Proteômica Maria Eduarda Nazzari

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TGAD862BMO/1 – Biologia Molecular
Prof. Dr. Alexandro Cézar Faleiro
Aluno (a): Maria Eduarda Ribeiro Nazzari.
1. A proteômica, utilizando a eletroforese bidimensional (2-D) e associada à espectrometria de massa, é uma técnica de ampla aplicação, tanto para estudos em animais quanto em vegetais. Os estudos utilizando esta técnica podem ter diversos objetivos e, embora exija um enorme trabalho analítico por parte do pesquisador, fornece um grande número de resultados os quais podem auxiliar na explicação de diversos fenômenos biológicos.
Proponha um projeto de pesquisa utilizando a proteômica e a espectrometria de massa para o estudo de uma doença em humanos. A proposta de projeto deverá conter:
Embasamento teórico da técnica em si (10 a 20 linhas); (1,0)
Justificativa (10 a 15 linhas); (1,0)
Objetivo geral; (0,5)
Objetivos específicos (2 a 3); (0,5)
Metodologia (10 a 20 linhas); (0,5)
Resultados esperados (máximo de 10 linhas); (1,0)
Bibliografia (pelo menos, 4 referências) (0,5)
2. Para a compreensão dos resultados obtidos através da espectrometria de massa, vários conceitos são de grande importância para a compreensão e correta interpretação dos resultados. Conceitue os termos a seguir relacionados a uma sequência polipeptídica: (2,5 - 0,5 cada).
Similaridade: é uma medida em que se considera a probabilidade do alinhamento ter ocorrido pelo acaso (softwer e-value). Levando em conta os outros possíveis alinhamentos, além da forma da expressão em que duas sequências polipeptídicas são semelhantes.
Identidade: esta relacionada com o número que indica a quantidade de nucleotídeos que estão alinhados, tratando da composição do polipeptídio que servira como referência para de uma possível identificação da própria proteína ou molécula.
Cobertura: esta relacionada ao quanto de uma proteína é coberta por certos graus de similaridade comparando com a outra.
Score: É uma técnica de processamento do sinal chamada auto correlação é usada a fim de determinar matematicamente a sobreposição entre o espectro teórico, derivado de cada sequência obtida no banco de dados em questão, e o espectro experimentalmente obtido. O resultado de tal sobreposição é expresso quantitativamente em termos de um score para cada peptídeo (Xcorr). De forma simplificada o score representa a fidelidade de nosso alinhamento com cada sequência encontrada.
E-value: O e-value mede a probabilidade de que o alinhamento entre nossa sequência e a sequência encontrada tenha sido ao acaso. Um e-value = 0.0 significa que esta possibilidade é nula. Um e-value <-100 é ainda quase zero, para todos os efeitos. Consideramos um alinhamento significativo quando este e-value < -20, ou seja, -30, -40 ou qualquer outro valor menor ainda que isso.
3- Agora, com base nos conceitos acima, observe a tabela na página a seguir, assinale quais das proteínas listadas podem ser utilizadas como um resultado confiável e explique o porquê. (1,0 – 1,5).
Porque de acordo com os conceitos acima o valor mostrado por e-value score que corresponde a uma probabilidade de se obter com outra sequencia aleatória de mesmo tamanho e composição além de um outro alinhamento com score igual ou maior, e como pesquisa foi realizada percebe-se que quanto mais próximo de zero maior a certeza ou seja, torna mais significativo. As proteínas que serão utilizadas são: Unknowm com o e-value igual a: 0.067; Putative membrane protein com e-value a: 0.082.
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Proteins identified by mass spectrometry from 2DE maps of maize roots inoculated with Azospirillum brasilense strain FP2 and maize control roots.
a. Spot ID from gel
b. Accession number from NCBI database (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)
c. MASCOT protein score from MS analysis.
d. Protein coverage in % of protein length.
e. Ratio %volume of spots in Inoculated Root/ %volume of spots in Control Root