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UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DO RIO DE JANEIRO GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS BIOLÓGICAS Resumo IC383 – BIOQUÍMICA PARA ÁREAS AGRÁRIAS VIVIAN DOS SANTOS NOGUEIRA Editado em 2017 1 1. PROTEÍNAS ___________________ 2 Visão Geral Aminoácidos Propriedades das Cadeias Laterais Cálculo de P.I _______________ 4 Titulação de Aminoácidos _____ 5 Ligações Peptídicas Classificação das Proteínas _____ 6 Estrutura Protéica ____________ 8 Hemoglobina _______________ 10 2. ENZIMAS ____________________ 12 Cinética Enzimática __________ 14 KM Enzimático Inibidores Enzimáticos ________15 3. LIPÍDIOS _____________________15 Ácidos Graxos ______________ 16 Estocagem, mobilização e transporte de lipídios _______________________ 17 Mobilização de Ácidos Graxos _ 18 Transporte de ácidos graxos para o interior das mitocôndrias β-Oxidação __ ______________ 19 Síntese de Corpos Cetônicos ___ 20 4. ÁCIDOS NUCLEICOS __________ 21 Tipos De Ácidos Nucleicos Estrutura Dos Ácidos Nucléicos _ 22 Processos Gênicos 5. CARBOIDRATOS ______________ 25 6. METABOLISMO _______________ 26 Respiração Celular ___________ 27 Glicólise Regulação da Glicólise ____30 Anaerobiose em questão___ 31 Tipos de Organismos Anaeróbicos ____________ 32 Ciclo de Krebs __________ 33 Pontos de Regulação do Ciclo de Krebs _______________ 36 Fosforilação Oxidativa Regulação do processo respiratório _____________ 38 Sistema de lançadeiras ____ 39 A saída de atp da mitocôndria Geração de espécies reativas de oxigênio _______________ 40 Gliconeogênese Glicogênese ________________ 41 Glicogenólise _______________ 42 Regulação da síntese e degradação de glicogênio _______________ 43 Estocagem de glicogênio e triacilgliceróis _______________ 44 Oxidação dos aminoácidos _____ 46 Ciclo da ureia _______________ 48 Bibliografia _________________ 49 ANEXOS 2 1. PROTEÍNAS VISÃO GERAL As proteínas são as macromoléculas mais abundantes e importantes nas células, e perfazem, em média, 50% do peso seco corporal. Sua presença é notada em todas as células saudáveis de um organismo, bem como sua função; sendo assim portadora de várias estruturas, como a secundária, a terciária e a quaternária. Com o arranjo desses elementos estruturais fundamentais em diferentes combinações, é possível construir uma grande diversidade de proteínas, as quais serão capazes de desempenhar uma grande variedade de funções especializadas. Suas funções abrangem desde estrutural, catalítica (enzimas), hormonal, transportadora até energética e sistema imune. Quimicamente falando, as proteínas são compostos bioquímicos, constituídos por um ou mais polipeptídios tipicamente condensados em forma globular ou fibrosa, de acordo com a sua função biológica. São compostos de alto peso molecular, sintetizadas pelos organismos vivos através da ligação peptídica entre um grande número de moléculas de α-aminoácidos. Importante reservar reflexão ao fato de que as ligações peptídicas, bem como as ligações glicosídicas, liberam uma molécula de H2O quando se completam, sendo elas caracterizadas reações de síntese por desidratação. Um fator importante a esclarecer sobre as ligações peptídicas é que na região da ligação é impossível haver rotação, como nas ligações duplas. Os quatro átomos que participam dessa ligação ficam dispostos em um plano rígido, restando apenas aos grupos substituintes a possiblidade de mudar de posicionamento e rotarem. 1. AMINOÁCIDOS Consistem nas unidades monoméricas das proteínas. Quimicamente, um α-aminoácido é um composto quiral (exceto glicina), formado por um átomo de carbono central (ou carbono α) ligado a um grupamento amina, uma carboxila, um átomo de hidrogênio e um radical diferenciado (também chamado de cadeia lateral). Este radical é diferente para cada um dos 20 aminoácidos que formam as proteínas. Os aminoácidos podem variar sua carga de acordo com o pH do meio, podendo, assim, se comportarem como ácidos –doando prótons- ou bases –recebendo prótons H+. Quando os aminoácidos estão expostos a soluções de pH neutro, são predominantemente zwitterions ou “íons dipolares”. Isto quer dizer que dos dois grupamentos ionizáveis, um se encontra ionizado e o outro estável, deixando a carga da molécula neutra. Quando o aminoácido estiver em meio ácido, terá muitos prótons [H+] no meio, então como meio de equilibrar, a molécula de aminoácido vai saturar-se também de [H+], isto é, vai receber prótons e se PROTONAR. Quando a molécula estiver em meio básico, o contrário ocorre: como há poucos prótons [H+] no meio, como meio de equilibrar, ela doa seus prótons [H+], ou seja, se DESPROTONA. Meio Ácido - Aminoácido age como base - recebe [H+] Meio Básico – Aminoácido age como ácido – doa [H+] É importante notar que o grupamento carboxila possui maior facilidade de dissociação protônica que o grupamento amina, logo, na configuração de zwitterions, é mais comum encontrar a carboxila desprotonada e a amina protonada. A variedade de cadeias laterais é grande o bastante para configurar grupo tal diverso em funções e formas como as proteínas, mas as cadeias laterais tem função para além de diferenciá-las entre si. Nota: O motivo é desconhecido, mas sabe-se que quase todos os resíduos de aminoácidos presentes em proteínas são L-estereoisômeros. Os D-estereoisômeros foram encontrados apenas em algumas bactérias e alguns peptídeos que agem como antibióticos. - Propriedades das Cadeias Laterais Os Grupos R (ou cadeias laterais) são, ainda, fonte de classificação para os aminoácidos, e as 3 propriedades que estes grupamentos possuem dizem muito sobre a função das proteínas ou enzimas que eles compõem. Atenção: a classificação é arbitrária. O caráter químico usado na classificação é do GRUPO R, não da molécula. Podendo ser o grupo R apolar e a molécula solúvel em água. - Grupos R APOLARES ALIFÁTICOS A água é um composto polar, então, os Radicais desta classe de aminoácidos são hidrofóbicos. A Metionina possui uma cadeia predominantemente alifática, que inclui um grupamento tioéter (--S--); A cadeia lateral da Isoleucina inclui mais um centro quiral. A Prolina também tem uma cadeia lateral alifática, mas difere dos outros membros do conjunto por sua cadeia lateral ser ligada tanto ao nitrogênio da amina quanto ao carbono α. Sua estrutura “cíclica” característica (e seu ângulo) confere muita rigidez à molécula. A glicina configura o único aminoácido não- quiral entre os vinte. - Grupos R APOLARES AROMÁTICOS Seguindo a tendência hidrofóbica, mas agora com cadeias laterais contendo anéis, a Fenilalanina é puramente hidrofóbica, enquanto a tirosina e triptofano são menos, devido aos seus grupamentos OH e NH, respectivamente. Os anéis aromáticos do triptofano e tirosina contém ligações duplas, ou seja, elétrons pi (π) deslocalizados, que absorvem fortemente a luz ultravioleta. Esta absorção de luz pode ser usada para avaliar a concentração de uma proteína em solução, se for conhecido o número de unidades de triptofano e tirosina na proteína. - Grupos R POLARES NÃO-CARREGADOS A Serina e a Treonina possuem hidroxilas alifáticas, sendo a primeira considerada uma versão hidroxilada da Alanina e a segunda uma versãohidroxilada da Valina, onde um grupo metila foi substituído por uma hidroxila. Por esta adição de [OH-], a Serina e Treonina são muito mais hidrofílicas que a Alanina e Valina. Vale observar também, que a Treonina contém dois centros quirais, como a Isoleucina. A Cisteína é semelhante a Serina, mas possui um tiol (--SH--) no lugar da hidroxila; importante observar isto, pois é um grupo muito mais reativo e ainda podem se reunir formando pontes de dissulfeto, que são importantes para estabilizar a forma terciária de certas proteínas. Este grupo, no geral é bem hidrofílico, pois seus radicais possuem grupamentos que realizam pontes de hidrogênio com a água. Observação: Os grupos mais hidrofílicos são aqueles que são positivas ou negativamente carregados, pois possuem grupos com o maior valor negativo de índice hidropático. Isto se dá pois são grupamentos extremamente polares. 4 - Grupos R POLARES NEGATIVAMENTE CARREGADOS Este grupo abriga o que conhecemos com Cadeia Lateral Ácida, pois possuem um grupamento carboxila, que possui alto poder de dissociação protônica, fazendo com que o pKR seja o mais baixo em comparação a outros aminoácidos. - Grupos R POLARES POSITIVAMENTE CARREGADOS A Lisina e Arginina tem cadeias relativamente longas, que terminam em grupamentos que tem cargas positivas em pH neutro. A histidina possui um grupamento Imidazol, um anel aromático, que também pode se ionizar e possuir carga positiva. O anel imidazólico possui pKR perto de 6, o que significa em pH neutro provavelmente terá carga positiva. Observando o gráfico disponível no ANEXO I, nas páginas finais, é interessante analisar a diferença de ponto isoelétrico dos aminoácidos com grupos positivamente e negativamente carregados. O ponto isoelétrico é aquele valor de pH onde a molécula está neutra (em zwitterion). Nos radicais negativamente carregados, há presença de grupos carboxilas, logo, para que elas se desprotonem, o valor de pH não precisa ser tão alto como o necessário para desprotonar o grupamento amino dos positivamente carregados, logo, nestes grupos, temos o ponto isoelétrico mais deslocado para valores ácidos. Sete dos 20 aminoácidos têm cadeias laterais facilmente ionizáveis. Estes são capazes de doar ou receber prótons H+ para facilitar reações, assim como para formar ligações iônicas. Estas propriedades dos aminoácidos dotam as proteínas de versatilidade para assumir papéis importantíssimos no organismo. CÁLCULO DE P.I Caso 1 – Só há pK1 e pK2: P.I = pK1+ pK2 2 Caso 2 - há pK1, pK2 e pKR Nestes casos, devemos fazer um esquema como abaixo e seguir os seguintes passos: 1- Ordenar os valores de pK1 e pK2 e pKR do aminoácido em questão. No caso do Glutamato os valores são pK1 = 2,19 e pK2 = 9,67 e pKR = 4,25. Logo, a ordem crescente de pH fica pK1, pKR e pK2. 2- Desenhar uma ordem de desprotonação de acordo com os pontos de pK conhecidos. 3- Nomear as cargas que cada forma que o aminoácido possui. A forma “zwitterionica” é a que possuir carga zero, logo, o ponto isoelétrico se dará pela média aritmética dos dois valores de pK que estão no entorno da forma de carga 0. Neste caso, o valor do P.I será dado por PI = pK1+ pKR 2 5 - Titulação de Aminoácidos Os gráficos de curvas de titulação nos oferecem diversas informações sobre os aminoácidos. Titulação consiste na adição gradual de uma base a uma solução ácida até que se atinja um pH básico (o contrário também ocorre). Por isso, os gráficos são sempre crescentes para cima e para a direita. As curvas são desenhadas pelos pK’s. - Interpretando Os gráficos possuem regiões de crescimento vertical mais acentuadas e mais cautelosas. Sabendo que o eixo “y” diz respeito ao pH da solução, nos momentos de crescimento menor, significa que o pH da solução está mais estável. Esses momentos são os marcos de pK1, pKR e pK2. Isto ocorre pois nestes valores de pH a molécula desprotona, isto é, doa prótons H+ para o meio, então, a “bascicização” da titulação diminui intensidade. A Histidina é um exemplo de aminoácido com cadeia lateral ionizável. Isto significa que ele possui um valor de pKR, logo, seu gráfico ficará com três níveis. A Glicina não possui Grupo R ionizável, logo, só podemos observar os valores de pK1 e pK2. Sendo como for, os pontos de pK sempre serão horizontalizados em relação aos outros. A indicação gráfica do ponto isoelétrico (P.I.) não apresenta especificidades na curva, mas deve ser indicado equidistante dos dois pontos de pK1 e pK2, na linha. Caso haja valor de pKR o ponto isoelétrico deve estar entre aqueles que o cercam, como vimos no item anterior do cálculo de P.I. LIGAÇÕES PEPTÍDICAS Duas moléculas de aminoácidos podem se unir covalentemente por meio de uma ligação chamada de LIGAÇÃO PEPTÍDICA, formando um dipeptídeo. Como dito no início, é uma reação de desidratação pois libera uma molécula de água para que a amina de um aminoácido consiga se ligar com a carboxila de outro. Este evento é também considerado reação de condensação, uma classe de reações muito comum nas células vivas. O número de ligações peptídicas sempre será indicado por (n-1), sendo n o número de aminoácidos. Ex.: entre 5 aminoácidos, há 4 ligações peptídicas. Quando há um pequeno número de resíduos de aminoácidos formando a cadeia, chamamos a estrutura de oligopeptídeo; quando são muitos, polipeptídeo. Não é possível generalizar os peptídeos por peso molecular, uma vez que existem dipeptídeos e oligopeptídeos importantíssimos que são hormônios (oxitocina -9, bradicina -9), micotoxinas como a amanitina ou até mesmo antibióticos naturais. Hormônios importantes como a insulina possuem apenas 30 resíduos, Glucagon possui 29, corticotropina, com 39, etc. Por isso, é difícil estabelecer ligação entre o tamanho do peptídeo e sua importância. É possível calcular o número aproximado de resíduos através do peso molecular apenas dividindo-o por 110 (peso médio dos 20 aa), como mostra a próxima tabela. 6 Por questões de terminologia, chamamos os aminoácidos de um peptídeo de resíduos, pois para eles se ligarem uns aos outros, perderam parte de sua estrutura (OH- do COOH e H+ do NH3). Ao analisarmos um penta peptídeo, por exemplo, o resíduo de aminoácido presente na extremidade que exibe um grupo α-amino é o resíduo aminoterminal (ou N- terminal); o presente na outra extremidade deve exibir um grupo carboxila livre, é o resíduo carboxiterminal (ou C-terminal). O pentapeptídeo serilgliciltirosilalanileucina, mostrado acima possui esse nome a partir dos aminoácidos que o compõe, começando à esquerda pelo resíduo aminoterminal. Serilgliciltirosilalanileucina > Ser-Gly-Tyr- Ala-Leu É importante observar que os grupos α-amina e α-carboxila dos aminoácidos no meio da estrutura (não- terminais) estão ligados covalentemente entre si, fazendo parte das ligações peptídicas. Estes, não se ionizam, logo, não contribuem para o comportamento acidobásico global dos peptídeos. Isso não impede que suas cadeias laterais (ou grupo R) se ionizem, mas seus valores de pK podem ser ligeiramente alterados quando eles se tornam resíduos. Se hidrolisarmos totalmente um peptídeo, teremos uma solução com proporção singular ecaracterística de diversos α-aminoácidos. O que é importante ressaltar é: - É extremamente difícil que dois peptídeos sejam iguais em número e tipos de aminoácidos. Mesmo que isso aconteça, a ordem dos aminoácidos é de extrema importância para definir a proteína e sua forma. - Não há um padrão qualitativo nem quantitativo quando se trata dos resíduos. Por exemplo, um peptídeo pode possuir 22 Alaninas e 2 Histidinas, enquanto outra pode possuir 6 Alaninas e 3 Histidinas. Isto tem mais relação com a função da proteína em específico do que com um padrão de proteínas. - Os 20 aminoácidos quase nunca se apresentam em quantidades iguais em uma proteína. Alguns aminoácidos podem aparecer apenas uma vez por molécula ou até mesmo não aparecer, enquanto outros aparecem em grandes quantidades. As duas proteínas da tabela, apesar de pertencerem a um mesmo animal, tem funções completamente diferente, logo, também diferem significativamente nos números relativos de cada tipo de aminoácido que contém. Classificação das Proteínas 1. Quanto à composição: Dividas em Proteínas Simples e Proteínas Conjugadas 2. Quanto ao número de cadeias polipeptídicas: Proteínas Monoméricas e Proteínas Oligoméricas 3. Quanto a sua forma: Proteínas Fibrosas e Proteínas Globulares –SIMPLES x CONJUGADAS As proteínas simples são aquelas formadas exclusivamente por aminoácidos. Em outras palavras, fornecem exclusivamente uma mistura de α- aminoácidos por hidrólise completa. Pode-se mencionar como exemplo as Albuminas, Anticorpos, colágeno, elastina e queratina; 7 Proteínas conjugadas são compostas de proteína simples combinada com alguma substância de natureza não-protéica. O grupo não protéico é chamado "grupo prostético". São classificadas em: . Nucleoproteínas são compostos de proteínas básicas simples (protamina ou histona) em combinações salinas tendo ácidos nucleicos como grupos protéticos. Elas são as proteínas dos núcleos das células e são os componentes principais da cromatina. Eles são muito abundantes em tecidos vegetais e animais. . Glicoproteínas - compostos de proteínas simples combinadas com algum grupo de carboidrato. Eles também são componentes de proteína de tendões e ligamentos nos quais elas podem servir como material cimentante para segurar fibras unidas. As glicoproteínas não são digeridas por enzimas gastrointestinais. A presença delas em secreções gastrointestinais ajuda na proteção das membranas mucosas contra autodigestão. As glicoproteínas ainda têm um papel fundamental na membrana plasmática. Elas formam um muco gelatinoso que envolve a membrana, chamado GLICOCÁLIX. Ele pode funcionar como proteção mecânica e química e também como uma malha de retenção de nutrientes e enzimas, mantendo um microambiente adequado ao redor de cada célula. Confere a célula, também, capacidade de se reconhecerem perante as semelhantes. As Glicoproteínas são facilmente marcadas com o corante PAS, sendo este utilizado na histologia para identificar células ricas em conteúdo glicoproteico. As células assim marcadas são ditas PAS+; exemplos de células rica em glicoproteínas são as células CALCIFORMES, amplamente distribuída por diversas mucosas do organismo. Elas são encontradas nas cartilagens, ossos, etc. - Cromoproteínas - Hemoglobinas, proteínas respiratórias nas quais o grupo prostético é grupamento Heme, que contém ferro. As globinas serão mais detalhadamente explicadas à frente. Citocromos são proteínas presentes nas cadeias de redução e oxidação celulares nas quais o grupo prostético é a heme. Flavoproteínas (proteínas amarelas) são proteínas de redução e oxidação celulares nas quais o grupo prostético é derivado da riboflavina (vitamina B2). Cromoproteínas são também encontradas em certas fibras animais como lã e cabelo nos quais o grupo protético é melanina. A púrpura visual da retina é uma cromoproteína na qual o grupo prostético é um pigmento derivado de carotenoides. - Fosfoproteínas - Ácido fosfórico é o grupo protético das fosfoproteínas. Caseína de leite e vitelina da gema de ovo são as fosfoproteínas melhor conhecidas. . Lipoproteinas - As lipoproteínas são formadas por combinação de proteína com um lipídio como lecitina, cefalina, ácido graxo, etc. Fosfolipoproteínas complexas são distribuídas amplamente animais e vegetais. Elas ocorrem no leite, sangue, núcleos celulares, gema de ovo, membranas celulares e cloroplastos de plantas. Elas também são encontradas em antígenos bacterianos e vírus. As lipoproteínas serão melhor exploradas nos capítulos de mobilização, estocagem e transporte de lipídios. – MONOMÉRICAS X OLIGOMÉRICAS As proteínas monoméricas são aquelas que são formadas por apenas uma cadeia polipeptídica. As oligoméricas, por duas ou mais cadeias polipeptídicas; 8 São as proteínas que possuem estrutura quaternária, que geralmente possuem funções mais complexas. –FIBROSAS X GLOBULARES As globulares são um dos dois tipos principais de proteínas. Como o próprio nome indica, possuem uma forma globular. São proteínas que têm um grau de solubilidade em solução aquosa, formando soluções coloidais. Esta característica principal ajuda a distingui-las das proteínas fibrilares (o outro tipo principal de proteínas), que são praticamente insolúveis. Uma das proteínas globulares mais conhecidas é a hemoglobina, membro da família das globulinas. Outras proteínas globulares são as imunoglobulinas. A maior parte das enzimas com funções metabólicas importantes possuem uma forma globular, tal como muitas das proteínas envolvidas na transdução de sinal. Escleroproteínas ou Proteínas Fibrilares são proteínas longas e filamentosas e uma das duas principais classes de estrutura terciária de proteína. Encontram-se exclusivamente em animais, na construção de tecido conectivo, tendões, matriz óssea e fibras musculares. Exemplos de escleroproteínas incluem a queratina, o colágeno e a elastina. As escleroproteínas têm normalmente uma forma cilíndrica, sendo na maioria proteínas com funções estruturais ou de armazenamento, sem atividade catalítica. São tipicamente insolúveis em água e possuem tendência a formar agregados, por possuírem grupos hidrofóbicos na sua superfície. As suas estruturas primárias (sequência de aminoácidos) são pouco diversificadas em termos de tipos de aminoácido encontrado; existem frequentemente repetições de trechos da sequência ao longo da cadeia polipeptídica. Como consequência encontram-se estruturas secundárias características, como a formação de uma hélice tripla no colágeno. Existem também tipicamente diversas ligações entre diferentes cadeias polipeptídicas, como as ligações dissulfureto entre as cadeias da queratina. As escleroproteínas (imagem ao lado) são mais resistentes à desnaturação que as proteínas globulares. ESTRUTURA DAS PROTEÍNAS A purificação de uma proteína é o primeiro passo para dissecação de sua estrutura e função. O torna uma proteína uma enzima, outra um hormônio, outra uma queratina e outra um anticorpo? A distinção entre elas está a nível estrutural. A importância de conhecer a estrutura vai muito além de ganhar importante informação; pode ter utilidade para indústria de alimentos, farmacêutica, etc.Sendo 20 o número de aminoácidos que, em suas diferentes ordenações, configuram todas as proteínas conhecidas, as possibilidades numéricas delas são matematicamente próximas de infinito. É sabido que a forma da proteína é crucial para seu funcionamento, sendo sua desnaturação, o momento onde ela perde tanto a forma, quanto sua função como proteína. A desnaturação pode ocorrer por diversos fatores os ambientais, Milhares de doenças genéticas humanas são decorrentes de proteínas defeituosas; talvez um terço seja por causa de uma única alteração em sua sequência de aminoácidos, o que reitera o que já havia sido dito. Mas é importante saber que a cadeia polipeptídica não é absolutamente fixa ou invariante para uma proteína em particular, ela pode ser flexível. Estima-se que 20 a 30% das proteínas humanas sejam polimórficas, isto é, possuem variantes em suas sequências de aminoácidos. Muitas destas sequencias que são variáveis possuem pouco ou nenhum efeito na função da proteína. As proteínas homólogas são proteínas relacionadas evolutivamente, que geralmente possuem a mesma função em espécies diferentes. O significado funcional é bem ilustrado pelo CITOCROMO C, uma proteína mitocondrial que contém ferro e transfere elétrons durante oxidações biológicas em células eucarióticas. Ele possui 27 posições invariantes em todas as espécies testadas, Os resíduos em outras posições apresentam algumas variações interespécies, mas em muitos casos estas variações são do tipo substituições conservativas entre aa’s positivamente carregados. O exame das sequências do citocromo c e de outras proteínas homólogas levou a uma conclusão importante: o número de resíduos que se diferem em proteínas homólogas de duas espécies quaisquer é proporcional à distância filogenética entre estas espécies. SEQUÊNCIA E HOMOLOGIA 9 como pH, temperatura e até agentes químicos, como a amônia ou agentes redutores/oxidantes (como por exemplo, para a ponte dissulfeto). É errôneo pensar que a desnaturação é um processo permanente, pois ela pode ser reversível em alguns casos; nestes, a proteína sofre renaturação e volta ao estado nativo. A forma protéica é definida pelos aminoácidos que a compõe, pois, a forma e a estabilidade são consequências dos mais variados tipos de interações entre os aminoácidos. Algumas interações são altamente específicas, como a ponte dissulfeto, que só ocorre com o aminoácido Cisteína (Cys). Dentre as forças mais importantes que estabilizam a molécula de proteína, temos as pontes de hidrogênio, ligações iônicas, interações hidrofóbicas. A nível de estrutura, as proteínas podem assumir quatro diferentes tipos: 5.1 - Primária – sequência linear dos aminoácidos da proteína. É a forma fundamental de toda proteína, embora nenhuma seja encontrada nesta estrutura na natureza. Se trata da sequência propriamente dita. 5.2 - Secundária – É a maneira como a cadeia se organiza no espaço. O arranjo mais simples é uma estrutura helicoidal chamada α-hélice, onde a cadeia é fortemente retorcida em torno de um eixo imaginário longitudinal; há também a folha-β e as “voltas”. As Proteínas que só possuem a estrutura secundária são de função mais estrutural (queratina e colágeno). Ainda há duas formas que a estrutura secundária pode se organizar: α-hélice - As cadeias laterais geralmente ficam dispostas para fora da hélice, não participando das interações químicas da estrutura secundária. A cada 360° (uma volta completa), são dispostos 3,6 aminoácidos, sendo uma ponte de hidrogênio por volta, sempre entre o “O” da Carbonila 1 e o H da amina 4. De uma forma geral, em média cerca de 1 4⁄ de todos os resíduos de a,a’s nos polipeptídeos é visto em α-hélice. Ela de fato se forma mais facilmente que outras conformações, pois otimiza o uso das ligações de hidrogênio internas. Cada a.a. forma duas pontes de hidrogênio: uma com a ligação peptídica do quarto aminoácido acima e segunda com a ligação peptídica do quarto aminoácido da estrutura abaixo na estrutura primaria. Folha-β Pregueada – Estabelecem pontes de hidrogênio com outra região alinhada de forma paralela ou antiparalela, ficando, as cadeias laterais, projetadas para cima ou para baixo da folha. A frequência de determinado aminoácido em certos domínios da proteína ajuda a definir se naquela área teremos formas α-hélice ou folha- β. Como podemos observar no gráfico, áreas ricas em Glutamato, possuem conformação preferencialmente α- hélice, e áreas ricas em valina, folha- β. Não é uma obrigação, e sim uma tendência que isso aconteça de acordo com o padrão de ligação destes aminoácidos. Analisando o gráfico, vemos que uma alta incidência de Glu, Lys, Arg, Tyr, Cys, entre outros grupos carregados no grupo R, na cadeia polipeptídica pode impedir a formação de α-hélice. Isto é explicado pois os grupos, se muito próximos tendem a repelir um ao outro muito fortemente. 5.3 - Terciária - é a maneira como a proteína se organiza no espaço tridimensional. Isto é, o movimento, a organização das hélices, fitas e voltas no espaço tridimensional. A estrutura terciária ainda apresenta algumas organizações importantes para o conhecimento bioquímico, e são elas: os Motivos, Domínios e Loops. Os Domínios são unidades estruturais, funcionais e evolutivas das proteínas. Se trada de uma região compacta que é, quase sempre, constituído por um segmento contínuo da sequência de aminoácidos que normalmente são responsáveis por uma função particular ou interação que contribui para o papel global de uma proteína. Nas enzimas, podemos observar domínios distintos para cada substrato ou coenzima que catalisa. Proteínas diferentes podem apresentar domínios com características similares e é possível predizer a atividade da enzima ou a 10 função da proteína pela análise dos domínios que ela possui. Os Motivos são diferentes formas de organização da estrutura secundária, pois é comum que haja um padrão de repetição entre as formas de estrutura secundária no arranjo final da proteína. Estes motivos podem ser constituídos por rearranjos de α-hélices, folhas-β pregueadas ou uma mistura dos dois. Um bom exemplo de Motivo complexo é o β -Barril, que realizam uma via de passagem muito utilizada em porinas das membranas citoplasmáticas. Os Loops ou Voltas são as estruturas que conectam as α-hélices com as folhas-β pregueadas. Na imagem ao lado podemos ver as α-hélices indicadas em cinza como espiral, as folhas-β como as setas em vermelho e os loops como os fios em cinza que ligam estas duas estruturas. 5.4 - Quaternária – Quando a proteína tem mais de uma unidade de cadeia polipeptídica. Um bom exemplo de proteína que possui estrutura quaternária é a HEMOGLOBINA, na qual vamos explorar melhor agora. As hemoglobinas são as proteínas de membrana das células vermelhas do sangue, as hemácias, e possuem a função de se ligarem ao oxigênio para transportá-lo na corrente sanguínea. Correspondem a 1/3 do peso seco das hemácias e são constituídas de 4 subunidades, duas denominadas alfa (141 aa) e duas betas (146 aa). As interações não-covalentes que mantém a integração das cadeias são mais frequentes entres as subunidades diferentes, compondo complexos α1β1 e α2β2. Entretanto, é importante ressaltar que esses complexos sofrema influência da presença ou não do O2, ou seja, a Desoxi-Hb possui as subunidades um pouco mais afastadas do que a Oxi-Hb. A estrutura quaternária ao lado se refere à estrutura da hemoglobina. A Hemoglobina é uma hemeproteína e isso significa dizer que elas possuem o grupo prostético Heme. Cada subunidade contém um grupo heme, portanto uma molécula protéica de hemoglobina pode carregar até 4 moléculas de O2. A heme da hemoglobina é, na verdade, uma molécula de Ferro- protoporfirina IX, que consiste em quatro anéis pirrólicos, grupamentos laterais substituintes e um anel central, unidos por um átomo central de Ferro, no seu estado ferroso (Fe+2). Então, como o Oxigênio se liga à Hemoglobina? A molécula de heme se localiza em uma cavidade apolar da estrutura da hemoglobina, pois os aminoácidos que estão ao redor do anel porfirínico são geralmente apolares. Este ambiente apolar é extremamente importante para evitar que o ferro saia do estado ferroso (Fe+2) e passe para o estado férrico (Fe+3). Isto ocorre, pois, a nuvem eletronegativa sobre moléculas polares são concentradas, enquanto a de moléculas apolares são difusas, tendo menos força para retirar um elétron do Ferro e transforma-lo em um estado Férrico. Portanto, o Ferro II, que ainda pode compartilhar 6 elétrons, interage com quatro anéis pirrólicos, com um resíduo de histidina da subunidade da hemoglobina que ele está e ainda fica disponível para mais uma ligação, que pode ser com o Oxigênio. Uma observação importante é que o Fe II pode acabar se ligando com o CO2 e o H2S com uma afinidade ainda maior que pelo oxigênio e por isso, estas substâncias são tão tóxicas para nós. Quando o Ferro se liga ao Oxigênio, sempre de forma reversível, ele se alinha com o anel porfirínico, saindo do plano inferior que costumava estar. Quando ele se desloca, acaba por deslocar consigo o resíduo de histidina ao qual está ligado e consequentemente alterando toda a estrutura quaternária da hemoglobina. Esta ligação vai levar ao que conhecemos como Curva de Oxigenação da Hemoglobina. Ela 11 consiste no fato de que toda vez que uma molécula de oxigênio se liga ao grupamento Heme de uma das subunidades, a conformação da hemoglobina é alterada e confere às subunidades subsequentes uma maior afinidade pelo oxigênio. Para quantificar um pouco, estima-se que a última subunidade a se ligar ao O2 tenha uma afinidade 300x maior do que a primeira. Este é um fenômeno químico chamado de COOPERATIVIDADE. Entretanto há alguns fatores que diminuem a afinidade da hemoglobina com o O2, são eles: o aumento de temperatura, alguns compostos fosforilados, como o BPG (2,3-bifosfoglicerato), aumento da pressão parcial de CO2 e a redução de pH. No caso do aumento da temperatura que são mais comuns em caso de febre ou intensidade de atividade física, os tecidos extrapulmonares consomem muito mais energia do que em estados normais, então com uma diminuição da afinidade, ela consegue perder o oxigênio para estes tecidos mais facilmente. CURVA DE DISSOCIAÇÃO ENTRE MIOGLOBINA E HEMOGLOBINA Há de se levantar algumas questões sobre a cooperação que citamos anteriormente e as funções biológicas das globinas. A hemoglobina, diferente da mioglobina funciona de acordo com a pO2. Onde há uma alta pressão parcial de oxigênio, elas se saturam e onde há uma baixa pressão elas deixam oxigênio, mas é possível reparar que quanto mais baixa for a pressão, de uma forma sigmoide, mais O2 elas tendem a deixar. Isto não ocorre com a mioglobina, que rapidamente se satura em pequenas concentrações, e isto nos indica que ela funciona bem como uma reserva de O2 nos músculos, enquanto a hemoglobina é mais sensível a variações, justamente por ter uma função carreadora. > O EFEITO BPG se manifesta em baixas pressões de O2, e/ou situações de hipóxia tecidual, como é o caso de doenças cardiorrespiratórias, nível anêmico e altitudes elevadas, e age reduzindo a afinidade da hemoglobina com o O2, aumentando assim as chances que ela doe esta molécula aos tecidos extrapulmonares. A intenção do corpo é fazer com que o maior nível de BPG compense o menor aporte de oxigênio. É melhor observável no gráfico: A Hb associada ao BPG está indicada pela linha vermelha e a Desoxi-Hb em estado natural está indicada pela curva azul. Repare que a Hb tem tanta afinidade pelo O2, que mesmo em baixas concentrações a ligação ocorre de forma significativa. Quando associo Hb+BPG a curva se desloca de forma significativa, o que indica uma perda de afinidade, uma vez que sem BPG a saturação se dá com uma pO2 de 20mmHg, enquanto associada ao BPG, só se dá com 40mmHg. Um detalhe importante neste percurso é que a BPG é uma molécula negativamente carregada e, portanto, se associa bem com os aminoácidos positivamente carregados da estrutura da hemoglobina. > O EFEITO BOHR descreve os efeitos do pH sobre a saturação de O2 na hemoglobina, que ocorre da seguinte forma: na medida que o pH diminui, a afinidade entre Hb+ O2 diminui, devido ao aumento da quantidade de íons H+, que se relacionam bem com a molécula de DesoxiHb. Depois que a hemoglobina libera o oxigênio e a hemácia capta o CO2 dos tecidos, ela realiza dentro de seu citoplasma o processo: CO2 + H2O > H2CO3 > HCO3 - + H+, mediado pela anidrase carbônica. Normalmente o 12 bicarbonato é transportado para os pulmões pela corrente sanguínea e o íon H+ associado à hemoglobina, formando um complexo HHb. Quando chega ao pulmão, onde a pO2 é muito grande, ela recebe novamente moléculas de O2, que se liga ao complexo HHb, liberando o próton H+. O próton se liga novamente ao bicarbonato agora internalizado novamente para fazer o processo inverso e liberar CO2 pro processo expiratório. O processo resumido está na imagem: A HEMOGLOBINA FETAL possui uma diferença estrutural em relação à adulta. Ela consiste em uma proteína com 4 subunidades, mas 2α, 1β e 1γ; a importância desta diferença vem do fato que na subunidade gama há diferença de um aminoácido positivo por outro polar sem carga, e por esta razão a interação com a BPG é menor. Este é um fator fisiologicamente importante para o feto, pois a partir do momento que a suas hemácias possuem uma maior afinidade com o O2 do que as de sua mãe, é mais provável que o O2 seja transferido a elas. -- ENZIMAS Com exceção de um pequeno grupo de moléculas de RNA (ribozimas) que possuem ação catalítica, todas as enzimas são proteínas. Mas atenção: nem toda enzima tem constituição totalmente protéica, como será explicitado a seguir. Como já vimos, quando as proteínas sofrem desnaturação, elas perdem sua função e o mesmo ocorre para as enzimas. Algumas enzimas não requerem nenhum outro grupo químico além de seus próprios resíduos de aminoácidos, mas a maioria requer componentes químicos adicionais chamados de cofator e coenzima. Cofatores consistem em um ou mais íons metálicos inorgânicos, como Fe2+, Mg2+, Mn2+ ou Zn2+s, que apresentam um grande número de cargas positivas especialmente úteis na ligação de pequenas moléculas. Os cofatores fazem ligações reversíveis com as enzimas, participando da reação e depois sendo desligado da estrutura principal. Coenzimas são moléculas orgânicas pequenas, frequentemente derivadas de vitaminas. Algumas coenzimas podem funcionarcomo transportadores recicláveis ou até mesmo como agente de transferência de grupamentos, podendo facilitar a ligação da enzima com o substrato. São exemplos de Coenzimas: NAD/NADH (remoção e adição de hidreto), Acetil-CoA (C2-alquilação), ATP (fosforilação), Biotina (carboxilação), etc. Então, resumindo, temos que as enzimas são compostas pela APOENZIMA (componente protéico) e pelo GRUPO PROSTÉTICO (podendo ser ele um metal, um cofator ou uma coenzima). A enzima só é considerada cataliticamente ativa quando ligada ao seu respectivo cofator. Quando isto acontece, chamamos o conjunto de holoenzima (ativa). 6.1 - O que caracteriza uma enzima? - Apresentar alta atividade catalítica (aceleram de 106 até 1012 vezes); - Ser altamente especifica em relação aos substratos e produtos relacionadas a ela; - Não ser consumida ou alterada ao participar da catálise; - Ter atividade regulada geneticamente ou por condições metabólicas; Podemos esquematizar resumidamente a ação da enzima como segue: Ou seja, a molécula sobre qual a enzima age é o SUBSTRATO que se transforma em PRODUTO, mas as reações são reversíveis, uma vez que os produtos de uma reação numa direção tornam-se os substratos para a reação inversa. 13 6.2 - Classificação das enzimas Podem ser classificadas em seis classes, baseadas no tipo de reação que elas catalisam: 6.3 - Por que as enzimas são tão específicas? Pois possuem uma cavidade chamada sítio ativo em sua superfície enzimática. Nela, existem aminoácidos com cadeias laterais específicas que se ligam ao substrato através de ligação não-covalentes; além disso, suas estruturas tridimensionais se encaixam perfeitamente com o substrato. Algumas enzimas possuem uma outra região na molécula chamada sítio alostérico, onde pequenas moléculas se ligam e causam alterações na conformação protéica. Isto acaba por afetar também o sítio ativo, aumentando ou reduzindo a atividade enzimática (regulação). SÍTIO ATIVO – Região onde ocorre a catálise. O substrato pode se ligar através de interações eletrostaticas, ponte de hidrogênio, Van-der-Waals ou interações hidrofóbicas. Os aminoácidos mais participativos nestas ligações são Glutamato, Asparto (negativamente carregados) Lisina, Histidina e Serina (Positivamente carregados). Dois modelos foram propostos para explicar a especificidade enzimática, o modelo chave-fechadura e o ajuste induzido, sendo o segundo mais aceito atualmente: 1. Modelo chave-fechadura (Fischer, em 1890): Quando a enzima possui fenda com dimensões fixas e específica a determinado composto. O substrato se ajusta a este sítio de ligação como uma chave se ajusta a fechadura. 2. Modelo do ajuste induzido (Koshland, 1958): Quando os sítios ativos não estão completamente pré- formados e a interação inicial do substrato com a enzima que induz uma alteração conformacional nela. 6.4 - Como as enzimas agem? As enzimas, além de não serem consumidas nas reações, não alteram seu equilíbrio, apenas sua velocidade. E + S <> ES <> EP <> E+ P Durante a reação química entre enzima e substrato há um estágio chamado Estado de Transição, grifado em negrito na reação acima, que é o momento onde a reação propriamente dita ocorre. Sem a enzima, é necessária mais energia para que o estágio de transição seja alcançado em relação ao cenário com a enzima. Por esse motivo a reação consegue ser feita de forma mais rápida, pois a energia de ativação é diminuída, mas por que ela diminui? No momento da ligação da enzima com o substrato, de acordo com o modelo de encaixe induzido, sua 14 conformação é alterada e elas utilizam a própria energia de ligação com o substrato para diminuir a energia de ativação necessária para iniciar a reação. O interessante de se observar é que o modelo de chave-fechadura não dá conta de explicar tal questão, mas o segundo modelo e mais utilizado atualmente sim. Este modelo versa sobre a complementaridade da enzima em relação ao estado de transição, e não ao substrato. Essa inadequação ao substrato num primeiro momento é o que vai gerar a energia de ligação tão necessária pra diminuir a energia de ativação. É isto que o modelo proposto por Pauling (1946) explana: CINÉTICA ENZIMÁTICA A velocidade de cada uma dessas reações pode ser calculada da seguinte forma: V = k.[REAGENTE] Portanto, V1 = K1.[E].[S] / V2 = K2[ES] / V3 = K3 [ES] Entende-se que [ES] é praticamente constante em situações normais onde há muito mais substrato que enzima, uma vez que esta reação é feita constantemente por um tempo considerável. Então, temos que: K1>K2>K3. Isto por que se K2 fosse menor que K3, esta reação seria impossível em termos cinéticos. Desta forma, estipula-se que K3 seja a etapa mais lenta e, por isso, representa a velocidade global da reação. Esta explicação formulada por Michales e Menten vale para todas as enzimas chamadas de michaelianas. Fatores que influenciam a atividade enzimática O gráfico ao lado expõe a variação das concentrações dos componentes da reação em função do tempo. Entretanto, há fatores que podem influenciar seja positiva ou negativamente a atividade da enzima. São elas, temperatura, pH, concentração do substrato, tempo e produto da reação. Temperatura: age fornecendo mais energia e agitação para as moléculas atingirem o estado de transição mais rapidamente. Isto ocorre até que se atinja uma velocidade máxima, correspondente à temperatura “ótima” (entre 39 e 43°C). Acima disso, a atividade enzimática declina abruptamente pois sua estrutura protéica sofre desnaturação. Sob condições de hipotermia, a atividade enzimática também é deprimida. pH: A atividade catalítica de certas enzimas necessita da forma protonada do grupo amino. Se o pH se torna tal alcalino a ponto do grupo desprotonar, a atividade da enzima pode ser reduzida. No geral, o pH pode alterar a capacidade de ligação ao sítio ativo e ainda alterar a estrutura terciária da enzima. Uma mudança drástica pode ser crucial para a enzima, levando-a a desnaturação. Concentração da enzima: temos que a velocidade inicial da reação enzimática é diretamente proporcional à concentração de enzima (existindo substrato em excesso) Concentração do substrato: podemos adicionar substrato até certo ponto suficientemente grande para saturar todos os sítios catalíticos das moléculas enzimáticas, ou seja, até o ponto de saturação. KM Enzimático O “km” é a constante de Michaelis, que designa a concentração específica de substrato que corresponde à metade da velocidade máxima catalítica. Esse valor pode simbolizar a afinidade de uma enzima pelo seu substrato, isto é, quanto maior for o Km, maior a 15 quantidade de substrato necessário para atingir a velocidade máxima e então, menor a afinidade. Inibidores Enzimáticos 1. Moduladores Alostéricos Negativos 1.1 Irreversíveis – Inativa de forma definitiva, como compostos organofosforados (componente de inseticidas) 1.2 Reversíveis 1.2.1 Competitivos – capazes de se ligarem no sítio ativo da enzima, realizando barreira física. É importante que se observe a quantidade de substrato em relação à quantidade de inibidor. Quando o primeiro for muito maior que o segundo, o efeito de inibição é praticamente anulado. Neste gráfico podemos observar o efeitode duas concentrações de um inibidor competitivo. Conforme se aumenta a concentração do inibidor, menos afinidade a enzima tem com o substrato. Como dito antes e agora constatável pelo gráfico, conforme a concentração de substrato aumenta muito, a ação inibitória não ocorre. 1.2.2 Não-competitivos – são aqueles que não tem semelhança estrutural com o substrato e, portanto, a inibição é provocada pela ligação entre eles e grupamentos que não pertencem ao sítio ativo. Essa ação não é específica, e um mesmo inibidor não competitivo pode realizar inibição sob vários tipos de enzimas diferentes. No gráfico podemos ver o efeito de duas concentrações de inibidor não competitivo sobre a ação de uma enzima. É importante observar que o km se preserva nas duas concentrações e isso ocorre, pois, a ligação do modulador não competitivo se dá fora do sítio ativo, não sendo responsável por nenhuma alteração na afinidade enzima-substrato. O que muda é a velocidade máxima, pois o inibidor altera a eficiência catalítica, não a afinidade da enzima. 2. Moduladores Alostéricos Positivos São moléculas que estimulam a atividade enzimática, podendo até ser responsáveis por inicia- la. No gráfico abaixo podemos ver a diferença entre uma modulação alostérica positiva (1), a curva normal de atividade enzimática (2) e uma modulação negativa (3), deixando evidente a influência de tais moléculas na afinidade entre enzima e substrato. LIPÍDIOS Visão Geral Os lipídios são macromoléculas orgânicas que, apesar de muito distintas entre si, compartilham a característica de serem insolúveis em água e solúveis em solventes orgânicos, como álcool, benzina e éter. Eles são úteis como forma de armazenamento energético, estruturalmente quando se trata de membranas biológicas ou colaboram com a ação enzimática como cofatores, transportadores de elétrons, pigmentos que absorvem radiações luminosas, agentes emulsificantes da digestão, hormônios e mensageiros intracelulares. No corpo, de uma forma geral, camadas de gordura tem função de isolamento térmico, elétrico e mecânico. 16 ÁCIDOS GRAXOS São ácidos carboxílicos com cadeias hidrocarbonadas de comprimento entre 4 e 36 carbonos. Em alguns ácidos graxos, esta cadeia é totalmente saturada, isto é, sem duplas-ligações. Em outros, há anéis aromáticos, grupos hidroxila ou ramificações a partir do grupo metila. Ainda podemos reparar diversos AG com insaturações e poliinsaturações nas cadeias de hidrocarbonetos, sendo as propriedades físicas dos ácidos graxos e dos compostos que os contém são principalmente determinadas pelo comprimento e pelo grau de instauração da cadeia de hidrocarboneto. Uma importante característica química é a anfipatia, cuja parte carboxílica representa um grupamento polar, que tem maior afinidade com a água, e a parte de hidrocarboneto, a apolar, com hidrofobia. Um fator de grande relevância biológica é a rotação da cadeia carbônica em presença de instauração. Estes AG’s têm mais dificuldade de interagir com outros pois sua conformação se torna uma barreira física à interação química. A instauração também altera o ponto de fusão do lipídio, pois enquanto ácidos graxos saturados tem consistência cerosa em temperatura ambiente, os insaturados têm consistência líquida, de óleo. Isto se dá pela dificuldade destes ácidos graxos em se organizarem estruturalmente com outros, impedindo que seu estado fique sólido, que é um estado onde as moléculas têm um alto grau de organização. Com a presença de insaturações, portanto, o ponto de fusão diminui, isto é, menos energia é necessária para liquefazer aquela gordura. O oposto ocorre com o aumento do número de carbonos na cadeia, onde para cada carbono que se adiciona, mais energia é necessária para liquefazer a estrutura, ou seja, o ponto de fusão é maior. Os ácidos graxos insaturados, na natureza, estão na conformação cis, isto é, os dois hidrogênios estão no mesmo plano. O processo, muito utilizado na indústria, de hidrogenação adiciona um hidrogênio a um dos pontos de instauração do ácido graxo, fazendo que a gordura passe de um estado líquido para semissólido e, por consequência, uma temperatura de fusão mais elevada, melhorando a estocagem, tempo de prateleira, palatabilidade e textura. A problemática que envolve a gordura trans vai em torno do fato de que, uma vez no organismo, esta gordura inibe várias enzimas do fígado, ocasionando um aumento da produção de colesterol. Além disso, a gordura trans não possui aparato metabólico para que ela seja digerida, pois não é um formato de gordura encontrado na natureza. 17 As principais estruturas lipídicas que contém ácidos graxos são os triacilgliceróis, glicerofosfolipídeos e os esfingolipídios. Os triacilgliceróis são a forma lipídica de armazenamento de energia em diversos animais, incluindo humanos. Ele é composto por uma molécula de glicerol ligada a três cadeias de ácidos graxos. Temos como os triacilgliceróis mais conhecidos o ácido palmítico, ácido oleico, ácido ricinoleico e ácido butírico. Os glicerofosfolipídeos, também chamados de fosfoglicerídios estão largamente presentes nas membranas plasmática das células, e possuem estrutura muito similar aos triacilgliceróis, exceto pela substituição de uma cadeia de ácido graxo por um álcool ou colina. Os esfingolipídios são a segunda maior classe de lipídios de membrana e têm um grupo-cabeça polar e duas caudas apolares, mas em contraste com as classes citadas anteriormente, ele não possui glicerol. Esfingolipídios são compostos por uma molécula do aminoálcool de cadeia longa, a esfingosina. O grupamento X pode ser substituído por um H (ceramida), por fosfocolina (Esfingomielina), Glicose (Glicolipídios neutros) e outros açúcares, gerando ainda outros esfingolipídios. As esfingomielinas e glicerofosfolipídeos são as classes de fosfolipídios mais abundantes na membrana, sendo seus grupos substituíveis (X) geralmente a fração polar, gerando a característica anfipática tão necessária na função nas membranas biológicas. As esfingomielinas que possuem a fosfocolina ou a fosfoetanolamina como cabeça polar alcoólica, tendo como importante função o revestimento dos axônios dos neurônios para uma transmissão de impulsos eficiente, realizando um isolamento elétrico. As estruturas lipídicas que não contém ácidos graxos são os eucosanóides (derivados do ácido aracdônio), envolvidos na sinalização celular, como a prostaglandina; e os esteroides, que abarca um importante regulador do funcionamento corporal, que são os hormônios e um importante componente das membranas biológicas que é o colesterol. ESTOCAGEM, MOBILIZAÇÃO E TRANSPORTE DE LIPÍDEOS Os triacilgliceróis constituem a maneira mais eficiente de armazenar energia nos seres vivos, especialmente pela sua característica reduzida. Isto quer dizer que na oxidação destas moléculas muito mais energia é liberado se comparada a outras. Podemos obter os ácidos graxos de três fontes: gorduras sintetizadas em um órgão para ser exportadas a outro, gorduras armazenadas nas células na forma de gotículas gordurosas, e através da alimentação. No nosso processo de digestão, por exemplo, os triacilgliceróis precisam primeiramente ser convertidos em partículas gordurosas macroscópicas. Os sais biliares, então, que são sintetizados no fígado a partir do colesterol,estocados na vesícula biliar e liberados no intestino delgado após uma gordurosa refeição, agem como detergentes biológicos, convertendo as gorduras alimentares em micelas mistas de sais biliares e triacilgliceróis. A emulsificação da 18 gordura aumenta muito a área de contato disponível às lipases e acelera sua ação, que converte os triacilgliceróis em monoacilgliceróis e ácidos graxos, que se difundem para o interior das células que revestem a mucosa intestinal, os enterócitos. Dentro dessas células são formados os quilomícrons, que consistem em grandes partículas formadas por triacilgliceróis (agora já reagrupados), colesterol da dieta, e apolipoproteínas. Vale lembrar que os quilomícrons também podem transportar vitaminas lipossolúveis. Estas estruturas de conformação esférica, onde as faces hidrofílicas das gorduras anfipáticas ficam voltadas para o exterior, são a forma perfeita das gorduras circularem em meio aquoso, onde elas são insolúveis. Uma observação importante sobre as apolipoproteínas é que elas são proteínas que se ligam aos lipídios com a função de transportar triacilgliceróis, fosfolipídios, colesterol entre os vários órgãos, tendo importância também na sinalização. Por isso, as apolipoproteínas podem se combinar com vários tipos de lipídios para formar diferentes classes de estruturas lipoprotéicas, com diferentes quantidades e por consequência, densidades. Por isso, existe o que conhecemos como lipoproteínas com densidade baixa, que são aquelas com muito teor lipídico (LDL – “very low density lipoprotein) e lipoproteínas de alta densidade, com baixo teor lipídico (HDL – “high density lipoprotein”). Em linhas gerais, sabemos que o teor lipídico é inversamente proporcional à densidade da lipoproteína. Portanto, temos comumente o LDL associado à um “mau-colesterol”, pois é uma forma lipoprotéica com alto teor lipídico, ou seja, é rica em colesterol na forma esterificada, enquanto o HDL é associado a um “bom colesterol” pois ela possui baixo teor lipídico, e com isso, remove o colesterol dos tecidos e leva para o fígado. As porções proteicas das lipoproteínas dos quilomícrons são reconhecidas por receptores na superfície celular dos tecidos alvos. Nos capilares dos tecidos adiposo e muscular, a enzima extracelular lipase lipoprotéica é ativada pela presença da apolipoproteína e hidrolisa os triacilgliceróis em ácidos graxos e glicerol, que são internalizados pelas células dos tecidos alvos. No tecido adiposo eles são reesterificados e armazenados como triacilgliceróis, nos músculos, os ácidos graxos são oxidados para obtenção de energia. Os quilomícrons, após perderem sua composição triacilglicerídica, são encaminhados para o fígado, o único órgão capaz de eliminar esse colesterol, principalmente adicionando eles para compor sais biliares. Mobilização de Ácidos Graxos Hormônios como a epinefrina e o glucagon (hormônio pancreático antagônico à insulina) são produzidos em resposta à níveis baixos de glicose no sangue. Isto ocorre pois níveis baixos deste açúcar preveem uma queda de energia metabólica, então o organismo tende a buscar formas de produzir ATP. A principal ação destes hormônios é aumentar a concentração intracelular de AMP cíclico. O cAMP ativa uma proteína quinase dependente de cAMP que fosforila a lipase de triacilgliceróis, ativando-a. Os glicerol e os ácidos graxos saem dos adipócitos e caem na corrente sanguínea, onde o segundo se liga à albumina ou soroalbumina. Estas são proteínas muito abundantes no plasma, com capacidade de ligar-se cada uma a até dez moléculas de ácidos graxos. Os tecidos capazes de oxidar estas moléculas para prover energia metabólica são o músculo esquelético, fígado, coração e córtex renal. Lá, os ácidos graxos se dissociam da albumina e adentram ao citosol das células através de transportadores, para servir como fonte de energia. Obs: O glicerol, que também cai na corrente sanguínea, pode ser utilizado por órgãos como o fígado e rim para gerar diidroxiacetona-fosfato, que é um intermediário tanto da via glicolítica quanto da gliconeogênese Transporte de ácidos graxos para o interior das mitocôndrias As enzimas responsáveis pelo processo de oxidação de ácidos graxos estão na matriz mitocondrial, então, faz-se necessário que as moléculas lipídicas passem por algumas modificações para conseguir adentrar à organela. A primeira delas é catalisada por isoenzimas da membrana externa da mitocôndria, que catalisam a formação de uma ligação 19 tio éster entre o ácido graxo e a Coenzima A para formar um acil-CoA Graxo. Nesta reação, uma molécula de ATP é decomposta em AMP + PP e, com isso, contabilizam-se o gasto de dois ATPs. Aqui, ocorre a quebra de um composto de alta energia, e esta energia é transferida para formação do novo composto. Perceba que a reação ocorre em dois passos. Mesmo com essa modificação, os ésteres dos acil-CoA graxos ainda não cruzam a membrana mitocondrial. Assim, o grupo acil-graxo dispensa o CoA e une-se transientemente ao grupo hidroxila da Carnitina, formando o derivado acil-graxo-carnitina, que cruza a membrana interna e chega à matriz por difusão facilitada. Uma vez na matriz o grupamento acil graxo é transferido novamente para uma CoA, liberando a Carnitina para voltar ao espaço intramembranoso por meio do mesmo transportador. Um aspecto importante da regulação da degradação e síntese de ácidos graxos é que a acetiltransferase I, enzima que realiza a internalização do grupamento acil- graxo-carnitina, é inibida pelo Malonil-CoA, que é o primeiro intermediário do processo de síntese dos ácidos graxos. Essa inibição impede que os ácidos graxos sejam sintetizados e degradados simultaneamente. O processo de interiorização via Carnitina é o passo limitante da velocidade de oxidação dos ácidos graxos, pois uma vez dentro, as moléculas são rapidamente oxidadas. β-OXIDAÇÃO (Ciclo de Lynen) É o processo onde os ácidos graxos sofrem a remoção oxidativa de sucessivas unidades de dois átomos de carbono na forma de Acetil-CoA, começando pela extremidade carboxila da cadeia de ácido graxo. Para explicar o processo de forma clara, vamos considerar um ácido graxo de 6C. Ele está na forma de Acil-CoA Graxo dentro da mitocôndria, portanto, vamos sistematizar as quatro reações: 1 – Os dois hidrogênios grifados na estrutura do Acil- CoA Graxo vão ser transferidos a um FAD, reduzindo- o a FADH2: 2 – Há adição de uma molécula de água, que entra na vacância dos dois prótons H+ que acabaram de sair: 3 – Um NAD+ é reduzido a NADH + H+ 4 – Nesta reação é quando há a separação propriamente dita ocorre. Quando uma Coenzima A nova se aproxima, seu hidrogênio entra para formar uma nova molécula de Acetil-CoA enquanto a parte de enxofre e CoA vai recompor a molécula de Acil-CoA, agora com quatro carbonos. Com isso, podemos concluir que a cada volta da β-Oxidação, são formados uma molécula de Acetil-CoA, 1 FADH2 e 1 NADH + H+. A exceção é a última volta, que forma 2 Acetil-CoA, 1 FADH2 e 1 NADH + H+. 20 Portanto, podemos calcular de forma constante: N de Voltas na β-Oxidação: ( 𝐶 2 ) – 1 N de moléculas de Acetil-CoA: 𝐶 2 = N de voltas no ciclo de Krebs, já que cada molécula de Acetil-CoA alimenta apenas uma volta do C.K. N de NADH e FADH2 = N de voltas Façamos atabela então, para calcular a autonomia de ATPs do processo completo, desta vez, considerando o Ácido Palmítico, que possui 16C. Sabendo-se que cada NADH na cadeia respiratória gera 2,5 ATPs e cada FADH2 geram 1,5 ATPs, o somatório de ATP fica desta forma: 77,5 + 22,5 = 100 + 8 = 108 – 2 = 106 Esta última subtração se refere aos 2 ATPs que foram gastos antes da molécula adentrar a mitocôndria, aquela primeira reação de formação do Acil-CoA-Graxo, também conhecida como “ativação do palmitato” no caso da molécula em questão. O saldo final da ATP, portanto, é 106. Há de se comparar com a oxidação completa da glicose, que gera em torno de 32 ATPs. Por esse motivo o tecido gorduroso é tão energético e utilizado no nosso organismo como reserva. Para se ter uma noção da diferença do poder de estocagem, o poder dos triacilgliceróis vem da sua insolubilidade em água, o que permite que ele seja estocado sem alterar o equilíbrio osmótico das células e está num estado altamente reduzido, o que faz a sua oxidação ser mais rentável. Para uma reserva de carboidratos ser energeticamente equiparável a 15kg de triacilgliceróis, seria necessário 37.5Kg de carboidratos. Os carboidratos interagem com a água por ligações de hidrogênio. Portanto, cada grama de glicogênio absorve 3g de água. Assim, 37,5kg de glicogênio absorveriam 112,5kg de água. Então para uma reserva de glicogênio render energeticamente o mesmo que 15kg de triacilglicerídeos, seria necessário 140kg a de carboidratos e suas interações. Claro que esta é uma visão hipotética, mas ilustra bem a diferença de competência de armazenamento de energia das duas substâncias. A reserva de gordura no citosol pode ocupar 97% do espaço intracelular. O tecido adiposo branco, onde estas células se concentram hoje é reconhecido como um importante e ativo órgão endócrino, excretando importantes hormônios (adipocinas) como a leptina, adiponectina e resistina. Observemos que a oxidação do ácido graxo se dá com a retirada de pares de carbono, mas se a molécula tiver um número de carbonos ímpar, na última volta sobrarão 5 carbonos, e deles serão geradas uma molécula de Acetil- CoA e uma de Propionil-CoA (3C), que vai sofrer uma sequência de reações, mediante gasto de um ATP, até ser transformada em Succinil-CoA, que entra diretamente como intermediária do ciclo de Krebs. Todo cálculo feito acima se mantém, mas sem esquecer de subtrair do saldo final o ATP gasto nesta sequência de reações. Síntese de Corpos Cetônicos (Cetogênese) Os corpos cetônicos são três substâncias solúveis em água, produtos derivados da quebra dos ácidos graxos que ocorre no fígado. O processo de formação destes corpos é chamado CETOGÊNESE, e são usados como fonte de energia no coração, no cérebro e no tecido muscular. No cérebro são fonte vital de energia durante um jejum de pelo menos 24 horas. São eles, o acetoacetato, acetona e β- hidroxibutirato A síntese propriamente dita ocorre na matriz mitocondrial dos hepatócitos em situações onde há excesso de Acetil-CoA, ou seja, está havendo muita β- oxidação. Os compostos formados na cetogênese são solúveis em água. A acetona, por exemplo, produzida em menores quantidades do que os outros, é exalada, o que justifica o hálito acético no caso de jejuns prolongados (fome crônica). O acetoacetato e o D-β- hidroxibutirato são transportados pelo sangue para os tecidos extra-hepáticos, podendo até o cérebro que em situações normais só aceita glicose como fonte β-Ox Krebs Soma CTE Voltas 7 8 - Acetil-CoA 8 -8 0 NADH 7 24 31 X2,5 = 77,5 FADH2 7 8 15 X1,5 = 22,5 ATP 0 8 8 21 energética, adaptar-se a usar o acetoacetato e o D-β- hidroxibutirato na obtenção de energia. Formação do acetoacetato 1 – Condensação enzimática de duas moléculas de acetil-CoA catalisada pela tiolase. É formado como produto o acetoacetil-CoA, mediante liberação de uma Coenzima-A. Esta reação é a simples reversão do último passo da β-Oxidação. 2 - Então, o acetoacetil-CoA recém-formado condensa-se com outra molécula de Acetil- CoA, reação catalisada pela enzima HMG- CoA sintetase, formando o β-hidroxi- β-metilglutaril-CoA (HMG-CoA) 3 – O HMG-CoA é catalisado pela enzima HMG-CoA liase para formar acetoacetato e acetil-CoA Formação do D-β- hidroxibutirato Se dá através da redução do acetoacetato por meio de uma reação reversível catalisada pela enzima mitocondrial D-β- hidroxibutirato desidrogenase. > A formação da acetona se dá em quantidades pequenas a partir da perda de um grupo carboxila do acetoacetato, o que pode ocorrer facilmente de duas formas: espontaneamente ou mediante ação da enzima acetoacetato descarboxilase. O hálito acético pode ser percebido de maneira mais significativa em diabéticos não tratados, pois estas pessoas, insulinodeficientes, não produzem com eficácia esta substância que é responsável por internalizar o açúcar nas células. Deste modo, a energia que seria fornecida pela glicólise tem de ser suprida de outras formas, e uma delas é a β-oxidação, que tem como consequência da persistência, a formação de corpos cetônicos. Portanto, como estas pessoas produzem grandes quantidades de acetoacetato, o seu sangue contém quantidades significativas de acetona, o que confere um odor característico, muito usado para diagnosticar a severidade da doença. Quando a produção de corpos cetônicos é muito elevada, formam-se quadros clínicos como Cetonemia, Cetonúria e Cetoacidose ÁCIDOS NUCLEICOS Visão Geral Unidades fundamentais na transmissão de caracteres hereditários e outros processos gênicos, podendo eventualmente também agir como catalizadores. A sua função como moléculas controladoras da atividade celular, foi uma das elucidações mais importantes da história da Biologia. Além disso, possuem função energética, compondo os ATPs, GTPs, UTPs e CTPs. De um modo geral, consistem em macromoléculas compostas por unidades monoméricas intituladas NUCLEOTÍDEOS. Estes são usualmente formados por um grupamento fosfato, uma pentose, e uma base nitrogenada (podendo ela ser uma purina ou uma pirimidina). O que difere as purinas das pirimidinas é basicamente o número de anéis aromáticos presentes em sua estrutura química: pirimidina com um anel e purina com dois anéis. Em suma, há quatro tipos de bases nitrogenadas, sendo elas: Adenina e Guanina (as púricas) e Citosina e Timina (as pirimidínicas). TIPOS DE ÁCIDOS NUCLEICOS Há dois principais tipos de ácidos nucléicos: RNA e DNA. Suas diferenças estruturais e químicas seguem resumidas no quadro. DNA RNA Fita Dupla Simples Pentose Desoxirribose Ribose Bases A, C, G, T A, C, G, U Localização Nuclear Extra/Intranuclear 22 É importante ainda saber que, os nucleotídeos se encontram ligados covalentemente entre eles, para formar a estrutura tridimensional que observamos no DNA e a fita elongada do RNA. A polaridade de crescimento da fita se dá no sentido 5’- 3’. Numa extremidade da fita observo o carbono 5’ ligado com o grupo fosfato e na outra extremidade observo o carbono 3’ livre. A contagem dos carbonos da pentose se dá crescentemente em sentido horário a partir do carbono cuja base nitrogenada se liga, sendo ele, o 1’. O grupo fosfato se fixa no 5’. Simplificadamente, podemos dizer que o grupo fosfato, no carbono 5’ se liga no carbono 3’do próximo nucleotídeo, liberando a hidroxila que ali jazia e formando uma LIGAÇÃO FOSFODIÉSTER. ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLÉICOS Como já foi dito, a fita de DNA se trata de uma fita DUPLA, extremamente estável. Nela, há ocorrência de ligações específicas entre purinas e pirimidinas, de modo que suas combinações são as únicas possíveis. São elas: Guanina e Citosina, e Timina e Adenina. É fácil imaginar que uma purina sempre se ligará com uma pirimidina, pelo número de anéis implicar numa questão espacial. Sempre que somarmos os dois anéis de uma com o anel da outra, resultaremos em três anéis. Mas então por que não é possível que a Adenina se ligue com a Citosina e a Timina com guanina, já que respeitam o raciocínio anterior? É preciso analisar a estrutura química das quatro bases nitrogenadas que compõe o DNA. Por respeito as composições químicas, o emprelhamento da Guanina com a Citosina é dado por 3 pontes de hidrogênio, enquanto a outra combinação possui apenas 2. Isso se deve ao fato da Guanina e a Citosina conterem um Oxigênio a mais em suas extremidades, possibilitando que ele se ligue com o hidrogênio do outro. Por estes motivos, o número de Citosinas em uma cadeia de DNA sempre será igual ao número de Guaninas, bem como o número de Timinas em relação ao de Adeninas. A estrutura geral do DNA, então, configura como uma cadeia dupla, helicoidal. Se associarmos sua forma à uma escada em espiral, o corrimão pode ser comparado aos grupamentos fosfato e pentose, equanto os degraus, às bases nitrogenadas e pontes de hidrogênio. De modo geral, ácidos nucleicos desoxirribose consistem em duas fitas polinucleotidicas, com sequencias de bases complementares, podem assim combinar, formando uma fita dupla, onde na finalização da fita dupla, uma finaliza-se com o carbono 3’ livre e a outra com o carbono 5’, uma vez que elas são antiparalelas. A estabilidade da molécula de DNA, se deve à três principais fatores: - Fitas anti-paralelas, onde na finalização da fita dupla, uma finaliza-se com o carbono 3’ livre e a outra com o carbono 5’. Nesta conformação, as bases nitrogenadas ficam planas, gerando mais estabilidade. - Ligações de Hidrogênio que ocorre entre as bases nitrogenadas. São o tipo de ligação intermolecular mais forte. - Relações Hidrofóbicas/fílicas, pois a pentose e o fosfato ficam dispostos mais externamente e são hidrofílicos e as bases voltadas para o interior da dupla hélice e são hidrofóbicas, gerando uma pressão que mantém a molécula concisa. Duas fitas polinucleotidicas, com sequencias de bases complementares, podem assim combinar, formando uma fita dupla, onde na finalização da fita dupla, uma finaliza-se com o carbono 3’ livre e a outra com o carbono 5’, uma vez que elas são antiparalelas. PROCESSOS GÊNICOS 23 a. REPLICAÇÃO Processo gênico que origina, a partir de uma fita mãe, duas fitas filhas. É considerada BIDIRECIONAL e SEMICONSERVATIVA, pois a dupla-fita filha possui 50% da fita mãe. A replicação precede a divisão celular, pois o material genético deve estar previamente duplicado par migrar para as periferias opostas da célula antes da telófase. No momento da replicação, abrem-se diversas forquilhas de replicação, e não a abertura de toda a dupla-hélice de uma vez, pois a molécula é muito extensa e antiparalela. Quando estas forquilhas são abertas, a duplicação prossegue para os dois lados ao mesmo tempo, aumentando a forquilha - por isso ela é camada de bidirecional. Como podemos observar na imagem, a energia para a síntese de DNA provém da quebra de nucleotídeos trifosfatados. Essa quebra, libera a energia para ligar um nucleotídeo ao outro. As principais enzimas necessárias para a replicação são a DNA Helicase (que quebra a dupla fita), Primase (sintetiza um trecho de RNA chamado primer que indica à DNA Polimerase o local de início da replicação) e a DNA Polimerase que adiciona os nucleotídeos complementares na fita. A síntese do DNA ocorre sempre na direção 5’ > 3’, mas como as fitas estão dispostas antiparalelamente, a síntese em uma é contínua e em outra é descontínua. A fita com síntese contínua é chamada de Leading Strand; a com síntese descontínua, Lagging Strand (fita atrasada). Esta última possui este nome pelo fato da DNA Polimerase fazê-la aos fragmentos, por não ter afinidade química com sua conformação 3’ > 5’. Estes fragmentos são chamados de Fragmentos de Okasaki e possuem tamanho médio de 150 a 200pb em eucariotos. A enzima que tem papel de ligar os fragmentos chama- se LIGASE. Outras proteínas importantes para o processo de Replicação são a Girase e Proteínas SSB. A primeira é uma proteína que trabalha desfazendo o formato helicoidal da fita, permitindo a passagem da Helicase e DNA Polimerase. As proteínas de ligação ao DNA (SSB) se fixam assim que as fitas são separadas e formam uma barreira física para que a molécula não reintegre as pontes de hidrogenio e volte ao original; b. TRANSCRIÇÃO A transcrição é o processo onde uma fita de RNA Mensageiro é sintetizada a partir de um trecho da fita- molde de DNA. Inicialmente o processo é semelhante à replicação, exceto pelo fato de que a abertura se dá em apenas um local ao longo da fita, como um método de economia de energia. O RNA Mensageiro se encaminhará para o núcleo para se traduzir em uma proteína. Sua sequência de aminoácidos (aa) é idêntica à fita complementar à molde, exceto pelas Uracilas no lugar das Timinas. Como a imensa maioria de todos os processos químicos no corpo, os processos gênicos são catalisados e realizados pela ação de diversas enzimas. As principais são as Girases, Helicases, Primases (que sintetizam Primers), as RNA Polimerases. A enzima no centro da imagem abaixo é a RNA Polimerase, cujo existe três tipos em eucariontes: RNA- polimerase I, que auxilia na formação de rRNA, a RNA- polimerase II, que sintetiza o mRNA citoplasmático e, por fim, a RNA-polimerase III que sintetiza pequenos rRNA e tRNA. Nos procariontes existe apenas um tipo de RNA polimerase que é capaz de sintetizar qualquer um dos tipos de RNA. 24 Para que esta enzima se ligue à fita de DNA é preciso, em procariotos, de uma proteína que o auxilie, chamada Fator Sigma. Em Eucariotos são necessárias mais de uma enzima: as chamadas Fatores de transcrição. As RNA Polimerases indentificam o gene que deverá ser transcrito através da região promotora do mesmo. Em Eucariotos, cada gene possui sua prória região pré- transcricional; em procariotos, os genes estão organizados em Operons, que consistem em um conjunto de genes que costumam estar relacionados à realização de uma mesma via metabólica, compartilhando assim, a mesma região pré- transcricional. Nos Operons, caso só seja necessário uma das proteínas, mesmo assim as outras serão transcritas. As regiões na fita mais importantes são: - Na região -35, concentram-se os promotores. - A região TATA é localizada na -10 e é caracterizada por possuir muitos T's e A's. Estas regiões possuem poucas pontes de hidrogenio, pois as tininas e adeninas possuem somente DUAS entre si, então consequentemente e uma região mais fácil de ser quebrada. - Na Região +1, encontra-se o(s) nucleotídeo(s) inicial(is). Depois da sequência codificante, há uma região terminadora, onde provavelmente será encontrado muita repetição de nucleotídeos,
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