A causa do megaesôfago chagásico é a denervação dos plexos nervosos e a reação imunológica. A destruição dos neurônios ganglionares desempenha um papel relevante nas alterações do trânsito esofágico e intestinal, e a incoordenação motora é responsável pela estagnação do bolo fecal no intestino grosso e consequente hipertrofia e dilatação das paredes do cólon distal, sigmóide e reto.
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