Existem três tipos de microbiota: residente, suplementar e transitória. - Microbiota residente: é composta por um grupo relativamente fixo de micro-organismos encontrados em uma determinada área em uma idade específica e que, quando alterada, prontamente se recompõe. Essa microbiota é importante para a manutenção da saúde e prevenção de infecções, pois impede a colonização de micro-organismos patogênicos. - Microbiota suplementar: são espécies bacterianas que estão sempre presentes, porém em baixo número (abaixo de 1%), e que podem aumentar, caso ocorram alterações no meio ambiente. Essa microbiota é importante para a manutenção do equilíbrio ecológico da microbiota residente. - Microbiota transitória: consiste em micro-organismos não patogênicos, ou potencialmente patogênicos, que habitam a pele ou a mucosa durante horas, dias ou semanas. Essa microbiota é adquirida por contato com superfícies ou pessoas contaminadas e pode ser eliminada com a higiene adequada.
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