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Técnicas de hibridização Técnicas de hibridização Técnica baseada na capacidade que duas fitas simples, de DNA ou RNA, possuem de se ligar caso tenham sequencias complementares, formando uma fita-dupla. Com a utilização de uma sonda marcada, é possível identificar a localização de um fragmento de DNA ou RNA que possua a sequencia complementar a sonda utilizada. Mas o que é uma sonda? Sonda • Fragmento de DNA fita simples, normalmente sintético, com sequencia conhecida. Sonda complementar a um trecho específico da amostra TACTCGACAGGCTAG CTGATGGTCATGAGCTGTCCGATCGATCAT Amostra de DNA desnaturada (fita simples) TACTCGACAGGCTAG Hibridização Sonda • A sonda deve ser marcada (com fluorescência ou agentes radioativos) para possibilitar a sua identificação quando em contato com a amostra. • Assim, quando a sonda é detectada, é possível localizar a sequencia complementar na amostra. Técnicas de hibridização Southern Blot Northern Blot Western Blot Microarray FISH Southern Blot • 1973 - Edwin Southern, biólogo que desenvolveu a técnica. • Blot significa transferência • Técnica que confere se uma determinada sequência de DNA encontra-se ou não presente em uma amostra de DNA analisada. 1. Após extração do DNA, digestão com enzima de restrição para cortar o DNA em fragmentos menores. 2. Os fragmentos passam por eletroforese em gel de agarose, onde são separados e formam bandas. 3. Uma membrana de nitrocelulose ou nylon é colocada sobre o gel para transferência. 4. Por ação capilar (água ou solução alcalina – que irá desnaturar o DNA, permitindo sua ligação com a sonda), o DNA é transferido do gel para a membrana seguindo o padrão eletroforético. 5. A membrana é seca em vácuo ou exposta à luz UV para fixar o DNA. Southern Blot Passo a passo: 6. A membrana é exposta à sonda, que se hibridiza ao DNA. Para evitar ligações não específicas, utilizam-se previamente reagentes bloqueadores. 7. Após a exposição, a membrana é lavada e procede-se à revelação, dependendo do tipo de marcação que a sonda carrega. Faz-se a autorradiografia (no caso de isótopos), revelação (fluoróforos ou substâncias cromogênicas). 8. O resultado é uma membrana contendo uma ou mais bandas marcadas, as quais correspondem à sequência procurada. Southern Blot Passo a passo: Southern Blot Southern Blot https:// www.youtube.com/ watch?v=1Q- _qgCtk3c&ab_channel=T hePlantGenetics https://www.youtube.com/watch?v=1Q-_qgCtk3c&ab_channel=ThePlantGenetics https://www.youtube.com/watch?v=1Q-_qgCtk3c&ab_channel=ThePlantGenetics https://www.youtube.com/watch?v=1Q-_qgCtk3c&ab_channel=ThePlantGenetics https://www.youtube.com/watch?v=1Q-_qgCtk3c&ab_channel=ThePlantGenetics https://www.youtube.com/watch?v=1Q-_qgCtk3c&ab_channel=ThePlantGenetics • Teste de paternidade • Identificação criminal • Diagnóstico de doenças genéticas • Diagnóstico de doenças infecciosas • Diagnóstico de câncer Southern Blot Aplicação: Northern Blot • 1977 - James Alwine e colaboradores desenvolveram a técnica • Técnica de biologia molecular para estudo da expressão gênica, ou seja, investigar se um dado gene de um genoma é ou não transcrito em RNA em uma determinada amostra. 1. Extração de RNA. 2. Eletroforese em gel de agarose. 3. Transferência do conteúdo do gel para uma membrana de nylon ou nitrocelulose. 4. Fixação do RNA na membrana com luz UV. 5. Incubação com a sonda, que irá hibridizar caso a sequencia alvo esteja presente na amostra. Para evitar ligações não específicas, utilizam-se previamente reagentes bloqueadores 6. Revelação que depende do tipo de sonda utilizada (isótopos, fluoróforos ou substâncias cromogênicas). Northern Blot Passo a passo: Northern Blot Northern Blot https:// www.youtube.com/ watch?v=ZgRC4F- Uszg&ab_channel=Quick BiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=ZgRC4F-Uszg&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=ZgRC4F-Uszg&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=ZgRC4F-Uszg&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=ZgRC4F-Uszg&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=ZgRC4F-Uszg&ab_channel=QuickBiochemistryBasics • Diagnóstico e prognóstico de tumores • Detecção de supressão de oncogenes • Detecção de baixa expressão de genes supressores tumorais • Estudo e diagnóstico de doenças cuja expressão de um RNA específico em determinado tecido seja importante. Northern Blot Aplicação: Western Blot • 1979 - Towbin e colaboradores desenvolveram a técnica. • Também conhecida como Imuno Blot ou Imuno Blotting • Método em biologia molecular e bioquímica para detectar proteínas em uma determinada amostra. 1. Extração das proteínas. 2. Eletroforese em gel de poliacrilamida. 3. Transferência para membrana de nitrocelulose (menor custo) ou PVDF (maior sensibilidade, ligação e retenção). 4. Incubação da membrana com um anticorpo específico para detectar a proteína de interesse. Para evitar ligações não específicas, utilizam-se previamente reagentes bloqueadores. 5. Revelação da membrana para análise dos dados. Western Blot Passo a passo: Western Blot Western Blot https:// www.youtube.com/ watch? v=faOELRICYqY&ab_chan nel=QuickBiochemistryB asics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics https://www.youtube.com/watch?v=faOELRICYqY&ab_channel=QuickBiochemistryBasics • Diagnóstico de doenças infecciosas • Teste confirmatório para algumas doenças • Pesquisa Western Blot Aplicação: Microarray • Técnica que permite a investigar a expressão de centenas ou milhares de genes em uma amostra com uma reação de hibridização. • O principal objetivo é o estudo comparativo da expressão de certos genes de interesse. • É comum que a técnica seja aplicada a duas amostras – uma em condições saudáveis e outra patológica – para identificar quais genes estão sendo expressos ou não. 1. Extração de RNA da amostra de interesse. 2. Síntese de cDNA (DNA complementar) ao RNA extraído com a transcriptase reversa. 3. Marcação do cDNA com fluoróforos (normalmente verde e vermelho). 4. Os cDNAs são colocados na placa/chip de microarray e incubados para permitir a sua hibridação (ligação) com a sonda de DNA do microarray. 5. Quantificação da expressão em um sistema leitor que atribui um código à fluorescência emitida por cada cDNA. Microarray Passo a passo: Microarray Microarray https:// www.youtube.com/ watch? v=NgRfc6atXQ8&ab_cha nnel=Henrik%27sLab https://www.youtube.com/watch?v=NgRfc6atXQ8&ab_channel=Henrik'sLab https://www.youtube.com/watch?v=NgRfc6atXQ8&ab_channel=Henrik'sLab https://www.youtube.com/watch?v=NgRfc6atXQ8&ab_channel=Henrik'sLab https://www.youtube.com/watch?v=NgRfc6atXQ8&ab_channel=Henrik'sLab https://www.youtube.com/watch?v=NgRfc6atXQ8&ab_channel=Henrik'sLab • Classificação e prognóstico de câncer. • Expressão diferencial de genes alergias, imunodeficiências primárias, doenças autoimunes e doenças infecciosas. • Comparação de um tecido de controle e um tecido tratado com um determinado medicamento – estudo de possíveis tratamentos. Microarray Aplicação: FISH Hibridização in situ fluorescente • Técnica de citogenética molecular que utiliza sondas de DNA marcadas com fluorescência para detectar anomalias cromossômicas como microdeleções e rearranjos complexo. FISH Hibridização in situ fluorescente Passo a passo: FISH Hibridização in situ fluorescente encurtador.com.br/efhM0 FISH Hibridização in situfluorescente FISH Hibridização in situ fluorescente Aplicação: • Doenças cromossômicas • Diagnóstico pré-natal • Reconhecimento de doenças virais • Monitoramento pós-transplante • Diagnósticos de leucemias • Diagnósticos de doenças neuronais, como Alzheimer precoce • Análise de diversas síndromes • Pesquisa FISH Hibridização in situ fluorescente Referências Bibliográficas: • ALBERTS, Bruces, JOHSON, Alexander, LEWIS, Julian, ROBERTS, Keith, WALTER, Peter, RAFF, Martin. (04/2011). Biologia Molecular da Célula. 5ª edição. Porto Alegre: Artmed. • ALBERTS, Bruce, BRAY, Dennis, HOPKIN, Karen, JOHNSON, Alexander, LEWIS, Julian, RAFF, Martin, ROBERT. (01/2015). Fundamentos da Biologia Celular. 3ª edição. Porto Alegre: Artmed. • LIPAY, Monica V. N; BIANCO, Bianca; Biologia molecular - métodos e interpretação 1. ed. - Rio de Janeiro: Roca, 2015. • LODISH, H.; BERK, A.; MATSUDAIRA, P.; KAISER, C.A.; KRIEGER, M.; SCOTT, M.P.; ZIPURSKY; DARNELL. Biologia Celular e Molecular. 5ª ed. Porto Alegre: Artmed, 2005. 1054p. • BRUNO, A. N. (Org.). Biotecnologia II: aplicações e tecnologias. Porto Alegre: Artmed, 2017.