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Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein Para que servem as enzimas? Enzimas são moléculas responsáveis pela catálise das reações químicas – aceleram as reações. A velocidade é aumentada em uma ordem de grandeza milesimal de aproximadamente 106 . São chamadas de catalisadores biológicos. São responsáveis pela diminuição da energia do estado de transição - diminuem a energia necessária para a transformação de substrato em produto Não são consumidas nas reações. Possuem grande eficiência - não é necessário ter grandes concentrações enzimáticas para que ocorra as reações químicas. Qual a importância médica e conhecer as propriedades das enzimas? Abordagem farmacológica em inibições e regulações enzimáticas. -Estudo das propriedades enzimáticas, principalmente da cinética das enzimas, é possível elaborar um fármaco que atuará na inibição de uma enzima responsável pelo processo de multiplicação viral. Ferramenta diagnóstica e prognóstica de lesões celulares. -O termo diagnóstico está associado ao agente causador e qual é a doença ocorrente. Já o termo prognóstico, é a estimativa de como uma doença irá evoluir em cada paciente. Por exemplo, um paciente com uma enfermidade grave que cursa com poucas chances de sobrevivência, é cabível de um prognóstico ruim. O prognóstico varia de acordo com a doença e com a resposta do organismo de cada paciente. Exemplo Para a descoberta de lesões hepáticas, utiliza-se uma enzima denominada ALT. Ela é uma enzima encontrada dentro dos hepatócitos e quando existe uma injuria (lesão celular), essa enzima sai do hepatócito e cai na corrente sanguínea. Encontrada em grande concentração no sangue, é um indício de lesão hepatocelular. 1ª OBSERVAÇÃO: A enzima ALT é encontrada normalmente na corrente sanguínea, entretanto em altas concentrações é um diagnóstico de lesão hepática. 2ª OBSERVAÇÃO: Existem inúmeras doenças que podem levar dano ao fígado e não é somente através da descoberta da enzima no sangue que será possível a descoberta do agente causal. -Esse tipo de dosagem enzimática, possui um custo financeiro consideravelmente barato e bastante eficaz em dar um direcionamento para a realização de próximos exames. Abordagem terapêutica em deficiências enzimáticas. - Em casos de pessoas com intolerância a lactose, é necessário a ingestão da enzima lactase para suprir a deficiência de produção do organismo. Nomenclatura Geralmente, a nomenclatura remete ao nome do substrato da enzima e está intimamente ligado ao processo que a enzima realiza. Normalmente, são nomenclaturas populares. Sufixo Utilização do sufixo ASE. Ex: amilase, lipase. Obs: Existem enzimas que não seguem a regra geral para nomenclatura. - Ex: pepsina, renina (utilizada na indústria alimentícia para coalhar o leite), enzima conversora da angiotensina (esse é, literalmente, o nome da enzima), entre outros. Prefixo Em alguns casos, é o substrato da enzima que antecede o sufixo ASE. Ex: Lipídeos – lipases ./ Amilose, - amilase. Enzimas 1 Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein O prefixo pode ser uma breve descrição de um processo. Ex: Enzima que remove hidrogênio do substrato - desidrogenase. Também existem casos, que na nomenclatura é dada a localização/origem da enzima. Ex: lipase pancreática, amilase salivar. Cada enzima do sistema biológico é classificada de acordo com o tipo de reação que a enzima catalisa e ainda, uma sequência numérica com 4 dígitos que a identifique. 1º dígito - classe 2º dígito – subclasse 3º dígito – sub-subclasse 4º dígito – substrato Exemplo: hexoquinase ou hexocinase É primeira enzima, no momento em que a molécula de glicose entra na célula, que possui contato com a glicose. Essa enzima atua nas hexoses. É uma enzima que atua com transferência de grupamento fosfato. Se essa enzima é envolvida com transferência, se encaixa na classe das transferases. NOMENCLATURA USUAL: hexoquinase ou hexocinase NOMENCLATURA OFICIAL: ATP: D-hexose-6- fosfotransferase E.C (Enzyme Commission): 2.7.1.1 2 – Classe: transferase 7 – Subclasse: fosfotransferase (transferência de um grupamento fosfato) 1 – Sub-Subclasse: fosfotransferase utiliza o grupo hidroxila como receptor 1 – Substrato: indica ser a D-glicose o aceptor do grupo fosfato Classificação quanto ao tipo de reação As enzimas podem ser agrupadas em 6 classes: 1-Oxidorredutoras o Enzimas que se associam a reações de transferência de elétrons, logo, são associadas a reações de oxidação-redução. o Ex: desidrogenase é responsável pela transferência de hidrogênios, portanto, realiza uma reação de oxidorredutase. 2-Transferases o Enzimas se associam a reações de transferência de grupamentos químicos. o Ex: grupamento amina, glicosil, fosforil. 3-Hidrolases o Enzimas que realizam reações de clivagem hidrolítica de ligações químicas. Necessitam de estar em meio aquoso, portanto, há a participação da água nesse processo. o Ex 1: quebra de ligação peptídica através da pepsina. Para que ocorra a quebra da ligação entre os aminoácidos, é necessário a participação da molécula de água. o Ex 2: esterases, envolvida na quebra da ligação de triglicerídeos formado por ácidos graxos+ glicerol. 4-Liases o Enzimas que também caracterizam uma clivagem de ligações químicas, porém há a eliminação de átomos de uma molécula envolvendo a formação de ligação dupla. Nas hidrolases, não há a formação de ligação dupla. o Ex: citrato liase, envolvida na síntese de lipídeos. 5-Isomerases o Enzimas que atuam em reações de formação de isômeros. o Ex: glicose sendo transformada em galactose ou vice-versa. 6-Ligases o Enzimas atuante na união de duas moléculas em uma reação acoplada a hidrolise de ATP, ou seja, é utilizado ATP para que ocorra a ligação química entre duas moléculas. Grupamentos Prostéticos A enzima possui em sua estrutura uma parte específica denominada sítio-ativo, onde é realizado a catalise. Esse sítio-ativo não é, necessariamente, feito da sequência de aminoácidos de uma determinada parte dessa enzima, portanto, o sítio-ativo de uma enzima Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein pode ser feito de partes que não estão em uma sequência linear de cadeia de aminoácidos. Em alguns casos, é necessário ainda a adição de moléculas em trechos desse sítio-ativo para que tenha sua função melhorada, permitindo um encaixe mais eficaz do substrato. Quando uma molécula ou um íon estão firmemente integrados à estrutura da enzima serão chamados de grupamento prostético. Serão firmemente integrados por meio de ligação covalente ou alguma interação fraca. Ex: Íon de ferro, cobre, cobalto, magnésio e vitaminas do complexo B, como a B2 e B6. Além do FAD (dinucleótideo de flavina e adenina), há FMN (mononucleótideo de flavina) que são provenientes da vitamina B2 e a piridoxal-fosfato que é proveniente da vitamina B6. METALOENZIMA: grupamento prostético de íons metálicos Cofatores Se associam a enzimas no momento da reação, entretanto de maneira reversível pois não estão ligados permanentemente a molécula enzimática. Algumas enzimas necessitam de cofatores para sua ativação ou correto funcionamento. Na maioria das vezes, os cofatores são íons metálicos como íon de ferro, cobre e magnésio ou seja, são os mesmos íons do grupamento prostético, entretanto os cofatores não fazem parte da enzima, portanto, não estão integrados a ela. Os cofatores também estão localizados no sítio-ativo ajudando no processo de transformação de substrato em produto. ENZIMAS ATIVADAS POR METAL: íons metais agindo como cofatores. Coenzimas São transportadores recicláveis de substratos na célula além, de facilitarem a ação das enzimas. Em alguns casos, é necessário o transporte de grupamentos químicos ou elétrons das reações. Ex1: A desidrogenase é a enzima responsável pela transferência de hidrogênio. Essa transferência de hidrogênio é carreada por uma coenzima. Em uma reação química que possui hidrogênios como produto, se esses hidrogênios ficassem livres seriam muito reativos, gerando radicais livres. Ex2: O NAD (proveniente da vitamina B3 chamada também de niacina) é uma importante coenzima em sistemas biológicos, sendo transportador de elétrons no ciclo de Krebs. Na cadeia respiratória o NAD transporta os elétrons livre. Ex3: O FAD também aparece como coenzima. Ex4: Coenzima A utilizada no transporte de grupamento acetil e UDP, enzima responsável pelo transporte de carboidrato para se ligar a proteína na reação de glicosilação. Sítio Ativo das Enzimas Qual a vantagem de existir o sítio ativo? O sítio ativo protege o substrato de ter outras reações e propicia as condições ideais para a catalise ocorrer. A catalise, só ocorre no microambiente no qual o substrato está protegido e impedido de fazer outras reações. - o Quando o substrato chega para poder se acoplar e ser transformado em produto, é um processo semelhante ao de uma chave (substrato) se encaixando na fechadura (sitio ativo). O modelo chave-fechadura veio para apresentar a especificidade do sítio ativo para um determinado substrato, portanto as enzimas possuem especificidade para um substrato exclusivo ou para um grupo de substratos dentro de uma mesma classe. o Ex: A hexoquinase liga-se a glicose e outras hexoses, o que demonstra a característica das enzimas de terem especificidade por um grupo de substrato de mesma classe. Ao oposto, a enzima glicoquinase é específica para a glicose, portanto, possui um substrato exclusivo. o Entretanto, o sítio ativo não é um receptáculo estático no qual a chave acopla, gira e então a reação acontece como demonstra o modelo chave-fechadura o Tal como uma luva se ajusta para o encaixe da mão, o sítio ativo também se ajusta para um encaixa com o substrato, desse modo o “modelo mão e luva” é o mais aceito atualmente e se baseia no ajuste induzido. Neste contexto, a Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein presença do substrato faz com que o sítio ativo se ajuste para o receber. Mecanismos das Catálises Enzimáticas o O sítio ativo pode servir para uma catálise de proximidade. o Ex: Dois substratos estão livres em um meio aquoso (que poderia ser em um béquer ou dentro de uma célula) e não se encontrariam com tanta facilidade. Porém, há um sítio ativo que permite o encaixe desses dois substratos que irão se reagir, portanto há parte do sítio ativo apropriado para receber um substrato e outra parte, apropriada para receber o outro substrato. Como consequência, há aproximação dos dois substratos, colocando-os em uma íntima relação que favorece a reação química. o O sítio ativo atua como um ácido ou uma base. Existem substratos que para realizarem as reações química, necessitam de sofrerem a ação de um ácido ou de uma base e, em um meio livre, essa ação não ocorreria com facilidade. o Ex: No HIV, uma das reações que está relacionada com o processo de infecção propriamente dita da célula alvo pelo vírus, envolve uma catalise acidobásica. ( ) o A catalise por tensão ocorre quando o substrato precisa ser divido em dois produtos. Esse substrato se acopla no sítio ativo da enzima e o sítio ativo vai se modificando para impedir que o substrato fique unido. A quebra da ligação química que une o substrato AB ocorre por uma tensão que a enzima modificada faz nas ligações químicas desse substrato. o Ocorre com a enzima sofrendo modificação durante o processo de reação do substrato, mas ao final da reação, retorna ao seu formato original. o Ex: O organismo realiza estocagem de proteína quando ingerimos alta carga de aminoácidos. O grupamento amina do excedente de aminoácidos não utilizado será retirado e utilizado, para produzir ureia e eliminar na urina. O esqueleto de carbono (o que resta da retirada do grupamento amina) é transformado em glicose ou gordura. Quando há a remoção do grupamento amina, inicialmente é necessário transferi-lo para uma outra molécula. Essa transferência ocorre por meio de uma enzima e enquanto a enzima realiza esse transporte, ela pode segurar um pouco esse grupamento e então, durante a reação ela se transforma (ganho de um grupamento amina que não possuía). Entretanto, ao final do processo, quando a amina já estiver sido transferida, a enzima que já não possui o grupamento, retorna ao seu formato original. Enzima realiza uma ligação covalente, se ligando a um grupamento químico que não possui, mas posteriormente, desfaz essa ligação. Proteínas Homólogas Quando uma enzima passa por um processo de evolução, ou seja, ganha uma especificidade, para que essa evolução ocorra é necessária haver a informação no gene que possibilite esse processo. Proteínas homólogas são proteínas que evoluíram de um ancestral comum e, em dado momento, ganham especificidade para substratos diferentes. o No organismo encontramos a amilase, responsável por digerir carboidrato. Entretanto, temos a amilase salivar e amilase pancreática que possuem, praticamente, o mesmo substrato (carboidrato), portanto as duas enzimas irão romper ligações glicosídicas. Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein o Proteínas são polímeros formados por diferentes aminoácidos, sendo que o que diferencia cada aminoácido é a cadeia lateral também chamado de grupamento R, portanto, há aminoácidos de cadeia lateral ácida, básica, apolar, etc. Dessa forma, ao oposto do que ocorre com a digestão de carboidratos (a mesma enzima, por exemplo a amilase degrada vários carboidratos), para degradar proteínas não é possível utilizar a mesma enzima que, apesarem de serem classificadas como proteases, possuem especificidade diferentes uma vez que a cadeia proteica é formada por aminoácidos diferentes. No pâncreas por exemplo, que produz muitas proteases pancreáticas (tripsina, quimiotripsina, etc.), existe um tipo de protease para cada tipo de aminoácido diferente. o Proteases: são enzimas (proteínas) que ganharam especificidade para substratos diferentes, mas, na sua origem possuem uma mesma função, ou seja, estão agindo no mesmo grupo de substratos, que nesse caso são os aminoácidos. o As partes das proteínas que permaneceram iguais, mesmo depois da evolução, são chamadas de resíduos conservados. o Em muitos casos, nota-se uma similaridade em espécies de animais diferentes. Então, podemos encontrar tripsina e a quimiotripsina em outras espécies animais por exemplo, logo é deduzido que isso pode ter dito origem evolutiva de um mesmo gene. Isoenzimas Formas enzimáticas distintas que catalisam a mesma reação química. Ex: A enzima chamada fosfatase alcalina está presente nos ductos biliares, possui origem hepática e é eliminada junto da bile. Também existe, fosfatase alcalina nos ossos e, em ambos os tecidos, a função é a mesma: hidrolisar fosfato em meio alcalino. No canalículo biliar, a enzima é eliminada junto da bile então, ajuda no processo de digestão de fosfato no duodeno (trato gastrointestinal). No caso dos ossos, ajuda na incorporação de fosfato para matriz mineral do osso. Quando há a análise da estrutura química dessas enzimas, percebe-se que são semelhantes, mas em uma ou outra subunidade nota-se que essas enzimas são diferentes, portanto são enzimas diferentes que possuem a mesma função. Existe alguma problemática nessa situação? SIM. -Ex1: Essas enzimas possuem valores diagnósticos importantes pois a fosfatase alcalina, pode ser um forte indicativo de um tumor nos ossos, indicando que o osso está em intensa atividade devido à alta concentração enzimática no sangue, portanto pode ser um indício de osteosarcoma (o diagnóstico também deve ser concluído através de outros exames). Entretanto,o aumento no sangue, também em função óssea, se relaciona com o crescimento natural do indivíduo. Na fase de crescimento, pode haver o aumento da fosfatase alcalina óssea. Outra situação que envolve o aumento da atividade da fosfatase é quando o paciente sofre fratura óssea, que envolve um processo de cicatrização, logo o aumento da atividade enzimática. -Ex2: Em obstrução de vias biliares, que impeça a saída de fosfatase alcalina para o duodeno, a enzima se acumula na árvore biliar e ocorre um processo chamado de regurgitação e a fosfatase cai na corrente sanguínea, portanto há o aumento da fosfatase alcalina no sangue de origem hepática. Tanto para a fosfatase alcalina óssea, tanta para a hepática há o mesmo substrato. Existem testes como a eletroforese, que condiz em uma técnica de diferenciação de proteína de acordo com a sua estrutura. Nessa técnica diferencia-se isoenzima hepática e isoenzima óssea e então, é possível saber a origem da fosfatase alcalina. -Há também, uma fosfatase alcalina de origem placentária, mas dura cerca de poucos minutos no sangue, portanto, não é encontrada em exames de dosagem enzimática. -OBS: a fosfatase alcalina, na reação química, depende do cálcio. Se for utilizado um tubo de coleta de sangue que elimina o cálcio do meio a enzima não consegue ser detectada, uma vez que na reação química o cálcio age como um cofator. O que pode variar entre as isoenzimas, é a afinidade em relação ao substrato e a meia vida de cada enzima. Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein Atividade Catalítica para fins laboratoriais Geralmente utiliza-se as reações que convertem o NAD+ em NADH. Com a ajuda do espectrofotômetro, é visto qual o comprimento de onda que detecta o NAD+ ou o NADH. O gráfico mostra que, no comprimento de onda de 350/340nm é onde se tem um pico de NADH diferente de NAD+, portanto significa que se a reação química desejada ou a presença da enzima que precisa ser detectada formar muito NADH, quando for estabelecida a leitura da reação química nesse comprimento de onda, será visto que a produção de NADH não será confundida com a leitura do espectrofotômetro de NAD+ (NAD oxidado). Ou seja, se foi formado muito NADH é perceptível que a atividade enzimática está elevada, logo quanto maior a produção de NADH, no comprimento de onda de 350/340nm, mais fácil será de detectar a enzima. A alteração da densidade óptica permite a visualização da produção de NADH ou de NAD+. Enzimas como Biomarcadores Enzimas são constituintes celulares e por isso, apresentam valor diagnóstico por constituir tecidos. Podem ser indicativos de lesão celular e/ou morte celular. Ex: Susceptibilidade à proteólise e eliminação renal. As enzimas possuem meia vida diferentes logo, uma enzima que dure muito tempo no plasma ou que será eliminada muito rapidamente, são enzimas que dificultam o diagnóstico. Portanto, a susceptibilidade de ser destruída e eliminada do corpo, é importante quando leva em consideração a questão da enzima como diagnóstico. Como devemos interpretar os resultados envolvendo uma enzima? Deverá ser levado em consideração, se possível, a especificidade. ]] Para o uso de dosagem de enzimas em diagnósticos, deverá ser levado em consideração o quanto essa enzima é sensível e sua especificidade. Se uma enzima não tem sua atividade aumentada em função de uma pequena lesão, não possui boa sensibilidade. Além disso, se a enzima é encontrada em várias localizações, em vários órgãos por exemplo, não é considerada uma boa marcadora pois possui baixa especificidade. Ex: ALT e AST são enzimas presentes no fígado e tendem a aumentar no caso de hepatite viral. Também há o aumento dessas enzimas em casos de infarto agudo do miocárdio pois, são enzimas presentes no músculo cardíaco. Uso Clínico adicional envolvendo enzimas Utiliza-se enzima para diagnóstico de analitos específicos, como a glicose. Ex: O teste Benedict (teste para detecção de glicose baseado no poder redutor desse açúcar), se fosse utilizado com uma enzima específica de glicose, como a glicose oxidase, não sofreria as interferências de outras moléculas que não são Bioquímica Médica 1- 07/04/2020 Gabriela Klein glicose, a exemplo do ácido úrico, penicilina e ácido ascórbico (vitamina C). Tratamento de deficiência enzimática. Ex: Doenças relacionadas aos erros inatos do metabolismo. Ativador de plasminogênio tecidual e estreptocinase. Ex: Quando o organismo do paciente possui tendência para a trombose, é possível utilizar o ativador de plasminogênio tecidual para “afinar o sangue” portanto, torna-lo hipercoagulabilizante, ou seja, com menores chances de coagular. Diagnóstico de doenças genéticas e infeccionas Ex: É possível detectar bactéria ou vírus, utilizando enzimas para o reconhecimento específico de fragmentos de RNA ou DNA. Endonucleases Ex: Enzimas que fazem rompimento de fragmentos específicos do material genético para reconhecimento.