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Aminoácido e peptídeos Princípios de bioquímica do Lehninger, capítulo 3, itens 3.1 e 3.2 Importância das proteínas • Proteínas medeiam praticamente todos os processos que ocorrem em uma célula, exibindo um número infinito de funções • Proteínas são a expressão final do código genético Aminoácidos • Existem 20 tipos diferentes de aminoácidos (aa) na extrutura primária das proteínas • Os aa são ligados através de ligações covalentes • Esses aa podem ser arranjados em sequências diferentes e gerando proteínas de tamanhos diferentes, o que fornece grande diversidade às proteínas As proteínas formadas a partir desses 20 aa podem ter uma diversidade de funções • aa diferem uns dos outros por sua cadeia lateral (R) • Todos têm um grupo carboxil, um grupo amino ligados ao carbono α (Cα) • O Cα dos aa estão ligados a 4 grupos diferentes (exceto pela glicina cujo R=H), constituindo-se em centros quirais Os aa podem se apresentar como dois esteoisômeros •Análises por difração de raio X podem determinar se um aa encontra-se na configuração L ou D •Estereoisômeros L e D são como a mão direita e a mão esquerda: são semelhantes, mas não podem ser sobrepostas • Os aa presentes na estrutura de proteínas são todos estereoisômeros L • D-aa só foram encontrados em poucos peptídeos pequenos presentes na parede celular bacteriana e em certos antibióticos peptídicos Mas porque será que a natureza selecionou apenas o estereoisômero L??? Mas porque será que a natureza selecionou apenas o estereoisômero L??? R: Porque para se formar estruturas estáveis e repetitivas, é preciso que essa ocorra a partir de um tipo único de estereoisômero de aa Porque enzimas são estereoespecíficas, diferenciando um estereoisômero do outro Os aa podem ser classificados de acordo com as características do seu grupo R Também são apolares, porém a tirosina pode formar ligação de H Pontes dissulfeto têm função importante na estrutura de muitas proteínas uma vez que essas formam interações covalentes entre partes de um mesmo polipeptídeo ou entre polipeptídeos diferentes • A histidina é o único aa que tem um grupo R ionizável com pKa próximo ao pH neutro, assim a histidina pode se encontrar positivamente ionizada ou sem carga no pH 7,0. • Devido a essa característica, os resíduos de histidina facilitam muitas reações catalisadas por enzimas por servirem como doadores/aceptores de prótons Além desses 20 aa, proteínas podem conter resíduos de aa que foram modificados após terem sido incorporados à sequência da proteína • Hidroxiprolina e hidrolisina podem ser encontrados no colágeno • Metillisina está presente em miosina • γ-carboximglutamato é econtrado na protrombina e em outros proteínas que se ligam a cálcio • Desmosina é encontrada na elastina • Selenocisteína é introduzida durante a síntese proteica e modificado posteriormente (o enxofre é substituído por selenium) • É derivada da serina Aminoácidos podem ainda ser alterados por fosforilação, metilação, acetilação, adenilação, ADP-ribosilação, etc. Foram identificados mais de 300 aa adicionais Por exemplo, a ornitina e citrulina são intermediários na síntese da arninina e no ciclo da uréias Aminoácidos podem agir como ácidos e bases fracas: As formas não ionizadas não ocorrem em quantidades apreciáveis em solução aquosa, onde predominam as formas ionizadas. Um aa com cadeia lateral não ionizável é um ácido diprótico Conclusão: o pKa de qualquer grupo funcional pode ser altamente afetado por seu ambiente químico. Esse fenômeno é muitas vezes explorado pelo sítio ativo de enzimas para promover mecanismos de reação que dependem de valores de pKa alterados de resíduos que são doadores/aceptores de prótons O ponto isoelétrico: No pH 1,0, a glicina se moveria para o eletrodo positivo ou negativo se submetida a um campo elétrico? E no caso do pH 5, 97 ? ? ? ? • Aminoácidos que apresentam grupo R não ionizável, terão comportamento similar a glicina em uma curva de titulação. • O pKa da carboxila varia de 1,8 a 2,4 e o pKa do grupo amina varia de 8,8 a 11,0, dependendo da influência do grupo R • Já aa que apresentam grupos R ionizáveis possuem curvas de titulação mais complexas: 3 processos de ionização distintos PI=3,22 PI=7,59 Ligação peptídica: é bastante estável no ambiente celular (meia vida de 7 anos) Peptídeos são cadeias de aa Pentapeptídeo Oligopeptídeos .... Polipeptídeos (até 10 mil aa) ... Proteínas ... Ligação Peptídica Tetrapeptídeo pKa1 pKa2 pKa3 pKa4 As características ácido-base de peptídeos são exploradas para sua separação O pKa dos resíduos de aa podem ser alterados enormemente quando em uma cadeia polipeptídica por causa da perda de carga dos grupos carboxila e amina e pela presença de grupos R de outros resíduos de aa na cadeia do peptídeo Peptídeos biologicamente ativos Outros exemplos: hormônios, como ocitocina, e substâncias nocivas, como a amanitina O número de aa de uma proteína pode ser determinado dividindo-se a massa molecular da proteína por 110 Ribonuclease Ativa Inativa ( + O2 )
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