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unesp UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA':.JÚLIO DE MESQUITA FILHO"Campus de Bolucatu
Institufo de Bioeiênci;!os
ee 8<ttueatu ' Unesp
PROGRAMA DE DISCIPLINAS DE CURSO DE GRADUAÇÃO
CURSO:
I CIÊNCIAS BIOMÉDICAS, CIÊNCIAS BIOLÓGICAS (BACH., LIC.), FÍSICA MÉDICA
MODALIDADE:
I-U-N-I-D-A-D--E-U-N-I-V-E-R-S-I-T~Á~R-I-A-:-------------------------------------------
I FACULDADE DE MEDICINA
DEPARTAMENTO RESPONSÁVEL:
I PATOLOGIA
IDENTIFICAÇÃO
NOME DA DISCIPLINA: SERIAÇÃOIDEAL
BIOINFORMÁ TICA APLICADA AO ESTUDO DE SEQUÊNCIAS
BIOLÓGICAS E POLIMORFISMOS GENÉTICOS -
Obrig/Opt/ comp l/Est PRÉ/CO-REQUISITOS SEMESTRE
Opt --
CARGA DISTRIBUIÇÃO DA CARGA HORÁRIA
CRÉDITO HORÁRIA Teórica PráticaTOTAL
3 45 15 30
NÚMERO MÁXIMO DE ALUNOS POR TURMA
I Aulas ~~óricas I Aulas r;áticas I
OBJETIVOS (Ao término da disciplina o aluno deverá ser capaz de:)
- Criar scripts (linguagem Perl) para automação de tarefas, analisar padrões de sequências,
converter e tratar dados armazenados em texto plano (sem formatação);
- Fazer uso de computadores com sistema operacional Linux;
- Integrar conceitos de genética e biologia molecular com análises computacionais;
- Buscar, armazenar, analisar e converter sequências biológicas;
- Detectar polimorfismos, traduzir sequências de DNA e RNA em proteína;
- Desenhar sondas e iniciadores (foco em humanos);
- Fazer alinhamento de sequências;
EMENTA (Tópicos Que caracterizam as unidades dos programas de ensino)
Introdução/revisão dos principais conceitos de genética e biologia molecular, com foco na estrutura
do DNA, RNA, proteína, genes e genomas. Introdução à programação utilizando Perl e uso de
computadores Unix/Linux. Formato de dados biológicos. Armazenamento de dados biológicos.
Conversão e tratamento de dados biológicos. Análise de sequenciamento. Análise de polimorfismos
genéticos (foco em humanos). Desenho de sondas e iniciadores (foco em humanos).
UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA
'~ÚLlO DE MESQUITA FILHO"
Campus de Botucalu
Instituto de Biociincias
dto Botueatu . Unesp
CONTEÚDO PROGRAMÁTICO (Título e Discriminação das Unidades):
TEMA
n~ Modalidade
horas T P
Introdução à programação usando Perl e sistemas UnixlLinux 10 2 8
Estutura da molécula de DNA, RNA, proteína 3 3 -
Organização dos genomas de vírus, procariotos e eucariotos 3 3 -
Formato e armazenamento de sequências biológicas 2 2
Tratamento de sequências biológicas (detecção de Open Reading 8 1 7
Frames, tradução, conversão entre formatos, detecção de padrões)
Alinhamento de sequencias e análise de sequenciamento 6 1 5
A origem da variação genética 1 1
Bancos de dados de variação genética, formato de dados, tratamento 4 1 3
de arquivos VCF (Variant Call Format)
Desenho de sondas e iniciadores (considerando estrutura do genoma e 8 3 5
variabilidade conhecida)
METODOLOGIA DO ENSINO
A disciplina baseia-se em aulas teórico-expositiva e aulas práticas demonstrativas. As aulas teóricas
serão ministradas pelo professor responsável e colaboradores. As aulas práticas serão realizadas em
sala de aula com computadores, ou no laboratório de Genética Molecular e Bioinfonnática
(GeMBio) da FMB. Os alunos também poderão utilizar seus computadores pessoais.
CRITÉRIOS DE AVALIAÇÃO DA APRENDIZAGEM
Forma de avaliação:
O professor fornecerá alguns temas e problemas a serem resolvidos. Os alunos farão um relatório
aplicando o conhecimento adquirido durante a disciplina para solucionar esses problemas. Este
relatório receberá um conceito de O a 10, com base em critérios estabelecidos no início da
disciplina. A média da nota desses relatórios representará a nota final do aluno.
BIBLIOGRAFIA BÁSICA E COMPLEMENTAR
Básica:
- Watson, J. D. DNA recombinante: genes e genomas. 3 ed. São Paulo: Artmed, 2009, 473p.
- Griffiths, A. J. F. et aI. Introdução à Genética. 11a. ed. Guanabara Koogan, 2016
- Sanches, T. G. Programando com Perl. Brasport, 2012, 480p.
- Material fornecido durante o curso
Complementar:
Lewin, B. Genes IX. London: Orform Press, 2009. 892p.
Lesk, A. M. Introdução à Bioinformática. 2a• ed. São Paulo: Artmed, 2008, 384p.
PROGRAMA DE RECUPERAÇÃO
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':JÚLIO DE MESQUITA FILHO"
Campus de Botucatu
Instituto de 9íociincias
de- Botucatu ' Unesp
PROCEDIMENTOS E INSTRUMENTOS PARA RECUPERAÇÃO:
o conteúdo programático no Regime de Recuperação será aquele indicado no programa
da disciplina no semestre letivo do curso. Assim, o aluno deverá orientár seus estudos a
partir da bibliografia apresentada e material fornecido.
O professor responsável pela disciplina poderá receber os alunos em RR, em dia e horário
previamente marcado, no período correspondente ao RR, para esclarecer dúvidas sobre o
conteúdo. O professor fornecerá outro tema/problema a ser resolvido. O aluno fará um
relatório solucionando o problema utilizando o conteúdo estudado na disciplina. Este
relatório receberá um conceito de O a 10, que representará a nota final do aluno.
Conteúdo Proqrarnático para Recuneracão:
O conteúdo programático no Regime de Recuperação será aquele indicado no programa
da disciplina no semestre letivo do curso.
CRITÉRIOS DE AVALlACÃO DA APRENDIZAGEM PARA A RECUPERACÃO:
O professor fornecerá outro tema/problema a ser resolvido. O aluno fará um relatório
solucionando o problema utilizando o conteúdo estudado na disciplina. Este relatório
receberá um conceito de O a 10, que representará a nota final do aluno.
NOTA FINAL COM EXAME DE RECUPERACÃO:
O exame final obrigatório, conforme o artigo 81 do Regimento Geral, será oferecido ao
estudante que não tenha alcançado a nota 5 (cinco) ao final da avaliação realizada no
decorrer do semestre.
Uma vez aplicando-se o exame, a nota final do aluno (A) será obtida pelo cálculo da
média aritmética simples entre a nota do semestre (B) e a nota do exame final (C), que
deverá ser igualou maior que 5 (cinco) para aprovação, ou seja:
(B+C) -ê- 2 = A
Caso A.::: 5: "Aprovado"
Caso A < 5: "Reprovado"
OBSERVACÕES:
O professor responsável pela disciplina poderá receber os alunos em RR, em dia e horário
previamente marcado, no período correspondente ao RR, para esclarecer dúvidas sobre o
conteúdo.
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Campus de Botucatu
APROVAÇÃO:
Instituto de Biociências
do Sotucstu . Vne6p
DEPARTAMENTO CONSELHO QE CURSO
( ) Em reunião de __ ,__ ,__
Profa. Ora. Luciane A. Dias-Melicio
Chefe do Depto de Patologia
FMB/UNESP
C~ Em reunião de 0.3, O~,0
( ) "Ad referendum" __ ,__ ,__
Assinatura do Responsável