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Universidade do Oeste de Santa Catarina- UNOESC- Campus de Videira Curso de Graduação em Engenharia Química Disciplina Bioquímica Geral Experimental Professor Cesar Milton Baratto RELATÓRIO DA AULA PRÁTICA DE EXTRAÇÃO DOS ÁCIDOS NUCLEÍCOS DA CEBOLA. Acadêmicos: Camila Dani; Diogo Pereira e Juliana Petry. Videira, 07 de Outubro de 2014. INTRODUÇÃO Existem apenas dois tipos de ácidos nucléicos que são o desoxirribonucleico conhecido como DNA ou ADN e o ribonucleico que é o RNA, o DNA que pode ser encontrado nos cromossomos é capaz de se duplicar. Todas as informações para a criação de um ser vivo são encontradas no DNA, ele que fornece todas as instruções necessárias para as atividades celulares e contém todas as informações genéticas da maioria dos seres. Cada nucleotídeo é por composto uma pentose (ribose no RNA e a desoxirribose no DNA), uma base nitrogenada que podem ser púricas (adenina e guanina) ou pirimídicas (citosina, timina e uracila) e um fosfato, sendo a timina exclusiva do DNA e a timina do RNA. O DNA é formado por duas cadeias de poli nucleotídeos em forma de hélice e ligadas através de pontes de hidrogênio, entre as bases nitrogenadas com ligações específicas, ou seja, se em uma cadeia há timina, a base oposta à adenina, do mesmo modo, a citosina se liga com a guanina, formando-se, portanto, duas moléculas de DNA com a mesma sequência de bases. Atualmente podemos observar muitos estudos e polêmicas relacionados à genética como a clonagem, os alimentos modificados ou transgênicos e até mesmo o genoma humano, atualmente presenciamos uma grande evolução da genética com técnicas que permitem o isolamento e manuseio do DNA. O primeiro passo, para aplicação desse estudo é a obtenção desse material que utiliza técnicas parecidas com as que os cientistas utilizavam no inicio de seus estudos, o DNA era separado dos outros compostos celulares. Primeiramente as células eram fragmentas e o DNA separado do conteúdo lipídico das membranas da célula e dos organitos, em seguida é separado das proteínas. Este trabalho laboratorial é simples e pode ser realizado na própria cozinha com substâncias básicas mostrando de forma simples e caseira como podemos obter o DNA para observação e estudo, material o qual os cientistas levaram muitos anos para descobrir. O procedimento a seguir é utilizado para extrair DNA a partir de cebola, métodos semelhantes são utilizados nas extrações de outras fontes, como do sangue, dos tecidos e outros. A extração desse material de células eucariontes consta fundamentalmente das seguintes etapas: a ruptura das membranas celulares para liberação do material genético; o desmembramento dos cromossomos em seus componentes básicos (DNA e proteínas) e a separação do DNA dos demais componentes celulares. Após a extração de DNA, é a análise. A eletroforese consiste na separação de moléculas ionizadas, de acordo com suas cargas elétricas e pesos moleculares em campo elétrico. Moléculas orgânicas como RNA, DNA e proteínas são separadas pela migração destas em um gel durante a aplicação de um potencial elétrico. O princípio da eletroforese utilizada para separação de DNA, por exemplo, baseia-se na carga total negativa do DNA, conferida pelos grupamentos fosfatos. Sendo assim, as moléculas de DNA tendem a migrar em direção ao pólo positivo (cátodo).Nesse caso, a agarose é utilizada como gel para a eletroforese. A agarose é um polissacarídeo e forma uma rede que segura as moléculas durante a migração, dependendo da concentração de agarose, tem-se uma diferença no gradiente de separação. Para preparar um gel de agarose, faz-se uma mistura entre o pó de agarose e solução tampão, o TBE. Após fundir, coloca-se o brometo de etidio que fará com que o DNA ou RNA brilhe quando exposto ao UV. OBJETIVOS Extrair DNA de cebola de forma simples e utilizando substâncias de uso doméstico (detergente para lavar louça, sal de cozinha e álcool). Conhecer os princípios básicos envolvidos na extração do material genético de células eucariotas (do tecido da cebola). Separar os fragmentos de DNA de acordo com seu peso molecular, através de sua migração através de uma matriz quando submetidos a um campo elétrico. MATERIAIS E MÉTODOS 1 - Extração de DNA: Cebola grande Ralador Sal de cozinha (NaCl) Detergente de lavar louça (líquido ou gel) Água quente (65°C à 80°C) Papel filtro Funil Gelo Álcool gelado Dois frascos de vidro (200ml) Bastão de vidro Recipiente para banho de gelo 2- eletroforese: Gel de agarose Cuba de eletroforese Tampão TBE Brometo de etideo Amostra de DNA 1- Extração do DNA Inicialmente foi ralado a cebola com auxílio de um ralador de alumínio, e colocada em um Becker de vidro até a marca de 40ml. Preparado em outro Becker a solução de 100 ml composta por 80 ml de água quente, 20 ml de detergente e uma colher de sopa rasa de sal de cozinha (NaCl) e misturado com a solução de cebola e deixando em repouso por 10 minutos. Em seguida colocamos o frasco com a solução de cebola em um recipiente com água gelada e gelo, para um banho de gelo até que a solução esfrie e apresente um aspecto talhado em média 30 minutos. Após a solução fria é filtrada, armazenada em frasco limpo e adicionado cuidadosamente pela parede (com o frasco em um ângulo de 20° à 40°) álcool gelado, o qual não de mistura com a solução do filtrado formando duas fases. Entre as duas fases é possível observar a formação de um precipitado de cor esbranquiçada que são os ácidos nucleicos. Com auxílio de uma pipeta são sugados os precipitados, ou seja, o DNA e o RNA de cebola e colocados em um tubo sendo secado por alguns minutos para e vaporação do álcool, centrifugados e reidratados com água destilada para a utilização na eletroforese. A lise celular libera as moléculas em uma fase aquosa que é separada dos restos celulares por centrifugação. As proteínas são removidas da fase aquosa por solventes orgânicos (fenol, clorofórmio). O DNA, que permanece na fase aquosa, é precipitado com etanol e, posteriormente, purificado e suspendido em um local adequado. 2- Análise de DNA em eletroforese. Foram pegos 9µl da amostra de DNA já preparada dissolvido em tampão TE e 1µl de tampão de amostra e aplicado no gel para corrida de eletroforese. Após a aplicação da amostra, fecha-se a tampa da cuba contendo os cabos que permitirão a conexão entre a cuba e a fonte de corrente contínua utilizando uma voltagem de 70V por aproximadamente 1 hora e 30 minutos. Durante a corrida o DNA sairá do poço, penetrará no gel, migrando em direção ao pólo positivo. Com isso os fragmentos serão separados de acordo com o tamanho. Os fragmentos menores migram mais rapidamente que os fragmentos maiores, pois eles apresentam maior facilidade de atravessar os poros da matriz de agarose em direção ao pólo positivo. Enquanto que fragmentos de mesmo tamanho migram praticamente juntos. RESULTADOS E DISCUSSÃO 1- Extração do DNA O detergente dissolve as membranas lipídicas além de desintegrar os núcleos e os cromossomos das células da cebola, liberando o DNA. Com a ruptura das membranas, o conteúdo celular, incluindo DNA e proteínas, soltam- se e dispersam-se na solução. Um dos componentes do detergente, o lalril sulfato de sódio, desnatura as proteínas, separando-as do DNA cromossômico. A adição de cloreto de sódio, proporcionou ao DNA um ambiente favorável. O cloreto de sódio contribuicom íons positivos Na+ que neutraliza a carga negativa do DNA. Dessa forma, o DNA precipita na solução aquosa. O álcool gelado, proporciona uma mistura heterogenia (duas fases), em ambiente salino e faz com que as moléculas de DNA se aglutinem, formando uma massa filamentosa e esbranquiçada. O DNA não se dissolve no álcool, na concentração e na temperatura que se usou neste experimento. Pelo fato do DNA ser menos denso que a água e a mistura aquosa dos restos celulares, ele se localiza na interface da fase alcoólica e aquosa. 2- Análise de DNA em eletroforese. Figura 1 - Análise de DNA de cebola em eletroforese. (5º contando da esquerda para a direita) O método mais usual para se visualizar o DNA em gel de agarose é por coloração com brometo de etídeo. Esse corante se intercala entre as bases dos ácidos nucléicos e, na presença de luz Ultra Violeta fluoresce em vermelho alaranjado. A migração do DNA depende da diferença de potencial entre os pólos positivo e negativo, bem como do tamanho dos fragmentos dessas moléculas, expresso em relação ao número de bases. Quanto maior a diferença de potencial, maior a velocidade de migração dessas moléculas, e quanto menor o tamanho dos fragmentos maior a velocidade de migração. A mobilidade dos fragmentos de DNA é influenciada pela presença do brometo de etídeo. O fato desse agente se intercalar entre os pares de bases provoca mudanças na conformação e na flexibilidade da molécula de DNA. Porém, na análise realizada em nossa amostra, não foi possível observar o DNA, este fato pode ter 3 explicações: Contaminação por fenóis, isto pode se expressar pela coloração marrom escura do DNA; Contaminação por polissacarídeos, onde a amostra de DNA surge com um aspecto gelatinoso e bastante viscoso; DNA degradado, isto ocorre pela contaminação das DNAses, por quebra mecânica durante a extração com clorofórmio ou por contaminação com RNA. No caso, a explicação mais aceita para o nosso caso, é que o DNA tenha sido degradado devido ficar muito tempo armazenado para a análise. CONCLUSÃO Foi possível extrair o DNA da cebola por um método bastante simples, onde várias etapas acabaram com a extração de DNA, onde foi possível ver a destruição da parece celulósica que envolve a célula vegetal. O detergente foi o responsável pelo rompimento da membrana citoplasmática e o rompimento do DNA na solução, assim com a adição do álcool foi possível separar o restante DNA. A análise em eletroforese, a corrente elétrica, a composição e a força iônica do tampão influenciam na migração do DNA. Em uma faixa de baixa voltagem, a taxa de migração de fragmentos de DNA linear é proporcional à voltagem aplicada. Entretanto, o aumento de voltagem faz com que a linearidade seja perdida. Desta forma, os grandes fragmentos de DNA migram mais rápido do que os pequenos havendo formação de rastros que refletem a má resolução dos fragmentos.
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