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Aminoácidos, peptídeos e proteínas Profa. Lilian Carolina Rosa da Silva Universidade Federal do Paraná – Setor Palotina Introdução • Todas as células • Variedade, espécies, tamanho • Diversidade de funções biológicas (genética) • Polímeros de α-aminoácidos: ligações peptídicas • 20 aminoácidos FUNÇÃO DAS PROTEÍNAS • Hormônios e receptores • Enzimas • Neurotransmissores • Proteínas estruturais • Proteínas contráteis • Proteínas motoras • Proteínas transmembranas • Peptídeos sinalizadores, reguladores, etc Formadas a partir de um repertório de 20 aminoácidos (aa primários). CARACTERÍSTICAS GERAIS DOS AMINOÁCIDO: • apresentam-se ionizados em solução aquosa; • cristalizam a partir de soluções aquosas neutras em espécies totalmente ionizadas, chamadas íons dipolares. • apresentam alto ponto de fusão (resultado das interações eletrostáticas). • curva de titulação característica, dependendo do número de hidrogênios ionizáveis e do tipo de grupo R que possuam. Aminoácidos protéicos 2. AMINOÁCIDOS 2.1. ESTRUTURA COMUM 2. AMINOÁCIDOS 2.1. ESTRUTURA COMUM Alanina exceção - GRUPOS R – VARIAM EM ESTRUTURA, TAMANHO E CARGA ELÉTRICA - INFLUENCIAM A SOLUBILIDADE NA ÁGUA - O CARBONO a - CENTRO QUIRAL - ESTEREOISÔMEROS • A MAIORIA DAS PROTEÍNAS POSSUI L-AMINOÁCIDOS • D-AMINOÁCIDOS ALGUNS PEPTÍDEOS DA PAREDE CELULAR BACTERIANA ALGUNS PEPTÍDEOS COM FUNÇÃO ANTIBIÓTICA ESTEREOISÔMEROS • D e L – configuração absoluta dos substituintes relacionados ao carbono quiral • Relacionados ao gliceraldeído • L – levorrotatório – desvia luz para direita • D – destrorrotatório – desvia luz para esquerda CLASSIFICAÇÃO PELOS GRUPOS R • os aa podem ser agrupados em classes • propriedades dos seus grupos r • polaridade grupo r – tendência de interação com a água em ph biológico • a polaridade dos grupos r varia amplamente • apolar e hidrofóbico totalmente polar e hidrofílico OS AA PODEM AGIR COMO ÁCIDOS E BASES O ZWITTERION PODE AGIR COMO ÁCIDO OU BASE DUPLA NATUREZA – ANFÓLITOS – ÍON DIPOLAR Ácido: doador de próton Base: aceptor de próton OS AMINOÁCIDOS POSSUEM CURVAS DE TITULAÇÃO CARACTEÍSTICAS OS AA SÃO DIPRÓTICOS OU MONOPRÓTICOS PRIMEIRO PRÓTON – GRUPO CARBOXILA (-COOH) SEGUNDO PRÓTON – GRUPO AMINO (-NH3 +) SE TIVER O TERCEIRO – GRUPO R glicina A figura ao lado mostra a curva de titulação da glicina. As espécies iônicas predominantes nos pontos chaves da titulação estão apresentadas acima do gráfico. As caixas sombreadas indicam as regiões de maior força tamponante. glutamato Peptídeos e proteínas • Ligação peptídica • Poucos aminoácidos unidos: oligopeptídios • Muitos: polipeptídios • Proteína: milhares (PM > 10.000) Reação de condensação ligação peptídica Extremidade (ou ponta) amino-terminal Extremidade carboxila-terminal Ser – Gly – Tyr – Ala – Leu Peptídeos e proteinas • Generalizações não podem ser feitas • Peso molecular de um peptídeo (ativo) e proteínas em relação as suas funções • Proteína: peso molecular de 10.000 • Peptídeos: 2 até milhares de resíduos de aminoácidos • Peptídeos pequenos: efeitos em concentrações muito baixas • Ocitocina (9 resíduos): contração uterina • Bradicina (9): inibe inflamação • Um pouco maiores: • insulina (cadeia de 30 e outra de 21) • Glucagon (29) Maioria menos que 2000 resíduos • Algumas proteínas: cadeia polipeptídica única • Outras subunidades múltiplas • 2 idênticas: oligomérica (protômero) Classificação das proteínas quanto à composição • Simples • Conjugadas: apresentam grupo prostético que as divide em: • nucleoproteínas, lipoproteínas, fosfoproteínas, metaloproteínas,... Proteínas conjugadas Terciária Proteínas – polímeros de aminoácidos Arranjo espacial da proteína - CONFORMAÇÃO Interconverte-se sem a quebra de ligações covalentes Muitas ligações simples – muitas conformações possíveis Conformação predominante – a > estabilidade termodinâmica Proteína em sua conformação funcional - NATIVA Proteína – dividida em quatro níveis estruturais Estabilidade da conformação nativa: Pontes dissulfeto e interações fracas Interações importantes para a manutenção da estrutura das proteínas ESTRUTURA PRIMÁRIA • Sequência de aminoácidos e ligações peptídicas • Nível estrutural simples – arranjo espacial da molécula • Cadeia longa – extremidade amino-terminal e carboxi-terminal • Destruição – hidrólise química ou enzimática Estrutura Primária: Sequência dos Aminoácidos – considera as ligações covalentes Estrutura secundária • arranjo espacial dos aminoácidos que estão próximos uns dos outros • Dobramentos regulares • α-hélice Estrutura Secundária Arranjos regulares e recorrentes no espaço de Aminoácidos adjacentes Principais formas – α-helice e β-conformação Rotação das ligações entre os carbonos e dos aminoácidos e seus grupamentos amina e carboxila a-hélice Esqueleto polipeptídico enrolado ao longo do eixo (longo) da molécula Grupos R projetam-se para fora da cadeia Cada passo da α-hélice Estabilidade: pontes de H Todas as ligações pept. Participam das pontes Os passos são mantidos unidos por várias pontes a-hélice Visão Superior a-hélice Visão lateral – espaço cheio Folha β Esqueleto polipeptídico estendido e em zigue-zague Folha β-pregueada – cadeias polipep. arranjadas lado-a-lado Pontes de H – inter e intra-cadeias Grupo R dos aminoácidos adjacentes projetados em direções opostas Padrão alternado quando visto lateralmente Conformação Pontes de hidrogênio Folhas paralelas e antiparalelas podem se formar em uma proteína através de pequenas torções da cadeia polipeptídica. antiparalela Paralela, torção à direita Paralela, torção à esquerda Outras Estruturas Secundárias: dobra β – mudança bruta na direção da cadeia polipep. Curva fechada – 180o Constituída por 4 AA – pontes de H entre o 1o e o 4o AA Geralmente constituída por resíduos de glicina e prolina Estruturas secundárias não repetitivas • Alças e voltas • Voltas β • 4 resíduos de aminoácidos Estrutura terciária • Arranjo espacial dos aminoácidos que estão distantes uns dos outros. • Enovelamento não periódico • Interações entre cadeias laterais na primária Beta-alfa-beta Só beta Só alfa Barril beta Barril alfa-beta Alguns modelos de organização estrutural, como os barris e a, aparecem em vários tipos de proteínas, às vezes não relacionadas. A estrutura terciária descreve a forma tridimensional final de uma cadeia polipeptídica, resultando da associação de partes organizadas da molécula, chamadas de “domínios” ou “motivos” proteicos. Estrutura Terciária Arranjo tridimensional de todos os átomos de uma proteína • As principais estruturas terciárias caracterizam as proteínas em fibrosas e globulares. • As proteínas fibrosas, normalmente, apresentam função estrutural ou de proteção. São insolúveis em água e em solução salina. Um tipo de estrutura secundária. Ex.: queratina. • As proteínas globulares são constituintes das membranas celulares, enzimas ou transportadoras. São solúveisem água e solução salina. Vários tipos de estrutura secundária. Ex.: hemoglobina. Proteínas fibrosas • Queratina, colágeno, fibroína • Proteínas estruturais: força e elasticidade • Insolúveis em água: amnoácidos hidrofóbicos (Ala, Val, Leu, Ile, Met e Phe) • Alfa queratina: cabelo, pelo, unhas, garras, penas, chifres, cascos e parte externa da pele • Pontes dissulfeto estabilizam e dão mais resistências às cadeias Colágeno • Tecidos conectivos: tendões, cartilagens • Garante resistência • Hélice específica • Existem mais de 30 variantes do colágeno dependendo do tecido e da função Fibroínas de seda • Folhas beta • Rica em A e G • Alto empacotamento • Ligações de H entre as cadeias B • Não é elástica, mas é flexível Proteínas globulares • Diversidade estrutural reflete diversidade funcional • Dobramento gera estrutura compacta • Possuem partes em hélices-α e partes em folhas-β • Motivos estruturais • Padrão identificável • Envolve elementos 2D e conexões entre eles Tipos de interações entre os radicais (R) dos aminoácidos e que são responsáveis pela estabilização da estrutura terciária: • pontes de hidrogênio; • pontes de dissulfeto; • interações eletrostáticas e, • interações hidrofóbicas. estrutura terciária das cadeias de insulina. Quant. aprox. de a-hélice e conf. em algumas prot. de cadeia única Proteína Resíduos (%) (Total de resíduos) a-hélice Conformação Mioglobina (153) 78 0 Citocromo c (104) 39 0 Lisozima (129) 40 12 Ribonuclease (124) 26 35 Quimotripsina (247) 14 45 Carboxipeptidase (307) 38 17 Fonte: Lehninger (1995). Estrutura quaternária • Arranjo espacial das cadeias peptídicas da proteína. • Surge apenas nas proteínas oligoméricas Estrutura Quaternária Estrutura Quaternária - Proteínas com multissubunidades ou oligoméricas - Duas ou + cadeias polipeptídicas ou subunidades separadas - Estrutura quaternária: arranjo das proteínas e das subunidades protéicas em complexos tridimensionais - Estas interações entre as subunidades são dirigidas e estabilizadas por várias interações não-covalentes. Funções proteínas ENZIMAS – é o grupo de proteínas mais variado e altamente especializado. PROTEÍNAS TRANSPORTADORAS – existem no plasma sanguíneo onde ligam-se a íons ou a moléculas específicas, os quais são transportados de um órgão para o outro. Ex: hemoglobina, lipoproteínas. PROTEÍNAS NUTRIENTES E DE ARMAZENAMENTO – a ovoalbumina (clara do ovo), a caseína (leite), a ferritina (armazena átomos de ferro). PROTEÍNAS TRANSPORTADORAS Funções proteínas PROTEÍNAS ESTRUTURAIS – são aquelas que servem como filamentos de suporte, cabos ou lâminas para fornecer proteção ou resistência a estruturas biológicas. Ex: colágeno (cartilagens), elastina (ligamentos), queratina (cabelos e unhas). PROTEÍNAS DE DEFESA – as imunoglobulinas ou anticorpos, sintetizadas pelos linfócitos dos vertebrados, podem reconhecer e participar, ou neutralizar invasores como bactérias, vírus ou proteínas estranhas oriundas de outras espécies. Proteína estrutural PROTEÍNAS DE DEFESA Funções proteínas PROTEINAS CONTRÁTEIS E DE MOTILIDADE – são aquelas que proporcionam às células e organismos a capacidade de contraírem-se, de mudarem de forma, ou de se deslocarem no meio ambiente. São exemplos: actina e miosina (músculo esquelético) e tubulina (microtúbulos). PROTEINAS REGULADORAS – ajudam a regular a atividade celular ou fisiológica. Entre elas estão os hormônios (insulina). A resposta a muitos hormônios também é regulada por uma classe de proteínas que se liga ao GTP, sendo denominadas de proteínas G. PROTEÍNAS MOTORAS Estrutura protéica Desnaturação de Proteínas - Estrutura tridimensional é específica de cada proteína - É de extrema importância para o exercício da sua função biológica - Desnaturação - perda da estrutura tridimensional de uma proteína - Desnaturação - ↑ da temp., valores extremos de pH, alguns solventes (etanol, acetona, etc), algumas substâncias em solução (uréia) - Desnaturação - não é necessário a quebra de ligação covalente - Rompem-se apenas as interações fracas como as pontes de hidrogênio, interações iônicas, hidrofóbicas, de van de Waals. - Não é necessário o rompimento todas as interações fracas Renaturação de proteínas • A sequência terciária é determinada pela sequência primária, certo? • As proteínas desnaturadas, portanto, podem voltar aos estados nativos através de renaturação, quando o estímulo é retirado
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