Atividade de Fixação Bioinformática

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Atividade de Fixação – Bioinformática
1 – O que é alinhamento de sequências? 
R. Processo de organização de estruturas de DNA e proteínas para a identificação de regiões similares que possam ter consequência de relação funcional, estrutural ou evolucionárias.
2 – Descreva uma aplicação para o alinhamento de sequências.
R. desenho de primers, comparação com uma amostra padrão conhecida para identificação de similaridade.
3 – Diferencie identidade, similaridade e homologia de sequências.
R.
Identidade: sequências iguais
Similaridade: sequências iguais para bases nitrogenadas e sequências parecidas em relação aos aminoácidos.
Homologia: origem evolutiva comum (mesmo ancestral)
4 – Diferencie os tipos de alinhamento:
a) Múltiplo: compara várias sequências simultaneamente
b) Simples: compara sequencias DUAS A DUAS
c) Heurístico: sequenciamento rápido com valor mais próximo possível do ótimo.
d) Ótimo: melhor resultado computacional possível para um sequenciamento.
e) Local: mostra apenas a parte do sequenciamento que se alinhou corretamente, compatibilidade no alinhamento.
f) Global: mostra toda a sequência de ponta a ponta. 
5 – Explique o que é e como é dado o Score do alinhamento.
Ele verifica as pontuações por partes que se alinharam, das partes que alinharam mas não são compatíveis, das partes em que não houve alinhamento por não ter sequência. 
Match 1ponto
Mismatch -2 pontos
Gap extension -3 pontos
Gap opening -4 pontos 
6 – Quais valores são analisados para verificar a significância estatística de um alinhamento?
Valor de s: verifica se o alinhamento ocorreu ao acaso ou não
Valor de p: verifica a probabilidade de um score maior que s
Valor de z: distância entre s e a média da distribuição 
Valor de e: correção do valor de p
7 – Descreva o que é data mining e explique como pode ser aplicado em bioinformática.
É a mineração de dados realizada para que haja a comparação entre variáveis entre padrões para encontrar relações.
8 – Qual a importância da definição de mapas de restrição?
Ele é um mapa dos locais de restrição (CORTE) de enzimas conhecido dentro de uma sequência ADN. A partir desse mapa é possível pesquisar mutações, realizar análises de paternidade ou clonagem molecular
9 – Quais características devem ser levadas em consideração na determinação da estrutura de proteínas? Explique. 
Os ângulos formados entre o carbono alfa e a ligação com a carboxila (psi), e a ligação do carbono alfa com o grupo amina (phi). Essa ligação dependendo do ângulo que girar irá determinar a estrutura proteica 
10 – O que são arquivos PDB e para que podem ser utilizados?
Banco de dados de proteínas, que traz a estrutura da proteína e um arquivo dessas proteínas no formato pdb
Arquivo PDB: informa cada posição de cada átomo da proteína em coordenadas x, y e z. Essas informações são utilizadas nos programas de visualização de proteínas
11 – Quais os métodos de predição de estrutura de proteínas?
Ab initio: usa como informação a sequência primária
Homologia: similaridade
Threading: tem a mesma dobra de proteínas de estruturas conhecidas, mas não possuem proteínas homologas com estruturas conhecidas.