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Aula 01 Rosalina Guedes Donato Santos Citogenética no Diagnóstico Laboratorial Diretor Executivo DAVID LIRA STEPHEN BARROS Diretora Editorial ANDRÉA CÉSAR PEDROSA Projeto Gráfico MANUELA CÉSAR ARRUDA Autor EDUARDO NASCIMENTO DE ARRUDA Desenvolvedor CAIO BENTO GOMES DOS SANTOS Olá. Meu nome é Rosalina Guedes Donato Santos. Sou formada em Biomedicina, com uma experiência técnico-profissional na área de imunologia, hematologia, toxicologia, análises clínicas de mais de 12 anos. Passei por empresas com a Faculdade de Ciências e Tecnologia, UNIFACS, UNIRB, Laboratórios como o Hospital Roberto Santos, Laboratório José Silveira e Universidade Federal da Bahia. Sou apaixonado pelo que faço e adoro transmitir minha experiência de vida àqueles que estão iniciando em suas profissões. Por isso fui convidada pela Editora Telesapiens a integrar seu elenco de autores independentes. Estou muito feliz em poder ajudar você nesta fase de muito estudo e trabalho. Conte comigo! Autora Rosalina Guedes Donato Santos INTRODUÇÃO: para o início do desen- volvimento de uma nova competência; DEFINIÇÃO: houver necessidade de se apresentar um novo conceito; NOTA: quando forem necessários obser- vações ou comple- mentações para o seu conhecimento; IMPORTANTE: as observações escritas tiveram que ser prio- rizadas para você; EXPLICANDO ME- LHOR: algo precisa ser melhor explica- do ou detalhado; VOCÊ SABIA? curio- sidades e indaga- ções lúdicas sobre o tema em estudo, se forem necessárias; SAIBA MAIS: textos, referências biblio- gráficas e links para aprofundamento do seu conhecimento; REFLITA: se houver a necessidade de cha- mar a atenção sobre algo a ser refletido ou discutido sobre; ACESSE: se for preciso acessar um ou mais sites para fazer download, assistir vídeos, ler textos, ouvir podcast; RESUMINDO: quando for preciso se fazer um resumo acumulativo das últimas abordagens; ATIVIDADES: quando alguma atividade de autoaprendiza- gem for aplicada; TESTANDO: quando o desenvolvimento de uma compe- tência for conclu- ído e questões forem explicadas; Iconográficos Olá. Meu nome é Manuela César de Arruda. Sou a responsável pelo pro- jeto gráfico de seu material. Esses ícones irão aparecer em sua trilha de aprendizagem toda vez que: SUMÁRIO Estrutura do cromossomo humano e organização molecular da cromatina 10 Estrutura do DNA 10 Condensação do DNA 13 Centrômero 14 Telômeros 15 Características dos cromossomos humanos 16 Código genético 18 DNA repetitivo em tandem 19 DNA mitocondrial 21 Replicação do DNA 22 Ciclo celular 25 Reguladores do ciclo celular 27 Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 7 UNIDADE 01 Citogenética no Diagnóstico Laboratorial8 A compreensão acerca da importância da genética para a medicina exige uma compreensão do material hereditário, como ele atua no genoma humano e como ele pode ser transmitido de uma célula para outra durante o processo de divisão celular e de geração em geração durante a reprodução. O genoma humano é composto pelo DNA (ácido desoxirribonucleico) que contém na sua composição a informação genética necessária para validar os processos relacionados com a embriogênese, desenvolvimento, crescimento, metabolismo e reprodução. Cada célula nucleada do corpo contém seu próprio genoma humano, o qual contém cerca de 25.000 genes. Então, podemos definir gene como sendo a unidade de informação genética, organizados em diversas organelas em forma de bastão os quais chamamos de cromossomos. A influência dos genes e da genética são cruciais para o entendimento de doenças genéticas. A análise dos cromossomos, da sua estrutura e da sua hereditariedade é denominado de citogenética. A citogenética contribui para o diagnóstico clínico das doenças genéticas, mapeamento genético, citogenética do câncer e diagnóstico pré-natal. Entendeu? Ao longo desta unidade letiva você vai mergulhar neste universo! INTRODUÇÃO Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 9 Seja muito bem-vindo à Unidade 1. Nosso objetivo é auxiliar você no desenvolvimento das seguintes competências profissionais até o término desta etapa de estudos: 1. Descrever a estrutura do DNA. 2. Analisar a estrutura e morfologia do cromossomo. 3. Apontar as fases do ciclo celular. 4. Analisar as proteínas reguladoras do ciclo celular. Então? Preparado para uma viagem rumo ao conhecimento? Ao trabalho! OBJETIVOS Citogenética no Diagnóstico Laboratorial10 Estrutura do cromossomo humano e organização molecular da cromatina INTRODUÇÃO: Ao término deste capítulo você será capaz de entender como ocorre à organização do genoma humano. Isto será fundamental para o exercício de sua profissão. As pessoas que tentaram realizar as técnicas da citogenética sem a devida base tiveram problemas na resolução e no diagnóstico laboratorial das doenças genéticas. E então? Motivado para desenvolver esta competência? Então vamos lá. Avante! Estrutura do DNA Os genes podem ser estudados a partir de três pontos diferentes: o molecular, mendeliano e populacional. Do ponto de vista molecular, o gene é a sequência e DNA que contém a informação necessária para sintetizar uma molécula de RNA. Cada gene está localizado em sum sítio do cromossomo. A informação genética contida nas moléculas de DNA está localizada no núcleo da célula e a síntese proteica ocorre no citoplasma conforme mostramos na figura 1. Assim, o RNA mensageiro copia a informação presente no DNA e dirige-se até o citosol, no qual conduz a síntese da proteína. Dessa forma, no núcleo o DNA determina a sequência dos nucleotídeos do RNA mensageiro, e no citoplasma o RNA mensageiro estabelece a sequência de aminoácidos e proteínas. Figura 1: fluxo da informação genética em eucariotos Fonte: http://bit.ly/2uD3AJx Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 11 O DNA é composto de monômeros chamados de nucleotídeos. Cada nucleotídeo é composto por uma base nitrogenada, um açúcar e um resíduo de ácido fosfórico ligados de maneira covalente. As bases nitrogenadas podem ser de dois tipos: pirimidinas e purinas. As pirimidinas são compostas pela citosina (C), timina (T) e uracila (U), com a presença de um anel aromático e as purinas contém adenina (A) e guanina (G) e apresentam dois anéis aromáticos. O açúcar é uma pentose, a 2-desoxirribose que estabelece uma ligação glicosídica entre o seu carbono C-1’ e o nitrogênio N-1 das pirimidinas ou o nitrogênio N-9 das purinas, portanto uma ligação N-glicosídica e o ácidofosfórico se liga ao carbono C-5’ da pentose através de uma ligação éster. Assim, quando existe uma ligação apenas entre uma das bases nitrogenadas e a pentose, ligados de forma covalente, temos o nucleosídeo. Essa composição das bases é importante porque diferencia RNA e DNA em sua composiçãoquímica quanto a dois aspectos: o RNA possui ribose, no lugar da desoxirribose, e uracil, em vez de timina. Figura 2: DNA com as bases e as ligações de pontes de hidrogênio Fonte: http://bit.ly/2FEo4nf Os ácidos nucleicos são produzidos a partir da polimerização de nucleotídeos. A ligação ocorre entre os monômeros a partir de duas ligações éster pelo ácido fosfórico com os grupos hidroxila dos carbonos Citogenética no Diagnóstico Laboratorial12 C3’ e C5’ de nucleotídeos adjacentes que é denominada ligação 3’, 5’- fosfodiéster. A partir disso é formado o esqueleto açúcar-fosfato ou hélice, o qual apresenta polaridade, com uma extremidade 5’ que possui o grupo fosfato, e a outra extremidade 3’ que apresenta a hidroxila livre. As bases nitrogenadas se posicionam em eixos perpendiculares ao esqueleto açúcar-fosfato. Assim, o fator primordial na estrutura dos ácidos nucleicos é a sequência de bases nitrogenadas. A conformação que o DNA adota depende de vários fatores: nível de hidratação, sequência de DNA, direção e grau do superenrolamento, modificações químicas das bases, tipo econcentração de íons metálicos e presença de poliaminas em solução. Em condições fisiológicas, a maior parte do DNA de procariotos e eucariotos aparece com a forma desse modelo: uma hélice com giro para a direita (dextrógira) e entre 10 e 10,5 bases por giro, formando dois sulcos, um grande e profundo (sulco maior), outro pequeno, estreito ou raso (sulco menor). Essa estrutura pode transformar- -se no A-DNA, forma rara já conhecida quando surgiu o modelo de Watson e Crick, também dextrógira, que existe somente em condições salinas altas ou de desidratação, contendo 11 pares de bases por giro e diferindo do B-DNA por uma rotação de 20° em relação ao eixo perpendicular da hélice, o que causa mudança na aparência dos sulcos maior e menor. Figura 3: Dupla hélice do DNA com o sulco maior e menor Fonte: http://bit.ly/39VBPMn Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 13 Condensação do DNA Podemos definir o termo “condensação do DNA” da seguinte maneira: É um processo que ocorre quando a célula está próxima de se dividir. Nas células eucarióticas humanas os núcleos têm em média 10 μ de diâmetro e abrange mais de metros de DNA empacotados em 46 cromossomos. Pela razão do genoma ocupar quase todo o espaço, uma célula precisa duplicar de maneira uniforme quase todo o DNA antes de se dividir. Para que essa tarefa ocorra é necessário a compactação da cromatina. O genoma humano é constituídos por aproximadamente 3,2 x 109 nucleotídeos que estão compactados e distribuídos nos 24 cromossomos (22 autossômicos e 2 sexuais). Cada cromossomo é composto por uma única fita de DNA contínua ligada por meio de proteínas chamadas de histonas e não histonas, e esse complexo chamamos de cromatina. A unidade fundamental da cromatina é o nucleossomo que é composto de aproximadamente 146 pares de bases de DNA enoveladas ao redor de octâmero central das proteínas histonas. Há cerca de cinco tipos de HISTONAS que são chamadas de H1, H2A, H2B, H3 e H4. Figura 4: Organização de um nucleossomo formado por um octâmenro de histonas, associado à histona H1 Fonte: http://bit.ly/36KnQa4 O equilíbrio dinâmico da cromatina abrande diversos mecanismos entre os quais as modificações pós-traducionais das caudas N-terminal das histonas. Estas modificações podem resultar em transcrição ou Citogenética no Diagnóstico Laboratorial14 silenciamento gênico através da ação de enzimas capazes de acetilar, desacetilar ou transferir grupamentos metil. Assim, uma alteração na expressão dessas enzimas pode levar à carcinogênese. Centrômero DEFINIÇÃO: Centrômeros são regiões cromossômicas que têm a habili- dade de mediar a ligação dos microtúbulos ao DNA, por meio de uma estrutura proteica conhecida como cinetócoro. A região centromérica contém um núcleo central para a montagem do cinetócoro durante a divisão celular. Esse complexo vai garantir uma distribuição igual de cromossomos para as células‐filhas. O DNA nesta região é formado por sequências altamente repetitivas, que originam uma constrição no cromossomo chamada de constrição primária. Neste sítio, unem-se as cromátides-irmãs, sendo também o local onde ocorre a formação do cinetócoro. O cinetócoro é uma estrutura única que liga os cromossomos ao fuso acromático, monitora essa ligação de cada cromossomo, através do checkpoint mitótico, e une as forças do fuso acromático e das proteínas para mover os cromossomos durante a pro-metáfase e a anáfase. O segmento cromossômico situado acima do centrômero é chamado de braço curto (p – do francês, petit), e abaixo do centrômero fica o braço longo (q). Assim, os cromossomos são classificados em três tipos, conforme a posição do centrômero: metacêntrico, quando o centrômero se localiza aproximadamente na região central e divide o cromossomo em dois braços de tamanhos similares; submetacêntrico, com o centrômero fora da região central e brac ̧os ligeiramente desiguais; acrocêntrico, com o centrômero próximo da extremidade e um braço curto muito pequeno. Em metáfases de cromossomos humanos tratados com colchicina, o centrômero é visto nitidamente em todos os cromossomos. Durante a interfase, os centrômeros são vistos com coloração DAPI como estruturas brilhantes. (Ver figura 04) Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 15 Figura 5: Mudanças nos cromossomos e no conteúdo do DNA durante o ciclo celular Fonte: http://bit.ly/2sc2ZO5 A constrição secundária é observado nos braços curtos dos cromossomos acrocêntricos. Em consequência deste estreitamento, sua extremidade apresenta-se visualmente separada do restante do cromossomo, sendo por isso denominada satélite (porção de cromatina que se localiza distal à constrição secundária dos acrocêntricos humanos). Telômeros O nome telômero vem do grego e significa “parte final”. As extremidades dos cromossomos possuem uma sequência de DNA (TTAGGG) repetida muitas vezes, estas repetições, em grande parte, servem como locais para vinculação de proteínas específicas dos telômeros que impedem de obter o reparo das respostas normalmente ativadas por sequências de DNA terminais. Telômeros são estruturas localizadas nas extremidades dos cromossomos lineares, cujo encurtamento ocorrido a cada mitose pode resultar em senescência ou envelhecimento. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial16 Assim, as funções biológicas dos telômeros são a proteção dos cromossomos e das fusões das sequências finais com outros cromossomos, reconhecimento dos danos do DNA, estabelecimento de mecanismos para a replicação do DNA, contribuem para a organização funcional do cromossomo no interior da célula, participa na regulação da expressão gênica e controla a capacidade replicativa das células humanas. O tamanho dos telômeros é mantido por enzimas, chamadas de telomerases, que adicionam as repetições de seis nucleotídeos á sua extremidade. A enzima telomerase utiliza um componente interno, e também desempenha um papel importante, pois impede que as sequências teloméricas terminais se percam a cada divisão celular. No entanto, essa enzima só está ativa nas células germinativas e embrionárias. Logo, à medida que se multiplicam, as células somáticas sofrem um encurtamento de suas extremidades, devido a uma falta de atividade da telomerase. Talvez esse encurtamento funcione como um sinalizador para os mecanismos de apoptose, indicando que a célula está envelhecendo e apresenta maior possibilidade de sofrer uma alteração estrutural. SAIBA MAIS: A senescência replicativa e o envelhecimento em células humanas estão associados à ausência de atividade da enzima telomerase. Para saber mais sobre o assunto leia o artigoContribuição dos Telômeros e da Telomerase no Surgimento de Neoplasias e no Processo de Envelhecimento disponível em: https://bit.ly/2HoUSSr Características dos cromossomos humanos Os cromossomos estão localizados no núcleo. Os seres humanos possuem 46 cromossomos, divididos em 23 pares, sendo 44 autossomos e 2 sexuais. O estudo das características estruturais e numéricas dos cromossomos e ́ feito a partir da citogene ́tica. Essa técnica avalia defeitos relacionados com a estrutura cromossômica bem como a quantidade de cromossomos. A observação de cromossomos é feita por um processo chamado cariotipagem, uma palavra derivada do grego karyon, que significa “núcleo”. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 17 RESUMINDO: E então? Gostou do que lhe mostramos? Aprendeu mesmo? Agora, só para termos certeza de que você realmente entendeu o tema de estudo deste capítulo, vamos resumir tudo o que vimos. Você deve ter aprendido que o DNA é molécula chave do genoma humano. O DNA é composto de nucleotídeos, os quais são compostos por uma pentose (um carboidrato de cinco carbonos), uma base nitrogenada e grupos fosfatos. O açúcar presente no DNA é a desoxirribose. As bases nitrogenadas são classificadas em pirimidinas e purinas. As piridiminassão compostas de carbônio e nitrogênio e as purinas possuem dois anéis. As piridiminas são Citocina (C), timina (T) e uracila (U), e as purinas são adenina (A) e guanina (G). A uracila não é observada no DNA. Essas bases são complementares. Quando a célula está próxima a se dividir o DNA é condensado. Nos eucariotos, a compactação do DNA ocorre por meio da adição de proteínas chamadas de histinas, que são proteínas de carga negativa as quais enovelam o DNA. O complexo de DNA, histonas e outras proteínas estruturais chamamos de cromatina. Quando a cromatina se condensa, pode-se observar a presença de pedaços lineares e avulsos, o qual chamamos de cromossomos. Os cromossomos humanos compreendem cerca de 46 cromossomos organizados em 23 pares, e os dois membros de cada par são considerados homólogos entre si. O centrômero é a região mais condensada do cromossomo e podem ser classificadas em metacêntrico quando o centrômero está localizado exatamente no meio do cromossomo, submetacêntrico quando ele está «um pouco» afastado do centro, acrocêntrico quando o centrômero está mais próximo das extremidades do que do centro, telocêntrico - quando ele está numa das extremidades do cromossomo e acêntrico- quando ele está numa das extremidades e não possui mais genes acima deles sendo portando a extremidade final do cromossomo. E, os telômeros são estruturas responsáveis por conferir a estabilidade do cromossoma. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial18 Código genético O código gene ́tico analisa a relação entre a sequência de bases nitrogenadas do DNA e a sequência de aminoácidos na cadeia polipeptídica correspondente. A palavra-chave do código para um aminoácido consiste em uma sequência de três bases nitrogenadas adjacentes, que formam a unidade de informação genética ou códon. O código genético apresenta as seguintes características: 1. A leitura do código genético é feita em trincas de bases ou de nucleoti ́deos; 2. O código é dito degenerado ou redundante. Isso ocorre porque existem aminoácidos que são codificados por dois ou mais códons, isso é de extrema importância uma vez que o DNA possui apenas quatro bases distintas, são necessárias diversas combinações dessas bases para codificar os diferentes tipos de aminoácidos. Por exemplo, o aminoa ́cido fenilalanina pode ser codificado por dois códons diferentes: UUU e UUC. Os códons que representam os mesmos aminoácidos são denominados códons sinônimos, relacionando-se, em geral, por uma alteração de sua terceira base; a de- generação da terceira base minimiza os efeitos de possíveis mutações. 3. Ambíguo porque uma trinca só pode codificar um aminoa ́cido. A exemplo da fenilalanina que pode ser codificado por UUU e UUC e nenhum outro aminoácido pode ser codificado pela mesma trinca de aminoácidos; 4. É um código sem superposição, ou seja, uma dada base pertence a uma só trinca ou códon; 5. É, também, contínuo, não existindo espaçamento entre os códons; 6. É dito semiuniversal porque os mesmos aminoácidos são codificados com os mesmos códons em quase todos os organismos, permitindo que um RNA mensageiro seja traduzido em uma célula de outra espécie, o que possibilitou a técnica do DNA recombinante; 7. Presença de códons de iniciação e de finalização ou terminação. O início da síntese de um polipeptídio, em procariotos, é assinalado pela presença de um códon iniciador específico, que é AUG no RNA mensageiro, correspondendo ao aminoácido metionina. Há, também, Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 19 códons finalizadores ou terminadores, que indicam o término da síntese polipeptídica, como UAA, UAG e UGA, e em geral não correspondem a aminoácidos em eucariotos. O DNA nuclear dos eucariotos apresenta os seguintes tipos de sequências: DNA não repetitivo, que consiste em sequências individuais presentes em apenas uma cópia no genoma haploide; e DNA repetitivo, que abrange sequências presentes em mais de uma cópia por genoma. O DNA não repetitivo ocorre a partir de sequências individuais presentes em apenas uma cópia por genoma, contendo os genes estruturais (55 Mb) e sequências relacionadas (945 Mb). O DNA repetitivo é constituído a partir do o DNA extragênico, que abrange 2.000 Mb sem informação gene ́tica conhecida. REFLITA: É importante refletir sobre a manipulação do genoma humano, principalmente quanto ás implicações éticas. O Projeto Genoma Humano trouxe várias possibilidades, como por exemplo, a identificação de genes associados a doenças, mas modificando às vezes comportamentos ao intervir geneticamente no ser humano, trazendo benefícios ou malefícios sociais. Devido a esse grande salto surgiu o estudo do proteoma, a base dessa nova ciência é estudar as proteínas bem com as suas interações na célula, isso poderia levar ao entendimento do funcionamento do organismo bem como das células. Assim, o grande desafio é decidir o que a humanidade pretende em relação a este gigantesco salto. DNA repetitivo em tandem As repetições em tandem (nas quais o início de uma repetição ocorre imediatamente adjacente ao final de outra) consistem em muitas repetições de sequênciais de DNA não codificadoras, que podem estar concentradas em locais restritos ou muito dispersas no genoma. Pode ser dividido em três subtipos: 1. DNA satélite: O DNA sate ́lite baseia-se nos segmentos de DNA relativamente simples, curtos e altamente repetitivos, que diferem do resto do DNA pelo arranjo das bases. Na época atual o uso termo Citogenética no Diagnóstico Laboratorial20 satélite foi ampliado para descrever o DNA altamente repetitivo, cujas sequênciasdispõem-se lado a lado (em tandem), mesmo que ele não possa ser separado do restante em função de sua densidade nos gradientes. Essa característica pode ser aplicada na técnica de FISH (hibridização in situ por fluorescência). Essa é uma técnica é uma ferramenta para a citogenética molecular que utiliza sondas de DNA marcadas com fluorescência com o objetivo de detectar anomalias cromossômicas como microdeleções e rearranjos complexos. As sondas utilizadas são sequências repetitivas (DNA satélite); 2. Minissatélites são formadas a partir de duas famílias de repetições curtas em tandem. Podem ser do DNA telomérico, situado na porção terminal das extremidades cromossômicas (telômeros), consistindo em 10 a 15kb de repetições em tandem de uma sequência de DNA de 6 pb (TTAGGG); esse DNA é necessário para a integridade cromossômica na replicação e é adicionado ao cromossomo por uma enzima específica denominada telomerase ou DNA minissatélite hipervariável, que ocorre nas proximidades dos telômeros e em outros locais dos cromossomos. O DNA hipervariável está localizado, principalmente, nas proximidades dos centrômeros e, como sua herança responde às leis mendelianas, a medicina forense o utiliza quando precisa realizar estudos de paternidade ou de identidade de pessoas; 3. Microssatélites são repetições curtas em tandem(< de 10 nucleotídeos, geralmente 1 a 5 nucleotídeos), dispersas no genoma e com alto grau de polimorfismo. São conhecidas também como STRs (do inglês short tandem repeats), utilizadas como marcadores moleculares na ana ́lise genômica. ACESSE: Para entender melhor como aplicar essas técnicas na citogenética leia a tese Caracterização Genética da População do Estado de Goiás baseada em Marcadores STRs Autossômicos e do Cromossomo Y,disponível em: https://bit.ly/2U4Ru4i Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 21 DNA mitocondrial O DNA mitocondrial é uma molécula circular de fita dupla, com 16.569 pares de bases, existente no interior das mitocôndrias. A mitocôndria é formada por uma matriz limitada por duas membranas, uma externa e outra interna. Esta última apresenta dobramentos para dentro, formando cristas que aumentam internamente sua superfície total. No genoma mitocondrial humano e de outros mamíferos apresenta 13genes codificadores de proteínas, 22 genes de tRNA e 2 genes de rRNA. Os genes codificadores de proteínas encontram-se no complexo citocromo-c-oxidase (subunidades 1, 2 e 3) e nas regiões do citocromo b e das subunidades 6 e 8 do complexo da ATPase. Por meio de densidade, pode ser diferenciada uma fita simples leve (L) de uma pesada (H), na qual se encontra a maioria dos genes. Os genes mitocondriais utilizam um código genético diferente do usado pelos genes nucleares; em mamíferos, UGA para trp, AUA para met e AGA/ AGG como códon de finalização. IMPORTANTE: É importante sinalizar que a taxa de mutação do DNA mitocondrial é quase 20 vezes maior do que a do DNA nuclear, isso pode ocorrer devido à grande produção de radicais livres de oxigênio (mutagênicos). É importante analisar o DNA mitocondrial porque existe uma gama de doenças genéticas que são herdadas a partir do DNA mitocondrial, ou seja da mãe. Os bilhõess de moléculas do DNAmt de qualquer indivíduo são geralmente idênticos e de herança materna, pois o espermatozoide contém escasso citoplasma, com poucas mitocôndrias; portanto, uma doença causada por mutação no DNAmt é herdada exclusivamente da mãe, a exemplo temos oftalmoplegia externa progressiva crônica, síndrome de Kearns-Sayre, neuropatia óptica hereditária de Leber, síndrome da epilepsia mioclônica com fibras vermelhas esgarçadas (EMFVE), síndrome da encefalomiopatia mitocondrial, acidose láctica e episódios parecidos com acidentes vasculares (EMALAV), entre outras. file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250776_pt file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250776_pt file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250761_pt file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250771_pt file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250766_pt file:////pt-br/profissional/pediatria/disfunções-metabólicas-hereditárias/distúrbios-da-fosforilação-oxidativa-mitocondrial%23v25250766_pt Citogenética no Diagnóstico Laboratorial22 A severidade de uma doença causada por uma mutação no DNA mitocondrial depende do tipo de mutação e da proporção entre as molculas de DNAmt mutado e não mutado em um certo tipo celular. Por vezes, quando são detectadas mutações no DNA mitocondrial, as clulas podem conter uma mistura de moléculas de DNAmt selvagem ou mutado, caracterizando a condição chamada de heteroplasmia. Cada vez que uma célula de mamífero se divide, moléculas de DNAmt selvagens ou mutadas vão segregar ao acaso para as células filhas. Assim, o genótipo em relação ao DNAmt pode se modificar entre uma divisão celular e outra, e entre uma geração e outra. O acaso pode fazer com que se estabelec ̧am linhagens predominantemente portadoras de DNA mutado ou predominantemente selvagens. Uma vez que todas as enzimas necessárias para a replicação do DNA mitocondrial são codificadas pelo DNA nuclear, mutações no DNA mitocondrial em teoria não afetam sua capacidade de replicação. Ao contrário, foram descritos casos em que grandes deleções do DNA mitocondrial acarretaram vantagem replicativa. ACESSE: Estude sobre as doenças relacionadas com o DNA mitocondrial no artigo Análise das Doenças Relacionadas ao Dna Mitocondrial: Uma Revisão da Literatura. Disponível em: https://bit.ly/2ZroYir Replicação do DNA A replicação do DNA é um processo que ocorre após o processo de divisão celular. A replicação do DNA ocorre a partir da separação das duas fitas parenterais, após são produzidas duas novas fitas, tendo as parentais como molde. Assim, cada nova molécula de DNA contém uma fita parental e uma fita recém-sintetizada, por isso a replicação do DNA é dita semiconservativa. Nesse processo estão envolvidas várias proteína e enzimas que atuam no processo de forma ordenada garantindo fidelidade. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 23 Figura 6: Replicação semiconservativa do DNA Fonte: http://bit.ly/2uzlVXL As regiões de fita simples são feitas com a ajuda das proteínas de ligação de fita simples (SSB) que protegem essas regiões de sofrer hidrólise pelas nucleases. Para aliviar a tensão provocada pela torção da cadeia dupla durante o seu desenrolar pela helicase, a enzima DNA topoisomerase I se liga com a cadeia parental a montante da helicase. Esta enzima cataliza quebras transitórias das ligações fosfodie ́ster em um dos filamentos fornecendo um eixo de rotação que permite que os segmentos de DNA em lados opostos da quebra girem independentemente, com o filamento intacto servindo como eixo. As topoisomerases I são bastantes eficazes, pois armazenam a energia resultante da clivagem das ligações fosfodiéster para serem reaproveitadas para recompor o filamento. As DNA polimerases catalisam a adição de nucleotídeos ao filamento em crescimento da extremidade 5’ para a 3’. No terminal 5’ do açúcar há um grupo fosfato e no 3’ existe uma hidroxila livre onde se estabelece a ligação fosfodiéster com o nucleotídeo que está sendo incorporado. As DNA polimerases, para realizarem o processo de polimerização, necessitam também dos quatro desoxirribonucleotídeos trifosfato (dTTP, dATP, dGTP e dCTP) e de Mg2+. A DNA polimerase III e ́ um complexo enzima ́tico com 10 subunidades responsa ́vel pela polimerização 5’→3’ da fita de DNA recém-formada. Esta holoenzima apresenta, ainda, a atividade 3’→5’ exonucleásica que permite que nucleotídeos incorretos adicionados Citogenética no Diagnóstico Laboratorial24 sejam prontamente removidos, um por vez, durante a replicação e substituídos por nucleotídeos corretos, mecanismo de revisão e reparo. A DNA polimerase I tem a função de reparar e remendar o DNA danificado e para tanto apresenta as atividades; polimerásica 5’→3’ e exonuclea ́sica 3’→5’ e 5’→3’, esta última permite que vários nucleotídeos sejam removidos durante o reparo. Durante o processo de replicação do DNA, uma das fitas novas é formada continuamente na direção 5’→3’ (fita li ́der) e a outra de maneira descontínua e no sentido inverso para manter a mesma direção 5’→3’ (fita retardatária). A fita descontínua é replicada através de fragmentos de Okasaki (1000 a 2000 nucleotídeos). Cada um desses fragmentos apresenta, além do DNA recém sintetizado, um RNA iniciador que será substituído por desoxirribonucleotídeos pela DNA polimerase I e a DNA ligase reconstituirá a nova fita. O filamento líder possui apenas um RNA iniciador que também será substituído pela DNA polimerase I. RESUMINDO: O DNA é uma molécula responsável por armazenar e transmitir as informações genéticas. Além disso, O DNA é o molde da molécula do RNA. Assim, o DNA coordena a síntese do RNA e o RNA comanda a síntese de proteínas. A replicação do DNA é semiconservativa. Cada fita na dupla hélice atua como modelo para a síntese de uma nova fita complementar. As enzimas responsáveis pelo processo de replicação são: DNA polimerases, que necessitam de um molde e um primer (iniciador) e sintetizam DNA na direção 5’ para 3’. E além dessas enzimas, são importantes a DNA polimerase, incluindo DNA primase, DNA helicase, DNA ligase, e topoisomerase. Existem tipos de DNA como o TANDEM e o mitoxondrial. O DNA TANDEM são repetições de sequênciais de DNA não codificadoras, que podem estar concentradas em locais restritos ou muito dispersas no genoma e podem ser subdivididos em DNA satélite, microssatélite e microssatélites. E, o DNA mitocondrial está presente nas mitocôndrias, e é passado maioritariamente de mãe para filho na grande maioria dos organismos multicelulares, por isso as doenças mitocôndriassão herança materna. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 25 Ciclo celular A divisão celular ocorre a partir de uma sequência de eventos na qual o crescimento da célula ocorre pela replicação de todos os seus componentes, com a posterior divisão em duas células‐filhas. O ciclo celular é composto por três fases: intérfase, nessa fase ocorre o crescimento da célula bem como o reparo para a próxima fase. Fase mitótica, também conhecida como a fase M ocorre a separação dos cromossomos da célula mãe e a citocinese, na qual ocorre o rompimento das membranas plasmáticas e a finalização do processo celular, dando origem a duas células-filhas. Nessas fases são avaliados os erros nos processos que podem levar à célula ao processo de apoptose ou no desenvolvimento de células tumorais. A ce ́lula passa a maior parte do tempo em intérfase, mas através de sinais químicos externos (hormônios e fatores de crescimento) ou internos (ciclinas e quinases – CDKs), a célula é sinalizada para entrar em divisão. Estes sinais que controlam o ciclo provêm de fora para dentro da célula, pois os fatores de crescimento liberados ligam-se aos receptores de membrana das células-alvo e estes vão estimular a produção de sinalizadores intracelulares, ativando a cascata de fosforilação intracelular e induzindo a expressão de genes que são essenciais para o controle do ciclo celular (composto por CDKs e ciclinas, descritas em detalhe no capi ́tulo de controle do ciclo celular). O tempo médio para a divisão celular depende de fatores relacionados com a célula e com as condições fisiológicas como idade celular, disponibilidade de hormônios, fatores de crescimento, temperatura, pressão osmótica, pressão hisdrostática e pressão do oxigênio externo e o ritmo circadiano. A interfase é a fase mais longa do ciclo celular. Está dividida em três fases: G1,S e G2. A fase G1 é caracterizada pela intensa produção de síntese enzimática, já na fase S se caracteriza a duplicação do material genético, bem como peloaumento da quantidade DNA, o que favorece que cada cromossomo apresente uma cromátide irmã. Também na fase S, se inicia a duplicação dos centrossomas e o início dos movimentos para os polos da célula. Já na fase G2 ocorre uma síntese de proteínas e um rápido crescimento celular, o que prepara a células para a fase mitótica. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial26 O deslocamento dos centrossomas ocorre através de dineínas e cinesinas. As cinesinas são motores protéicos que tem a capacidade de locomoção usando os microtúbulos e a dineína é uma proteína motora responsável pelos deslocamentos de organelas no citoplasma. Logo após a duplicação, os centrossomas começam a produção dos fusos astrais. Esses se juntam com as dineínas e promovem o deslocamento do centrossoma para os polos. Após se associam com as cinesinas para auxiliar no deslocamento.Quando o centrossoma já estiver em sua devida posição, o fuso astral se liga com cinesina fazendo uma força contrária à tendência de movimento, fazendo com que o centrossoma pare em determinada posição). No estágio G0 a célula entra num estágio de repouso e não entra em processo de divisão celular. Figura 07: Fases da mitose e meiose da célula Fonte: http://bit.ly/2R03KlE Na pesquisa, é utilizado a PHA (Fitohemaglutinina ) é um mitógeno utilizado para estimular os linfócitos T para o cariótipo constitucional. A fitohemaglutinina (PHA) é derivada de extratos de sementes de Phaseolus vulgaris. Trata-se de uma glicoproteína que se liga às membranas das células e altera suas propriedades. A PHA altera a permeabilidade da membrana, levando a uma captação molecular aumentada, que, em retorno, ativa a síntese macromolecular, levando a célula a entrar no ciclo celular. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 27 Reguladores do ciclo celular O sistema controle do ciclo celular ativa as enzimas e proteínas responsáveis por checar todo o processo de divisão do ciclo celular. Esse processo é importante porque assegura que cada estágio do ciclo termine antes de iniciar o próximo: deve haver certeza, por exemplo, que a replicação do DNA foi completada somente uma vez antes do início da mitose, que a mitose tenha terminado antes da divisão da célula em duas e que outro processo de replicação do DNA não ocorra até que a célula tenha sofrido mitose e atingido um tamanho apropriado. As proteínas quinases dependentes de ciclinas (Cdks) são responsáveis por impulsionar os eventos do ciclo celular nas células eucarióticas, além de determinar o tempo em que cada um deve ocorrer. Além disso, atuam coordenando os eventos do ciclo celular em face da mudança ambiental ou de falha mecânica. Cada ciclina está associada a uma determinada fase, transição, ou conjunto de fases no ciclo celular e ajuda a conduzir os eventos dessa fase ou período. RESUMINDO: Nas células eucarióticas, ou células com núcleo, os estágios do ciclo celular são divididos em duas fases principais: interfase e a fase mitótica (M). Durante a interfase, a célula cresce e faz uma cópia de seu DNA e durante a fase mitótica (M), a célula separa seu DNA em dois conjuntos e divide seu citoplasma, formando duas novas células. Para que a divisão seja iniciada, três etapas são fundamentais: fase G1 onde ocorre o crescimento celular com intensa produção enzimática, na fase S ocorre duplicação do material genético e aumento do DNA e duplicação dos centrossomas, nesse momento ocorre a mudança dos centrossomas para os pólos da célula e na fase G2 ocorre uma intensa síntese enzimática, crescimento celular e preparação para a fase mitótica. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial28 Figura 8: As ciclinas no ciclo celular Fonte: http://bit.ly/37UBJD2 Para que a ativação das CDK ocorra são necessários dois eventos. O primeiro evento é a ligação com uma molécula reguladora positiva, a ciclina;20, 21 e o segundo, a fosforilação de um resíduo de treonina (Thr160 em CDK2) localizado na alça conhecida como segmento de ativação. O ciclo celular é composta das fases G1 (intervalo, gap 1), fase em que a célula se prepara para síntese do DNA; s (síntese), estágio no qual o DNA é replicado; G2 (gap 2), fase na qual a célula se prepara para a mitose; m (mitótica), fase onde a célula passa por diversas transformações que resultam na divisão do núcleo (mitose) e divisão do citoplasma, ou seja, a formação de duas células filhas (citocinese). A CDK4/ciclina (Cyc)D e CDK6/CycD são responsáveis pela progressão na fase G1 enquanto que a CDK2/CycE é necessária para a progressão da fase G a S; CDK2/CycA para a transição de S; a CDK1/ CycB é responsável para a transição G /M. (ver figura 08). Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 29 Figura 9: Ciclinas e sua dinâmica no ciclo celular Fonte: http://bit.ly/309WBna Para o progresso do ciclo célula é necessário que uma ciclina ative ou desative proteínas alvo dentro da célula. Os eventos subsequentes são realizados associando-se a uma família de enzimas chamada quinases dependentes de ciclinas (Cdks). A enzima Cdk sozinha fica inativa, porém a ligação com uma ciclina a ativa, tornando-a uma enzima funcional e permitindo que ela modifique proteínas alvo dentro da célula. As CDks são quinases, enzimas que fosforilam, ou seja, ligam gupos fosfatos a proteínas alvo específicas. Uma vez ligados, o grupo fosfato torna a proteína alvo mais ou menos ativa. Quando ocorre a ligação da ciclina com uma CdK há a ativação da CdK como uma quinase e ocorre o direcionamento da CdK para proteínas alvo. A exemplo temos as Ciclinas G start subscript, 1, end subscript/S enviam Cdks para alvos da fase S (promovendo, por ex., a replicação do DNA ), enquanto ciclinas M enviam Cdks para alvos da fase M (fazendo a membrana nuclear se romper). Fatores de crescimento são responsáveis por aumentar a atividade de Cdks e ciclinas, enquanto danos ao DNAlevam a uma diminuição ou bloqueio da atividade enzimática. Os danos ao DNA podem acontecer por fatores exógenos como a exposição aos raios ultravioletas. Por isso, existe uma proteína chamada de P53 que é responsável por checar e impedir que o dano seja levado adiante no ciclo celular. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial30 Fatores como genética, interação da P53 com proteínas virais e interação da P53 com outras proteínas do ciclo celular podem induzir uma perda de função dessa proteína. As mutações genéticas podem ser do tipo mutação pontual. (Missense), deleção gênica (Non Sense) de um ou dois alelos do gene p53 e inserção de nucleotídeos na sequência de DNA. Essas mutações podem ocorrer entre os códons 120 e 290, situados entre os éxons 5 e 9, que são considerados sítios quentes (hot spots) de mutação, e por isso podem resultar na transcrição de uma proteína não funcional. A deleção gênica pode gerar uma transcrição de códon de parada prematuro da proteína. Nesses casos uma mutação no gene P53, quer seja pontual ou não, pode alterar de forma relevante a função dessa proteína levando ao estado de incapacidade da parada do ciclo celular e disparo de mecanismo de apoptose. Uma das formas de avaliar a mutação da P53 é utilizar a citometria de fluxo como ferramenta diagnóstica ou a imunohistoquímica, uma vez que essa técnica permite identificar as células tumorais. RESUMINDO: O ponto de checagem ocorrem nos diversos estágios do ciclo célula e tem como principal objetivo identificar erros e reparar os mesmos, entretanto, quando esse erro não pode ser corrigido a célula pode entrar em apoptose. Os pontos de checagem ocorrem nos pontos G1 em transição para a fase S, na transição da G2 para M e na transição da metáfse para anáfase. As proteínas quinases dependentes de ciclinas (Cdks) são responsáveis por impulsionar os eventos do ciclo celular nas células eucarióticas, além de determinar o tempo em que cada um deve ocorrer. O ciclo celular passa pelas fases G0, G1, S, G2 e M para completar a divisão celular. A progressão é regulada pela expressão e ativação das proteínas do ciclo celular, incluindo ciclinas, CDKs e CDIs. O ciclo celular se inicia pela elevação da ciclina D, que interage com as CDK4 e CDK6 formando o complexo ciclina D- CDK4/6 que age fosforilando a Rb e liberando a E2F, evento que ativa a transcrição do DNA. A progressão do ciclo celular pode ser bloqueada pela ação de inibidores endógenos, membros das CDIs, e por alguns bloqueadores exógenos, que atuam em diferentes pontos do ciclo celular. Além dessas, ainda há a p53 que é responsável por checar e impedir que o dano seja levado adiante no ciclo celular. Citogenética no Diagnóstico Laboratorial 31 BIBLIOGRAFIA ARRUDA, Jalsi Tacon et al. Proteína P53 e o câncer: controvérsias e esperanças. Estudos Goiânia, Goiânia, v. 35, n. 1, p. 123-141, 01 fev. 2008. SILVA, Bárbara V. et al. Proteínas quinases: características estruturais e inibidores químicos. Quim. Nova, Rio de Janeiro, v. 32, n. 1, p. 453-462, 05 fev. 2009. FARRELL, S. O.; CAMPBELL, M. K. Bioquímica. 5ª ed. São Paulo, Thomson, 2007. CHAMPE, P.C.; HARVEY, R.A.; FERRIER, D.R. Bioquímica Ilustrada. 4a ed. Rio Grande do Sul, Artmed, 2009. SNUSTAD, D.P. Fundamentos de Gené ́tica. 4a ed. Rio de Janeiro, Guanabara Koogan, 2008. GRIFFITHS, A.J.F. Introdução a Genética. 9 ed. 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