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Heredograma Para entendermos melhor a genética, podemos representar determinadas características em heredogramas. Um heredograma é uma árvore genealógica que mostra uma história familiar. Nos heredogramas é representado apenas o fenótipo do indivíduo, e cabe a nós descobrir se é um caráter dominante ou recessivo, e se os indivíduos representados são homo ou heterozigotos. Primeiramente temos que entender melhor a diferença entre homozigotos e heterozigotos. Homozigotos são os indivíduos que apresentam alelos iguais para determinada característica, podendo ser homozigoto dominante quando os dois alelos são dominantes ou homozigoto recessivo quando os dois alelos presentes são dominantes. Heterozigotos são os indivíduos híbridos, que apresentam um alelo dominante e um alelo recessivo. Agora temos que saber também o que é um caráter dominante ou recessivo. Vocês se lembram da aula da 1ª lei de Mendel? Naquele caso o caráter semente amarela era dominante sobre o caráter semente verde. Um caráter dominante está presente em todas as gerações, pois a presença do alelo dominante já significa a manifestação do fenótipo associado. Já um caráter recessivo pode pular gerações, pois a presença de um alelo em um indivíduo pode passar despercebido por estar mascarado pelo alelo dominante. Vamos alguns exemplos para esclarecer o assunto. Abaixo está o heredograma de uma família representando uma doença hereditária. Ela é dominante ou recessiva? Pelo heredograma podemos dizer que a doença em questão (em preto) é dominante, pois está presente em todas as gerações. Podemos observar que a característica normal pula gerações, surgindo no indivíduo 14 que possui pais com a doença, mostrando que o normal é o recessivo. Podemos inferir então que os indivíduos 1, 4, 7, 12 e 13 são heterozigotos, pois só assim é possível que haja filhos homozigotos recessivos, já que é necessário um alelo recessivo vindo de cada parental. Vamos a outro exemplo. A característica abaixo é dominante ou recessiva? A característica é recessiva, pois ela “surge” de pais que não possuem o fenótipo em questão, mas que carregam os alelos recessivos. Por isso podemos dizer que os indivíduos 1, 2, 3 e 4 são heterozigotos. Todos os indivíduos afetados são homozigotos recessivos. Será que você já está craque em decifrar heredogramas? A doença abaixo,é de caráter dominante ou recessivo? Se você pensou dominante, acertou! Porque filhos afetados possuem sempre pais afetados e, portanto, a característica não “pula” gerações. Algumas características já sabemos “de cara” que são dominantes simplesmente pela observação cotidiana, como por exemplo cabelo crespo é dominante sobre cabelo liso, pele pigmentada é dominante dobre pele albina, destro sobre canhoto, assim como muitas outras. Todos os exemplos são de doenças ou características monogênicas, ou seja, que são causadas por um único gene, e que possuem somente dois alelos envolvidos. Existem heredogramas mais sofisticados, que consideram mais genes ou mais alelos, mas vamos deixar esse assunto para uma próxima aula. Marcadores Moleculares A idéia de que os cromossomos contêm as unidades informacionais transferidas de uma geração para a outra foi proposta ainda no século XIX. Entretanto, a identificação e descrição do DNA como a molécula que contém esta informação só ocorreu na primeira metade do século XX. Cada cromossomo contém uma longa e única molécula de DNA, além de proteínas que atuam no empacotamento desta molécula. As tecnologias de análise molecular da variabilidade do DNA permitem determinar pontos de referência nos cromossomos, tecnicamente denominados “marcadores moleculares”. Figura. 1. Dogma Centra da Biologia Molecular, evidenciando a influência direta do DNA no fenótipo. Por marcador molecular define-se todo e qualquer fenótipo molecular oriundo de um gene expresso, como no caso de isoenzimas, ou de um segmento específico de DNA (correspondentemente a regiões expressas ou não do genoma). Marcadores isoenzimáticos são muitas vezes chamados de marcadores bioquímicos. A sequência de nucleotídeos e a função de um marcador molecular podem ou não ser conhecidas e, em geral, são desconhecidas. Ao se verificar o seu comportamento de acordo com as leis básicas de herança de Mendel, um marcador molecular é adicionalmente definido como marcador genético. Isto é feito, por exemplo, através do estudo do comportamento do marcador em uma população segregante. Portanto, é importante enfatizar que o simples fato do marcador ser DNA, ou produto da transcrição e tradução de uma sequência de DNA, não implica em que se constitua em um marcador “genético”, como freqüentemente se supõe. Até meados da década de 60, os marcadores utilizados em estudos de genética e melhoramento eram controlados por genes associados a caracteres morfológicos, em geral fenótipos de fácil identificação visual, como nanismo, deficiência clorofílica, cor de pétala ou morfologia foliar. Marcadores morfológicos contribuíram significativamente para o desenvolvimento teórico da análise de ligação gênica e para a construção das primeiras versões de mapas genéticos. Entretanto, o pequeno número de marcadores morfológicos distintos em uma mesma linhagem reduzia a probabilidade de se encontrar associações significativas entre estes marcadores e caracteres de importância econômica através do estudo de populações segregante. Portanto, só ocasionalmente é que marcadores morfológicos ligados a genes de importância econômica eram identificados, limitando seu emprego em programas de melhoramento. Além disso, a disponibilidade de marcadores morfológicos era essencialmente restrita às poucas espécies de plantas utilizadas como sistemas modelo para o estudo da genética, tais como milho, tomate e ervilha, onde a intensidade de estudos e disponibilidade de informações genéticas eram maiores. A revolução neste quadro iniciou-se com o desenvolvimento de marcadores isoenzimáticos. O número de marcadores genéticos foi ampliado em pelo menos uma ordem de magnitude, e a aplicabilidade da técnica passou a incluir potencialmente todas as espécies de plantas. Com o advento das técnicas modernas da biologia molecular, surgiram diversos métodos de detecção de polimorfismo genético diretamente ao nível de DNA. Inicialmente, a utilização de enzimas de restrição permitiu a análise de comprimento de fragmentos de restrição de DNA (RFLP – Grodzicker et al., 1974). Mais recentemente, o desenvolvimento do processo de amplificação em cadeia utilizando uma DNA polimerase (PCR – Mullis & Faloona, 1987; Saik et al., 1988) levou à descrição de outras classes de marcadores moleculares. Aliadas às técnicas de clonagem e seqüenciamento de DNA, estas metodologias têm possibilitado um rápido acúmulo de informações sobre a estrutura de genomas eucariotos. A disseminação do seu uso contribuiu para a descoberta e estudo de diversas classes de seqüências repetitivas de DNA, chamadas de mini e microssatélites, outra rica fonte de polimorfismo genético. Hoje, um número ilimitado de marcadores moleculares altamente polimórficos pode ser obtido em qualquer organismo vivo. Algumas das vantagens de marcadores moleculares sobre marcadores morfológicos: (1) Muito esforço e planejamento são necessários para se construir um mapa a partir de marcadores morfológicos uma vez que um número reduzido de marcadores por linhagem restringe a cobertura de genoma. Por outro lado, um grande número de locos de marcadores moleculares pode ter seus alelos estudados em populações segregantes de cruzamentos específicos. (2) Marcadores moleculares são, em geral, neutros em relação a efeitos fenotípicos, commínimo ou nulo efeito epistático ou pleiotrófico. Enquanto os morfológicos muitas vezes coíbem ou restringem o desenvolvimento normal da planta (albinos, mutantes clorofílicos), e seu controle genético pode afetar, ou ser afetado, por genes controlando outros caracteres, dificultando a caracterização dos genótipos. (3) Em geral os marcadores moleculares são co-dominantes, contendo maior quantidade de informação genética por loco. Já os marcadores morfológicos são em sua maioria dominantes ou recessivos. Além destes aspectos, os marcadores morfológicos apresentam ainda a desvantagem de serem somente identificados ao nível de planta adulta. Entretanto os moleculares podem ser utilizado sem qualquer estágio de desenvolvimento da planta, desde que suficiente DNA possa ser obtida. A identificação de genótipos em estágios iniciais de desenvolvimento da planta abre a possibilidade de acelerar o processo de seleção e recombinação dos indivíduos desejados, reduzindo o tempo necessário para completar uma geração de melhoramento, o que aumenta consideravelmente a eficiência do programa. Atualmente se dispõe de um grande arsenal de métodos para a análise de marcadores moleculares, entretanto, falaremos apenas sobre aqueles que são mais empregados. A maioria dos métodos de detecção de polimorfismos moleculares emprega a técnica de eletroforese, cujos princípios estão ilustrados na figura abaixo: Principais Classes de Marcadores Moleculares para Análise Genética Atualmente, existe grande número de tecnologias de genética molecular que pode ser utilizada para fornecer informações úteis aos estudos genéticos e no melhoramento genético de plantas e animais. Cada tecnologia apresenta vantagens e desvantagens. O uso de uma ou de outra vai depender, entre outros fatores, do objetivo do estudo, da infraestrutura disponível, dos recursos financeiros para o investimento, da disponibilidade de recursos humanos com treinamento apropriado e nível de conhecimento da genética molecular da espécie a ser estudada. Isoenzimas O termo isoenzimas define um grupo de múltiplas formas moleculares da mesma enzima que ocorre em uma espécie, como resultado da presença de mais de um gene codificando cada uma das enzimas (Moss, 1982). O princípio básico da técnica reside no uso de eletroforese em geral de amido (Smithies, 1955) e na visualização do produto enzimático por métodos histoquímicos (Hunter & Markert, 1957). A difusão de seu uso ocorreu através do desenvolvimento de métodos eficientes para visualização do produto enzimático e da aplicabilidade imediata encontrada em várias áreas de biologia. As isoenzimas têm sido utilizadas no estudo de dispersão de espécies, na análise de filogenias, no melhoramento de plantas, possibilitando a detectação de ligação gênica com caracteres mono e poligênicos, identificação de variedades, na seleção indireta de caracteres agronômicos, introgressão gênica e avaliação germoplasma. Base genética dos marcadores isoenzimáticos: As isoenzimas desempenham a mesma atividade catalítica, mas podem ter diferentes propriedades cinéticas e ser separadas por processos bioquímicos. O número de isoenzimas de uma determinada enzima está relacionado ao número de compartimentos subcelulares onde a mesma reação catalítica é realizada (Gottlieb, 1982). A premissa básica adotada ao se utilizar dados enzimáticos é que diferenças na mobilidade de isoenzimas em um campo elétrico são resultantes de diferenças ao nível de seqüencias de DNA que codificam tais enzimas. Assim, se os padrões de bandas de dois indivíduos diferem, assume-se que estas diferenças possuam base genética e sejam herdáveis (Murphy et al., 1990). Para interpretar os padrões de bandas resultantes, é importante ter um conhecimento prévio sobre o número de subunidades da enzima – enzimas monoméricas são formadas por um polipeptídeo, enquanto as diméricas por dois. Indivíduos heterozigotos para uma enzima dimérica, além de duas bandas correspondentes aos dois polipeptídeos, apresentam uma terceira banda intermediária, produto da conjugação dos dois polipeptídeos. É comum observar-se mais de um loco gênico em um mesmo gel, e a migração das bandas de cada loco é visualizada em zonas diferentes. As subunidades de uma enzima podem ser codificadas por locos genéticos distintos, tornando mais complexa à análise do padrão de bandas isoenzimáticas. Detecção de marcadores isoenzimáticos: Envolve basicamente três etapas: extração de proteínas do tecido vegetal, separação destas proteínas através de eletroforese e coloração histoquímica do gel, o que permite a visualização do produto em forma de uma “banda”. Uma vez identificado o tecido, este é macerado na presença de um tampão que permita a extração das proteínas, a manutenção de sua atividade catalítica e a prevenção de oxidação de compostos fenólicos associados. O extrato é então separado em gel de eletroforese. Após a eletroforese, as isoenzimas são visualizadas através de corantes histoquímicos específicos, os quais fornecem um sub strato para as enzimas. A eletroforese é uma entre várias formas de caracterização de isoenzimas e muitas variações podem não ser detectadas por esta técnica. Vantagens e limitações dos marcadores isoenzimáticos: Geralmente fornecem ampla informação genética para diversas aplicações, sua técnica é relativamente barata acessível. Embora em número limitado, vários locos isoenzimáticos podem ser analisados rápida e simultaneamente. Por isso, mesmo hoje, com técnicas mais modernas, as isoenzimas continuam sendo uma classe de marcadores muito útil para análises genéticas que não requeiram uma amostragem ampla do genoma. Alelos isoenzimáticos são co-dominantes, isto é, genótipos heterozigotos e homozigotos de um determinado loco são facilmente identificados, permitindo estimar parâmetros tais como frequências genotípicas e alélicas e a partir destes, coeficientes de diversidade gênica e heterozigosidade. Porém, quando a investigação requer uma cobertura mais ampla do genoma, como no caso de mapeamento genético ou caracterização detalhada de germoplasma, as isoenzimas apresentam duas limitações básicas: o número total de locos que podem ser detectados no genoma e o número de alelos por loco, isto é, o nível de polimorfismo genético detectável em cada loco. Outras limitações das isoenzimas como marcadores dizem respeito a: modificações pós-tradução das enzimas, produzindo as “isoenzimas conformacionais”, as quais diferem em estruturas secundárias e terciárias; polimorfismo enzimático em resposta a condições ambientais; diferenças na atividade isoenzimática associadas a estágios diferentes de desenvolvimento; dentre outras. Figura 4. Eletroforese de Isoenzimas. A identificação dos alelos isoenzimáticos em gel de eletroforese é feita através da visualização do produto (muitas vezes indiretos) da reação por eles catalisada. A enzima resulta da transcrição e tradução da informação contida na fita do DNA. Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição - RFLP Por RFLP entende-se o polimorfismo no comprimento de fragmentos obtidos por corte da fita dupla de DNA, que é evidenciado pela fragmentação do DNA através do uso de enzimas de restrição e observado por hibridização destes fragmentos com sequências homólogas de DNA marcadas com radioatividade ou compostos que desencadeiam uma reação de luminescência. Para que o polimorfismo seja detectado, é necessário que as sequências de nucleotídeos nas fitas de DNA de dois ou mais indivíduos comparados sejam distintas. Há 25 anos os marcadores RFLP foram estudados pela primeiravez em um experimento destinado à detectação de mutações em DNA de vírus (Grodzicker et al., 1974). Em pouco tempo estes marcadores tornaram-se ferramenta importante em várias áreas de biologia e têm sido utilizados para aprofundar o conhecimento de diferentes temas biológicos. Base genética dos marcadores RFLP: O polimorfismo observado na técnica de RFLP ocorre porque o DNA de indivíduos geneticamente distinto difere na sequência de nucleotídeos ao longo da fita. A presença ou ausência de sequências específicas de 4 a 8 pares de bases, reconhecidas e clivadas pelas enzimas de restrição, pode variar entre diferentes indivíduos, gerando polimorfismo. Ao ser submetido à clivagem com uma enzima de restrição, o DNA de indivíduos geneticamente distintos é cortado nos sítios de restrição, gerando fragmentos de diferentes tamanhos. A base genética do polimorfismo observado resulta de mutações nos sítios de restrição, deleções e rearranjos entre os sítios. Obtenção de sondas para detecção dos marcadores RFLP: Os clones a serem utilizados como sondas podem ser obtidas de diferentes formas, as mais comuns sendo: através da transcrição reversa de mRNA do organismo em estudo, produzindo-se uma biblioteca de moléculas de DNA complementar (“cDNA library”); de fragmento de DNA genômico clonados ao acaso (“genomic library”); da amplificação via PCR de sequências conhecidas utilizando primers específicos; e por fim, através de bandas RAPD selecionadas e obtidas de gel de eletroforese, e amplificadas via PCR. Depois de obtida a coleção de clones, faz-se uma seleção daqueles que serão utilizados como sondas, o objetivo deste processo, é selecionar clones que possuam cópia única, ou seja, que não contenham sequência de DNA repetitivo, pois estes hibridizam com vários fragmentos na membrana, o que resulta em borrões não interpretáveis em padrões de bandas múltiplas difíceis de acompanhar do ponto de vista de distinção de locos, alelos e segregação Mendeliana. Vantagens e limitações dos marcadores RFLP: Comparados às isoenzimas, os marcadores RFLP possuem a vantagem de cobrir todo o genoma do organismo estudado. Possuem expressão co-dominante, isto é, em cada loco estudado é possível identificar genótipos hetero e homozigotos, gerando mais informações e permitindo uma análise detalhada da ação gênica e da interação entre os alelos. Ao contrário das isoenzimas, o número de marcadores RFLP é praticamente ilimitado, e o nível de polimorfismo alélico em cada loco é muito maior. Outra característica de marcadores de DNA em relação à isoenzimas é a alta estabilidade do DNA, que pode ser extraído, conservado e reutilizado por longos períodos de tempo. As membranas de hibridização também podem ser conservadas e reutilizadas por 15 ou mais vezes, o que assegura que o processo de obtenção das mesmas seja compensado por seu prolongado uso. Sabendo que a maioria dos experimentos de melhoramento genético envolve a análise de centenas de indivíduos para vários locos marcadores, é fundamental que a técnica de marcadores moleculares utilizada seja eficiente na geração de dados e possa, em algum tempo ser automatizada. A técnica de RFLP apresenta uma série de limitações neste aspecto, uma vez que envolve vários passos intensivos em mão de obra. Outra limitação que se apresenta ao se iniciar um projeto é a inexistência de uma. Frequentemente, ao se iniciar um projeto não há uma biblioteca de sondas disponível, esta, portanto, deverá ser obtido em outro laboratório, o que leva vários meses. O uso de RFLP requer um pessoal técnico habilitado para a manipulação de DNA recombinante, neste aspecto é uma técnica mais complexa do que a isoenzimas. Estes aspectos têm tornado limitado o uso do RFLP. Figura 5. Autoradiografia de uma membrana de hibridização revelando marcadores RFLP. Indivíduos homozigotos para alelos A1(3, 5, 6, 7, 8,9) e Homozigotos para os alelos A2 (1, 2,4) de um loco RFLP são identificados. Marcadores Baseados em Reação da Polimerase em Cadeia - PCR A tecnologia da PCR foi concebida em meados da década de 80 (Mullis & Faloona, 1987; Saiki et al., 1985). Desde então esta tecnologia causou uma revolução na biologia, na pesquisa visando o entendimento de processos biológicos fundamentais como nas áreas de melhoramento genético de plantas e animais domésticos, uma vez que esta técnica possibilitou a geração de grandes quantidades de DNA de segmentos específicos, podendo ser facilmente detectado a olho nu em gel de eletroforese através de corantes específicos. PCR é uma técnica poderosa, que envolve a síntese enzimática in vitro de milhões de cópias de um segmento específico de DNA na presença da enzima DNA polimerase. Sua reação baseia-se no anelamento e extensão enzimática de um par de oligonucleotídeos (pequenas moléculas de DNA de fita simples) utilizados como indicadores (“primers”) que delimitam a sequência de DNA de fita dupla alvo da amplificação. A PCR ocorre em vários ciclos, onde, em cada um deles, a cadeia específica teoricamente dobra de tamanho. Atenção: a frase "reação de PCR" é redundante, significa reação de reação em cadeia da polimerase! Abaixo está representado um ciclo de uma PCR, onde a polimerase do DNA é uma esfera verde, a cadeia "antiga" é azul, um primer é azul claro e o outro é verde, os nucleotídeos são vermelhos, assim como a cadeia sintetizada no presente ciclo: Figura 6. Ciclo de uma PCR Um ciclo de PCR envolve três etapas: desnaturação, anelamento e extensão. A fita dupla do DNA alvo é desnaturada através da elevação da temperatura para 92°C a 95°C. Na etapa de anelamento, a temperatura é rapidamente reduzida para 35°C a 60°C, dependendo do tamanho e sequência do primer utilizado, permitindo a hibridização DNA-DNA de cada primer com as sequências complementares que flanqueiam a região alvo. Em seguida, a temperatura é elevada para 72°C para que a enzima DNA polimerase realize a extensão a partir de cada terminal 3’ dos primers. Esta extensão envolve a adição de nucleotídeos utilizando como molde a sequência-alvo, de maneira que uma cópia desta sequência é feita no processo. Este ciclo é repetido por algumas dezenas de vezes. Uma vez que a quantidade de DNA da sequência alvo dobra a cada ciclo, a amplificação segue uma progressão geométrica de maneira que, depois de apenas 20 ciclos, é produzido mais de um milhão de vezes a quantidade inicial de sequência alvo. Esta escala de amplificação permite iniciar com quantidades mínimas de DNA (da ordem de picogramas ou nanogramas) e terminar a reação com grandes quantidades de DNA de uma sequência específica de interesse. Porém, a construção de primers para amplificação via PCR depende do conhecimento prévio das sequências de nucleotídeos que flanqueiam a sequência de DNA de interesse. Para conhecer estas sequências é necessária a clonagem e sequenciamento da região. Em vista disso, com exceção de alguns genes de sequência conhecida, a PCR apresentou de início, um uso limitado como técnica para a obtenção de marcadores moleculares. Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso - RAPD O grande avanço na área de marcadores moleculares baseados em PCR ocorreu em 1990, com a idéia de utilizar primers mais curtos e de sequência arbitrária para dirigir a reação de amplificação, eliminando assim a necessidade do conhecimento prévio de sequência. A técnica foi desenvolvida por dois grupos nos Estados Unidos (Williams et al., 1990). Foi descrito no trabalho, a técnica no contexto da análise Mendeliana, demonstrando a identificação de marcadores genéticos para melhoramento.Além de facilitar e acelerar os estudos que já ocorriam com as espécies tradicionais (ex: milho, tomate, arroz) a tecnologia RAPD permitiu a realização de estudos em espécies anteriormente não contempladas. As aplicações incluem: (1) Obtenção de “fingerprints” (impressões digitais) genômicos de indivíduos, variedades e populações; (2) Análise da estrutura e diversidade genética em populações naturais, populações de melhoramento e bancos de germoplasma; (3) Estabelecimento de relacionamentos filogenéticos entre diferentes espécies; (4) Construção de mapas genéticos de alta cobertura genômica e a localização de genes de interesse econômico. Base genética dos marcadores RAPD: É basicamente uma variação do protocolo de PCR, com duas características distintas: • Utiliza um primer único ao invés de um par de primers; • O primer único tem sequência arbitrária, e portanto sua sequência alvo é desconhecida. Para que haja amplificação de um fragmento RAPD no genoma, duas sequências de DNA complementares ao primer arbitrário devem estar suficientemente adjacentes (< 4000 pares de bases) e em orientação oposta, de maneira a permitir a amplificação exponencial de um segmento de DNA pela DNA polimerase. Em função da grande quantidade de DNA produzido, este segmento pode ser visualizado na forma de banda num gel de eletroforese. Cada primer arbitrário dirige a síntese de vários segmentos de DNA simultaneamente em diversos pontos do genoma, resultando em várias bandas no gel. Dados experimentais de mapeamento genético em diversas espécies indicam que os locos de marcadores RAPD estão distribuídos ao acaso ao longo do genoma, sem evidências de agrupamento de marcadores em regiões específicas. As sequências internas dos segmentos amplificados pertencem a todas as classes de abundância de DNA no genoma, desde sequências de cópia única até altamente repetitivas. A competitividade de um sítio de amplificação arbitrária é determinada pela homologia com o primer utilizado. Claramente, segmentos RAPD são amplificados mesmo que a homologia entre os sítios de iniciação e o primer não seja perfeita. O pareamento perfeito na extremidade 3’ do primer, a partir da qual a polimerização inicia, parece ser mais crítico que o pareamento na extremidade 5’. Algum nível de não homologia é permitido, o que varia com a composição de bases. Pareamento CG são mais estáveis que AT, o que afeta diretamente o tempo de residência do primer no sítio de iniciação da amplificação. Se este tempo for muito curto, a estabilização do pareamento do primer com o sítio de iniciação no DNA molde será prejudicado. Como resultado, o segmento poderá não ser amplificado, gerando em uma banda fraca no gel. Uma característica fundamental dos marcadores RAPD é o fato deles se comportarem como marcadores dominantes. Dominância neste caso não se refere ao conceito clássico de interação gênica entre alelos, e sim do ponto de vista da interpretação relativa entre genótipo e fenótipo de um indivíduo. Ao se observar uma banda RAPD no gel, não é possível distinguir se aquele segmento se originou a partir de uma ou duas cópias da sequência amplificada. A técnica RAPD detecta apenas um alelo em cada loco. A ausência de banda representa o conjunto de todos os outros alelos daquele loco que não podem ser amplificados. Embora as grandes maiorias dos marcadores RAPD possuam um comportamento “dominante”, existe a possibilidade de se amplificar marcadores co-dominantes, ou seja, amplificar ambos os alelos de um loco. Vantagens e limitações dos marcadores RAPD: Além das vantagens já mencionadas, a técnica de RAPD se baseia na amplificação do DNA, o que resulta em várias vantagens práticas, que podem ser resumidas em simplicidade e rapidez. A obtenção de dados é pelo menos duas ordens de magnitude mais rápida que a técnica de RFLP, que é baseada na hibridização do DNA. Por não utilizar sondas, é eliminada a necessidade de isótopos radioativos ou marcação não radioativa. Outra grande vantagem é a quantidade mínima de DNA necessária para a análise genotípica de um indivíduo (da ordem de dezenas de nanogramas). Permite ainda, gerar uma grande quantidade de polimorfismo de segmentos de DNA, distribuídos por todo o genoma do organismo, oferecendo a possibilidade de amostrar regiões de DNA repetitivo, uma vez que os primers utilizados pata a detecção de variação ao nível de DNA são arbitrários, ao contrário das sondas RFLP que são pré-selecionadas para regiões de cópia única. Esta tecnologia também é adequada para a construção de mapas genéticos ao nível intra-específico. RAPD reúne, portanto, a simplicidade da visualização direta dos marcadores de DNA. O uso desta, não requer experiência aprofundada em biologia molecular e nem tampouco instalações sofisticadas de laboratório. É uma tecnologia bastante acessível. No entanto, a principal limitação dos marcadores RAPD é o baixo conteúdo de informação genética por loco. Apenas um alelo é detectado, o segmento que é amplificado, enquanto que as demais variações alélicas são classificadas conjuntamente como um alelo nulo. Genótipos heterozigotos não podem ser diretamente discriminados dos homozigotos por RAPD, esta limitação é comumente descrita como “dominância” dos marcadores. Outra limitação é o desconhecimento prévio da base genética das bandas RAPD. Uma banda RAPD observada no gel só pode ser considerada um marcador de comportamento Mendeliano depois de verificada sua segregação de parentais para descendentes. Figura 7. Base genética de marcadores moleculares RAPD. Marcadores Baseados na Amplificação de Microssatélites - AFLP Diferentes experimentos no início dos anos 80 demonstraram que os genomas eucariotos são densamente povoados por diferentes classes de sequências repetidas, umas mais complexas e outras mais simples. Sequências simples repetidas (“SSR – Simple Sequence Repeats”, mais tarde denominadas também de “microssatélites’ (Litt & Luty, 1989) consistem de pequenas sequências com 1 a 4 nucleotídeos de comprimento, repetidas em tandem. Microssatélites têm sido observados em diversos organismos como em seres humanos, baleias, Drosophila, camundongos, bovinos e caprinos, entre outros. Em plantas, uma busca em bancos de dados de sequência de DNA publicadas revelou que os sítios de microssatélites são largamente distribuídos com uma frequência de uma a cada 50 mil pares de bases. Sua presença foi constatada em 34 espécies vegetais, sendo que o elemento repetido mais comum foi o di-nucleotídeo AT. Marcadores baseados em microssatélites estão sendo desenvolvidos para aplicações de mapeamento genético para algumas culturas de maio expressão, tais como soja, arroz e trigo. Base genética e detecção de marcadores microssatélites: Cada “ilha” microssatélite, independente do elemento repetido (CA, TG, ATG, etc.) constitui um loco genético altamente variável, multialélico, de grande conteúdo informativo. Cada segmento amplificado de tamanho diferente representa um alelo diferente do mesmo loco. A detecção de sequências SSR via PCR é feita em gel de eletroforese utilizando-se poliacrilamida ou agarose especial de alta resolução, uma vez que é necessário um gel adequado para a separação de segmentos que diferem por poucos pares de bases, dependendo do número de nucleotídeos do elemento repetido no microssatélite. A visualização das bandas no gel pode ser feita diretamente por coloração com brometo de etídio, nitrato de prata ou através de autoradiografia ao se utilizar primers marcados com radioisótopos na reação de PCR. Cada loco de microssatélite é analisado ao se utilizar o para de primers construído especificamente para sua amplificação.Mais do que um loco pode ser analisado de cada vez quando os alelos de cada loco têm tamanhos suficientemente diferentes e migram para zonas separadas no gel. Nestes métodos de genotipagem denominados “multiplex”, mais do que um par de primers específicos é utilizado simultaneamente na mesma reação de PCR. Locos SSR parecem ser estáveis, possuem expressão co-dominante, ou seja, ambos os alelos de um indivíduo heterozigoto são visualizados e são altamente multialélicos, numa população onde potencialmente todos os alelos daquele loco podem ser detectados e discriminados. Vantagens e limitações dos marcadores microssatélites: Tendo em vista a expressão co-dominante e o multialelismo, os marcadores SSR são os que possuem o mais elevado conteúdo de informação de polimorfismo na terminologia de marcadores moleculares. Por causa disso, toda e qualquer população segregante pode ser utilizada como população referência para estudos de ligação e mapeamento genético. Assim, a escolha da população para mapeamento não mais precisa ser feita com base na maximização da distância genética e sim visando à população mais informativa do ponto de vista das características biológicas ou econômicas de interesse. Os SSR são muito mais frequentes e distribuídos ao acaso, permitindo a mais completa cobertura de qualquer genoma eucarioto. A relevância, o nível de recursos e o número de laboratórios envolvidos fizeram com que milhares de marcadores SSR fossem desenvolvidos como parte do projeto de mapeamento do genoma humano. Estas e outras características fazem com que marcadores baseados em SSR sejam marcadores ideais para mapeamento genético e físico de genomas, para a identificação discriminação de genótipos e estudos de genética de populações. Porém, a maior limitação da tecnologia microssatélites é a grande quantidade de trabalho necessário para o desenvolvimento prévio dos marcadores. O protocolo de obtenção de marcadores SSR envolve resumidamente 5 passos, de acordo com a figura a seguir. A limitação básica que existe hoje para a aplicação mais ampla desta tecnologia na análise genética e melhoramento de plantas refere-se à grande quantidade de trabalho envolvida, exigindo pessoal especializado e equipamento sofisticado para o sequenciamento automático aliado ao alto custo de um empreendimento desta natureza. Além disso, para várias espécies de plantas, principalmente de hábito alógamo, o elevado nível de diversidade genética no DNA, detectável com técnicas mais acessíveis, não justifica a magnitude do investimento necessário para o desenvolvimento de marcadores SSR. Tabela de Comparação entre os Marcadores Moleculares As principais etapas requeridas para obtenção de resultados variam com o tipo de marcador molecular utilizado conforme tabela abaixo: Estágios dos Marcadores Moleculares Tipos de Marcadores RFL P RAP D AFL P MICROSATÉLIT ES Extração do DNA Sim Sim Sim Sim Corte do DNA com restrições de alguma enzima Sim Não Sim Não Separação dos fragmentos de DNA por eletroforese Sim Não Não Não Transferênci a dos fragmentos do Gel para Membrana de Nitro Celulose Sim Não Não Não Obter e tratar as Sondas Moleculares Sim Não Não Não Hibridação da Sonda em membrana de nitro celulose Sim Não Não Não Exibição da membrana Sim Não Não Não em filme de Raios-X Conexão dos fragmentos de DNA cortados Não Não Sim Não Amplificação do fragmento de DNA em Termociclad or com Primer Não Sim Sim Sim Separação por eletroforese dos fragmentos amplificados de DNA Não Sim Sim Sim Ver os fragmentos de DNA no gel contra luz ultravioleta em Gel de Agarose Não Sim Não Não Ver os fragmentos de DNA em nitrato de prata Não Não Sim Sim TEMPO NECESSÁRI O PARA O RESULTAD O (DIAS) 7-21 1 - 2 2 - 3 2 - 3 Reação em cadeia da polimerase (PCR) Uma técnica utilizada para amplificar, ou fazer muitas cópias de, uma região de interesse específica do DNA. Pontos Principais: • A reação em cadeia da polimerase, ou PCR, é uma técnica para fazer muitas cópias de uma região específica do DNA, in vitro (em um tubo de ensaio, ao invés de um organismo). • A PCR depende de uma DNA polimerase termoestável, a Taq polimerase, e requer primers de DNA projetados especificamente para a região de interesse do DNA . • Na PCR, a reação é repetida ciclicamente através de uma série de alterações de temperatura, o que possibilita a produção de muitas cópias da região de interesse. • A PCR tem muitas aplicações práticas e em pesquisa. Ela é rotineiramente usada em clonagens de DNA, diagnósticos médicos e análises forenses de DNA. O que é PCR? A reação em cadeia da polimerase (PCR) é uma técnica rotineira de laboratório usada para fazer muitas cópias (milhões ou bilhões) de uma região específica do DNA. Essa região do DNA pode ser qualquer objeto de interesse do pesquisador. Por exemplo, pode haver um gene cuja função o pesquisador queira compreender ou um marcador genético usado pelos cientistas forenses para correlacionar o DNA da cena do crime com os suspeitos. Tipicamente, o objetivo da PCR é fabricar quantidade suficiente da região de interesse do DNA, de modo que essa possa ser analisada e utilizada de alguma outra maneira. Por exemplo, DNA amplificado por PCR pode ser enviado para sequenciamento, visualizado por eletroforese em gel, ou clonado em plasmídeo para futuros experimentos. A PCR é usada em muitas áreas da biologia e medicina, incluindo pesquisa em biologia molecular, diagnósticos médicos e mesmo alguns ramos da ecologia. Taq polimerase Assim como a replicação de DNA em um organismo, a PCR requer uma enzima DNA polimerase que faça novas fitas de DNA usando as existentes como moldes. A DNA polimerase tipicamente usada na PCR é chamada de Taq polimerase, em homenagem à bactéria resistente ao calor da qual ela foi isolada (Thermus aquaticus). T. aquaticus vive em fontes termais e de água quente. Sua DNA polimerase é bastante estável ao calor e é mais ativa à 70°C (temperatura em que as DNA polimerases humanas ou de E. coli seriam disfuncionais). Essa estabilidade ao calor torna a Taq polimerase ideal para PCRs. Como veremos, a alta temperatura é usada repetidamente na PCR para desnaturar o DNA molde, isto é, separar suas fitas. Primers de PCR Como outras DNA polimerases, a Taq polimerase consegue fabricar DNA somente quando lhe é dado um primer, uma sequência curta de nucleotídeos que fornece um ponto de partida para a síntese de DNA. Em uma reação de PCR, o pesquisador determina a região do DNA que será copiada, ou amplificada, pelos primers que ela ou ele escolher. Os primers de PCR são pedaços curtos de DNA de fita simples, geralmente por volta de 202020 aminoácidos de comprimento. Dois primers cada reação de PCR, e eles são projetados de modo que englobem a região de interesse (região que deve ser copiada). Isto é, são dadas sequências que os farão se ligar a fitas opostas do DNA molde, bem nas extremidades da região a ser copiada. Os primers se ligam ao molde por pareamento de bases complementares. 5' TATCAGATCCATGGAGT...GAGTACTAGTCCTATGAGT ATAGTCTAGGTACCTCA...CTCATGATCAGGATACTCA PCR, o pesquisador determina a região do DNA que será copiada, ou ada, pelos primers que ela ou ele escolher. Os primers de PCR são pedaços curtos de DNA de fita simples, geralmente por aminoácidos de comprimento. Dois primers são usados para cada reação de PCR, e eles são projetados de modo que englobem a região de interesse (região que deve ser copiada). Isto é, são dadas sequênciasque os farão se ligar a fitas opostas do DNA molde, bem nas extremidades da região a da. Os primers se ligam ao molde por pareamento de bases DNA molde: TATCAGATCCATGGAGT...GAGTACTAGTCCTATGAGT ATAGTCTAGGTACCTCA...CTCATGATCAGGATACTCA PCR, o pesquisador determina a região do DNA que será copiada, ou Os primers de PCR são pedaços curtos de DNA de fita simples, geralmente por são usados para cada reação de PCR, e eles são projetados de modo que englobem a região de interesse (região que deve ser copiada). Isto é, são dadas sequências que os farão se ligar a fitas opostas do DNA molde, bem nas extremidades da região a da. Os primers se ligam ao molde por pareamento de bases TATCAGATCCATGGAGT...GAGTACTAGTCCTATGAGT 3' 3' ATAGTCTAGGTACCTCA...CTCATGATCAGGATACTCA 5' Primer Quando os primers são ligados ao molde, eles podem ser estendidos pela polimerase, e a região que está entre eles será copiada. [Diagrama mais detalhado Primer 1: 5' CAGATCCATGG 3' Primer 2: são ligados ao molde, eles podem ser estendidos pela polimerase, e a região que está entre eles será copiada. detalhado mostrando a direcionalidade do DNA e são ligados ao molde, eles podem ser estendidos pela e do primer] As etapas da PCR Os principais ingredientes de uma reação PCR são a DNA molde e nucleotídeos (blocos que compõem o DNA). Os ingredientes são reunidos em um tubo, juntamente com cofatores de que a enzima precisa, e passam por repetidos ciclos de aquecimento e res o DNA seja sintetizado. As etapas básicas são: ingredientes de uma reação PCR são a Taq polimerase, primers, DNA molde e nucleotídeos (blocos que compõem o DNA). Os ingredientes são reunidos em um tubo, juntamente com cofatores de que a enzima precisa, e passam por repetidos ciclos de aquecimento e resfriamento que permitem que polimerase, primers, DNA molde e nucleotídeos (blocos que compõem o DNA). Os ingredientes são reunidos em um tubo, juntamente com cofatores de que a enzima precisa, e friamento que permitem que 1. Desnaturação (96°C): Aquece fortemente a reação para separar, ou desnaturar, as fitas de DNA. Isso proporciona um molde de fita simples para a próxima etapa. 2. Anelamento (555555 - 656565°C): Resfria a reação para que os primers possam se ligar às suas sequências complementares no DNA molde de fita simples. 3. Extensão (72°C): Eleva a temperatura da reação para que a Taqpolimerase estenda os primers, sintetizando novas fitas de DNA. Este ciclo se repete 2525 geralmente ocorre em 22 de DNA a ser copiada. Se a reação for eficiente (funcionar bem), a região de interesse pode gerar de uma Isso porque não é apenas o DNA original que é utilizado como molde a cada vez. Ao invés, o novo DNA feito em uma rodada pode servir de molde na 2525 - 353535 vezes em uma reação típica de PCR, que 22 - 444 horas, dependendo do comprimento da região de DNA a ser copiada. Se a reação for eficiente (funcionar bem), a região de interesse pode gerar de uma ou poucas cópias até bilhões. Isso porque não é apenas o DNA original que é utilizado como molde a cada vez. Ao invés, o novo DNA feito em uma rodada pode servir de molde na vezes em uma reação típica de PCR, que horas, dependendo do comprimento da região de DNA a ser copiada. Se a reação for eficiente (funcionar bem), a região de Isso porque não é apenas o DNA original que é utilizado como molde a cada vez. Ao invés, o novo DNA feito em uma rodada pode servir de molde na próxima rodada de síntese de DNA. Há muitas cópias dos primers e muitas moléculas de Taq polimerase flutuando pela reação, então o número de moléculas de DNA pode aproximadamente dobrar a cada rodada do ciclo. Esse padrão de crescimento exponencial é mostrado na imagem abaixo. próxima rodada de síntese de DNA. Há muitas cópias dos primers e muitas polimerase flutuando pela reação, então o número de moléculas de DNA pode aproximadamente dobrar a cada rodada do ciclo. Esse padrão de crescimento exponencial é mostrado na imagem abaixo. próxima rodada de síntese de DNA. Há muitas cópias dos primers e muitas polimerase flutuando pela reação, então o número de moléculas de DNA pode aproximadamente dobrar a cada rodada do ciclo. Esse padrão de crescimento exponencial é mostrado na imagem abaixo. Uso da eletroforese em gel para visualizar os resultados d Os resultados de uma reação PCR são geralmente visualizados (tornam visíveis) através do uso da técnica na qual fragmentos de DNA são puxados por uma corrente elétrica através de uma matriz de gel, e que separa os fragmentos de DNA de acordo com o tamanho. Um padrão, ou escada de DNA, é tipicamente incluído para que o tamanho dos fragmentos nas amostras da PCR possa ser determinado. Fragmentos de DNA de mesmo comprimento formam uma "banda" no gel, que pode ser vista a olho nu se o gel for pigmentado com um corante que se liga ao DNA. Por exemplo, uma reação de PCR pro de 400400400 pares de bases (pb) apareceria desta maneira no gel: Coluna esquerda: Escada Coluna direita: resultado Uso da eletroforese em gel para visualizar os resultados da PCR Os resultados de uma reação PCR são geralmente visualizados (tornam visíveis) através do uso da eletroforese em gel. Eletroforese em técnica na qual fragmentos de DNA são puxados por uma corrente elétrica através de uma matriz de gel, e que separa os fragmentos de DNA de acordo com o tamanho. Um padrão, ou escada de DNA, é tipicamente incluído para o tamanho dos fragmentos nas amostras da PCR possa ser determinado. Fragmentos de DNA de mesmo comprimento formam uma "banda" no gel, que pode ser vista a olho nu se o gel for pigmentado com um corante que se liga ao DNA. Por exemplo, uma reação de PCR produzindo um fragmento pares de bases (pb) apareceria desta maneira no gel: Escada de DNA com bandas de 100, 200, 300, resultado da reação PCR, uma banda em a PCR Os resultados de uma reação PCR são geralmente visualizados (tornam-se em gel é uma técnica na qual fragmentos de DNA são puxados por uma corrente elétrica através de uma matriz de gel, e que separa os fragmentos de DNA de acordo com o tamanho. Um padrão, ou escada de DNA, é tipicamente incluído para o tamanho dos fragmentos nas amostras da PCR possa ser determinado. Fragmentos de DNA de mesmo comprimento formam uma "banda" no gel, que pode ser vista a olho nu se o gel for pigmentado com um corante que se liga ao duzindo um fragmento pares de bases (pb) apareceria desta maneira no gel: 300, 400, 500 pb. 400pb. Uma banda de DNA contém muitas e muitas cópias da região de interesse do DNA, não apenas uma ou algumas cópias. Como o DNA é microscópico, muitas cópias têm de estar presentes antes que possamos vê-las a olho nu. Isso é uma grande parte do porquê de a PCR ser uma ferramenta importante: ela produz cópias suficientes de uma sequência de DNA de modo que possamos ver ou manipular aquela região de DNA. Aplicações da PCR Através da PCR, uma sequência de DNA pode ser amplificada milhões ou bilhões de vezes, produzindo cópias suficientes de DNA para serem analisadas por outras técnicas. Por exemplo, o DNA pode ser visualizado por eletroforese em gel, enviado para sequenciamento, ou digerido por enzimas de restrição e clonado em um plasmídeo. A PCR é usada em muitos laboratórios de pesquisa e também tem aplicações práticas em ciências forenses, testes genéticos e diagnósticos. Por exemplo, a PCR é utilizada para amplificar genes associados a desordens genéticas a partir do DNA de pacientes (ou do DNA fetal, nos casos de teste pré-natal). A PCR também pode ser utilizada para testar se há DNA bacteriano ou viralno corpo de um paciente: se o patógeno estiver presente, pode ser possível amplificar regiões de seu DNA a partir de uma amostra de sangue ou tecido. Amostra-problema: A PCR nas ciências forenses Suponha que você esteja trabalhando em um laboratório de ciências forenses. Você acabou de receber uma amostra de DNA de um cabelo deixado em uma cena de crime, juntamente com amostras de DNA de três possíveis suspeitos Seu trabalho é examinar um marcador genético em particular e verificar se algum dos três suspeitos coincide com o DNA do cabelo para esse marcador. O marcador vem em dois alelos, ou versões. Um deles contém uma única repetição (região marrom abaixo), enq repetição. Em uma reação PCR com primers que atuam na região de repetição, o primeiro alelo produz um fragmento de DNA de enquanto o segundo produz um fragmento de DNA de p: Marcador do alelo 1: primers roblema: A PCR nas ciências forenses Suponha que você esteja trabalhando em um laboratório de ciências forenses. Você acabou de receber uma amostra de DNA de um cabelo deixado em uma cena de crime, juntamente com amostras de DNA de três possíveis suspeitos Seu trabalho é examinar um marcador genético em particular e verificar se algum dos três suspeitos coincide com o DNA do cabelo para esse marcador. O marcador vem em dois alelos, ou versões. Um deles contém uma única repetição (região marrom abaixo), enquanto o outro contém duas cópias da repetição. Em uma reação PCR com primers que atuam na região de repetição, o primeiro alelo produz um fragmento de DNA de 200200200 \text{bp} enquanto o segundo produz um fragmento de DNA de 300300300 primers que atuam na região de repetição amplificam fragmento de DNA de 200 pb Suponha que você esteja trabalhando em um laboratório de ciências forenses. Você acabou de receber uma amostra de DNA de um cabelo deixado em uma cena de crime, juntamente com amostras de DNA de três possíveis suspeitos. Seu trabalho é examinar um marcador genético em particular e verificar se algum dos três suspeitos coincide com o DNA do cabelo para esse marcador. O marcador vem em dois alelos, ou versões. Um deles contém uma única uanto o outro contém duas cópias da repetição. Em uma reação PCR com primers que atuam na região de repetição, text{bp}bpb, p, 300 \text{bp}bpb, amplificam um Marcador do alelo 2: primers Você faz uma PCR nas quatro amostras de DNA eletroforese em gel, como representado abaixo: Primeira faixa: Escada Segunda faixa: Terceira faixa: Quarta faixa: DNA Quinta faixa: primers que atuam na região de repetição amplificam fragmento de DNA de 300 pb Você faz uma PCR nas quatro amostras de DNA e visualiza os resultados por eletroforese em gel, como representado abaixo: O gel tem cinco faixas: de DNA com bandas de 100, 200, 300, 400, faixa: DNA da cena do crime, banda de 200 faixa: DNA do suspeito #1, banda de 300 pb. DNA do suspeito #2, bandas de 200 e 300 faixa: DNA do suspeito #3, banda de 200 pb. amplificam um e visualiza os resultados por 400, e 500 pb. pb. pb. 300 pb. pb. Mais sobre PCR e ciências forenses Em testes forenses reais com o DNA da cena do crime, os técnicos fariam uma análise conceitual similar à representada no exemplo acima. Contudo, uma série de marcadores diferentes (não apenas o único marcador do exemplo) seria comparada entre o DNA da cena do crime e o DNA do suspeito. Ademais, os marcadores usados em análises forenses típicas não vêm apenas em duas formas diferentes. Em vez disso, eles são altamente polimórficos (poli = muitas, morfo = formas). Isto é, eles vêm em muitos alelos que variam minimamente em comprimento. O tipo mais comum de marcadores usado nas ciências forenses, chamado microssatélites (STRs na sigla em inglês), consiste em várias cópias da mesma sequência curta de nucleotídeos que se repetem (tipicamente, 222 a 555nucleotídeos de comprimento). Um alelo de um STR pode ter 202020 repetições, enquanto outro pode ter 181818 e um outro apenas 101010^11start superscript, 1, end superscript. Por meio do exame de múltiplos marcadores, cada um dos quais vem em muitas formas de alelos, os cientistas forenses podem montar uma "impressão digital" singular a partir de uma amostra de DNA. Em uma análise típica de STR usando 131313 marcadores, as chances de um falso positivo (duas pessoas tendo a mesma "impressão digital" de DNA) são menores que 111 em 101010 \text{bilhões}bilhões^11start superscript, 1, end superscript! Embora possamos pensar na evidência de DNA sendo usada para condenar criminosos, ela tem tido um papel crucial na exoneração de pessoas falsamente acusadas (incluindo algumas que estavam presas há muitos anos). A análise forense também é usada para estabelecer paternidade e identificar restos mortais de cenas de desastres. Eletroforese em gel Uma técnica utilizada para separar fragmentos de DNA e outras macromoléculas por tamanho e carga. Pontos Principais: • A eletroforese em gel é uma técnica usada para separar fragmentos de DNA de acordo com seu tamanho. • As amostras de DNA são carregadas nos poços (cavidades) localizados numa das extremidades de um gel, e uma corrente elétrica é aplicada para fazê-las avançar pelo gel. • Os fragmentos DNA estão carregados negativamente, então movem-se na direção do eletrodo positivo. Já que todos os fragmentos de DNA têm a mesma quantidade de carga por massa, os fragmentos menores atravessam o gel mais rapidamente do que os maiores. • Quando um gel é pigmentado com um corante que se liga ao DNA, os fragmentos de DNA podem ser vistos como bandas, cada uma representando um grupo de fragmentos de DNA de mesmo tamanho. Introdução Suponha que você tenha acabado de fazer uma reação de PCR, criando várias cópias de uma região de interesse do DNA. Ou talvez você tenha feito uma clonagem de DNA, tentando "colar" um gene em um plasmídeo de DNA circular. Agora, você quer verificar se seu PCR funcionou, ou se seu plasmídeo contém o gene certo. Que técnica você pode usar para visualizar (observar diretamente) os fragmentos de DNA? Eletroforese em gel A Eletroforese em gel é uma técnica usada para separar fragmentos de DNA (ou outras macromoléculas, como o RNA e proteínas) com base no tamanho e carga. A eletroforese envolve a passagem de uma corrente através de um gel contendo as moléculas de interesse. Em função de seu tamanho e carga, as moléculas vão se mover através do gel em diferentes direções ou em diferentes velocidades, o que permite que sejam separadas umas das outras. Todas as moléculas de DNA têm a mesma quantidade de carga por massa. Por essa razão, a eletroforese em gel de fragmentos de DNA faz a separação baseada apenas no tamanho. Através do uso da eletroforese, podemos ver quantos diferentes fragmentos de DNA estão presentes em uma amostra, e o quão grandes eles são em relação aos outros. Podemos também determinar o tamanho absoluto de um pedaço de DNA examinando-o ao lado de um DNA "padrão", composto de fragmentos de DNA de tamanhos conhecidos. O que é um gel? Como o nome sugere, a gel electroforese envolve um gel: uma placa de material gelatinoso. Géis para separação de DNA são muitas vezes feitos de um polissacarídeo chamado pó. Quando a agarose é aquecida em um tampão (água com alguns sais) e deixada para esfriar, forma um gel sólido ligeiramente mole. No nível molecular, o gel é uma matriz de moléculas de agarose que são mantidas unidas por ligações de hidrogênio e formam micro poros. Em uma extremidade, o gel tem cavidades semelhantes a bolsos chamadas poços, onde as amostras de DNA serão colocadas: Como o nomesugere, a gel electroforese envolve um gel: uma placa de material gelatinoso. Géis para separação de DNA são muitas vezes feitos de um polissacarídeo chamado agarose, que vem na forma de flocos secos em a agarose é aquecida em um tampão (água com alguns sais) e deixada para esfriar, forma um gel sólido ligeiramente mole. No nível molecular, o gel é uma matriz de moléculas de agarose que são mantidas unidas por ligações de hidrogênio e formam micro poros. Em uma extremidade, o gel tem cavidades semelhantes a bolsos , onde as amostras de DNA serão colocadas: Como o nome sugere, a gel electroforese envolve um gel: uma placa de material gelatinoso. Géis para separação de DNA são muitas vezes feitos de , que vem na forma de flocos secos em a agarose é aquecida em um tampão (água com alguns sais) e deixada para esfriar, forma um gel sólido ligeiramente mole. No nível molecular, o gel é uma matriz de moléculas de agarose que são mantidas unidas por Em uma extremidade, o gel tem cavidades semelhantes a bolsos Antes das amostras de DNA serem adicionadas, o gel deve ser colocado em uma caixa de gel. Uma extremidade da caixa é ligada a um eletrodo positivo, enquanto a outra extremidade é ligada a um eletrodo negativo. O corpo principal da caixa, onde o gel é colocado, é preenchido com uma solução tampão contendo sal que pode conduzir corrente. Embora você não seja capaz de ver na imagem acima (graças a minhas incríveis habilidades artísticas), o tampão preenche a caixa de gel até o nível em que ele mal chega a cobrir o gel. A extremidade do gel com os poços está voltada para o eletrodo negativo. A extremidade sem poços (para a qual os fragmentos de DNA vão migrar) está voltada para o eletrodo positivo. Como os fragmentos de DNA movem-se através do gel? Uma vez que o gel esteja na caixa, cada uma das amostras de DNA que queremos examinar (por exemplo, cada reação de PCR ou cada plasmídeo digerido por restrição) é cuidadosamente transferida para um dos poços. Um poço é reservado para uma escada de DNA, um padrão de referência que contém fragmentos de DNA de comprimentos conhecidos. As escadas de DNA comerciais vêm em diferentes intervalos de tamanho, então podemos escolher uma que tenha boa "cobertura" para a faixa de tamanho esperada de nossos fragmentos. A seguir, a caixa é ligada e a corrente começa a fluir através do gel. As moléculas de DNA têm carga negativa devido aos grupos fosfato em seus esqueletos de açúcar-fosfato, assim elas começam a se mover através da matriz de gel, para o polo positivo. Quando a energia é ligada e a corrente passa através do gel, diz [Qual voltagem é usada matriz de gel, para o polo positivo. Quando a energia é ligada e a corrente passa através do gel, diz-se que o gel está correndo. para correr o gel?] matriz de gel, para o polo positivo. Quando a energia é ligada e a corrente As amostras de DNA são carregadas nos poços na extremidade do eletrodo negativo do gel. A energia é ligada e os fragmentos de DNA migram através do gel (para o eletrodo positivo). Após a corrida do gel, os fragmentos são separados por tamanho. Os fragmentos maiores estão perto da extremidade superior do gel (eletrodo negativo, onde eles começaram), e os fragmentos menores estão próximos da extremidade inferior (eletrodo positivo). Adaptado do diagrama de Reece et al.^55start superscript, 5, end superscript Qual fragmento de DNA vai ganhar a "corrida" para o polo positivo? Pedaços curtos de DNA vão viajar através dos poros da matriz de gel mais rapidamente que os mais longos. Após o gel ter corrido por algum tempo, os pedaços mais curtos de DNA vão estar mais próximos do polo positivo do gel, enquanto os mais longos vão permanecer próximos aos poços. Pedaços muitos curtos de DNA podem correr diretamente para a extremidade do gel se forem deixados por períodos suficientemente longos (algo de que me senti definitivamente culpado!). Visualização dos fragmentos de DNA Uma vez que os fragmentos tenham sido separados, podemos examinar o gel e ver quais tamanhos de faixas são encontrados. Quando um gel é pigmentado com um corante que se liga ao DNA e depois colocado sob luz UV, os fragmentos de DNA brilham, o que nos permite visualizar o DNA presente em diferentes locais ao longo da extensão do gel. O bp ao lado de cada número na escada indica quantos comprimento do fragmento de DNA. Uma "linha" bem definida de DNA em um gel é chamada de banda contém um grande número de fragmentos de DNA do mesmo tamanho e todos os que viajaram, como um grupo, para a mesma posição. Um fragmento único de DNA (ou até mesmo um pequeno grupo de fragmentos de DNA) não seria visível por si só em um gel. Ao comparar as bandas em uma amostra à escada de DNA, podemos determinar os tamanhos aproximados. Por exemplo, a banda brilhante no gel acima tem, aproximadamen Sequenciamento de DNA Como a sequência de bases pedaço de DNA é determinada. Pontos Principais: • Sequenciamento de DNA nucleotídeos (As, Ts, Cs, e Gs) em um pedaço de DNA. fragmentos de DNA brilham, o que nos permite visualizar o DNA presente em diferentes locais ao longo da extensão do gel. ao lado de cada número na escada indica quantos pares de comprimento do fragmento de DNA. Uma "linha" bem definida de DNA em um gel é chamada de banda banda contém um grande número de fragmentos de DNA do mesmo tamanho e todos os que viajaram, como um grupo, para a mesma posição. Um DNA (ou até mesmo um pequeno grupo de fragmentos de DNA) não seria visível por si só em um gel. Ao comparar as bandas em uma amostra à escada de DNA, podemos determinar os tamanhos aproximados. Por exemplo, a banda brilhante no gel acima tem, aproximadamente, o tamanho de 700700700 pares de bases (bp). DNA bases de nucleotídeos (As, Ts, Cs, and Gs) determinada. DNA é o processo de determinação da sequência nucleotídeos (As, Ts, Cs, e Gs) em um pedaço de DNA. fragmentos de DNA brilham, o que nos permite visualizar o DNA presente em de basetem no banda. Cada banda contém um grande número de fragmentos de DNA do mesmo tamanho e todos os que viajaram, como um grupo, para a mesma posição. Um DNA (ou até mesmo um pequeno grupo de fragmentos de Ao comparar as bandas em uma amostra à escada de DNA, podemos determinar os tamanhos aproximados. Por exemplo, a banda brilhante no gel pares de bases (bp). Gs) de um é o processo de determinação da sequência de • No método Sanger de sequenciamento, o DNA alvo é copiado muitas vezes, produzindo fragmentos de comprimentos diferentes. Nucleotídeos “terminadores de cadeia” fluorescentes marcam os finais dos fragmentos e permitem que a sequência seja determinada. • As técnicas de Sequenciamento de Última Geração são novas abordagens feitas em grande escala que aumentam a velocidade e diminuem os custos do sequenciamento. O que é sequenciamento? Você deve ter ouvido falar que genomas estão sendo sequenciados. Por exemplo, o genoma humano foi concluído em 2003, depois de vários anos de esforços internacionais. Mas o que significa sequenciar um genoma ou mesmo pequenos fragmentos de DNA? Sequenciamento de DNA é o processo de determinação da sequência de bases nucleotídicas (As, Ts, Cs, e Gs) em um pedaço de DNA. Hoje em dia, com os materiais e equipamentos corretos, sequenciar um pequeno fragmento de DNA é relativamente simples. Sequenciar um genoma inteiro (todo o DNA de um organismo) permanece uma tarefa complexa. Isso requer quebrar o DNA do genoma em pequenos fragmentos, sequenciar esses pedaços e montar as sequências em uma única e longa sequência "consenso". Entretanto, graças a novos métodosque tem sido desenvolvidos nas duas últimas décadas, o sequenciamento genômico é agora muito mais rápido e mais barato do que era durante o Projeto Genoma Humano^11start superscript, 1, end superscript. Neste artigo, nós veremos os métodos usados para sequenciamento de DNA. Focaremos no método já bem estabelecido, método Sanger de sequenciamento, mas também discutiremos os novos métodos ("nova geração") que tem reduzido custos e acelerado a velocidade de sequenciamentos em larga escala. Sequenciamento de Sanger: o método de terminação da cadeia Regiões de DNA com até 900900900 pares de base de comprimento são rotineiramente sequenciados pelo chamado método Sanger de sequenciamento ou método de terminação da cadeia. O método Sanger foi desenvolvido pelo bioquímico britânico Fred Sanger e seus colaboradores, em 1977. No Projeto Genoma Humano, o método Sanger foi usado para determinar as sequencias de muitos fragmentos relativamente pequenos de DNA humano. (Esses fragmentos não tinham necessariamente 900900900 pb ou menos, mas os pesquisadores conseguiam "caminhar" ao longo de cada fragmento usando diversas rodadas de sequenciamento por Sanger.) Os fragmentos foram alinhados com base nas porções de sobreposição compondo sequencias de regiões mais longas de DNA e, eventualmente, os cromossomos inteiros. Embora os genomas sejam agora tipicamente sequenciados usando outros métodos mais rápidos e baratos, o método Sanger ainda é amplamente usado para o sequenciamento de fragmentos individuais de DNA, como fragmentos usados na Clonagem de DNA ou gerados pela Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Ingredientes para o sequenciamento de Sanger O método Sanger envolve a produção de muitas cópias de uma região alvo de DNA. Os ingredientes são similares àqueles usados para replicação de DNA em um organismo, ou para a reação em cadeia da polimerase (PCR), os quais fazem cópias de DNA in vitro. Eles incluem: • Uma enzima DNA polimerase • Um primer, que é um pequeno fragmento de DNA de fita simples que se liga ao DNA molde e atua como um "iniciador" para a polimerase • Os quatro nucleotídeos do DNA (dATP, dTTP, dCTP, dGTP) • O DNA molde a ser sequenciado Entretanto, uma reação de sequenciamento de Sanger contém um ingrediente único: • Versões Dideoxi, ou terminadores de cadeia, para os quatro nucleotídeos (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP), cada uma marcada com um corante de uma cor diferente Créditos da Imagem: "Sequenciamento College, Biology (CC BY Dideoxinucleotídeos são similares aos nucleotídeos comuns, ou deoxinucleotídeos, mas com uma diferença chave: falta um grupo hidroxila na posição 3' do carbono do anel de saca grupo 3' hidroxila atua como um "gancho", permitindo que um novo nucleotídeo seja adicionado à cadeia existente. Uma vez que um dideoxinucleotídeo é adicionado à cadeia, não há hidroxila disponível e nenhum outro nucleotíde com o dideoxinucleotídeo, o qual é marcado com um cor particular de corante dependendo da base (A, T, C or G) que carrega. [Onde o corante está ligado? Sequenciamento de genoma: Figura 1," by BY 4.0). Dideoxinucleotídeos são similares aos nucleotídeos comuns, ou deoxinucleotídeos, mas com uma diferença chave: falta um grupo hidroxila na posição 3' do carbono do anel de sacarose. Em um nucleotídeo comum, o grupo 3' hidroxila atua como um "gancho", permitindo que um novo nucleotídeo seja adicionado à cadeia existente. Uma vez que um dideoxinucleotídeo é adicionado à cadeia, não há hidroxila disponível e nenhum outro nucleotídeo pode ser adicionado. A cadeia termina com o dideoxinucleotídeo, o qual é marcado com um cor particular de corante dependendo da base (A, T, C or G) que carrega. ligado? ] by OpenStax deoxinucleotídeos, mas com uma diferença chave: falta um grupo hidroxila na rose. Em um nucleotídeo comum, o grupo 3' hidroxila atua como um "gancho", permitindo que um novo nucleotídeo Uma vez que um dideoxinucleotídeo é adicionado à cadeia, não há hidroxila o pode ser adicionado. A cadeia termina com o dideoxinucleotídeo, o qual é marcado com um cor particular de corante Método Sanger de sequenciamento A amostra de DNA a ser sequenciada é combinada em um tubo com primer, DNA polimerase e nucleotídeos de DNA (dATP, dTTP, dGTP, and dCTP). Os quatro nucleotídeos terminadores de cadeia marcados com corantes são adicionados também, mas em concentração muito menor que a dos nucleotídeos comuns. A mistura é primeiro aquecida para a denaturação do DNA molde (separar as fitas), então resfriadas para que os primers possam se ligar ao molde de fita simples. Uma vez que o primer se ligou, a temperatura é aumentada novamente, permitindo que a DNA polimerase sintetize um novo DNA a partir do primer. A DNA polimerase continuará a adicionar nucleotídeos à cadeia até que aconteça a adição de um dideoxinucleotídeo ao invés de um normal. Nesse ponto, os nucleotídeos não podem mais ser adicionados, e portanto a fita terminará em um dideoxinucleotídeo. Este processo é repetido em um número de ciclos. Quando o ciclo se completa, é praticamente garantido que um dideóxinucleotídeo terá se incorporado em todas as posições do DNA alvo em pelo menos uma reação. Ou seja, o tubo irá conter fragmentos de diferentes comprimentos, terminando em cada uma das posições de nucleotídeos no DNA original. (veja a figura abaixo). As extremidades dos fragmentos serão rotuladas com corantes que indicam o nucleotídeo final. [Todos os fragmentos serão rotulados?] Imagem modificada de "Sanger modified image is licensed Depois que a reação é executada, os fragme longo e fino tubo contanto uma matriz de gel em um processo chamado de electroforese capilar rapidamente através dos poros do gel, enquanto longos fragmentos movem mais devagar. Assim que cada fragmento cruza a "linha de chegada" no final do tubo, ele é iluminado por um laser, permitindo que o corante anexado seja detectado. Sanger sequencing," by Estevezj (CC BY licensed under a (CC BY-SA 3.0) license. Depois que a reação é executada, os fragmentos são levados através de um longo e fino tubo contanto uma matriz de gel em um processo chamado capilar em gel. Pequenos fragmentos movem- rapidamente através dos poros do gel, enquanto longos fragmentos movem ue cada fragmento cruza a "linha de chegada" no final do tubo, ele é iluminado por um laser, permitindo que o corante anexado seja BY-SA 3.0). The ntos são levados através de um longo e fino tubo contanto uma matriz de gel em um processo chamado -se rapidamente através dos poros do gel, enquanto longos fragmentos movem-se ue cada fragmento cruza a "linha de chegada" no final do tubo, ele é iluminado por um laser, permitindo que o corante anexado seja O menor fragmento (que termina apenas um nucleotídeo após o primer) atravessa a linha de chegada primeiro, seguido do próximo menor fragmento (terminando dois nucleotídeos após o primer), e assim por diante. Portanto, a partir das cores dos corantes registradas uma após a outra no detector, a sequência do pedaço original de DNA pode ser construída com um nucleotídeo por vez. Os dados registrados pelo detector consistem em uma série de picos em intensidade de fluorescência, como mostrado no cromatograma acima. A sequência de DNA é lida a partir dos picos no cromatograma. Usos e limitações O método Sanger de sequenciamento promove sequências de alta qualidade para trechos relativamente longos (por volta de 900900900 pares de base). É tipicamente usado para sequenciar peças individuais de DNA, como plasmídeos bacterianos ou DNA copiado em PCR. Entretanto, o método Sanger de sequenciamentoé caro e ineficiente para projetos de larga escala, como o sequenciamento de um genoma inteiro ou metagenoma (o "genoma coletivo" de uma comunidade microbiana). Para tarefas como essa, novas técnicas de sequenciamento de larga escala são mais rápidas e menos caras. Sequenciamento da nova geração O nome pode soar Star Trek, mas é realmente como é chamado! O mais recente conjunto de tecnologias de sequenciamento de DNA é coletivamente chamado de sequenciamento da nova geração. Existe uma variedade de técnicas de sequenciamento de nova geração que usam diferentes tecnologias. No entanto, a maioria tem algumas características em comum que as distinguem do sequenciamento Sanger: • Alto paralelismo: muitas reações de sequenciamento ocorrem ao mesmo tempo • Microescala: reações são pequenas e muitas podem ser realizadas de uma vez em um chip • Rapidez: pelas reações serem feitas em paralelo, resultados são obtidos muito mais rápido • Baixo custo: sequenciar um genoma é mais barato do que com o sequenciamento Sanger • Menor comprimento: leituras tipicamente variam entre 505050 - 700700700nucleotídeos de comprimento Conceitualmente, o sequenciamento de nova geração é algo como conduzir um grande número de pequenas reações Sanger de sequenciamento em paralelo. Graças a essa paralelização e pequena escala, grandes quantidades de DNA podem ser sequenciadas de forma muito mais rápida e barata com métodos de próxima geração do que com sequenciamento Sanger. Por exemplo, em 2001, o custo de sequenciar o genoma humano era quase \$100$100dollar sign, 100 \text{milhões}milhões de dólares. Em 2015, era apenas \$1245$1245dollar sign, 1245^22start superscript, 2, end superscript! Por que um sequenciamento rápido e barato importa? A habilidade de sequenciar genomas rotineiramente abre novas possibilidades para pesquisa em biologia e aplicações biomédicas. Por exemplo, sequenciamento de baixo custo é um passo em direção à medicina personalizada – isso é, tratamento médico adaptado às necessidades de um indivíduo, baseado nas variante gênicas no seu genoma
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