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Curso: Zootecnia Prof. Dr. Jeandre Augusto dos Santos Jaques Polímeros constituídos pelo mesmo conjunto de 20 aminoácidos. Instrumentos através dos quais a informação genética é expressa. Ocorrem em todas as células. Ampla variedade (milhares de proteínas em uma única célula). Diversas funções: ◦ Proteínas de membrana (receptores, enzimas, canais de transporte), hormônios, anticorpos, transportadores solúveis, fibras musculares, neurotoxinas, enzimas, etc. 1. Aminoácidos 2. Peptídeos e proteínas 3. Desnaturação de proteínas 4. Funções das proteínas (parte I) Molécula orgânica que contém um grupo amina e um grupo carboxila ligados ao mesmo átomo de carbono (α): Conjunto de 20 aminoácidos – como diferem um do outro? Os aminoácidos comuns em proteínas são designados com abreviações de três letras e símbolos de uma letra. Todos os aminoácidos, exceto a glicina: ◦ Carbono α está ligado a quatro grupos diferentes: Grupo carboxil; Grupo amino; Grupo R; Um átomo de H. O átomo de carbono α é um centro quiral: ◦ os 4 grupos diferentes podem ocupar 2 arranjos espaciais únicos (2 possíveis estereoisômeros). Enantiômeros: imagens especulares. Configurações absolutas de açúcares e aminoácidos são especificadas pelo sistema D e L. Base: configuração absoluta do gliceraldeído. Estereoisômeros com uma configuração relacionada ao L-gliceraldeído são designados L. A configuração absoluta não está necessariamente associada às propriedades ópticas de uma molécula. Aminoácidos não essenciais Enquanto a maior parte das bactérias pode sintetizar todos os 20, os mamíferos sintetizam apenas cerca de metade deles – geralmente aqueles com vias de síntese mais simples. Esses são os aminoácidos não essenciais, não necessários na dieta. Aminoácidos essenciais Os aminoácidos que devem ser obtidos através da dieta são chamados aminoácidos essenciais. Maior complexidade para ser sintetizados. Aminoácidos aromáticos. Aminoácidos de cadeia ramificada. Metionina cisteína Treonina Lisina Isoleucina Leucina Valina Histidina Fenilalanina Tirosina Triptofano Arginina (crianças) Os aminoácidos podem ser agrupados em 5 classes principais com base nas propriedades de seus grupos R: ◦ Grupos R apolares, alifáticos; ◦ Grupos R aromáticos; ◦ Grupos R polares, não carregados; ◦ Grupos R carregados positivamente (básicos); ◦ Grupos R carregados negativamente (ácidos). i. Grupos R apolares, alifáticos Os grupos R são apolares e hidrofóbicos. Tendem a se aglomerar entre si nas proteínas. Tioéter apolar ↓ flex. estrutural ii. Grupos R aromáticos Relativamente apolares. Grupo OH – ponte de hidrogênio – grupo funcional. iii. Grupos R polares, não carregados São mais solúveis em água - possuem grupos funcionais capazes de formar ligações de H H2O. Hidroxil Hidroxil Tiol Amida Amida iv. Grupos R carregados positivamente (básicos) Os mais hidrofílicos são os carregados. v. Grupos R negativamente carregados (ácidos) Os mais hidrofílicos são os carregados. Ambos com um segundo grupo carboxil. Os grupos amino e carboxil de aminoácidos, além dos grupos R ionizáveis, funcionam como bases e ácidos fracos. Quando um aminoácido sem um grupo R ionizável é dissolvido em água a pH neutro, ele passa a existir em solução como um íon dipolar ou zwitterion (do alemão “íon híbrido”), o qual pode atuar tanto como um ácido quanto uma base. Zwitterion Natureza dual (ácido-base): anfóteras. Anfólitos – de eletrólitos anfotéricos. São polímeros de aminoácidos. Cada resíduo de aminoácido unido ao seu vizinho por um tipo específico de ligação covalente. Resíduo de aminoácido? Duas moléculas de aminoácidos podem ser ligadas covalentemente através da formação de uma ligação amídica, denominada ligação peptídica, formando um dipeptídeo. Formada pela remoção dos elementos da água (desidratação) de um grupo α-carboxil de um aminoácido e o grupo α-amino de outro: 2 resíduos de aminoácidos Oligopeptídeo: poucos aminoácidos. Polipeptídeo: muitos aminoácidos unidos (massa molecular até 10.000). Proteína: pode possuir milhares de resíduos de aminoácidos. Pentapeptídeo: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu Proteínas simples: são constituídas apenas por aminoácidos. Proteínas conjugadas: contém grupos químicos associados permanentemente aos seus aminoácidos e a sua região não aminoacídica é denominada grupo prostético. Mioglobina e grupo heme As proteínas conjugadas são classificadas com base na natureza química de seus grupos prostéticos: ◦ Lipoproteínas – contêm lipídeos ◦ Glicoproteínas – contêm grupos sacarídicos ◦ Metaloproteínas – contêm um metal específico Normalmente o grupo prostético exerce um papel importante na função biológica da proteína. Diferenças estruturais – principais determinantes da função das proteínas. Proteínas nativas – conformação funcional. Quatro níveis de estrutura: ◦ Estrutura primária. ◦ Estrutura secundária. ◦ Estrutura terciária. ◦ Estrutura quaternária. Estabilidade – tendência em manter a conformação nativa. As interações químicas que medeiam estes efeitos incluem ligações covalentes e não covalentes (interações fracas). Covalentes: ligações dissulfeto Não covalentes: ◦ Interações iônicas. ◦ Interações hidrofóbicas. ◦ Pontes de hidrogênio. Ligações covalentes ◦ Compartilhamento de elétrons; ◦ Fortes. Ligações não-covalentes ◦ Interações - geralmente eletrostáticas (+ e -); ◦ Individualmente fracas – facilmente rompidas; ◦ Efeito cumulativo - numerosas; ◦ Estabilizam macromoléculas e estruturas supramoleculares; ◦ Rapidamente formadas e rompidas – flexibilidade. Tipo de ligação Energia de dissociação de ligação (kJ/mol) Covalente Não-covalente Interações iônicas Pontes de hidrogênio Interações hidrofóbicas Van der Waals >210 4-80 12-30 3-12 0,3-9 Os átomos envolvidos na ligação peptídica são planares – ressonância/compartilhamento de parcial de elétrons entre o oxigênio carbonílico e o nitrogênio da amida. Ligações peptídicas C-N não podem girar livremente, por causa de seu caráter parcial de ligação dupla. Rotação: N-Cα e Cα-C. Cadeia polipeptídica: uma série de planos rígidos, com planos consecutivos compartilhando um ponto comum de rotação no Cα. É a sequência de aminoácidos unidos por ligações covalentes. Determina como a proteína se enovela em uma estrutura tridimensional única, o que determina a sua função. Muitas doenças genéticas humanas têm sido associadas à produção de proteínas defeituosas (ex. Distrofia muscular de Duchenne). Se a estrutura primária é alterada, a função da proteína também pode ser modificada. Pequenos padrões de organização tridimensional, estabilizados por ligações fracas (interações). Alguns tipos de estrutura secundária ocorrem extensamente em proteínas: ◦ Hélices α ◦ Conformações β ◦ Volta β Quando um padrão regular não é observado, a estrutura secundária é chamada de indefinida. Hélices α Arranjo simples – estrutura helicoidal. Os grupos R dos resíduos de aminoácidos se projetam para fora do esqueleto helicoidal. Em todas as proteínas, a torção da hélice α é para o ladodireito. Cerca de ¼ de todos os resíduos de aminoácidos das proteínas é encontrado em hélices α. Se formam mais facilmente, pois a hélice α otimiza as ligações de hidrogênio internas estabilidade. Fatores que afetam a estabilidade da hélice Interações entre a cadeia lateral de um aminoácido e a cadeia lateral do terceiro/quarto resíduo adiante. ◦ Pares iônicos: carregados + vs. – ◦ Interação hidrofóbica: aromáticos Cargas parcialmente positivas e negativas do dipolo da hélice ocorrem nos grupos amino e carbonil próximos às extremidades aminoácidos carregados apresentam interações estabilizantes. Sistema instável aminoácido carregado positivamente na extremidade aminoterminal. Conformações β (ou folhas β) Cadeia polipeptídica disposta em forma de zique-zague. As ligações de hidrogênio são formadas entre segmentos adjacentes da cadeia polipeptídica. Os grupos R de resíduos de aminoácidos adjacentes se projetam em direções opostas. As cadeias polipep- tídicas adjacentes podem ser tanto paralelas quanto antiparalelas. Orientação antiparalela Voltas β Regiões onde a cadeia polipeptídica inverte o seu sentido. Ligam estruturas sucessivas de hélices α e conformações β. Conectam as extremidades de dois segmentos adjacentes de uma folha β antiparalela. A estrutura é uma volta de 180º que envolve 4 resíduos de aminoácidos. Os resíduos de glicina e prolina frequentemente ocorrem em voltas β. Glicina – resíduo pequeno e flexível. Prolina – sua estrutura rígida “em anel” contribui para formação da volta β. Arranjo tridimensional total de todos os átomos de uma proteína, mantido por: ◦ Ligações não covalentes: interações fracas. ◦ Ligações covalentes: pontes dissulfeto. Podem ser classificadas em: ◦ Proteínas fibrosas. ◦ Proteínas globulares. Proteínas fibrosas Adaptadas às funções estruturais. Em geral formadas por um único tipo de estrutura secundária que se repete. Todas insolúveis em água – aminoácidos hidrofóbicos. Funções: suporte, forma, proteção, força e flexibilidade às estruturas nas quais ocorrem. Exemplos: α-queratina e colágeno. Proteínas fibrosas / α-queratina Encontrada em mamíferos em cabelos, pêlos, unhas, garras, penas, chifres, cascos, camada externa da pele. Sentido horário Supertorção + força Sentido anti-horário Proteínas fibrosas / colágeno Resistência e flexibilidade. Tendões, cartilagens, matriz orgânica dos ossos, córnea dos olhos, periodonto, parede dos vasos sanguíneos. Estrutura terciária (a/b): hélice no sentido anti-horário, com 3 resíduos de aminoácido por volta. Estrutura quaternária (c): supertorção de 3 polímeros, sentido horário. Geralmente Gly-X-Y, onde X = Pro Y = 4-Hyp Proteínas globulares Forma mais compacta do que a observada pra as proteínas fibrosas. Normalmente contém diversos tipos de estruturas secundárias. Cadeias laterais hidrofóbicas orientadas para o interior. A macromolécula se torna solúvel em água. Múltiplas funções: proteínas reguladoras, enzimas, proteínas de transporte (ácidos graxos, gases), proteínas motoras, imunoglobulinas. Proteínas globulares / mioglobina Proteína ligadora de O2 – células musculares. Estoque e facilitação da difusão de O2. 153 aminoácidos e um grupo prostético heme. Cadeias laterais estáveis – interações hidrofóbicas. Grupo heme mantido em uma fenda pouco exposta (preservar o estado Fe2+, que se liga ao O2) Mioglobina Cadeias laterais Algumas proteínas contém duas ou mais cadeias polipeptídicas/domínios/subunidades, que podem ser idênticas ou diferentes. Estrutura quaternária? o arranjo destas subunidades proteicas (estruturas terciárias) em complexos tridimensionais. Perda da estrutura tridimensional, suficiente para causar a perda de função. Agentes desnaturantes: calor, pH extremo, solventes orgânicos, ureia e detergentes. Os agentes desnaturantes desestabilizam as ligações fracas. Ligações covalentes (peptídicas) permanecem íntegras. Desnaturação de algumas proteínas é reversível quando retornam às condições nas quais as estruturas nativas são estáveis (renaturação). Informação – armazenada e expressa. Mecanismos para evitar erros na transmissão da informação genética durante: ◦ Replicação; ◦ Transcrição; ◦ Tradução em proteína. Sequência de aminoácidos. Estrutura tridimensional. Apesar de todas as proteínas terem o potencial de se dobrar em sua estrutura nativa, muitas necessitam de assistência para atingir a configuração terciária correta; Chaperonas moleculares: família de proteínas que interagem com polipeptídeos parcialmente dobrados ou dobrados de forma incorreta. Hidrólise do ATP energia para o desenovelamento. Exemplos: Proteínas Hsp (heat shock proteins) Chaperoninas ¼ ou mais de todos os polipeptídeos sintetizados é destruído por não se dobrar corretamente. Os erros de dobramento podem causar ou contribuir para o desenvolvimento de doenças graves: ◦ Doença de Alzheimer; ◦ Doença de Parkinson; ◦ Fibrose cística. ◦ Doença da vaca louca ◦ Scrapie em ovelhas ◦ Encefalopatia espongiforme Doença da vaca louca Agente causador Scrapie em ovelhas Príon (PrP) Encefalopatia espongiforme Príons: glicoproteínas da membrana celular (tecido nervoso). Dobramento incorreto: PrPsc ◦ A forma anormal pode converter a forma normal anormal ◦ Alteração propagada no tecido nervoso ◦ Contaminação interespécie ◦ Forma placas insolúveis Ovelhas vacas humanos PrP – α-hélice PrPsc – folha-β As funções de muitas proteínas envolvem a ligação reversível com ligantes; Um ligante interage com uma região da proteína chamada de sítio de ligação, que é complementar a ele em tamanho, forma, carga e caráter hidrofílico ou hidrofóbico. A adaptação estrutural que ocorre entre proteína e ligante é chamada de encaixe induzido. As interações entre proteínas e ligantes podem ser reguladas, geralmente por meio de interações específicas com um ou mais ligantes adicionais, que podem causar mudanças conformacionais na proteína que afetam a interação com o primeiro ligante. As enzimas representam um caso especial de função protéica. Elas se ligam e transformam quimicamente moléculas (catalisam reações). Ligantes substratos. Sítio de ligação sítio catalítico. Função Reserva (mioglobina). Transporte (hemoglobina) O O2 se liga a um íon de ferro incorporado em um grupo prostético chamado heme. i. Síntese das porfirinas e do grupo heme ii. Mioglobina iii. Hemoglobina i. Síntese das porfirinas e do grupo heme Porfirinas Moléculas orgânicas com uma estrutura geral com 4 anéis pirrólicos. Pode acomodar um íon metálico em seu centro. Exs.: grupo heme (Fe2+), clorofila (Mg2+), catalase, citocromos. Defeitos na biossíntese de porfirinas podem levar ao acúmulo de intermediários da via porfirias. Grupo heme Consiste em uma complexa estrutura orgânica em anel, a protoporfirina IX, à qual está ligado um único átomo de ferro no estado ferroso (Fe2+). (glicina + succinil-CoA) i. Síntese das porfirinas e do grupo heme Porfirinas Grupo heme (Fe-protoporfirina IX) N N N N O Fe2+ possui 6 sítios de coordenação ii. Mioglobina Exemplo clássico de proteína globular. Primeira proteína a ter a sua estrutura terciária descrita pela cristalografia por raios X. 153 resíduos de aminoácidos. Grupo prostético: heme, em um bolsão hidrofóbico. 2 resíduos polares de histidina no interior da molécula – interações com o grupo heme e com a ligação ao O2. Relativamente insensível a pequenas alterações na [O2] dissolvido – eficaz para o armazenamento no músculo. Mioglobina Grupo heme 2 resíduos de histidinas iii. Hemoglobina (Hb) Exemplo de estrutura quaternária (tetrâmero) 2 subunidades α (141 resíduos de aa) 2 subunidades β (146 resíduos de aa) Grupo prostético: heme, em um bolsão hidrofóbico. iii. Hemoglobina (Hb) ≈ mioglobina (153 resíduos de aa). iii. Hemoglobina (Hb) Liga 4 moléculas de O2 A ligação de cada molécula à Hb apresenta cooperatividade positiva (proteína alostérica). Curva hiperbólica • Mioglobina. Curva sigmóide • Hemoglobina. A ligação da primeira molécula de O2 facilita a ligação da segunda, que facilita a ligação da terceira, que então, facilita a ligação da quarta. iii. Hemoglobina (Hb) Transição de um estado de baixa afinidade (o estado T) para um de alta afinidade (o estado R) à medida que mais moléculas de O2 vão sendo ligadas. Qual o problema de uma proteína que liga o oxigênio com alta/baixa afinidade? ◦ Alta: liga eficientemente o O2 nos pulmões, mas não o libera com eficiência nos tecidos. ◦ Baixa: libera com eficiência nos tecidos, no entanto, não capta com eficiência nos pulmões. iii. Hemoglobina (Hb) e o efeito Bohr A Hb também transporta H+ e CO2, dois produtos finais da respiração celular, dos tecidos para os pulmões e rins. A ligação do H+ e do CO2 tem uma relação inversa com a ligação do oxigênio. O efeito da [H+] é chamado de efeito Bohr. ↑ [H+] causa ↓ da afinidade da Hb pelo O2. ↓ [H+] ausa ↑ da afinidade da Hb pelo O2. iii. Hemoglobina (Hb) e o efeito Bohr Efeito do pH sobre a ligação do O2 à Hb iii. Resumo do efeito Bohr Pulmões Músculo metabolicamente ativo Maior pH que no tecido metabolicamente ativo Menor pH devido à produção de H+ Hemoglobina liga-se ao O2 Hemoglobina libera O2 Hemoglobina libera H+ Hemoglobina liga-se ao H+ iii. A ligação do O2 com a Hb é regulada pelo 2,3- bifosfoglicerato A ligação eletrostática do 2,3-BFG ↓ a afinidade da Hb pelo O2 facilita a liberação nos tecidos. 1,3-BFG 2,3-BFG (glicólise) (inibidor alostérico da Hb) Excesso de 2,3-BFG eritrócito: 2,3-BFG 3-fosfoglicerato (glicólise) Bifosfoglicerato mutase (BFGM) Fosfatase Capaz de fazer a distinção entre o “próprio” e o “não próprio” e destruir o que for identificado como não próprio. Eliminação de vírus, bactérias, protozoários, etc. A resposta imunológica consiste em 2 sistemas: ◦ Sistema imunológico humoral Infecção bacteriana, viral, extracelular. ◦ Sistema imunológico celular Destruição de células hospedeiras infectadas. Tipo celular Função Macrófagos Ingerem por fagocitose células e partículas grandes Linfócitos B (células B) Produzem e secretam anticorpos Linfócitos T (células T) Células T citotóxicas (Tc) Células T auxiliares (TH) Interagem com células hospedeiras infectadas por meio de receptores na superfície das células T (TCR). Interagem com macrófagos e secretam citocinas (interleucinas) que estimulam a proliferação das células Tc, TH e B. Imunoglobulinas No centro da resposta imunológica humoral estão proteínas solúveis chamadas de anticorpos ou imunoglobulinas (Ig). As Ig se ligam a bactérias, vírus, moléculas estranhas e as conduzem para a destruição. Produzidas por linfócitos B – 20% das proteínas sanguíneas. Cada proteína de reconhecimento do sistema imune (TCR, Ig) se liga especificamente a uma determinada estrutura química, distinguindo-a de todas as outras. Imunoglobulinas Antígeno ◦ Molécula ou patógeno capaz de induzir uma resposta imunológica. Epítopo ou determinante antigênico ◦ Estrutura molecular específica dentro do antígeno, onde as Ig ou TCR se ligam. Imunoglobulinas Os humanos possuem cinco classes de imunoglobulinas, cada uma com funções biológicas distintas. A IgG é a classe mais abundante, sendo uma proteína em formato de Y com duas cadeias pesadas e duas cadeias leves. Os domínios próximos da extremidade superior do Y são hipervariáveis dentro da vasta população das IgGs e formam dois sítios de ligação ao antígeno. A interação com o epítopo frequentemente envolve mudanças na conformação da IgG, o encaixe induzido. Imunoglobulinas Imunoglobulinas Imunoglobulinas vs. antígeno Reconhecimento e fagocitose Técnicas analíticas A reação específica de um anticorpo com o seu antígeno é a base de várias técnicas que identificam e quantificam uma proteína específica em uma amostra. Representação esquemática do método geral: Técnicas analíticas ELISA (Enzyme Linked ImmunoSorbant Assay) Exemplo: ELISA para testar a presença de anticorpos anti HSV (Herpes simplex virus) em amostras de sangue. ◦ Poços cobertos com o antígeno (HSV). ◦ IgG do sangue (anticorpo primário) liga-se ao antígeno. ◦ Anticorpo secundário conjugado à enzima. ◦ Ensaio enzimático: + cor + anticorpos anti-HSV Técnicas analíticas Immunoblot (Western blot) 1. Preparo/extração de proteína da amostra. 2. Aplicação no gel e eletroforese para separação das proteínas. Técnicas analíticas Immunoblot (Western blot) 3. Eletroforese – transferência para uma membrana. Técnicas analíticas Immunoblot (Western blot) 4. Detecção através do immunoblot: Anticorpo primário (IgG) liga-se à proteína de interesse. Anticorpo secundário (conjugado à enzima). Ensaio enzimático para revelação. Membrana pós-transferência: Membrana revelada: A contração muscular resulta de interações entre a miosina e a actina, acopladas à hidrólise do ATP pela miosina. Actina + miosina > 80% da massa proteica do músculo. Miosina 1sequência polipeptídica fibrosa e 1 globular. Seis subunidades. Domínio globular: hidrólise do ATP para a contração. Miosina Nas células musculares, as moléculas de miosina se agregam: Unidade contrátil: estrutura em forma de bastão. Actina Segunda principal proteína muscular. Actina G (globular/monomérica) e F (filamentosa). Liga e hidrolisa ATP: polimerização. Músculo esquelético 1 fibra = 1 célula (multinucleada). 1 fibra ≈ 1000 miofibrilas Miofibrilas: filamentos finos e grossos regularmente organizados e complexados com outras proteínas. Contração do músculo esquelético • Perpendicular. • Âncora para fixação dos filamentos finos. • Proteínas: • α-actinina • desmina • vimentina Linha M Linha M • Proteínas: • paramiosina • proteína C • proteína M Deslizamento dos filamentos grossos sobre os finos Mecanismo molecular da contração muscular O Ca2+ se liga à troponina para iniciar a contração Impulso nervoso ◦ influxo/liberação de Ca2+, ligação à troponina ... Enzimas Miosina ATPase quebra (hidrólise) do ATP em ADP+Pi. Não é somente uma proteína de ligação àactina, mas também uma enzima. SERCA (sarco/endoplasmic reticulum Ca2+-ATPase). PMCA (plasma membrane Ca2+-ATPase). A SEGUIR...
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