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BIOQUÍMICA DE PROTEÍNAS Encefalopatias espongiformes transmissíveis PRIONS PrPSc é diferente do PrPc normal. Conformação diferente Contém β hélices (comparada com alfa hélice em PrPc) Menos solúvel, muito resistente, inclusive a proteases PROTEÍNAS São constituintes básicos da vida; São macromoléculas complexas; Constituem cerca de 50% do peso vivo dos organismos. Proteínas controlam praticamente todos os processos que ocorrem em uma célula, exibindo uma quase infinita diversidade de funções. Para explorar o mecanismo molecular de um processo biológico, um bioquímico estuda quase que inevitavelmente uma ou mais proteínas. Proteínas são as macromoléculas biológicas mais abundantes, ocorrendo em todas as células e em todas as partes das células. As proteínas também ocorrem em grande variedade; milhares de diferentes tipos podem ser encontrados em uma única célula. As proteínas são os instrumentos moleculares pelos quais a informação genética é expressa. Subunidades monoméricas relativamente simples fornecem a chave da estrutura de milhares de proteínas diferentes. As proteínas de cada organismo, da mais simples das bactérias aos seres humanos, são construídas a partir do mesmo conjunto onipresente de 20 aminoácidos. Como cada um desses aminoácidos tem uma cadeia lateral com propriedades químicas características, esse grupo de 20 moléculas precursoras pode ser considerado o alfabeto no qual a linguagem da estrutura proteica é lida FUNÇÕES BIOLÓGICAS DAS PROTEÍNAS Hormônios e receptores- insulinas Enzimas – Pepsina Proteínas de proteção- imunoglubulinas Proteínas estruturais – colágeno e elastina Proteínas contráteis – actina Proteínas motora – miosina Proteínas transportadoras – hemoglobina Peptídeos sinalizadores, fatores de crescimento neural. A cristalografia por difração de raios x foi utilizada para gerar um modelo computacional de uma proteína de anticorpo (azul a laranja) ligada a uma proteína do vírus da gripe (verde e amarelo). Uma macromolécula composta por uma ou mais cadeias polipeptídicas, cada uma com uma sequência característica de aminoácidos unidos por ligações peptídicas. FORMAÇÃO DE UMA LIGAÇÃO PEPTÍDICA POR CONDENSAÇÃO 1. A estrutura tridimensional de uma proteína é determinada por sua sequência de aminoácidos; 2. A função de uma proteína depende da sua estrutura; 3. As forças mais importantes de estabilização das estruturas especificas de uma dada proteína são as interações não covalentes. 20 AMINOÁCIDOS ENCONTRADOS NAS PROTEÍNAS CADEIAS POLARES E APOLARES Fator que rege o dobramento de uma proteína: distribuição de suas cadeias laterais polares e não polares. CONCEITO DE CONFORMAÇÃO E ESTABILIDADE Conformação- pode ser entendida como o arranjo espacial dos átomos em uma proteína. Proteínas dobradas em qualquer uma de suas conformações funcionais, são chamadas proteínas nativas. Estabilidade- tendência em manter a conformação nativa de uma proteína. Interações químicas Ligações dissulfeto Interações fracas (não covalentes) Ligações de hidrogênio Interações hidrofóbicas e iônicas. Ligações dissulfeto: Em eucariotos, as ligações dissulfeto são encontradas principalmente em proteínas secretadas. (ambiente altamente redutor no interior das células) Ex. Insulina DIFERENTES NÍVEIS DE ORGANIZAÇÃO ESTRUTURAL Estrutura primária Estrutura secundária Estrutura terciária Estrutura quaternária DIFERENTES NÍVEIS DE ORGANIZAÇÃO ESTRUTURAL Estrutura primária: A estrutura primária de uma proteína determina como ela se enovela em uma estrutura tridimensional única, consequentemente determinando também a sua função. A sequência de aminoácidos é absolutamente fixa ou invariável, para uma proteína particular? Polimorfismo Regiões críticas conservadas em espécies aparentadas Estrutura secundária: É o arranjo espacial dos átomos da cadeia principal em um determinado segmento da cadeia polipeptídica. Interações regulares de pontes de hidrogênio dentro de segmentos de cadeias polipeptídicas adjacentes, originam alfa hélice (e folhas beta pregueadas ou seja é o primeiro nível de dobramento. As hélices formam-se mais facilmente que outra conformação; Em uma hélice α as ligações de hidrogênio internas são otimizadas. PADRÕES ESTRUTURAIS Motivos: é um padrão de dobramento envolvendo dois ou mais elementos da estrutura secundária e a conexão entre eles. Domínios: Parte de uma cadeia polipeptídica estruturalmente independente. Os domínios podem ter funções separadas e podem dobrar-se como unidades compactas independentes. Troponina – proteína ligadora do cálcio, com representação dos seus dois domínios ligadores do cálcio. No músculo, a contração se dá pela interação entre os dois filamentos de proteínas nos sarcômeros (actina e a miosina). A cabeça da miosina empurra os filamentos de actina, gerando a contração muscular. Duas ações conjuntas são necessárias para a contração muscular: a) movimentação da cabeça da miosina para atingir a actina; b) liberação deste ponto de ligação no filamento de actina, que está, em condições de relaxamento muscular, ocupado por tropomiosina. Onde o cálcio entra nessa história? Ele encontra-se armazenado em organelas das fibras musculares denominadas retículos sarcoplasmáticos e, para o movimento descrito acima ocorrer, lembremo-nos que o “ponto” (ou sítio) no filamento de actina, onde a cabeça da miosina irá se ligar durante a contração muscular, deve estar livre. No entanto, em condições normais, duas proteínas regulatórias, a troponina e a tropomiosina, bloqueiam este local de interação. A contração somente será possível caso íons de cálcio (Ca2+) sejam exportados dos retículos sarcoplasmáticos e façam uma ligação a troponina, sendo que esta movimenta os filamentos de tropomiosina, desbloqueando os sítios de ligação entre actina e miosina. Estrutura terciária: forças estabilizadoras – conformação tridimensional: Pontes de H Ligações dissulfeto Interações hidrofóbicas Existem duas classes gerais de proteínas, com base na estrutura terciária: Proteínas fibrosas – um único tipo de estrutura secundária Proteínas globulares – contêm diversos tipos de estrutura secundária. Estrutura quaternária: Aquelas proteínas que possuem duas ou mais cadeias polipeptídicas distintas ou subunidades que podem ser idênticas ou diferentes, são denominadas, estruturas quaternárias. Hemoglobina- tetrâmero, formado de duas cadeias alfa e duas cadeias beta. PROTEÍNAS FIBROSAS – Funções estruturais Ex: Queratina Proteína mecanicamente resistente e quimicamente não reativa. Alfa- queratina – mamíferos Beta-queratina – répteis e aves Principal componente da camada externa da epiderme e apêndices relacionados, como cabelos, chifres, unhas e penas. Ex: Colágeno O colágeno é a proteína com maior capacidade para suportar estresse dos tecidos conectivos, como os ossos, os dentes, as cartilagens, os tendões, os ligamentos e as matrizes fibrosas da pele e dos vasos sanguíneos. PROTEÍNAS GLOBULARES- Múltiplas funções Enzimas Proteínas transportadoras/receptores Imunoglobulinas Outras Grupo heme – presente em mioglobina, hemoglobina e citocromos O Heme é um grupo prostético que consiste em um átomo de ferro ferroso (Fe2+) contido no centro de um anel orgânico heterocíclico, chamado tetrapirrol ou PORFIRINA. A presença do ferro ferroso permite a ligação do oxigênio as células sanguíneas, uma parte dele se liga a um resíduo de histidina na proteína globina e a outra a uma molécula de oxigênio. A hemoglobina possui quatro grupos heme, enquanto a mioglobina apenas um. DESNATURAÇÃO DAS PROTEÍNAS A desnaturação das proteínas significa perda da estrutura tridimensional. A desnaturação não altera a estrutura primária Nem sempre causa perda do valor nutritivo das proteínas. Agentes desnaturantes Temperatura pH Solventes orgânicos Uréia Detergentes A ureia desnatura a ribonuclease, e o mercaptoetanol a reduz, rompendo as ligações dissulfeto e liberando 8 resíduos de Cys. DOBRAMENTO DAS PROTEÍNAS O dobramento de muitas proteínas necessita de chaperonas moleculares. Hsp70 (proteínas de choque térmico) Chaperoninas Dobramento das proteínas – vias que contribuem para a proteostase (manutenção contínua do grupo ativo de proteínas celulares, necessárias em um dado conjunto de condições). Muitas condições patológicas estão associadas com um mecanismo de enovelamento errôneo. As doenças são coletivamente chamadas de amiloidoses. A maioria das proteínas sintetizadas no retículo endoplasmático é glicosilada pela adição de oligossacarídeos.
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