A microbiota subdominante é composta por bactérias que não são tão abundantes quanto as dominantes, mas ainda assim são importantes para a saúde do hospedeiro. Essa microbiota pode conferir resistência à colonização por patógenos ou trabalhar como uma barreira microbiológica, impedindo que bactérias nocivas se estabeleçam no corpo. Alguns exemplos de bactérias subdominantes incluem Bifidobacterium e Lactobacillus.
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