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Aminoácidos, Peptídeos e Proteínas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓20 AAs Grupo carboxila ( COOH) Grupo Amino ( NH2) ✓Carbono assimétrico (quiral) – Exceção: Glicina (dois Hidrogênios ligados) Pelo menos duas formas estereoisométricas Apenas os isômeros “L” são encontrados em proteínas Relembrando... Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Os AA podem ser classificados com base na polaridade de seus grupos R Relembrando... Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Relembrando... pH Baixo pH prox. neutro pH alto Ác. Dipróticos Íon dipolar eletricamente neutro Forma desprotonada Obs: Possui 2 H+ (caráter ácido) Obs: Perdeu 2 H+ (caráter básico – acapetor de H+) Curva de titulação da glicina Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Curva de titulação Curva de titulação da histidina, um aminoácido com grupo R ionizável Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Peptídeos e proteínas são formados por ligação peptídica Variam de moléculas contendo 2 ou 3 AAs até moléculas com milhares de AAs. ✓Formados por ligação peptídica Ligação entre o grupo carboxila de um AA com o grupo amino de outro AA Polímeros de aminoácidos Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Ligação peptídica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Ligação peptídica Pentapeptídeo Ser-Gly_Tyr-Ala-Leu Resíduo amino-terminal por convenção fica a esquerda Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Pentapeptídio mostra a sequência do peptídio da porção amino-terminal para a porção Carboxi-terminal Este pentapeptídio (YGGFL) é um opióide que modula a percepção de dor. O pentapeptídio reverso (LFGGY) é uma molécula diferente, e não possui esse efeito Profa. Leonora Rios de Souza Moreira 321 54 número de ligações peptídicas + 1 = número de aminoácido no polipeptídio 2aa – DIPEPTÍDEO – 3aa TRIPEPTÍDEO – 4aa,5aa.. Polipeptídio Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Polipeptídeo >Insulina [Homo sapiens] MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVN QHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT RREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLA LEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENY CN ✓Alguns grupos R podem se ionizar contribuindo para as propriedades ácido- básica dos peptídeos Peptídios possuem propriedade ácido- base Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Ligação dissulfeto pela oxidação de duas moléculas de cisteína Ligações dissulfeto entre resíduos de Cys estabilizam as estruturas de muitas proteínas Cisteína forma ligação dissulfeto Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Peptídeos tem curvas de titulação características ✓Peptídeos biologicamente ativos ocorrem em uma ampla faixa de tamanho Oxitocina (hormônio) – 9 resíduos de Aas Bradicinina (inibe inflamação) – 9 res. AA Aspartame Dipeptídeo sintético Peptídeos características Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Características de algumas proteínas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Os 20 AAs primários nunca se apresentam em quantidades iguais em uma proteína ✓Proteínas apresentam sequencias específicas de aminoácidos especificadas por genes Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Algumas proteínas contém uma única cadeia de polipeptídios => monoméricas ✓Proteínas multisubunitáris possuem mais de um polipeptídio associado => oligoméricas Cadeias iguais ou diferentes Hemoglobina possui quatro unidades polipeptídicas: duas cadeias α idênticas e duas cadeias β idênticas, unidas por interações não covalentes Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Proteínas com outros grupos químicos ✓Adicionados pós-traducionalmente ✓Proteína simples: Compostas apenas por AAs ✓Proteínas Conjugadas: Formadas por AAs e um radical não peptídico Metaloproteínas Lipoproteínas Glicoproteínas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Componentes químicos permanentemente associados às proteínas Lipoproteínas => lipídios + proteínas ▪ HDL, LDL, Glicoproteínas=> açúcares + proteínas ▪ Imunoglobulinas Metaloproteínas => metal + proteína ▪ Álcool desidrogenase (Zn) Grupo prostético Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓ Estrutura primária: resíduos de AAs em uma cadeia polipeptídica ✓ Estrutura secundária: Arranjos estáveis dos resíduos de AAs ✓ Estrutura terciária: dobramento tridimensional do polipetídeo ✓ Estrutura quaternária: Estrutura tridimensional de uma proteína com subunidades. Maneira pela qual as subunidades se combinam. Níveis de estrutura proteica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ESTRUTURA QUATERNÁRIA ESTRUTURA PRIMÁRIA ESTRUTURA SECUNDÁRIA ESTRUTURA TERCIÁRIA Forma estrutural de proteínas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Proteínas homólogas são proteínas relacionadas evolutivamente. Geralmente apresentam a mesma função em espécies diferentes. Ex: Citocromo C (ptn mitocondrial que transfere e- durante oxidação) Proteínas homólogas de espécies diferentes são podem ter cadeias polipeptídicas idênticas ou quase idênticas. Homologia de proteínas entre as espécies Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Quanto mais similares as sequências das proteínas dos organismos, mais próximos eles são evolutivamente Evolução Molecular Árvore molecular da vida ✓Sequencia de AAs em um proteína é determinada geneticamente Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Doenças genéticas ✓Hemácias não conseguem ligar O2 ✓Troca de resíduo de AA na sequencia primária Glu => Val Proteína mutante: Anemia falciforme Hemácias em forma de foice Profa. Leonora Rios de Souza Moreira As proteínas são polímeros de aminoácidos Proteínas ✓ Sabendo que a célula possui milhares de proteínas, como purificar uma única delas? Basta selecionar por propriedade ▪ Tamanho, carga e propriedades de ligação ✓ Obter o extrato bruto “correr” em cromatografia de coluna ▪ Fase estável (matriz) ▪ Fase móvel (solução com tampão) Coluna maior permite maior resolução na separação Proteínas podem ser separadas e purificadas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Cromatografia de troca iônica Ex: Polímero carregado negativamente ▪ Proteínas positivas ligam ao polímero e demoram mais a ser eluídas da coluna ✓Cromatografia de exclusão molecular Grânulos porosos na matriz seguram as moléculas menores ▪ Moléculas grandes não entram nos poros e são eluídas primeiro ✓Cromatografia de afinidade Adiciona-se à matriz da coluna algum tipo de molécula ligante da molécula de interesse ▪ Ex: Molécula ligadora de ATP; adiciona-se ATP à matriz Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Eletroforese Ferreira et al., Mycelial growth and synthesis of heat shock proteins by ectomicorrhizal fungi under supra-optimal temperature conditions. Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Eletroforese 2D ✓ 1ª dimensão: Focalização isoelétrica => Proteínas migram ate atingir carga líquida igual a zero (ponto isoelétrico) ✓ 2ª dimensão: Separação por tamanho =>separação das proteínas por massas moleculares. ✓ Parâmetros independentes na 1 e 2 dimensão. http://www.ufrgs.br/uniprote- ms/Content/02PrincipiosDeAnalise/eletroforese. html. Acesso em 19/03/2015 Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Espectrometria de massa ✓ Identificação, quantificação e caracteracterização de amostras ✓ Análise de proteínas ✓ Análises em industria farmaceutica ✓ Teste de drogas Moléculas sãoionizadas no vácuo Moléculas introduzidas em campo elétrico/magnético Detecção dos íons em função de relação massa/carga (m/z) Registro do número de íons formando espectro Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Espectrometria de massa http://pt.slideshare.net/lhaisleal/espectrometria-de-massas-princpios-e-aplicaes. Acesso em 19/03/2015 Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Algumas proteínas contém uma única cadeia de polipeptídios ✓Proteínas multisubunitáris possuem mais de um polipeptídio associado Cadeias iguais ou diferente Hemoglobina possui quatro unidades polipeptídicas: duas cadeias α idênticas e duas cadeias β idênticas, unidas por interações não covalentes Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓ Estrutura primária: resíduos de AAs em uma cadeia polipeptídica ✓ Estrutura secundária: Arranjos estáveis dos resíduos de AAs ✓ Estrutura terciária: dobramento tridimensional do polipetídeo ✓ Estrutura quaternária: Estrutura tridimensional de uma proteína com subunidades. Maneira pela qual as subunidades se combinam. Níveis de estrutura proteica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Ligação peptídica: grupo -carboxila e grupo -amino; ✓Grupos no radical R: NUNCA participam da ligação peptídica; ✓Número de aminoácidos e ordem que se encontram caracteriza uma proteína. Estrutura primária Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Arranjo espacial entre os resíduos de aminoácidos adjacentes na estrutura primária ✓Arranjos estáveis dos resíduos de AAs ✓A função de uma proteína implica em uma inter conversão entre as formas estruturais. Estrutura secundária Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Estrutura secundária: α-hélice • Estrutura helicoidal mais compacta • Estabilizada por ligações dissulfeto e interações não covalentes (ligações de H, interações iônicas e hidrofóbicas) Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Arranjo mais simples que a cadeia polipeptídica pode assumir (ligação peptídica é rígida) ✓Esqueleto polipeptídico está enrolado ao redor do eixo maior da molécula, enquanto que os grupos R dos resíduos de AAs projetam-se para fora da hélice ✓Formação de ligações de H entre os átomos de H ligados aos de N da ligação peptídica e o átomo de O da carbonila. Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Forças estabilizadoras de α-hélice: Pontes dissulfeto (entre resíduos de Cys), e interações fracas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira A sequência de AAS afeta a estrutura da α- hélice ✓Grande bloco de resíduos de AAs positivos ou negativos irão se repelir fortemente ✓Resíduos de Ans, Ser, Thr e Leu próximos tendem a impedir a formação de α-hélice devido à forma e volume dos grupos R Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Estrutura secundária: folha β • Estrutura em “ziguezague” => mais estendidas • Ligações de H unem 2 segmentos da cadeia polipeptídica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Estrutura secundária: folha β ✓Estrutura estendida semelhante à uma série de pregas ✓ Formação de ligações de H intercadeias ✓Os grupos R dos AAs projetam-se para “fora” da estrutura em ziguezague Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Estrutura terciária diz respeito ao arranjo tridimensional global de todos os átomos de uma proteína. Estrutura terciária Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Proteínas fibrosas: possuem cadeias polipeptídicas em arranjos de folhas ou feixes. De forma geral contém um único tipo de estrutura secundária ✓Proteínas globulares: possuem cadeias polipeptídicas enoveladas em formas esféricas ou globulares. De forma geral contém diversos tipos de estruturas secundárias. Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓α-queratina: Α-hélice Resistente; Cabelo, lã, unhas, garras, espinhos, chifres, cascos e maior parte da camada externa da pele; Proteínas fibrosas Estrutura de fio de cabelo Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Fibroína da seda Folha β Produzidas por insetos e aracnídeos Estrutura flexível pois as folhas são mentidas por interações fracas A seda não estica porque as folhas β já estão estendidas Proteínas fibrosas Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Curiosidade: Enrolar ou alisar os cabelos permanentemente?? ✓ 1ª etapa: redução: Clivagem das ligações dissulfeto, formado resíduos de Cys. O calor úmido rompe as ligações de H causando desenovelamento das α-hélices ✓ 2ª etapa: imprimir ao cabelo a forma lisa ou ondulada desejada e remoção do agente redutor ✓ 3ª etapa: oxidação: formação de novas ligações dissulfeto entre resíduos de Cys. Resfriamento faz as cadeias polipeptidicas retornarem à sua conformação de α-hélice Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓ Mioglobina: proteína com uma única cadeia polipeptídica e um grupo de ferro. Segmentos de α-hélice de comprimentos diferentes, interrompidos por folhas β Maior parte dos grupos R hidrofóbicos localizam-se Proteínas globulares no interior da molécula, longe da exposição à água. Grupos R polares localizam-se no exterior, são hidratados Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Diferentes estruturas terciárias refletem diferenças nas funções das proteínas Proteínas globulares: Diversidade de estruturas terciárias Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Proteínas globulares Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Algumas proteínas possuem duas ou mais cadeias polipeptídicas. O arranjo destas subunidades em complexos tridimensionais constitui a estrutura quaternária ✓Proteínas multiméricas podem ter de duas a centenas de subunidades Estrutura quaternária Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Estrutura quaternária ✓Hemooglobina humana: Duas subunidades alfa e duas beta. GRUPO HEME Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Protein folding O que leva uma proteína a adquirir um certo enovelamento? Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Desnaturação proteica Desnaturação é a perda da estrutura tridimensional (2ª, 3ª ou 4ª) das proteínas. Com a desnaturação há perda da função. Não há perda da estrutura primária Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓ Proteína nativa é aquela que se apresenta numa conformação espacial que permite a sua funcionalidade. ✓A desnaturação proteica é a perda da funcionalidade em decorrência de uma alteração conformacional, originada pela ruptura de algumas ligações de sua estrutura (em nível de estruturas quaternária, terciária e secundária). ✓Desnaturação de uma proteína pode ser reversível ou irreversível. variações de temperatura e pH. Solventes orgânicos (Álcool e acetona) Desnaturação proteica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓A perda da estrutura proteica resulta na perda de função. ✓ATENÇÃO: na desnaturação proteica NÃO há perda da estrutura primária, ou seja, os aminoácidos continuam unidos na mesma sequência. A estrutura primária da proteína não é rompida pois é mantida por ligações covalentes que são ligações fortes. Desnaturação proteica Profa. Leonora Rios de Souza Moreira Desnaturação por temperatura Profa. Leonora Rios de Souza Moreira ✓Encefalopatia espongiforme “Mal da vaca louca” Demência Perda de coordenação ✓PrP (proteína príon) PrPc normal PrPSc proteína mutante Enovelamento incorreto: A doença do príon Profa. Leonora Rios de Souza Moreira
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