Aminoácidos raros, especiais ou secundários são aqueles que ocorrem apenas em certos tipos de proteínas. Normalmente são derivados dos aminoácidos padrões, como por exemplo, 4-hidroxiprolina e 5- hidroxilisina (colágeno), N-metil-lisina (miosina), γ-carboxiglutamato (protrombina) e desmosina (elastina).
Aminoácidos não-codificados são aminoácidos que não estão presentes em nenhuma molécula de proteínas , como, por exemplo: citrulina e ornitina (intermediários do ciclo da uréia); homocisteína e homosserina (intermediários do metabo- lismo dos aminoácidos); ácido γ-aminobutírico (GABA, um neurotransmissor); ca- navanina, ácido djenkóiko e βcianoalanina (aminoácidos tóxicos existentes em alguns fungos); γ-carboxi-glutamato (formado por carboxilação do glutamato); fosfo-aminoácidos (formados por fosforilação da hidroxila da serina e treonina ou no grupo fenólico da tirosina).
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