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2. Identifique qual tipo de aminoácido é descrito pelas seguintes propriedades de seus grupos R: a) Grupo R contendo enxofre, neutro em todos os pHs: Cisteína. b) Grupo R aromático, de natureza hidrofóbica e neutro em todos os pHs: Triptofano. c) O único aminoácido tendo um grupo R ionizável com pK próximo a 7: Histidina. d) Tem grupo R aromático, capaz de formar ligações de hidrogênio, com pK perto de 10: Tirosina. e) O grupo R tem pK próximo a 4 e assim está carregado negativamente em pH 7: Aspartato/ácido aspártico. 3. Escreva as estruturas das várias formas do ácido glutâmico que podem ser obtidas em solução aquosa. Mostre como cada um deles se ioniza em água. 5. Da lista de aminoácidos que se segue, quais os resíduos que mais provavelmente poderiam ser encontrados no interior de uma molécula de proteína globular em solução aquosa a pH = 7? Qual seria o motivo desta localização preferencial na região interna da proteína? Resposta: Val , Phe e Met. Esses aminoácidos são hidrofóbicos dessa forma é mais conveniente sua localização no interior da proteína globular que possui característica apolar. 8. Qual é a carga líquida do aminoácido histidina em pH 1,0; 4,0; 8,0 e 12,0? Durante uma eletroforese, para onde migrará a histidina em cada um dos valores de pH indicados, para o pólo positivo (+) ou para o pólo negativo (-)? Resposta: O ponto isoelétrico da histidina é: pI = , logo: = 7,59, logo em valores de 2 pK1 + pK2 2 1,82 + 9,17 pH acima de pI ela possuirá carga negativa e abaixo possuirá carga positiva, sendo assim, ela migrará para os pólos positivo e negativos respectivamente. pH 1,0: carga positiva pH 4,0: carga positiva pH 8,0: carga negativa pH 12,0: carga negativa Durante a eletroforese: pH 1,0: pólo negativo (-) pH 4,0: pólo negativo (-) pH 8,0: pólo positivo (+) pH 12,0: pólo positivo (+) 11. Um polipeptídeo tem a seguinte sequência: Glu-His-Trp-Ser-Gly-Leu-Arg-Pro-Gly Determine a carga líquida dessa molécula nos seguintes pHs: 3,0; 5,5; 8,0 e 11,0. pH pI grupo R pka 3,0 5,5 8,0 11 Glu 5,65 4,25 - - + + His 5,485 6,00 - + + + Trp 5,885 - - - + + Ser 5,68 13,60 - - + + Gly 5,97 - - - + + Leu 5,98 - - - + + Arg 5,605 12,48 - - + + Pro 6,475 - - + + + Gly 5,97 - - - + + grupo R 3,0 5,5 8,0 11 glu - + + + his - - + + ser - - - - arg - - - - VALORES FINAIS 3,0 5,5 8,0 11 Glu -2 0 +2 +2 His -2 0 +2 +2 Trp - - + + Ser - -2 0 0 12. a) Em que ordem os aminoácidos Arg, His e Leu seriam eluídos em cromatografia com pH 6? Resposta: Leu, His e Arg b) Em que ordem os aminoácidos Glu, Lys e Val seriam eluídos de uma coluna cromatográfica de troca iônica preenchida com dietilaminoetil (DEAE) em pH = 8,0? Resposta: A ordem será de Glu, Val e Lys. 14. A pepsina do suco gástrico (pH » 1,5) tem um pI em torno de 1, muito mais baixo que das demais proteínas do sistema digestório (ver Tabela 6-5 do Lehninger). Quais grupos funcionais devem estar presentes em número relativamente alto para dar à pepsina um pI tão baixo? 16. Explique quais são os níveis de estruturação das proteínas. Quais são os tipos de interações moleculares mais característicos de cada nível? Explique por que a liberdade conformacional das ligações peptídicas é limitada. Podemos separar os níveis das estruturas em 4: Estruturas primárias (ligações peptídicas), estruturas secundárias (forma hélice, mantida por ligações de hidrogênio intramoleculares entre os grupos C=O e N-H da cadeia principal, e a forma folha, mantida por ligações de hidrogênio intra e intermoleculares entre os grupos C=O e N-H da cadeia principal, estruturas terciárias, normalmente estabilizadas por ligações de hidrogênio, ligações covalentes, interações hidrofóbicas ou pontes salinas e, por fim, as estruturas quaternárias, que correspondem a duas ou mais cadeias polipeptídicas, idênticas ou não, que se agrupam e se ajustam para formar a estrutura total da proteína (aglomerado das estruturas terciárias). As ligações peptídicas possuem caráter intermediário entre uma ligação dupla e uma ligação simples, por conta da ressonância e, consequentemente, a rotação da ligação peptídica é afetada, não havendo possibilidade de rotação em torno da ligação C - N, sobrando apenas a rotação com o carbono alfa, puramente simples. Gly - - + + Leu - - + + Arg - -2 0 0 Pro - + + + Gly - - + + Soma final -11 -7 +9 +9 17. O que é desnaturação protéica e quais os fatores influenciam este processo? Explique o mecanismo geral de desnaturação. Os conceitos desnaturação e degradação proteica se equivalem ou diferem entre si? Desnaturação protéica é quando a proteína perde sua estrutura quaternária mantida pelas forças intermoleculares entre os grupos dessa proteína. Esse mecanismo é influência, sobretudo, pela temperatura e pH do meio. Os conceitos de degradação e desnaturação não se equivalem entre si, visto que degradação é o rompimento das ligações chocantes entre as moléculas da proteína, enquanto a desnaturação é apenas a perda de sua estrutura quaternária devido ao rompimento das forças intermoleculares. 21. Discuta o processo de realinhamento artificial da ondulação dos cabelos. A estrutura do cabelo é formada por pontes dissulfeto que ocorrem com a união de dois átomos de enxofre -S-S-, como, por exemplo, quando os grupos tióis (-SH) provindos de duas moléculas do aminoácido cisteína se combinam formando o aminoácido cistina e também é formada por ligações iônicas, as quais são responsáveis pela estabilidade estrutural, pela forma do cabelo e pela resistência mecânica dos fios. As ligações de hidrogênio ocorre entre um átomo de hidrogênio proveniente da hidroxila (-OH) de um aminoácido e o átomo de oxigênio proveniente do grupo carbonila (R2–C=O) de outro aminoácido. Quando o cabelo está molhado, estas ligações são favorecidas, então podemos alterar temporariamente sua forma como, por exemplo, quando se faz escova. Assim, nos processos de alisamento artificial são usados agentes redutores juntamente com a temperatura de forma a romper o máximo de ligações dissulfetos possíveis.
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