se divide em grupo I, com erros inatos do metabolismo intermediário que culminam em intoxicação aguda ou crônica. O grupo II é deficiência na produção ou utilização de energia. Já o grupo III envolve distúrbios de síntese ou catabolismo de moléculas complexas. Tratamento agudo Pode ser necessário o tratamento agudo, com procedimentos de emergência que incluem a coleta de material para análise laboratorial. Também tratamento do desequilíbrio metabólico, remoção de metabólitos tóxicos e suspensão da ingesta de proteínas e carboidratos por cerca de 24 horas, manter a nutrição parenteral, suplementar cofatores que podem aumentar a atividade da enzima residual. Controle permanente Tem-se redução de substrato acumulado, suspensão de um produto, estimulação do bloqueio metabólico com cofatores ou precursores enzimáticos e desintoxicação por metabólicos. Tratamento específico Com transplante de medula óssea, transplante hepático ou terapia genica de reposição enzimática. Câncer As mutações podem afetar genes que controlam o crescimento celular, genes que controlam a morte celular e genes que controlam o reparo de lesões no DNA. As categorias são oncogenes, genes supressores de tumor, miRNA e oncogenômica (oncogenes + GST). Proto-oncogene é um gene que codifica proteínasque estimulam proliferação e diferenciação em células normais. Já os oncogenes (mutações) geram hiperativação, com a divisão celular se tornando contínua. Os genes supressores de tumor fazem bloqueio da proliferação celular e apoptose. A mutação não reconhece alteração no DNA, prosseguindo a replicação. O acúmulo de GTP no organismo faz com que o RAS estimule a multiplicação celular. Quando o RAS sofre mutação, o GTP acumula, gerando multiplicação descontrolada. Os genes BRCA1 e BRCA2 são supressores de tumor e estão expressos de uma forma generalizada em humanos, especialmente em ovários, testículos e timo. As proteínas BRCA desempenham importantes funções em diferentes processos celulares, incluindo a ativação e a regulação transcricional, o reparo de lesões no DNA, além do controle do ciclo celular, da proliferação e diferenciação celular. BRCA1 localiza-se no braço longo do cromossomo 17, na posição 21 (17q21), possuindo 22 exons codificantes. Estende-se em cerca de 100Kb de DNA genômico e codifica uma proteína de 1863 aminoácidos. BRCA2 está situado no braço longo no cromossomo 13 na posição 12.3 (13q12.3), possui 26 exons codificadores, sua proteína é formada de 3418 aminoácidos, constituindo uma das maiores moléculas do proteoma humano. O BRCA1 tem como principal função a reparação do DNA na recombinação homóloga, reparo por excisão de nucleotídeos e na regulação do ciclo celular, sendo expresso quando há uma instabilidade genômica, mediada por estrogênio. O BRCA2 tem como função, através da interação com a RADS1, de reparar as quebras na dupla fita de DNA. O efeito cancerígeno em células germinativas pode aparecer quando os dois genes supressores, BRCA1 e BRCA2, perderem sua função nos dois alelos (hipótese de Knudson), com mutação na linhagem germinativa (herdada), seguida por outro evento de silenciamento do gene (mutação somática). Por outro lado, nos casos esporádicos, são necessárias duas mutações a nível somático (mutações adquiridas), no qual resulta também na inativação gênica. Desta forma, quando estes genes perdem sua função, eles não param o ciclo celular e não estimulam o sistema de reparo e a apoptose, provocando efeito carcinogênico. Aula 9 – 16/11/2021 Imunogenética Gene ABO É um gene localizado no cromossomo 9, com 7 éxons e 6 introns e três alelos: A, B e O. Os alelos A e B são co-dominantes e o alelo O é recessivo (não codifica produto gênico conhecido). Os alelos A e B possuem 4 nucleotídeos diferentes, e o alelo O possui deleção em 1 nucleotídeo, não gerando atividade proteica. A expressão dos genes ABO depende da ação de outro gene, o gene H (FLUT1), localizado no cromossomo 19, que codifica enzima alfa 2-L-fucosiltransferase (adição de L-fucose), substrato para o antígeno A ou B. Esse gene apresenta-se em 99% da população sob a forma homozigota HH ou heterozigota Hh. A forma hh é rara e caracteriza o fenótipo Bombay, que não apresenta antígenos ABO e H nos eritrócitos. O fenótipo Bombay é considerado falso O, mas não tem antígeno, coagulando até mesmo com o O. Ainda, tem-se subgrupos. O grupo A1 é considerado o gene selvagem. Sistema Rh É um sistema com presença de um antígeno D. Pode-se ter a doença hemolítica do recém-nascido ou eritroblastose fetal, que é a incompatibilidade sanguínea entre mãe e feto. Quando sobrevive, a criança pode ter surdez, retardo mental, paralisia cerebral etc. Como prevenção, existe a vacina anti RH. Hemoglobinopatias Pode-se ter anemias macrocíticas, microcíticas ou normocíticas; anemia megaloblástica, talassemia ou anemia falciforme. Complexo principal de histocompatibilidade – MHC MHC é o locus do genoma onde encontram-se genes do sistema imune. Em humanos, tem-se o HLA. A herança é em bloco. Imunodeficiências ocorrem quando o sistema imunológico não consegue responder adequadamente à infecção. Já doenças autoimunes ocorrem quando o sistema imune hiperativo atacas células do próprio organismo. Existe as imunodeficiências primárias, que impedem o funcionamento normal das células do sistema imunológico. Já as imunodeficiências secundárias ocorrem quando o sistema imunológico é comprometido por um fator externo, e não por um fator genético. LES – Lúpus Eritematoso Sistêmico é uma doença autoimune inflamatória, que pode afetar múltiplos órgãos e tecidos, como pele, articulações, rins e cérebro. Os sintomas são fadiga, febre, dor nas articulações, rigidez muscular e inchaços, rash cutâneo, lesões de pele ao sol e dificuldade para respirar. É uma doença com fator genético com mutações em 6 genes. Transplantes Existem autotransplante, isotransplante (indivíduos geneticamente idênticos), alotranspante (geneticamente diferentes) e xenotransplantes (espécies diferentes). Aula 10 – 22/11/2021 Testes genéticos PGT-p É um teste genético pré- implantacional para doenças poligênicas. Paradigma eugênico Possui como objetivo melhorar a raça humana. Paradigma preventista Possui como objetivo eliminar a doença genética. Paradigma psicológico Possui como objetivo conhecer a doença genética e inferir o melhor tratamento.
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