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Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular Introdução à biologia molecular A biologia molecular estuda a composição da célula a nível molecular, bem como suas macromoléculas, principalmente os ácidos nucleicos e suas estruturas de expressão, as proteínas. HISTÓRICO Gregor Mendel (1865) – estudou a hereditariedade, os fatores que eram transmitidos entre descendentes. Friedrich Miescher (1868) – estou o núcleo celular bioquimicamente. Nucleína: molécula grande, rica em P e N. Albrecht Kossel (1880) – nucleína tem bases nitrogenadas. Richard Altmann (1889) – nucleína tem natureza ácida = ácido nucleico. Phoebus Levine e Walter Jacobs (1912) – estrutura dos nucleotídeos. Ácidos nucleicos são poli nucleados. Cientistas conheciam a composição do DNA mas não sabiam sua função Oswald Avery (1944) – “DNA é a molécula que contém as informações hereditárias” Frederick Griffith (1928) – elucidou, a partir de testes com Streptococcus pneumoniae, que haviam componentes genéticos que podiam ser transferidos aos descendentes, por meio de cruzamentos de bactérias virulentas com bactérias não virulentas. Francis Crick e James Watson (1953) – a molécula de DNA tem a estrutura de uma dupla hélice. DOGMA CENTRAL DA BIOLOGIA MOLECULAR Em 1953, a hipótese era de que o DNA cromossômico funcionada como molde para a síntese de moléculas de RNA, as quais consequentemente determinavam a sequência de aminoácidos nas proteínas. Em 1956, Francis Crick referiu-se a esse processo como dogma central. É importante ressaltar que na época nem todos os processos de, como as transcrições reversas eram conhecidas, sendo essas adicionadas ao dogma posteriormente. CONSTITUINTES MOLECULARES Os constituintes moleculares são responsáveis pelas interações bioquímicas entre milhares de moléculas. A célula é constituída por pequenas moléculas e macromoléculas: Pequenas moléculas: aminoácidos, nucleotídeos, lipídeos e açúcares. Macromoléculas: ácidos nucleicos, proteínas e carboidratos e lipídeos (não são polímeros). Proteínas e aminoácidos Proteínas resultam da expressão da informação contida no gene. Imagem de raios-X que permitiu a elucidação da estrutura do Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular O gene determina a sequência de aminoácidos de uma proteína especifica. Conformação nativa: é a estrutura tridimensional ativa de uma proteína, sendo definida pela ordem de resíduos de aminoácidos. Classificação das proteínas Fibrosas: papel estrutural nas células e tecidos, como o colágeno e -queratina. Globulares: estrutura enovelada e compacta, abundantes e essenciais, como as enzimas. Cada proteína globular possui uma estrutura única. Proteínas são cadeias longas de aminoácidos unidos por ligações peptídicas, são mais da metade do peso seco da célula. Aminoácidos Há apenas 20 aminoácidos. São ácidos orgânicos, formados por um átomo de carbono (C) ligado a quatro grupamentos químicos: Um grupamento amino (-NH2) Um grupamento carboxílico (-COOH) Um átomo de hidrogênio (H) Um grupamento variável, a cadeia lateral ou radical (-R) É o grupamento R que determina as diferenças estruturais entre os aminoácidos. CLASSIFICAÇÃO DOS AMINOÁCIDOS As cadeias laterais variam em tamanho, forma, carga elétrica, hidrofobicidade e reatividade. Polares Hidrofílicos, localizam-se na superfície da proteína. Quanto mais aminoácidos polares em uma proteína mais solúvel ela é. Polares positivas (polares básicos) -carregados positivamente. Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular Polares negativas (polares ácidos) – carregados negativamente. Polares neutras – sem carga, realizam ligações de hidrogênio. Apolares Hidrofóbicos, localizam-se no interior da proteína. Quanto mais aminoácidos apolares em uma proteína mais insolúvel ela é. Forças de Van der Waals. Grupo R – cadeiras hidrocarbonadas. Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular Durante a síntese da molécula proteica, os aminoácidos vão se unindo por uma ligação covalente – ligação peptídica – entre o grupamento carboxílico de um e o grupamento amino de outro. São ligados por uma reação de desidratação, com perda de uma molécula de água. -Dipeptídeo – combinação de dois aminoácidos. -Oligopeptídeo – união de poucos aminoácidos. -Polipeptídeo – muitos aminoácidos. ESTRUTURA TRIDIMENSIONAL DA PROTEÍNA Ao analisar-se a estrutura tridimensional de uma proteína distingue-se quatro níveis de organização. Estrutura primária – é a sequência de aminoácidos que forma uma cadeia polipeptídica. Determina os demais níveis de organização da molécula. Estrutura secundária – diz respeito a configuração espacial da proteína, que se deriva da posição de determinados aminoácidos na cadeia. Há duas estruturas secundárias bastante regulares: Hélice-: a cadeia polipeptídica se enrola em torno de um eixo imaginário pois se foram pontes de hidrogênio entre: 1. grupo amino de um aa 2. grupo carboxílico de outro aa, situado quatro resíduos adiante na mesma cadeia polipeptídica Folhas-: conformação de uma folha pregueada, formato de zigue-zague. Estabilizada pela formação de pontes de hidrogênio entre os grupamentos amino e carboxílico de cadeias polipeptídicas vizinhas, em vez de ocorrer dentro da própria cadeia, como é o caso das -hélices. Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular Estrutura terciária – é consequência da formação de novas dobraduras nas estruturas secundárias hélice e folha dobrada , dando formato tridimensional a proteína. São produzidas pois certos aminoácidos distantes se relacionam entre si na cadeia. Segundo a dobradura que adotam são gerados dois tipos de proteínas: Fibrosas – formadas a partir de cadeias com estrutura secundária tipo hélice exclusivamente. Globulares – formadas tanto a partir de hélices como de folhas , ou de uma combinação de ambas. Estrutura quaternária – ocorre em proteínas com mais de uma cadeia polipeptídica, que formam subunidades – proteínas multiméricas. Refere-se à disposição e como as subunidades que formam a molécula se associam umas às outras. Hemoglobina – quatro polipeptídios. Ferritina – 20 polipeptídios idênticos Mioglobina – um único peptídeo. Sequência de aminoácidos Estrutura tridimensional Propriedades Função Carboidratos Também chamados de hidratos de carbono, são formados por ligações covalentes de carbono e água (CH2O)n, sendo n variável. Ou seja, são formados por carbono, hidrogênio e oxigênio. Funções: Fonte de energia celular Constituição estrutural da parede celular, atuando como sinais de reconhecimento específico, e desempenhando papel informacional. São classificados de acordo com o número de monômeros que contêm: Monossacarídeos – açúcares simples, de fórmula geral Cn(H2O)n. Podem ser classificados de acordo com o número de carbonos que possuem: Trioses (3), Pentoses (5), Hexoses (6). Exemplos: ribose, desoxirribose, xilose, glicose e etc. Dissacarídeos – são acúcares formados pela combinação de dois monômeros de hexose, com perda de uma molécula de água. Sua fórmula é C12H22O11. Exemplo: a sacarose é um dissacarídeo formado pela união de uma glicose e uma frutose. Molécula de Glicose Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular Oligossacarídeos – formados pela ligação (glicosada) de poucas unidades monoméricas. Estão ligados a proteínas – glicoproteínas – e a lipídios – glicolipídios. Polissacarídeos – resultam da combinação de muitos monômeros de hexoses, com perda de água. Sua fórmula é (C6H10O5)n. Exemplos: amido, glicogênio e celulose. Lipídios São um grupo de moléculas insolúveis em água e solúveis em solventes orgânicos. Propriedades devidas às suas longas cadeias de hidrocarbonadas alifáticas ouanéis benzênicos (estruturas apolares/hidrofóbicas). Em alguns lipídios tais cadeias podem estar ligadas a um grupo polar, o que lhes permite unir-se à água. Lipídeos mais comuns da célula: triglicerídeos, fosfolipídios, glicolipídios, esteroides e poliprenóides. Ácidos nucleicos É a partir dos ácidos nucleicos que as células recebem as informações sobre quais proteínas sintetizar, sequência de aminoácidos de sua estrutura e qual a função delas, São moléculas que estocam e transmitem a informação genética na célula. Há dois tipos de ácidos nucleicos: ácido desoxirribonucleico (DNA) e ácido ribonucleico (RNA). Os dois são polímeros lineares de nucleotídeos, unidos por ligações fosfodiéster. NUCLEOTÍDEOS Cada um deles é composto por: Um grupamento fosfato Um açúcar (pentose) Uma base nitrogenada (púrica ou pirimídica) Sendo todos esses unidos por ligações covalentes. As diferenças entre os dois ácidos consistem em: DNA RNA Açúcar (pentose) Desoxirribose Ribose Bases nitrogenadas Adenina (A) Guanina (G) Citosina (C) Timina (T) Adenina (A) Guanina (G) Citosina (C) Uracila(U) Bases não usuais - Hipoxantina Inosina O açúcar faz a ligação entre a base e o grupamento fosfato. A ligação é entre o C1 do açúcar e o N9 da purina ou N1 da pirimidina. Nucleosídeo – combinação de uma base e um açúcar. A polimerização de nucleotídeos forma um ácido nucleico. O grupamento hidroxílico ligado ao C3 do açúcar de um nucleotídeo forma uma ligação éster com Daniela Luiza Dorini – Farmácia – Biologia Molecular o fosfato de outro – ligação fosfodiéster – eliminando uma molécula de água. ORIENTAÇÃO QUÍMICA Em uma fita de DNA ou RNA, em uma das extremidades há um grupamento fosfato ligado ao C5 do açúcar e na outra extremidade há um grupamento hidroxílico ligado ao C3 do açúcar. Convencionou-se escrever e ler a sequência nucleotídica da esquerda para direita, no sentido: 5’ 3’
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