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Aluna: Jéssica Fernandes Auzier - 21851606 Lista de aminoácidos 1. A Citrulina é um aminoácido não natural isolado do melão. Trata-se de um D- ou L- aminoácido? Girando o plano da molécula em 180° posicionando o grupo carboxila (-COO-) para cima e o grupo alquila para baixo, colocando o grupo amino para o lado esquerdo. De acordo com essa orientação a citrulina recebe a configuração de L- aminoácido. 2. Escrever a fórmula geral dos aminoácidos. Dar um exemplo de um aminoácido apolar alifático, um aminoácido apolar aromático, um aminoácido polar com citados no exercício carga positiva, um aminoácido polar com carga negativa e um aminoácido polar sem carga. Os aminoácidos comuns são formados por 4 grupos diferentes: um grupo carboxila; um grupo amino; um grupo R e um átomo de hidrogênio. • Aminoácido apolar alifático Glicina • Aminoácido apolar aromático Fenilalanina • Aminoácido polar com carga positiva Lisina • Aminoácido polar com carga negativa Aspartato • Aminoácido polar sem carga Serina 3. Definir o ponto isoelétrico (pI) de aminoácidos. Calcular o pI dos aminoácidos citados no exercício acima. No momento em que a carga elétrica final é zero, o pH é chamado de ponto isoelétrico. • Glicina Por não possuir grupo ionizável em sua cadeia lateral o pI é a média aritmética dos dois valores de pKa: 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾1 + 𝑝𝐾2) 2 = (2,34 + 9,60) 2 = 5,97 • Fenilalanina 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾1 + 𝑝𝐾2) 2 = (1,83 + 9,13) 2 = 5,48 Para os aminoácidos com grupos ácidos ou básicos na cadeia lateral, o ponto isoelétrico é a média dos valores de pKa dos grupos semelhantes. • Lisina O pI da lisina é a média dos valores de pKa dos dois grupos que estão carregados positivamente em sua forma ácida 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾2 + 𝑝𝐾𝑅) 2 = (8,95 + 10,53) 2 = 9,74 • Aspartato O pI do Aspartato é a média dos valores de pKa dos dois grupos que estão carregados positivamente em sua forma básica. 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾1 + 𝑝𝐾𝑅) 2 = (1,88 + 3,65) 2 = 2,77 • Serina 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾1 + 𝑝𝐾2) 2 = (2,21 + 9,15) 2 = 5,68 4. A alanina é um aminoácido polar alifático. Calcule o ponto isoelétrico (pI) sabendo que o pK¹ (-COO-) é 2,25 e o pK² (-NH3+) é 9,87. Num pH igual ao seu ponto isoelétrico a carga total da alanina é zero. Nesse pH, qual das duas formas mostradas acima prevalece? Por que? O cálculo do pI: 𝑝𝐼 = (𝑝𝐾1 + 𝑝𝐾2) 2 = (2,25 + 9,87) 2 = 6,06 O ponto isoelétrico, pI, da alanina está acima do pKa do grupo carboxila e abaixo do pKa do grupo amino. Desta maneira, quando o pH é igual ao pI, os dois grupos estão predominantemente presentes nas suas formas carregadas, ionizáveis. 5. Esquematizar a ligação peptídica, indicando a estrutural espacial. A ligação peptídica é formada a partir de duas moléculas de aminoácidos através de uma ligação covalente por meio de uma amida substituída. Tal ligação é formada pela desidratação, remoção de água, removendo a hidroxila do carbono alfa carbonila de um aminoácido e de um hidrogênio do grupo alfa-amino de outro aminoácido. 6. Definir estrutura primária, secundária, terciária e quaternária. Todas a ligações covalentes ligando os resíduos de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica é sua estrutura primária. A estrutura secundária corresponde aos arranjos estáveis de resíduos de aminoácidos formando padrões estruturais recorrentes. A estrutura terciária descreve todos os aspectos do enovelamento tridimensional de um polipeptídeo. A estrutura quaternária corresponde ao arranjo espacial quando uma proteína tem duas ou mais subunidades polipeptídicas. 7. A estrutura secundária de um peptídeo é função da sua estrutura primária. Baseado na sequência de aminoácidos do peptídeo abaixo, tente prever: a. Que aminoácidos estariam envolvidos na formação de uma folha do tipo beta. Os aminoácidos mais prováveis de uma formação do tipo beta são os 7 e 19, o resíduo Prolina e no 4, o resíduo Treonina. Esses resíduos são frequentemente encontrados em curvas em proteínas globulares dobradas. b. Que locais (resíduos de aminoácidos) poderiam existir pontes dissulfeto (S-S) intramoleculares? As pontes dissulfeto intramoleculares são ligações que ocorrem dentro de uma única cadeia polipeptídica, podem se formar apenas entre os resíduos 13 e 24, nos resíduos Cisteína devido a presença do grupo – SH, que pode ser oxidado para formar ponte S-S.
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