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Andrey Borges Teixeira Manual da aula prática de eletroforese para DNA ANDREY BORGES TEIXEIRA andbt@yahoo.com http://www.geocities.com/andbt Botucatu 2003 Andrey Borges Teixeira Eletroforese para DNA Introdução: A eletroforese em géis de agarose ou poliacrilamida pode ser usada para separar, identificar e purificar fragmentos de DNA. A técnica é simples, rápida e capaz de determinar fragmentos de DNA que não podem ser separados adequadamente por outros processos, como pela centrifugação através de um gradiente de concentração. Além disso a localização do DNA no gel pode ser determinada diretamente pela coloração através de fluoróforos como por exemplo o Brometo de Etidium. Bandas que contenham ao menos 20pg de fita dupla de DNA podem ser diretamente detectadas em gel sob exposição de luz ultravioleta (UV). O gel de poliacrilamida tem maior capacidade de resolução e é mais efetivo para separar pequenos fragmentos de DNA (5-500 bp – pares de base). Além disso, fragmentos de DNA num mesmo gel que diferem por apenas 1 bp em comprimento ou por 0,1% de suas massas, podem ser separados neste gel. Esse gel também pode acomodar maiores quantidades de DNA sem perda de resolução, até 10mg, comparado ao de agarose que pode acomodar bandas que contenham até aproximadamente 10ng de DNA com boa resolução. Também é muito utilizado para recuperação e purificação de DNA. Contudo o gel de poliacrilamida comparado com o de agarose, é mais difícil de ser preparado e muito tóxico quando em pó ou em solução. Sua corrida se faz numa cuba vertical mediante campo elétrico constante. O gel de agarose tem menor capacidade de resolução, porém apresenta maior extensão de separação. Longos fragmentos de DNA (50-20.000 bp) podem ser separados em gel de agarose com diferentes concentrações. O tamanho dos poros do gel de agarose é diretamente proporcional ao tamanho do fragmento que se deseja separar. O tamanho do poro, ou a porosidade do gel de agarose, é definido pela concentração do gel: quanto menor for a concentração do gel maior será a porosidade e portanto maior o fragmento de DNA que poderá ser separado. Contudo, quanto menor a concentração do gel, mais frágil ele se torna. Geralmente se trabalha com géis de agarose de 1 a 1,5%, dependendo do fragmento de DNA esperado. Andrey Borges Teixeira Mesmo assim, o gel de agarose é incapaz de separar moléculas de DNA maiores que 750 kb de comprimento. Uma solução para esse problema foi encontrada em 1984, quando Schwartz e Cantor, desenvolveram um sistema de campo de pulso (pulsed-field gel electrophoresis – PFGE), que consiste de forma simplificada de um gel com um campo elétrico ortogonal. A - GEL DE AGAROSE Alguns fatores determinam a migração do DNA através do gel de agarose: a) tamanho da molécula de DNA b) concentração da agarose c) conformação do DNA (formas circulares ou não lineares: I; II e III) d) a presença de brometo de etidium no gel e) voltagem aplicada f) tipo de agarose g) tipo do tampão de eletroforese B - GEL DE POLIACRILAMIDA Existem dois tipos de géis de poliacrilamida comumente utilizados: 1- Gel de poliacrilamida denaturante: usado para separação e purificação de fragmentos de fitas simples de DNA. Esse gel é polimerizado na presença de um agente (uréia ou menos freqüentemente formamida). 2- Gel de poliacrilamida não denaturante: usado para separação e purificação de fragmentos de fitas duplas de DNA. C – SOLUÇÕES E REAGENTES C-1) Tipos de tampões: a) TAE (Tris-acetate-EDTA electrophoresis buffer – Tampão de eletroforese-Tris-acetato-EDTA) Andrey Borges Teixeira b) TPE (Tris-phosphate-EDTA electrophoresis buffer – Tampão de eletroforese-Tris-fosfato-EDTA) c) TBE (Tris-borate-EDTA electrophoresis buffer – Tampão de eletroforese-Tris-borato-EDTA) d) C-2) Tampão de carregamento (loading buffer): O tampão de carregamento é misturado às amostras antes de carregar o gel e possui três finalidades: 1) aumentar a densidade da amostra 2) adicionar cor às amostras 3) simplificar o processo de carregamento C-3) Coloração do gel: C-3.1) Brometo de etidium (agarose e poliacrilamida) O brometo de etidium intercala-se com a molécula de DNA a cada 2,5 bp do fragmento, após sua inserção esse exerce uma ligação do tipo van der Waals. A radiação UV é capaz de estimular essa ligação entre o DNA e o corante tornando a molécula ou banda visível no gel através de um dispositivo de transiluminação. C-3.2) SYBR GOLD (agarose e poliacrilamida) Para maiores informações, consulte a referência bibliográfica citada. C-3.3) Metileno Blue (poliacrilamida) Para maiores informações, consulte a referência bibliográfica citada. Andrey Borges Teixeira 4 - PREPARO 4.1. TBE 10 X e 1 X 4.1.1. TBE 10x: Componente Quantidade Concentração Tris base 121,1g 1M Ácido Bórico Anidro 55,6g 0,9M Na2EDTA 2H2O 3,7g 10mM H2O deionizada ou Milli-Q 1 litro pH = 8,3 a 25oC 4.1.2. TBE 1x: - 100ml de TBE 10x + 900ml de H2O (Milli-Q) 4.2. Tampão de carregamento (loading buffer): 4.2.1. Agarose: - 50% (peso/volume) glicerol (H2O DEPC) - 10 mM EDTA (pH 8,0). PM (EDTA) = 372,24 g/mol/litro - 0,25% (peso/volume) azul de bromofenol (bromophenol blue) - em um Becker colocar 5 mL de glicerol + 5 mL de água tratada com DEPC (dietil pirocarbonato) + 37,22 mg de EDTA, homogeneizar e acertar o pH em 8,0 - acrescentar 25 mg de azul de bromofenol homogeneizar novamente e aliquotar (1 mL) em 10 microtubos (1,5 mL) - armazenar a temperatura de 4oC. 4.2.2. Poliacrilamida: - 30% (p/v) glicerol (H2O DEPC) - 0,25% (p/v) azul de bromofenol - 0,25% (w/v) xileno cianol FF(xylene cyanol FF) - em um Becker colocar 3 mL de glicerol + 7 mL de água DEPC - acrescentar 25mg de azul de bromofenol + 25mg de xileno cianol FF homogeneizar novamente e aliquotar (1 mL) em 10 microtubos (1,5 mL). - armazenar a temperatura de 4oC. Andrey Borges Teixeira 4.3. Gel agarose: Variação da % do gel de agarose para separação de diferentes quantidades de DNA esperado: Concentração de Agarose no gel (% [peso/volume]) Moléculas de lineares de DNA (kb) 0,3 5-60 0,6 1-20 0,7 0,8-10 0,9 0,5-7 1,2 0,4-6 1,5 0,2-3 2,0 0,1-2 4.3.1. Gel de agarose (1%) - 100 mL de TBE 1X / 1g de agarose - aquecer o gel de agarose no microondas até ferver - esperar diminuir a temperatura para 50-60°C - verificar o nível do tanque - despejar o gel de forma homogênea - passar delicadamente os pentes pelo gel para desfazer possíveis bolhas de ar colocando-os na posição adequada - deixar secar e retirar os pentes - colocar o tampão TBE 1X até cobrir o gel. 4.3.2. Carregamento do gel horizontal: - colocar num pedaço de parafilme gotas do tampão de carregamento 10% do volume da amostra (ex.: para 15ml da amostra, utilizar 1,5ml) - colocar a amostra de DNA na gota de corante e homogeneizar bem com o pipetador - carregar cada amostra em um pocinho do gel, tomando o cuidado para não perfurar o gel nem derramar a amostra fora do pocinho - adicionar o DNA Ladder (marcador) Andrey Borges Teixeira - conectar os cabos e estabelecer a voltagem ideal para cada gel (1- 5 V/cm para géis médios ou grandes e 5-20 V/cm para mini-géis) Sambrook & Russell (3a Edição). 4.4. Gel poliacrilamida não denaturante:Variação da % do gel de poliacrilamida e tipos de corantes para separação de diferentes quantidades de DNA esperado: Concentração do gel (%) Intervalo de separação (bp) Xileno Cianol FF Bromophenol Blue 3,5 1000-2000 460 100 5,0 80-500 260 65 8,0 60-400 160 45 12,0 40-200 70 20 15,0 25-150 60 15 20,0 6-100 45 12 Andrey Borges Teixeira Volume dos reagentes usados: % gel 29:1 acri-bis (mL) H2O (mL) TBE 10X H2O (mL) PA (10%[mL]) 3,5 11,6 77,7 10,0 0,7 5,0 16,6 72,7 10,0 0,7 8,0 26,6 62,7 10,0 0,7 12,0 40,0 49,3 10,0 0,7 20,0 66,6 22,7 10,0 0,7 4.4.1. Soluções estoque: 4.4.1a. Acrilamida (29):(1) Bisacrilamida - 29g Acrilamida - 1g N,N’ - Metilenebisacrilamida - completar para 100mL de H2O deionizada e destilada ou Milli-Q, homogeneizar sob placa agitadora aquecida - armazenar à 4oC 4.4.1b. Persulfato de amonio (PA [10%]) - 1g Persulfato de amonio - completar para 10mL de H2O deionizada e destilada ou Milli-Q (armazenar à 4oC) 4.4.2. Gel de poliacrilamida não denaturante (5%) - 16,6mL solução estoque (29:1) - 0,7mL de PA (10%) - 10,0mL de TBE 10x - 72,7mL de H2O - adicionar 35mL de TEMED (N,N,N’,N’-Tetramethylethylenediamine) somente na hora de preparar o gel - homogeneizar sob placa agitadora - limpar as placas de vidro para montagem do gel com etanol (do lado onde for aplicar o gel), colocando os espaçadores adequados para espessura do gel desejado - colocar a placa num ângulo de aproximadamente 20o Andrey Borges Teixeira - colocar o gel com auxílio de uma seringa de forma homogênea sem deixar fazer bolhas (“rapidamente”) - deixar a placa na posição vertical - colocar o pente e completar com os espaços para formar corretamente as paredes dos poços - deixar polimerizar até atingir um padrão de “Schlieren” visível e logo após retirar os pentes delicadamente - com auxílio de uma seringa, lave os poços do gel usando tampão TBE 1X - coloque a placa no tanque e cubra-o com tampão TBE 1X 4.4.3. Carregamento do gel vertical: - colocar num pedaço de parafilme gotas do tampão de carregamento 10% do volume da amostra (ex.: para 15ml da amostra, utilizar 1,5ml) - colocar a amostra de DNA na gota de corante e homogeneizar bem com o pipetador - colocar cada amostra em um pocinho do gel, tomando o cuidado de não perfurar o gel nem derramar a amostra fora do pocinho - adicionar o DNA Ladder (marcador) - conectar os cabos e estabelecer a voltagem ideal para o gel (1-8 V/cm) Sambrook & Russell (3a Edição). Andrey Borges Teixeira 5. Coloração do gel: 5.1. Brometo de etidium (BE): - BE estoque - 10mg/ml - 1 pastilha de BE contém 100mg, portanto, diluir 1 pastilha em 10 ml de H2O Milli-Q. 5.1.1. Corando o gel antes da corrida (agarose): - BE no gel - 0,5 mg de BE por mL de gel 5.1.2. Corando o gel depois da corrida (agarose e poliacrilamida): - fazer o gel sem BE - preparar solução corante de BE/TBE 1X (1ml de BE estoque / 10ml TBE 1X) - manter essa solução no tupeware por no máximo 3 dias (o BE acaba perdendo sua ação pela ação da luz solar) - preparar solução suficiente para cobrir o gel e colocá-la no tupeware - após a corrida colocar o gel imerso na solução corante por 30 minutos (gel de agarose) ou 15 minutos (gel de poliacrilamida) - após aguardar o tempo necessário para cada gel, este estará pronto para fotodocumentação ou captura de imagem do gel. Andrey Borges Teixeira 6. Fotodocumentação ou captura de imagem do gel: Sambrook & Russell (3a Edição). Amersham Biosciences (VDS-CL - Filmless detection of chemiluminescence) 7. Referência Bibliográfica: Sambrook J, Russel DW. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 3th Edition. Cold Spring Harbour Laboratory Press, New York, 2001.
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