Baixe o app para aproveitar ainda mais
Prévia do material em texto
Disciplina Bioquímica Geral Professora Jamile Fabbrin Gonçalves 1º) Definição e tipos de aminoácidos; 2º) Conceito de peptídeo; 3º) Definição de proteína; 4º) Níveis estruturais das proteínas; As proteínas são as macromoléculas mais abundantes nos seres vivos!!! • Enzimas (inúmeras – catalisam as reações químicas celulares) e hormônios polipeptídicos (insulina e glucagon – controle dos níveis sanguíneos de glicose) que controlam e regulam o metabolismo corporal; • Proteínas contráteis permitem a realização dos movimentos (actina e miosina - músculo esquelético); As proteínas são as macromoléculas com maior diversidade de funções nos seres vivos!!! músculo esquelético); • Proteínas estruturais (colágeno – cartilagens e tendões; queratina – cabelo, unhas e penas; elatina – ligamentos; fibroína – fibras da seda e da teia da aranha); • Proteínas transportadoras (hemoglobina - transporte de oxigênio); • Proteínas de defesa (imunoglobulinas – combatem bactérias e vírus). etc............. Como as proteínas são formadas? • TODAS as proteínas, sejam as proteínas das mais antigas cepas de bactérias ou das mais complexas formas de vida, são constituídas a partir do mesmo conjunto de apenas 20 aminoácidos; • As proteínas são polímeros de aminoácidos, com cada resíduo de Todas as proteínas têm em comum a característica estrutural: são polímeros lineares de aminoácidos! • As proteínas são polímeros de aminoácidos, com cada resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho por um tipo específico de ligação covalente → LIGAÇÕES PEPTÍDICAS! 20 a m in oá ci do s co ns ti tu in te s da s pr ot eí na s 20 a m in oá ci do s co ns ti tu in te s da s pr ot eí na s • Aos aminoácidos comuns das proteínas foram atribuídas abreviações de três letras ou apenas uma! • De forma geral, as duas formas básicas de se obter aminoácidos são através da ingestão via alimentação ou a síntese dentro das próprias células; • Geralmente os organismos NÃO são capazes de sintetizar todos os 20 tipos de aminoácidos que constituem as proteínas. Os aminoácidos ESSENCIAIS são aqueles que o organismo NÃO é capaz de sintetizar, ou seja, eles organismo NÃO é capaz de sintetizar, ou seja, eles devem ser obtidos através da alimentação!!! Afinal, o que são aminoácidos? • TODOS os aminoácidos comuns são α-aminoácidos; • TODOS eles possuem um hidrogênio, um grupo carboxila, um grupo amina e um grupo “R” ligados ao mesmo átomo de carbono (o carbono α); um grupo amino ( + básico) um grupo carboxila (- ácido) • Em pH fisiológico (aproximadamente 7,4), o grupo carboxila encontra-se dissociado, formando o íon carboxilato, carregado negativamente (-COO-), e o grupo amino encontra-se protonado (-NH3+). AMINOÁCIDO • O carbono α de cada aminoácido está ligado a quatro grupos diferentes e, portanto, é um átomo de carbono quiral (centro quiral). • EXCEÇÃO: o aminoácido GLICINA (aminoácido mais simples) pois seu carbono α apresenta dois átomos de hidrogênio como substituintes e, assim, é opticamente INATIVA. • Os aminoácidos que apresentam um centro assimétrico em seu carbono α podem existir em duas formas, designadas D e L, que são imagens especulares uma da outra; • As duas formas, em cada par, são denominadas ESTEREOISÔMEROS, ISÔMEROS ÓPTICOS ou ENANTIÔMEROS; Todos os resíduos de aminoácidos encontrados nas proteínas apresentam a configuração L!!! • Os aminoácidos diferem um dos outros nas suas cadeias laterais, ou grupos “R”, que variam em estrutura, tamanho e carga elétrica → polaridade → influência na solubulidade dos aminoácidos em água; • Podemos classificá-los de acordo com as propriedades de suas cadeias laterais: 1) Aminoácidos com cadeias laterais APOLARES; 2) Aminoácidos com cadeias laterais POLARES, mas desprovidas de carga elétrica: 3) Aminoácidos com cadeias laterais ÁCIDAS; 4) Aminoácidos com cadeias laterais BÁSICAS; 1) Aminoácidos com cadeias laterais APOLARES (hidrofóbicos) • Cada um desses aminoácidos possui uma cadeia lateral apolar, que é incapaz de receber ou doar prótons, de participar em ligações iônicas ou formar pontes de hidrogênio. Promovem interações hidrofóbicas. ***PROLINA: • A cadeia lateral da prolina e seu N α-imínico forma uma estrutura rígida em anel, com 5 átomos, de modo que esse aminoácido difere dos demais; •A prolina, portanto, apresenta um grupo amino secundário, e não primário, sendo frequentemente denominada de iminoácido. 2) Aminoácidos com cadeias laterais POLARES, mas desprovidas de carga elétrica • Apresentam carga líquida igual a zero em pH neutro, embora as cadeias laterais da cisteína e da tirosina possam perder próton em pH alcalino; • Cada um dos aminoácidos serina, treonina e tirosina contém um grupo hidroxila polar que pode participar da formação de pontes de hidrogênio; • Cada cadeia lateral da asparagina e da glutamina contém um grupo carbonila e um grupo amida, que podem também participar de pontes de hidrogênio.um grupo amida, que podem também participar de pontes de hidrogênio. ***Cisteína: • A cadeia lateral da cisteína contém um grupo sulfidrila (-SH), componente importante do sítio ativo de muitas enzimas; ***Nas proteínas, os grupos –SH de duas cisteínas podem ser facilmente oxidados e formar um dímero, a CISTINA, que contém uma ligação cruzada covalente denominada PONTE DISSULFETO. Os resíduos unidos pelo dissulfeto são fortemente hidrifóbicos! • As pontes dissulfeto desempenham papel essencial nas estruturas de muitas proteínas formando elos covalentes entre partes de uma cadeia de proteína (INTRACADEIA) ou entre duas cadeias polipeptídicas diferentes (INTERCADEIA). Intracadeia Intracadeia Intercadeia ***Serina, treonina e tirosina: • Os grupos hidroxila polar da serina, da treonina e, mais raramente, da tirosina pode servir como sítio de ligação para estruturas, tais como o GRUPO FOSFATO. Reações químicas importantes na REGULAÇÃO DA ATIVIDADE ENZIMÁTICA!DA ATIVIDADE ENZIMÁTICA! Fosforilação Desfosforilação 3) Aminoácidos com cadeias laterais ÁCIDAS • Os aminoácidos ácido aspártico e ácido glutâmico são DOADORES de prótons. Em pH fisiológico, as cadeias laterais desses aminoácidos estão completamente ionizadas, com um grupo carboxilato carregado negativamente (-COO-) → possuem em grupo carboxila adicional; • Esses aminoácidos são, portanto, denominados aspartato e glutamato, para enfatizar o fato de estarem carregados negativamente em pH fisiológico. 4) Aminoácidos com cadeias laterais BÁSICAS • As cadeias laterais dos aminoácidos básicos são ACEPTORAS de prótons. Em pH fisiológico, as cadeias laterais da lisina e da arginina estão completamente ionizadas, com carga positiva; • Em contraste, a histidina é fracamente básica, e, em geral, o aminoácido livre não apresenta carga elétrica em pH fisiológico. • É importante enfatizar que mais de 300 aminoácidos já foram descritos na natureza, embora apenas 20 aminoácidos sejam usualmente encontrados como constituintes de proteínas de mamíferos. • Alguns desses aminoácidos incomuns são resíduos modificados depois que a proteína foi sintetizada → modificação pós-transducional. Ex.: aminoácidos 4-hidroxiprolina (derivado da prolina) e 5-hidroxilisina (derivado da lisina) que são encontrados no colágeno (uma proteína fibrosa encontrada no tecido conjuntivo. • Alguns desses aminoácidos incomuns estão presentes em organismos vivos, mas NÃO como constituintes de proteínas. Ex.: aminoácido ornitina (intermediário-chave (metabólito) no ciclo da uréia. PEPTÍDEOS - PROTEÍNAS • Dois aminoácidos são unidos COVALENTEMENTE por meio de uma ligação amida substituída, chamada de LIGAÇÕES PEPTÍDICAS; • Ligação peptídica: o grupo α-carboxila de um aminoácido liga-se ao grupo α- amino de outro ocorrendo a perda de água → REAÇÃO DE CONDENSAÇÃO. LIGAÇÃO PEPTÍDICA: CARACTERÍSTICAS DA LIGAÇÃO PEPTÍDICA: • A ligação peptídica tem um caráter de dupla ligação parcial, ou seja, é mais curta do que uma ligaçãosimples, além de RÍGIDA e PLANAR; • Isso impede a rotação livre da ligação entre o carbono da carbonila e o nitrogênio da ligação peptídica; • Entretanto, as ligações entre os carbonos α e os grupos α-amino e α-carboxila podem rotar livremente (embora sejam limitadas pelo tamanho e caráter dos grupos R); • Isso permite que a cadeia polipeptídica assuma uma variedade de configurações possíveis. • A ligação peptídica é geralmente uma ligação TRANS (em vez de cis), em grande parte devido è interferência dos grupos R quando em posição cis. •Moléculas consistindo de aminoácidos unidos por ligações peptídicas são denominados PEPTÍDEOS. ***Oligopeptídeo: contém poucos aminoácidos ***Polipeptídeos: contém muitos aminoácidos → PROTEÍNAS são polipeptídeos muito grandes (peso molecular acima de 10.000)!!! NOMENCLATURA DE UM PEPTÍDEO: Por, convenção, a extremidade amino livre da cadeia peptídica (N-terminal) é escrita à esquerda, e a extremidade carboxilada cadeia peptídica (N-terminal) é escrita à esquerda, e a extremidade carboxila (C-terminal), à direita. Dessa forma, todas as sequências de aminoácidos são lidas da extremidade N para a C-terminal do peptídeo. • Cada aminoácido que compõe um peptídeo é denominado RESÍDUO, por ser a porção do aminoácido que permanece após a perda dos átomos de água durante a ligação peptídica. Quando um polipeptídeo é nomeado, os sufixos (-ina, -ano, -ico ou –ato) dos resíduos são alterados para –il (exceto o aminoácido C-terminal). PROTEÍNAS • As proteínas são classificadas em 4 níveis estruturais: PROTEÍNAS • Estrutura PRIMÁRIA: é uma descrição de todas as ligações covalentes (principalmente ligações peptídicas e pontes dissulfeto) unindo resíduos de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica. É a sequência de resíduos de aminoácidos. PROTEÍNAS • Estrutura SECUNDÁRIA: refere-se a arranjos particularmente estáveis de resíduos de aminoácidos próximos dando origem a padrões estruturais recorrentes. PROTEÍNAS • Estrutura TERCIÁRIA: descreve todos os aspectos do enovelamento tridimensional de um polipeptídeo. PROTEÍNAS • Estrutura QUATERNÁRIA: é o arranjo no espaço de uma proteína que possui duas ou mais subunidades polipeptídicas. • A estrutura primária é a sequência linear dos aminoácidos em uma proteína – ligados COVALENTEMENTE!!! Estrutura primária • A estrutura primária contém a informação necessária para formar uma molécula protéica com estrutura tridimensional única: FUNÇÃO ESPECÍFICA!!! •Muitas doenças genéticas•Muitas doenças genéticas resultam em proteínas com sequências anormais de aminoácidos, ocasionando organização irregular, com perda ou prejuízo da função normal. Ex.: Anemia falciforme (humanos). Quão longas são as cadeias polipeptídicas? • Os comprimentos variam consideravelmente. Ex.: O citocromo c humano possui 104 resíduos de aminoácidos ligados em uma única cadeia; No extremo está a titina (constituinte do músculo de vertebrado) que tem aproximadamente 27.000 aminoácidos. • A grande maioria das proteínas de ocorrência natural é muito menor que isso, contendo menos que 2.000 resíduos de aminoácidos. • Algumas proteínas consistem de uma cadeia polipeptídica única, mas outras, chamadas de proteínas de subunidades múltiplas ou multímero, possuem dois ou mais polipeptídeos associados de forma NÃO-COVALENTE; • As cadeias polipeptídicas individuais em uma proteína de subunidades múltiplas podem ser idênticas ou diferentes. *** Proteína oligomérica: se pelo menos duas cadeias são idênticas . *** As unidades idênticas são referidas como protômeros. Ex.: Hemoglobina Posso dizer que a hemoglobina possui 4 subunidades peptídicas OU que é um tetrâmero, OU ainda, que é um dímero dos protômeros αβ. • Os 20 aminoácidos comuns quase nunca ocorrem em quantidades iguais em uma proteína. • Alguns aminoácidos podem ocorrer• Alguns aminoácidos podem ocorrer apenas uma vez ou mesmo nenhuma em certo tipo de proteína; outros podem ocorrer em grandes quantidades. Algumas proteínas contêm outros grupos químicos além dos aminoácidos! • Proteínas SIMPLES: contêm apenas resíduos de aminoácidos e nenhum outro constituinte químico. Ex: ribonulease A. • Proteínas CONJUGADAS: contêm permanentemente associados outros componentes químicos além dos aminoácidos. A parte não-aminoácido de uma proteínas conjugada é o seu GRUPO PROSTÉTICO. • As proteínas conjugadas são classificadas com base na natureza química dos seus grupos prostéticos!!! Vamos ampliar nossa visão a respeito das proteínas!!! Sequência de aminoácidos → Estrutura tridimensional • O arranjo espacial dos átomos em uma proteínas é chamado de CONFORMAÇÃO. As conformações possíveis de uma proteína incluem qualquer estado estrutural que possa ser alcançado SEM QUEBRAR LIGAÇÕES COVALENTES (rotação sobre ligações simples); • As conformações existentes sob um certo conjunto de condições são• As conformações existentes sob um certo conjunto de condições são usualmente aquelas termodinamicamente mais estáveis; • Proteínas em qualquer das suas conformações funcionais são chamadas de PROTEÍNAS NATIVAS; • No contexto da estrutura protéica, o termo estabilidade pode ser definido como a tendência a manter uma conformação nativa; • Uma certa cadeia polipeptídica pode teoricamente assumir incontáveis conformações diferentes. • O estado desenovelado de uma proteína é caracterizado por um alto grau de entropia da conformação → tendência a manter o estado desenovelado! • As interações que se contrapõem a esses efeitos e• As interações que se contrapõem a esses efeitos e estabilizam a conformação nativa incluem as pontes dissulfeto e as interações fracas (pontes de hidrogênio, interações iônicas e interações hidrofóbicas). • Em geral, a conformação protéica com a menor energia livre (que é a conformação mais estável) é aquela com número máximo de interações fracas!!!!!! • Deve-se levar em consideração que a estabilidade de uma proteína NÃO é apenas a soma das energias livres de muitas interações fracas dentro dela uma vez que para cada ponte de hidrogênio formada em uma proteína, uma ponte de hidrogênio (de força semelhante) entre o mesmo grupo e a água foi quebrada. • Entretanto, mesmo que a energia da formação de uma ponte de hidrogênio ou da interação iônica intramolecular entre dois grupos polares em uma macromolécula seja grandemente cancelada pela eliminação de tais interações entre os mesmos grupos e a água, a liberação da estrutura da água quando a interação intramolecular é formada fornece uma força impulsionadora entrópica para o enovelamento!!!! Estrutura secundária • A estrutura secundária refere-se a conformação local de alguma parte de um polipeptídeo. São os arranjos regulares de aminoácidos que estão localizados próximos uns aos outros na sequência linear; • A α-hélice e a folha β são exemplos de estruturas secundárias frequentemente encontradas em proteínas. α-héliceα-hélice • É o arranjo mais simples que a cadeia polipeptídica poderia assumir com suas ligações peptídicas rígidas, mas com outras ligações simples livres para rodar; • Na α-hélice, o esqueleto polipeptídico está fortemente enovelado ao redor de um eixo imaginário desenhado longitudinalmente no meio da hélice, e os grupos R dos resíduos de aminoácidos projetam-se para fora do esqueleto helicoidal; • Cada volta helicoidal contém 3,6 aminoácidos. Assim, os resíduos de aminoácidos separados por 3 ou 4 resíduos na sequência primária estão espacialmente próximos, quando dobrados em α-hélice. • A resposta é, em parte, que uma α-hélice faz uso máximo de pontes de hidrogênio internas; • A estrutura é estabilizada por uma ponte de hidrogênio entre o átomo de hidrogênio ligado ao átomo de “N” eletronegativo de uma ligação Por que a α-hélice se forma mais facilmente que muitas outras conformações possíveis? átomo de “N” eletronegativo de uma ligação peptídica e o átomo de “O” eletronegativo da carbonila do quarto aminoácido daquela ligação peptídica; • As pontes de hidrogênio estendem-sede forma PARALELA à espiral; • Todas as pontes de hidrogênio combinadas dão à estrutura helicoidal considerável estabilidade. As pontes de hidrogênio estendem-se de forma PARALELA à espiral Os grupos R dos resíduos de aminoácidos projetam-se para fora • A torção helicoidal da α-hélice encontrada em TODAS as proteínas é a da mão direita! A sequência de aminoácidos afeta a estabilidade de α-hélice: (1) Repulsão eletrostática (ou atração) entre resíduos de aminoácidos sucessivos com grupos R carregados: Um grande número de aminoácidos carregados (por exemplo, GLUTAMATO ou ASPARTATO – negativos – e, LISINA ou ARGININA - positivos) desestabiliza a α-hélice pela formação de ligações iônicas ou porα-hélice pela formação de ligações iônicas ou por repulsão eletrostática entre um e outro; (2) Volume de grupos R adjacentes: os aminoácidos com cadeias laterais volumosas, como o TRIPTOFANO, podem interferir com a formação de uma α-hélice se estiverem em grande número. (3) Ocorrência de resíduos de Pro e Gly: A PROLINA quebra α-hélice, pois o átomo de N é parte de um anel rígido, e a rotação sobre a ligação N-Cα são é possível. Assim, ela insere uma dobra na cadeia – uma torção - que interrompe a suave estrutura helicoidal; A GLICINA ocorre infrequentemente nas α-hélices porque possui MAIOR flexibilidade de conformação que os outros resíduos de aminoácidos. Polímeros de glicina tendem a formar estruturas espiraladas bem diferentes de uma α-hélice. (4) Interações entre os grupos R espaçando 3 ou 4 resíduos entre si: Aminoácidos carregados positivamente são frequentemente encontrados separados a cada 3-4 resíduos de aminoácidos carregados negativamente, permitindo a formação de um par iônico. (5) Interações entre resíduos de aminoácidos nas extremidades do segmento helicoidal e o dipolo elétrico inerente a uma α-hélice: Aminoácidos carregados negativamente são frequentemente encontrados próximosfrequentemente encontrados próximos do terminal amino (+) do segmento helicoidal; o oposto é verdadeiro na extremidade carboxila (-). Folhas β • A folha β é outra forma de estrutura secundária, na qual TODOS os componentes da ligação peptídica estão envolvidos com pontes de hidrogênio; • Na conformação β, o esqueleto da cadeia polipeptídica é estendido em ziguezague em vez de estrutura helicoidal; • As superfícies das folhas β apresentam uma aparência “pregueada” e, portanto, essas estruturas são frequentemente denominadas “folhas βportanto, essas estruturas são frequentemente denominadas “folhas β pregueadas”; • Os grupos R de aminoácidos adjacentes projetam-se da estrutura em ziguezague em direções opostas; • Ao contrário da α-hélice em que o esqueleto polipeptídico está fortemente ENOVELADO, as folhas β são compostas de duas ou mais cadeias polipeptídicas (fitas β) ou segmentos de cadeias polipeptídicas, que se apresentam quase totalmente estendidos; • Ao contrário da α-hélice em que as pontes de hidrogênio estendem-se de forma PARALELA à espiral, nas folhas β as pontes de hidrogênio são PERPENDICULARES ao esqueleto polipeptídico. Algumas estruturas protéicas limitam as espécies de aminoácidos que podem ocorrer em uma folha β: • Quando duas ou mais folhas β são assentadas juntas dentro de uma proteína, os grupos R dos resíduos dos aminoácidos nas superfícies que se tocam devem ser relativamente PEQUENOS; • As β-queratinas como a fibroína da seda e a fibroína das teias das aranhas possuem um conteúdo muito alto de resíduos de GLICINA e ALANINA, os dois aminoácidos com os grupos R menores. FOLHAS β PARALELAS E ANTIPARALELAS • Uma folha β pode ser formada por duas ou mais cadeias polipeptídicas ou por segmentos de cadeias polipeptídicas, dispostos de forma ANTIPARALELA um ao outro (com extremidades N-terminal e C-terminal das folhas β alternando-se) ou de forma PARALELA (possuindo a mesma orientação amino até carboxila). Dobras β • Nas proteínas GLOBULARES, que possuem uma estrutura enovelada compacta, quase um terço dos resíduos de aminoácidos estão em dobras ou alças onde a cadeia polipeptídica reverte sua direção; • Essas dobras são os elementos de conexão que unem corridas sucessivas de α-hélices ou conformação β; • Particularmente comuns são as dobras β que conectam as extremidades de dois segmentos adjacentes de uma folha β antiparalela.dois segmentos adjacentes de uma folha β antiparalela. • Os resíduos de GLICINA e PROLINA frequentemente ocorrem em dobras β: ***Glicina: é um aminoácido pequeno e flexível; ***Prolina: as ligações peptídicas envolvendo o nitrogênio imino da prolina facilmente assumem a configuração cis, uma forma que é particularmente amena para uma dobra firme. Alguns aminoácidos são melhores acomodados que outros em diferentes tipos de estruturas secundárias • Algumas preferências, como a presença comum de resíduos de prolina e glicina nas dobras β e sua relativa ausência nas α-hélices, são facilmente explicáveis pelas restrições conhecidas nas diferentes estruturas secundárias. * Estrutura terciária • A estrutura terciária é o arranjo tridimensional de todos os átomos em uma proteína. A palavra “terciária” refere-se tanto ao dobramento dos domínios (as unidades básicas de estrutura e função) quanto ao arranjo final dos domínios no polipeptídeo; • Aminoácidos que são muito distantes na sequência primária e que residem em diferentes tipos de estruturas secundárias podem interagir dentro da estrutura de uma proteína completamente enovelada;dentro da estrutura de uma proteína completamente enovelada; • Ao considerar níveis superiores de estrutura, é útil classificar as proteínas em dois grupos principais: *** Proteínas FIBROSAS: possuindo cadeias polipeptídicas arranjadas em longas fitas ou folhas; *** Proteínas GLOBULARES: possuindo cadeias polipeptídicas enoveladas em uma forma esférica ou globular. • Os dois grupos são ESTRUTURALMENTE distintos: *** Proteínas fibrosas: consistem principalmente de um único tipo de estrutura secundária; *** Proteínas globulares: frequentemente contêm vários tipos de estruturas secundárias. • Os dois grupos são FUNCIONALMENTE distintos: *** Proteínas fibrosas: constituem as estruturas de apoio, forma e proteção externa dos vertebrados; *** Proteínas globulares: constituem a maior parte das enzimas e proteínas reguladoras. PROTEÍNAS FIBROSAS 1) α-Queratina • As α-queratinas evoluíram para a RESISTÊNCIA! • Encontradas nos mamíferos, essas proteínas consituem quase todo o peso seco do cabelo, lã, unha, pena, espinhos, chifres, casco e a maior parte da camada externa da pele; • A α-queratina é rica em resíduos HIDROFÓBICOS: Alanina, valina, isoleucina,metionina e fenilalanina; • Nas α-queratinas as ligações cruzadas que estabilizam a estrutura quaternária são PONTES DISSULFETO → Nas α-queratinas mais rígidas, como aquelas dos chifres dos rinoceronte, até 18% dos resíduos são cisteínas envolvidas nas pontes dissulfeto. • A hélice da α-queratina é uma α- hélice de sentido de mão direita, a mesma hélice encontrada em muitas proteínas; • Duas fitas de α-queratina, orientadas em paralelo (com o seu terminal amino na mesma extremidade), são embrulhadas uma com a outra para formar uma espiral supertorcida → o entrelaçamento de dois polipeptídeos α- helicoidais é um exemplo de estrutura quaternária → uma super-hélice de sentido de mão esquerda! 2) Colágeno • Da mesma forma que as α-queratinas, o colágeno evoluiu para fornecer RESISTÊNCIA! • E encontrado no tecido conjuntivo como os tendões, as cartilagens, a matriz orgânica dos ossos e a córnea do olho; • A hélice do colágeno é uma estrutura secundária ÚNICA bem distante da α-hélice. Apresenta o sentido de mão esquerda edistante da α-hélice. Apresenta o sentido de mão esquerda e possui três resíduos de aminoácidos por volta; •O colágeno é também uma espiral, mas uma com estruturas terciárias e quaternárias distintas: 3 cadeias polipeptídicas separadas, chamadas de cadeias α são entrelaçadas entre si. O superentrelaçamento é desentido da mão direita no colágeno, oposto ao sentido das hélices das cadeias α de sentido de mão esquerda. Estrutura rica em em GLICINA! •A sequência de aminoácidos no colágeno é geralmente uma unidade tripeptídica repetitiva, Gly – X – Y, onde X é frequentemente Pro e Y é frequenetemente 4-Hyp (4-hidroxiprolina, um aminoácido incomum). *** Escorbuto • Em caso de deficiência de vitamina C as fibras do colágeno NÃO podem estabelecer ligações cruzadas, diminuindo enormemente a resistência à tensão nas fibras reunidas. • Pacientes com deficiência de vitamina C também apresentam hematomas nos membros, como resultados do extravasamento subcutâneo de sangue (fragilidade capilar). ACEROLA LARANJA • Principais fontes de vitamina C: LARANJA • O escorbuto causou muitas mortes entre os navegadores dos séculos passados uma vez que não era costumeiro levar frutas para as refeições durante viagens tão longas!!! 3) Fibroína da seda • Fibroína, a proteína da seda, é produzida por insetos e aranhas. • Suas cadeias polipeptídicas estão predominantemente na conformação β; • A fibroína é rica em resíduos de alanina e glicina, permitindo o empacotamento íntimo das folhas β e um arranjo intercambiado dos grupos R. • A fibroína NÃO se estica porque a conformação β é altamente estendida. Entretanto, a estrutura é flexível porque as dobras são mantidas juntas por numerosas interações fracas em vez das ligações covalentes como as pontes dissulfeto nas α-queratinas. → A α-queratina, o colágeno e a fibroína da seda ilustram adequadamente a relação entre a estrutura da proteína e a função biológica!!! PROTEÍNAS GLOBULARES • Em uma proteína globular, segmentos diferentes de uma cadeia polipeptídica (ou múltiplas cadeias polipeptídicas) enovelam-se entre si; • O enovelamento também fornece a diversidade estrutural necessária para as proteínas desempenharem um amplo conjunto de funções biológicas; ***As proteínas globulares incluem: - enzimas; - proteínas de transporte; - proteínas motoras; - proteínas reguladoras; - imunoglobulinas, etc... Ex.: MioglobulinaEx.: Mioglobulina • A mioglobulina é uma proteína de ligação ao oxigênio das células musculares. É uma molécula relativamente pequena. A cadeia polipeptídica é enovelada em três dimensões – a estrutura terciária! • O grupo vermelho circundado pela proteína é o HEME; • O esqueleto da molécula de mioglobina é constituído de 8 segmentos relativamente retos de α-hélices interrompidos por curvaturas, algumas das quais são dobras β; • A molécula de mioglobina é tão compacta que seu interior apresenta apenas 4 moléculas de águaapenas 4 moléculas de água •nesse ambiente empacotado, as interações fracas fortalecem e reforçam-se entre si. • esse núcleo denso hidrofóbico é típico das proteínas globulares. • Proteínas com diferentes estruturas primárias e terciárias → refletem diferentes funções!!! • O citocromo c é um componente da cadeia respiratória da mitocôndria. É uma cadeia polipeptídica de aproximadamente 100 resíduos de aminoácidos e um único grupo heme. Apenas cerca de 40% do polipeptídeo está em um segmento α-helcoidal, comparado com os 70% da cadeia de mioglobina. • A lisozima é uma enzima abundante na clara do ovo e nas lágrimas humanas que catalisa a clivagem catalítica de polissacarídeos nas paredes celulares protetoras de algumas bactérias → funciona como um agente bactericida. Como o citocromo c, cerca de 40% dos seus 129 resíduos de aminoácidoscitocromo c, cerca de 40% dos seus 129 resíduos de aminoácidos estão em segmentos α-helicoidais, mas o arranjo é diferente e alguma folha β está também presente. Contém 4 pontes dissulfeto que contribuem para a estabilidade da proteína. • A ribonuclease é uma enzima secretada pelo pâncreas no intestino delgado, onde ela catalisa a hidrólise de certas ligações nos ácidos ribonucléicos presentes no alimento ingerido. Poucos dos seus 124 resíduos de aminoácidos da cadeia polipeptídica estão em α-hélice, mas contém muitos segmentos em conformação β. Apresenta 4 pontes dissulfeto na estrutura. • A estrutura tridimensional de uma proteína globular típica pode ser considerada uma montagem de segmentos polipeptídicos nas conformações de α-hélice e de folha β unidas por segmentos conectantes; • MOTIVOS ou ESTRUTURAS SUPERSECUNDÁRIAS são arranjos estáveis de vários elementos da estrutura secundária e as conexões entre eles. MOTIVOS, DOMÍNIOS E DOBRAMENTO PROTÉICO Dois motivos simples e comuns que conferem duas camadas de estrutura secundária. • Polipeptídeos com mais de uma centena de resíduos de aminoácidos frequentemente se enovelam em duas ou mais unidades globulares estáveis, chamadas de DOMÍNIOS; • Domínios diferentes frequentemente possuem funções distintas como a ligação de moléculas pequenas ou a interação com outras proteínas. Proteínas pequenas usualmente possuem apenas um domínio (o domínio é a própria proteína). • O dobramento da cadeia polipeptídica (DOBRAMENTO PROTÉICO) dentro de um domínio em geral ocorre independentemente do dobramento em outros domínios. Assim, cada domínio apresenta as características de uma proteína globular pequena e compacta, estruturalmente independente de outros domínios da cadeia; • As interações entre cadeias laterais de aminoácidos determinam como uma cadeia polipeptídica longa se dobra para formar a intrincada conformação tridimensional de proteínas funcionais;proteínas funcionais; • Com o dobramento peptídico, as cadeias laterais dos aminoácidos são atraídas ou repelidas de acordo com suas propriedades químicas; • Esse processo de tentativa e erro durante o dobramento protéico experimenta muitas (mas não todas) possibilidades de configuração em busca de um estado no qual as atrações superem as repulsões. Isso resulta em uma proteína dobrada corretamente, com baixo estado energético. *** As proporções (%) de α-hélice e conformação β variam entre as várias proteínas globulares de cadeia única; • Cada uma destas proteínas possui uma característica única, adaptada para sua função biológica particular, mas juntas compartilham várias propriedades importantes: (a) são enoveladas compactamente; (b) as cadeias de aminoácidos hidrofóbicosde aminoácidos hidrofóbicos estão orientadas para o interior e as cadeias laterais hidrofílicas estão na superfície; (c) as estruturas são estabilizadas por pontes dissulfeto e várias interações não-covalentes (ex.: pontes de hidrogênio e interações iônicas). INTERAÇÕES QUE ESTABILIZAM A ESTRUTURA TERCIÁRIA INTERAÇÕES QUE ESTABILIZAM A ESTRUTURA TERCIÁRIA 1) PONTES DISSULFETO: uma ponte dissulfeto é uma ligação formada pelos grupos sulfidrila (-SH) de dois resíduos de cisteína para produzir um resíduo de cistina. As duas cisteínas podem estar separadas uma da outra por muitos aminoácidos na sequência primária de um polipeptídeo, ou podem até mesmo estar localizadas em duas cadeias polipeptídicas diferentes; o dobramento da (s) cadeia (s) aproxima os resíduos de cisteína e permite(s) cadeia (s) aproxima os resíduos de cisteína e permite a ligação COVALENTE de suas cadeias laterais. • Uma ponte dissulfeto contribui para a estabilidade da conformação tridimensional da molécula protéica e evitar que elas se tornem desnaturadas no meio extracelular. Por, exemplo, muitas ligações dissulfeto são encontradas em proteínas como as imunoglobulinas secretas pela célula. 2) INTERAÇÕES HIDROFÓBICAS: (a) Nas proteínas encontradas em soluções aquosas (um ambiente polar), as cadeias laterais apolares dos aminoácidos tendem a agrupar-se no interior da proteína. Desse modo, os grupos R apolares preenchem o interior da proteína à medida que ela se dobra e ajudam a estabelecer sua forma tridimensional. INTERAÇÕES QUE ESTABILIZAM A ESTRUTURA TERCIÁRIA (b) Nas proteínas localizadas em ambiente hidrofóbico (interior de uma membrana) os grupos R apolares são encontrados na superfície da proteína, interagindo com o ambiente lipídico. • Em qualquer dos casos, ocorre a segregação energeticamentemais favorável dos grupos R. INTERAÇÕES QUE ESTABILIZAM A ESTRUTURA TERCIÁRIA 3) PONTES DE HIDROGÊNIO: Cadeias laterais de aminoácidos contendo hidrogênio ligado a oxigênio ou nitrogênio, como os grupos alcoólicos da serina e da treonina, podem formar pontes de hidrogênio com átomos ricos em elétrons, como o oxigênio dos grupos carboxila ou dos grupos carbonila ds ligações peptídicas; • A formação de pontes de hidrogênio entre grupos polares na superfície de uma proteína e o solvente aquoso aumentam a solubilidade da proteína. INTERAÇÕES QUE ESTABILIZAM A ESTRUTURA TERCIÁRIA 4) INTERAÇÕES IÔNICAS: Grupos carregados negativamente, como o grupos carboxila (-COO-) na cadeia lateral do aspartato ou do glutamato, podem interagir com grupos carregados positivamente, como o grupo amino (-NH3+), na cadeia lateral da lisina. • As estruturas protéicas evoluíram para a função em ambientes celulares particulares. Condições diferentes daquelas na célula podem resultar em grandes ou pequenas alterações estruturais da proteína; • DESNATURAÇÃO PROTÉICA: é a perda da estrutura tridimensional suficiente para causar a perda de função daquela proteína. DESNATURAÇÃO PROTÉICA • A maior parte das proteínas pode ser desnaturada pelo CALOR, que afeta as interações fracas em uma proteína (principalmente as pontes de hidrogênio) de maneira complexa. • Proteínas podem ser desnaturadas não apenas pelo calor, mas também por: *** Extremos de pH: atuam alterando a carga líquida nas proteínas, causando repulsão eletrostática e ruptura de algumas pontes de hidrogênio; *** Certos solventes orgânicos miscíveis como o álcool ou a acetona bem como por certos solutos como a uréia e por detergentes: atum primariamente rompendo as interações hidrofóbicas que constituem o núcleo estável das proteínas globulares. • Certas proteínas globulares desnaturadas pelo calor, extremos de pH ou reagentes desnaturantes recuperam sua estrutura nativa e a atividade biológica se retornarem às condições onde a conformação nativa é estável. RENATURAÇÃO PROTÉICA onde a conformação nativa é estável. Este processo é chamado de RENATURAÇÃO PROTÉICA. Ex.: enzima ribonuclease. Estrutura quaternária •Muitas proteínas consistem de uma única cadeia polipeptídica, sendo definidas como proteínas MONOMÉRICAS. Outras, entretanto, consistem em duas ou mais cadeias polipeptídicas, que podem ser estruturalmente idênticas ou totalmente diferentes → uma proteína com subunidades múltiplas pode ser chamada de MULTÍMERO. As proteínas multiméricas podem formar de duas a centenas de subunidades; • O arranjo dessas subunidades polipeptídicas em complexos tridimensionais é• O arranjo dessas subunidades polipeptídicas em complexos tridimensionais é é denominado estrutura QUATERNÁRIA de proteína; • As subunidades são ligadas por interações NÃO-COVALENTES. As subunidades podem funcionar independentemente umas das outras ou podem trabalhar cooperativamente, como no caso da hemoglobina, onde a ligação do oxigênio a uma subunidade do tetrâmero aumenta a afinidade de outras subunidades para o oxigênio. • Um multímero com apenas umas poucas subunidades pode ser chamado de OLIGÔMERO; • Se um multímero é composto de várias subunidades não-idênticas, a estrutura da proteína pode ser assimétrica e bem complicada. Entretanto, Relembrando conceitos... estrutura da proteína pode ser assimétrica e bem complicada. Entretanto, a maior parte dos multímeros possui subunidades idênticas ou grupos repetitivos de subunidades não-idênticas → a unidade estrutural de repetição em tal proteína multimérica, seja ela uma subunidade apenas ou seja ela um grupo de subunidades, é chamada PROTÔMERO. Ex.: Hemoglobina *** A hemoglobina contém 4 cadeias polipeptídicas e 4 grupos heme. A porção protéica, chamada de globina, consiste de 2 cadeias α (cada uma com 141 resíduos) e 2 cadeias β (cada uma com 146 resíduos). → Posso dizer que a hemoglobina possui 4 subunidades peptídicas OU que é um4 subunidades peptídicas OU que é um tetrâmero, OU ainda, que é um dímero dos protômeros αβ. Referências bibliográficas: • Campbell, M.K.; Farrell, S.O. (2007). Bioquímica. 5ª Edição, Editora Thomson Learning, São Paulo, 845p. • Champe, P.C.; Harvey, R.A.; Ferrier, D.S. (2009). Bioquímica Ilustrada. 4ª Edição, Editora Artmed, Porto Alegre, 528p.Ilustrada. 4ª Edição, Editora Artmed, Porto Alegre, 528p. •Nelson, D.L.; Cox, M.M. (2006). Lehninger: Princípios de Bioquímica. 4ª Edição, Editora Sarvier, São Paulo, 1202p.
Compartilhar