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Gustavo Henrique 157D BIOQUÍMICA BIOMOLÉCULAS: composto de C com variedades de grupos funcionais. - Os elementos mais abundantes nos seres vivos são: C,H,O,N. - Os elementos traços são menos abundantes, mas essenciais à vida por serem necessários para que realizem suas funções. - O átomo de carbono pode realizar 4 ligações nesse caso, o ângulo entre as 4 ligações simples é de 109,5°. Ligação simples: rotação livre e tamanho de 0,154nm. Ligação dupla: rotação rígida e tamanho de 0,134nm. - Ligação simples: rotaciona e apresenta átomos mais distantes. - Ligação dupla: os carbonos ficam no mesmo plano. - Ligações triplas são raras em biomoléculas. - Compostos orgânicos são aqueles que apresentam cadeia carbônica. - Como o conjunto dos compostos presentes em células vivas é universal, conclui-se que houve preservação das vias metabólicas ao longo da evolução. Principais Biomoléculas A) Proteínas: Polímeros de aminoácidos. Exercem diversas funções, como enzimas, transporte, estrutural,etc. B) Ácidos nucléicos: Polímeros de nucleotídeos (DNA e RNA). Armazenam e transmitem a informação genética. C) Polissacarídeos: Polímeros de açúcares. Servem como reserva energética, componentes estruturais, reconhecimento extracelular quando ligados a proteína (glicocálix). D) Lipídeos: Derivados de hidrocarbonetos e insolúveis em água. Possui funções, como reserva energética, componente de hormônios, etc. Conformação x Configuração e Estrutura Tridimensional - Estereoisômeros: moléculas com mesma formula molecular, mas diferente formula estrutural configuração - As interações entre biomoléculas são estereoespecíficas. Configuração: é um conceito relacionado à existência de ligação dupla ou de carbono quiral. I) Havendo C=C, pode-se ter isomeria cis-trans (geralmente, a forma cis é menos estável, possui mais energia, e a forma trans é mais estável, a repulsão eletrostática entre os grupos opostos fica menor, a energia diminui). Os compostos cis/trans têm composição química similar, mas papéis biológicos diferentes um só é convertido no outro por meio do rompimento da dupla característica dos isômeros configuracionais. II) Havendo C* temos a isomeria óptica. Os estereoisômeros possuem propriedades químicas semelhantes/idênticas, mas propriedades físicas e biológicas diferentes. - Isômeros ópticos: 2n, sendo n o número de C* - Isômeros opticamente ativos = inativos: 2n/2 - Enantiômeros são o par de estereoisômeros que são a imagem especular um do outro desviam a luz polarizada. - Diastereoisômeros são o par de estereoisômeros que não são a imagem especular um do outro. - Mistura racêmica é aquela que possui a mesma concentração em mol dos dois enantiômeros (D/L); não há, portanto, o desvio da luz polarizada. - Nomenclatura dos enantiômeros: com 2C*, sistema R/S. Com 1C*, sistema D/L ou R/S. Conformação: é um conceito ligado às ligações simples. Havendo ligações simples, os átomos unidos são capazes de rotacionar; desse modo, os grupos ligantes podem estar em diferentes posições no espaço. Interação entre biomoléculas e sua estereoespecificidade - Nos organismos vivos, as moléculas com C* estão presentes em uma de suas formas quirais (normalmente L). Quando produzidas em laboratórios, as biomoléculas apresentam todas as suas formas quirais. - A estereoespecificidade é uma característica das enzimas segundo a qual o sítio de ligação de uma proteína é complementar somente a um dos isômeros de uma molécula. Assim, somente um dos estereoisômeros é biologicamente ativo Complementaridade estereoespecífica Fundamentos Físicos - Organismos vivos existem em um estado estacionário (composição constante do organismo de certa espécie) dinâmico (não estático, repleto de sínteses e degradações simultâneas) e nunca em equilíbrio com o meio. - O estado estacionário dinâmico, que agrega produção, degradação e consumo, é o que garante a constância de moléculas e íons. - Tipos de sistema: Isolado: não troca energia nem matéria com o meio / Fechado: troca energia, mas não troca matéria com o meio / Aberto: troca energia e matéria com o meio. Ex: organismo vivo 1° lei da termodinâmica: Princípio da conversão de energia a quantidade total de energia no universo é constante, mas a forma em que ela se apresenta pode mudar. Entropia e Energia Livre de Gibbs/ Entalpia Entalpia (H): Expressa o número e os tipos de ligações, se vinculando ao ganho ou à perda de energia. Pode ser: - Endotérmico (quebrENDO – quebra de ligações): ∆H positivo - Ex: fusão/vaporização, que absorvem calor para ocorrer. - Exotérmico (formEX – formação de ligações): ∆H negativo - Ex: combustão que libera calor pra ocorrer Espontâneo. Entropia (S): é um conceito relacionado à desordem dos componentes de um sistema. 2° lei da termodinâmica: As “coisas” tendem naturalmente para a desordem; assim, para que exista ordem (termodinamicamente desfavorável) é necessário a realização de trabalho e gasto de energia, não sendo algo espontâneo. Energia Livre: ∆G=∆H-T. ∆S ∆G: variação da energia livre / ∆H: variação da entalpia / T: temperatura / ∆S: variação da entropia. Sinal do ∆S: positivo para quando há aumento da desordem e negativo para quando há redução da desordem. Espontaneidade dos processos: ∆G0: absorção de energia forçado. - Nas células, as macromoléculas são menos estáveis e mais ordenadas que a mistura de seus monômeros, portanto elas têm ∆G>0 (Não espontâneocontraria a tendência de desordem). Assim, para que essas reações de polimerização ocorram, as células acoplam essas reações a outras que liberam energia (∆Gde água líquida à temperatura ambiente e a fase sólida (gelo) à temperaturas baixas. - Biomoléculas polares dissolvem facilmente em água porque as ligações soluto-água são energeticamente mais favoráveis que as ligações água-água (além de deixar o sistema mais desorganizado, ligações de hidrogênio mais intensas são formadas, sendo um processo exotérmico – formEX – e, portanto, favorável). Isso não ocorre com moléculas apolares, pois elas são incapazes de formar interações água-soluto. - Em soluções aquosas, moléculas apolares tendem a formar agregados. Propriedades - Os PF, PE e calor de vaporização mais altos que os dos demais solventes são conseqüência das ligações de hidrogênio. - A água é uma molécula polar. - A fluidez da água é conseqüência da curta meia-vida das ligações de H. - A molécula de água pode realizar até 4 ligações de H, que são ligações relativamente fracas em relação à covalente. - As ligações de H são mais longas que as covalentes; mais fáceis, portanto, de serem rompidas. - No estado líquido, as moléculas de água realizam 3,4 ligações em média. No estado sólido, elas formam 4 ligações, o que permite a formação de uma rede cristalina sólida e isso implica menor densidade do gelo em relação à água líquida. - À temperatura ambiente, tanto a fusão quanto a evaporação do gelo e da água, respectivamente, são processos espontâneos (∆G0). Além disso, as maiores interações entre enzima-substrato (ligações de hidrogênio, ligações hidrofóbicas, etc...) favorecem a estabilidade do conjunto. Solutos e as propriedades coligativas de soluções aquosas - A concentração de água em uma solução é menor que em água pura. Geralmente, pensa-se que a osmose pauta-se na passagem de água de uma região com menor concentração de solutos para uma região mais concentrada em solutos. Porém, o mecanismo baseia-se na concentração de água, que passa do meio mais concentrado em água (água pura) pro meio menos concentrado em água (solução). - O efeito do soluto nas propriedades coligativas independe das propriedades químicas do soluto; depende, somente, do seu número de partículas dissociadas no solvente (NaCl conta como 2, pois se dissocia em Na+ e Cl-/ Já a glicose é 1, pois não se dissocia). - O que explica a passagem de água de uma região mais concentrada para uma menos concentrada (em água) é a tendência natural de um sistema se desordenar. - Pressão osmótica (π) é a força necessária para resistir ao movimento da água π=icRT, sendo i.c a osmolaridade. - Osmose é a passagem de água através de uma membrana seletiva devido à diferença de pressão osmótica. - Aquaporinas são canais proteicos que permitem a passagem de água com mais facilidade nas membranas seletivas. Ionização da água e de ácidos e bases fracos - A água pura é levemente ionizada, possuem baixo poder de ionização. À 25°C, Kw=10-14 Kw=[H+].[OH-] Ph= -log [H+]; quando [H+]=[OH-], temos Ph neutro (7) Constantes de dissociação dos ácidos e bases fracos Conceito de Bronsted-Lowry para ácidos e bases: ácidos são doadores de prótons bases são receptores de prótons Ácido Base Conjugada } Par conjulgado - A tendência de um ácido ionizar é dada pela constante de equilíbrio Keq, também chamada de Ka. Curva de titulação e Pka de ácidos fracos - A titulação tem como finalidade determinar a concentração de ácido em certa solução. - Utiliza-se um indicador ácido-base para se determinar quando ocorre a neutralização do ácido Quanto mais forte o ácido, menor é seu valor de Pka. Quanto mais forte a base, maior é seu valor de Pka. - O Pka é o valor do Ph no ponto central da curva de titulação. Tamponamento em sistemas aquosos - Uma pequena alteração no valor do Ph produz uma grande mudança na velocidade das reações Enzimas têm não somente uma temperatura ideal, mas também um Ph ideal para seu funcionamento. - Tampões: são sistemas de ácidos fracos e sua respectiva base conjugada que tendem a resistir à mudanças de Ph. - O tamponamento é específico para cada ácido e está restrito a uma zona de Ph (variando de 1 para cima e 1 para baixo) cuja referência é o valor de Pka. Região de tamponamento: Ph de 3,76 até 5,76. A adição de ácido/base dentro desses valores de Ph promoverá menores variações do que se o meio tivesse Ph fora desse intervalo. Henderson-Hasselbach e a relação com Ph, Pka e tampão - A equação descreve a forma da curva de titulação dos ácidos fracos. - Quando [A-]=[HA], Ph=Pka Isso ocorre no ponto central da titulação. - A solução tampão de bicarbonato é um tampão efetivo em Ph próximo de 7,4 (Ph do plasma sanguíneo). Água como reagente - A hidrólise é catalisada por enzimas chamadas hidrolases. AMINOÁCIDOS Propriedades dos aminoácidos - Existem mais de 300 AA´s, mas 20 são os que predominam nas proteínas. - Diversos AA´s são codificados por múltiplos códons – o que limita os códons à identificação dos 20 tipos de AA´s. - Somente a prolina foge à estrutura padrão: Estrutura padrão dos AA´s Em Ph fisiológico de 7,4, o aminoácido encontra-se neutro, na forma de zwitterion, com o R sem carga, e o grupo carboxila cancelando a carga com o amino. Gustavo Henrique 157D- Em última análise, a natureza das cadeiras laterais (R) que determina o papel do AA na proteína. A) AA´s com cadeias laterais apolares: - A cadeia lateral é incapaz de doar ou receber prótons, de participar de ligações iônicas ou de hidrogênio. - São cadeias “oleosas” ou semelhantes à lipídeos, o que permite a formação de ligações hidrofóbicas. - Em soluções aquosas, onde o meio é polar, esses AA´s tendem a se agrupar no interior da proteína efeito hidrofóbico. - Em ambientes apolares, como no interior de uma membrana, esse grupo R volta-se para o exterior da proteína, interagindo com o ambiente. B) AA´s com cadeias laterais polares, mas sem carga: - Em Ph neutro, esses AA´s tem carga líquida zero. - Os grupos laterais podem realizar ligações de H. - Ligação dissulfeto destaque para a cisteína quando existe mais de uma cisteína pode ocorrer um reação que resulta na formação da ponte dissulfeto (S-S). - Os grupos hidroxila e amida (nas cadeias R laterais) podem servir como sítio de ligação para as cadeias de oligossacarídeos, presentes nas glicoproteínas. C) AA´s com cadeias laterais ácidas - Em Ph fisiológico, eses grupos R estão ionizados (sem próton) Pka1 ácido Estrutura terciária. Estrutura primária - É a sequência dos resíduos (perdem elementos com a saída da água devido à ligação peptídica) de AA´s na proteína Proteínas são determinadas pelas sequências de AA´s. - Importância: muitas doenças genéticas são causadas por uma alteração na sequência de AA´s. Isso, por sua vez, implica perda parcial ou total da funcionalidade da proteína. A) Ligação peptídica: sempre no sentido aminoterminal (extremidade esquerda) para carboxiterminal (extremidade direita). - São ligações covalentes entre os grupos –COOH e –NH2. - Quando se há radical com grupos ionizáveis, geralmente, ele determina a carga final da proteína (carga do aminoterminal +1 é cancelada com a do carboxiterminal -1). - Não são rompidas quando a proteína desnatura só rompem na presença de ácidos ou bases fortes e em elevada temperatura. - Tem o caráter de ligação dupla parcial portanto não rotaciona. - Geralmente, ele age como uma ligação do tipo trans. B) Composição de aminoácidos de um peptídeo: - Para se determinar a estrutura primária de uma proteína, é necessário antes quantificar e identificar os AA´s que a constituem. O processo: I) Promove a hidrólise da proteína utilizando-se um ácido forte – as ligações peptídicas se rompem e os AA´s são libertados. II) Realiza-se a cromatografia de troca de cátions (ou ânions) A mistura dos AA´s é aplicada a uma coluna que contém uma resina na qual grupos carregados negativamente estão aderidos. Os AA´s ligam-se à coluna de maneiras distintas; eles são liberados e quantificados por meio do aquecimento com ninhindrina. A quantidade de AA´s é definida por espectrofotometria – que mede a quantidade de luz absorvida. C) Sequenciamento a partir da extremidade N-terminal: - O regente de EDMAN, sob condições levemente alcalinas, marca a extremidade amino da proteína. - Promove-se a hidrólise ácida da proteína. - A extremidade marcada pelo regente de EDMAN é mais facilmente clivada (fragmentada, retirada). - Determina-se a identidade do AA clivado. D) Clivagem do polipeptídio em peptídeos menores: - Polipeptídios com cadeias muito longas não são sequenciados diretamente. Antes, eles são fragmentados em porções menores e posteriormente são sequenciados. - A utilização de diferentes promotores e clivagem permite o ordenamento correto dos fragmentos. E) Determinação da estrutura primária por meio do sequenciamento do DNA: - A sequência de nucleotídeos determina a sequência de AA´s. - Problemas: 1) É um método incapaz de prever a posição das ligações dissulfeto. 2) Não identifica AA´s incorporados após o processo de tradução. Estrutura secundária - Pequeno enovelamento/dobramento de certos fragmentos da estrutura primária das proteínas. - Gráfico de Romachandram: ângulos PHI e PSI Conclusão: o impedimento estérico (impossibilidade da aproximação de certos átomos devido ao seu tamanho) não permite a maioria das combinações entre os ângulos PHI e PSI. - As dobras iniciais, que caracterizam a estrutura secundária, ocorrem devido às ligações de hidrogênio (em nível intermolecular) entre átomos da cadeia principal. - As principais estruturas secundárias são: 1) αhélice - É a hélice polipeptídica mais comum. - Apresenta estrutura helicoidal e suas cadeias laterais (R) estão voltadas para fora da hélice, visando evitar o impedimento estérico Parte de dentro da hélice fica como um vão, vazio, mas não passa nada por lá, já que é ocupada pela nuvem eletrônica, no centro. - Está presente, por exemplo, na família das queratinas e na mioglobina. - As αhélice são estabilizadas por ligações de hidrogênio que ocorrem entre o oxigênio da carbonila residual e o hidrogênio da amida residual. - Mudanças na sequência de aminoácidos podem alterar a organização da hélice e o enovelamento da proteína em certas partes, alterando sua função biológica e sua interação com o meio (pode ficar inativa também). - Muitas vezes, mesmo se houver mudanças na estrutura/sequência de aminoácidos, a manutenção do enovelamento significa a manutenção da função original/bioatividade da proteína (por exemplo, certas proteínas em humanos e chimpanzés exercem a mesma função, mesmo com mudanças sutis na sequência de aminoácidos, devido à manutenção de um enovelamentoidêntico/semelhante). - Há casos raros em que proteínas com enovelamentos diferentes exercem a mesma função pressão evolutiva convergente (isoformas = mesmas proteínas, de iguais funções, com estruturas primárias diferentes). Mas, como generalização, o enovelamento, geralmente, determina a função da proteína. - Na primeira proteína, tem - se um meio quase que totalmente apolar (aminoácidos apolares). Ex: interior da membrana Gustavo Henrique 157D - Na segunda, tem-se uma intercalação entre aminoácidos polares e apolares demonstra meio interno/externo alternados. - Na terceira, o meio é quase totalmente polar (aminoácidos polares). Ex: citoplasma. 2) βfolha - Apresenta aparência pregueada. - As βfolhas são compostas por 2 ou mais fitas β. - As fitas β podem estar dispostas em uma mesma orientação (paralelas) ou com diferentes orientações (antiparalelas) Olhar a partir da N-terminal (aminoterminal) em direção ao C-terminal (carboxiterminal). - Os pontinhos entre as fitas da folha são as ligações de hidrogênio que mantém a dobra da estrutura secundária. - As β folha também pode surgir quando uma cadeia polipeptídica dobra-se sobre si mesma ligações de hidrogênio. - No exemplo da folha antiparalela, ao se projetar num plano tridimensional, percebe-se cadeias laterais R para dentro/baixo, alternando com cadeias R para cima, sequencialmente. Com isso, é possível enovelar, por exemplo, as hidrofóbicas para fora e as hidrofílicas para dentro (ex: proteína de membrana -meio apolar- em formato de cilindro/barril que transporta glicose por dentro -substância polar). Para isso, é necessário haver, na sequência dos aminoácidos, alternância entre grupos polar/apolar. - Nas proteínas globulares, as βfolha apresentam curvatura para direita. 3) Estrutura secundária de conexão, de loop, de tipo volta: faz curva na estrutura enovelada. Estrutura terciária - Diz respeito à conformação final (estado nativo) de uma proteína, indicando como as estruturas secundárias (αhélice, βfolha, curva) se organizam para formar domínios (elementos de estruturas terciárias) e como eles se relacionam espacialmente. - Domínio é uma região da proteína que participa de interações inter ou intramoleculares. Uma proteína pode apresentar mais de um domínio. -Domínio também pode ser entendido como região da proteína que se enovela sem depender de outra região. - Mesclagem de funções: domínios da mesma proteína podem realizar funções diferentes (na mesma cadeia polipeptídica). Um exemplo é o camundongo fluorescente em que proteínas do epitélio, por meio da mesclagem de genes, passaram a expressar a fluorescência. Outro exemplo é a transcriptase reversa, em que parte do gene capta o RNA e a outra transcreve o DNA a partir do RNA capturado. Além disso, a fusão de genes de um anticorpo específico com fluorescência fornece marcadores específicos que mostram o local de ação desse anticorpo, podendo diagnosticar doenças e servir de pesquisa. Interações que estabilizam a estrutura terciária - Sequência de AA´s determina a estrutura terciária - Os dobramentos que resultam as interações dos grupos laterais formam uma estrutura compacta. - Existem 4 tipos principais de interações: I) Ponte dissulfeto - São um tipo de ligação covalente que resulta da reação entre grupos sulfidrila (-SH) tiol S-S. - Ocorrem entre os aminoácidos do tipo cisteína que podem ou não estar na mesma cadeia de polipeptídios. II) Interações hidrofóbicas (grupos apolares) III) Ligações de hidrogênio (H-FON + FON) IV) Interações iônicas (grupos com cargas opostas que podem interagir entre si) Dobramento proteico - É um processo de tentativa e erro, no qual o polipeptídio busca um estado no qual as interações (atrações) interatômicas superem as repulsões e garanta, assim, um baixo estado energético (+ estável possível). Desnaturação proteica - É um processo que implica a perda das estruturas terciária e secundária de um polipeptídio, sem que ocorra o rompimento das ligações peptídicas. - Principais desnaturantes: calor, solventes orgânicos, agitação mecânica, ácidos e bases fortes, detergentes. - Pode ser reversível, entretanto, na maioria das vezes não o é. Papel das chaperonas no dobramento proteico - A proteína começa o processo de dobramento proteico enquanto é sintetizada isso explica porque as proteínas não retomam sua estrutura terciária após serem desnaturadas (forma única e não repetível). - Isso limita as possibilidades de dobramentos possíveis e, consequentemente, a competição entre eles. - Chaperonas: são um grupo de proteínas – denominadas proteínas de “choque térmico”-, que interagem com o polipeptídeo em vários momentos do processo de dobramento suas ações, no processo de dobramento, são variadas. Estrutura quaternária - É quando se tem duas ou mais cadeias polipeptídicas formando uma proteína. - Essas subunidades estão unidas por ligações não covalentes e podem funcionar em conjunto ou separadamente. - A ligação do oxigênio a uma das quatro unidades do tetrâmero aumenta a afinidade das demais subunidades ao O2. - Isoformas: são proteínas com mesma função, mas com diferente estrutura primária. Dobramento inadequado de proteínas - Mutação em um gene ou espontaneamente. Gustavo Henrique 157D - Normalmente, proteínas dobradas inadequadamente são marcadas e degradadas dentro da célula. Esse sistema, entretanto, não é perfeito; e pode ocorrer acúmulo de proteínas inadequadamente dobradas – fato este que se relaciona a algumas patologias. 1) Amiloidoses - São doenças, como o Alzheimer e a Doença de Parkinson, causados pelo acúmulo de amiloides. - Os amiloides são agregados insolúveis de proteínas que sofreram um processo anormal de clivagem e resultaram na formação de feixes de proteínas fibrilares constituídos de β folhas pregueadas (o normal seria α hélice). Houve, portanto, um enovelamento incorreto. 2) Doença do Príon - Proteína do Príon (PrP) tem sido considerado um agente causador das encefalopatias espongiformes transmissíveis (EET´s). - Forma agregados insolúveis semelhantes à placa amiloide encontrada em outras doenças encefálicas. - Uma proteína normal, aparentemente, tornou-se infecciosa, por mudanças conformacionais neste caso, α hélices se tornaram βfolha. O agente infeccioso faz a proteína normal assumir a conformação patogênica. Proteína globular - Cadeias polipeptídicas que se dobram adquirindo a forma esférica ou globular. - Geralmente, são solúveis em água. - Ex: mioglobina e hemoglobina. Proteína fibrosa - Similar à tranças - Ex: colágeno (3 fibras enroladas rigidamente) e queratina. Princípios de purificação de proteínas - Obtenção do extrato cru. - Eliminação por separação manual. - Precipitação. - Diálise. - Localização e identificação. - Teste de atividade. - Quantificação. Cromatografia de troca iônica: Mais usada e mais barata. Permite dizer qual a carga da proteína a ser estudada. Esta técnica consiste na passagem da proteína através de uma coluna desenhada para reter ou diminuir a velocidade da passagem das proteínas. As moléculas com carga de mesmo sinal que a resina são eluídas primeiro (passam direto), em uma coluna de troca. Na purificação, usa-se uma solução de elevada concentração de sal que compete com a proteína na ligação à coluna. Como esta tem maior afinidade para a carga dos sais do que para a das proteínas, estas acabam por ser libertadas, mantendo-se os sais ligados à coluna. As proteínas com fracas interações iónicas serão libertadas com uma concentração baixa de sal. Para retirar o sal, é feita uma diálise contra tampão. Se a troca for catiônica, a resina tem carga negativa e a proteína, positiva. Se a troca for aniônica, a resina tem carga positiva e a proteína, negativa. Cromatografia de fixação em gel: A cromatografia de filtração em gel separa as proteínas com base no seu tamanho. A coluna é constituídapor uma matriz de pequenas esferas porosas empacotadas. Ao fazer passar a solução de proteínas pela matriz da coluna, as moléculas pequenas entram nos poros das esferas demorando a atravessá-los, enquanto que as grandes passam entre as esferas, sendo separadas primeiro. Cromatografia de afinidade: A cromatografia de afinidade baseia-se nas funções biológicas (estereoespecificidade) da proteína que se liga à coluna. O tipo mais comum envolve um ligante (substrato, ex glicose), que é imobilizado e ligado a uma matriz da coluna. A proteína a analisar passa depois através da coluna e liga-se a ela pelo seu ligante, enquanto que outras proteínas serão libertadas. A separação da proteína alvo é normalmente feita, passando através da coluna uma solução que contenha uma elevada concentração de ligante livre (ex glicose livre proteína prefere se ligar onde tem mais ligantes livres). Isto é um método muito eficiente de purificação, uma vez que se baseia numa especificidade biológica da proteína que se pretende analisar, tal como a afinidade de uma enzima a um substrato ou a ligação entre antígeno e anticorpo. Eletroforese em gel: A eletroforese é uma técnica de separação de moléculas que consiste na migração de moléculas com carga, numa solução, em função da aplicação de um campo elétrico. O objetivo do SDS (um gel desnaturante) é desnaturar a proteína, isto é, converter a proteína numa estrutura linear e conferir-lhe densidade de carga uniforme (negativa geralmente), de forma a poderem ser separadas por eletroforese, somente, em função da massa molecular, passando por uma rede polimérica, num âmbito vertical. As proteínas de menor massa migram mais rapidamente (mais em baixo no espectrômetro de massa) Formam bandas e canaletas Preto com proteína, branco sem Porém, não se consegue saber qual aminoácido/proteína especificamente se quiser saber, corta certo fragmento e sequencia ou usa marcadores para descobrir os aminoácidos especificamente. Focalização isoelétrica: separa proteínas de acordo com seu ponto isoelétrico (gradientes de Ph). Enquanto a proteína migra a sua velocidade vai diminuindo até chegar ao ponto em que o valor de pH será igual ao seu pI. Neste ponto a proteína terá carga total neutra e como consequência deixa de migrar. Ocorre no âmbito horizontal. Eletroforese bidimensional: proteínas são separadas em duas dimensões. A primeira fase é a focalização isoelétrica, usando um gradiente de Ph, de forma que se separa as proteínas no âmbito horizontal de acordo com seu ponto isoeletrônico, quando a proteína tem carga 0, é neutra. Depois, separa-se no âmbito vertical de acordo com a massa molecular, com os fragmentos menores migrando mais rápido que os maiores. - OBS: Pode se usar marcadores para analisar as diferenças da expressão gênica para inferir possíveis doenças, cânceres ou identificar aminoácidos específicos. ENZIMAS - São proteínas que aumentam a velocidade das reações, sem serem consumidas no processo. Elas diminuem a energia de ativação das reações, criando uma rota alternativa para que elas ocorram. - Alguns RNA podem atuar como enzimas, catalisando a quebra/síntese de ligações peptídicas Ribozimas - Interações fracas (não covalentes) entre a enzima e seu substrato podem ser usadas para distorcer o substrato e a enzima (estado de transição) e catalisar a reação. Propriedade das enzimas Gustavo Henrique 157D A) Sítios Ativos - É a região da enzima na qual o substrato se liga; ambiente químico específico dentro do qual uma dada reação é energeticamente mais favorável. - Interações fracas (não covalentes) entre a enzima e seu substrato (complexo ES) podem ser usadas para distorcer o substrato e a enzima e catalisar a reação A superfície do sítio ativo apresenta resíduos de aminoácidos cujos grupos laterais interagem com o substrato e catalisam sua transformação química. - Posteriormente, o complexo ES é convertido no complexo enzima-produto (EP), que se dissocia em enzima e produto. Estado de transição Complexo ES e complexo EP B) Eficiência Catalítica - As catálises são altamente eficientes. - Kcat ou “turn over”: número de moléculas do substrato que são convertidas a produto em uma unidade de tempo em uma única molécula de enzima quando a enzima se encontra saturada de substrato (velocidade máxima) Específico da reação lenta, a qual determina a Vmáx. C) Especificidade - Enzimas são altamente específicas; reagem com um ou alguns substratos. D) Holoenzimas - É um termo que diz respeito ao conjunto formado por uma enzima e seu componente não proteico, o qual ativa a enzima. - Apoenzima é um termo que se refere à enzima inativada sem seu componente não proteico. - Cofator é o componente não proteico do tipo íon metálico. Ex: Zn2+ ou Fe2+. - Coenzima é o componente não proteico que se caracteriza por ser uma molécula orgânica Cossubstratos são coenzimas que ao se dissociarem das proteínas são liberadas em uma forma diferente da qual estavam quando se associaram. Ex: NAD+. - Grupo prostético: são grupos permanentemente ligados à enzima e que voltam ao seu estado inicial após a ação enzimática. E) Regulação - Enzimas podem ser ativadas por promotores ou inativadas por venenos, alterando, assim, a velocidade da reação. F) Localização na célula - Muitas enzimas são compartimentadas. Isso isola o substrato/produto de outras reações competitivas, garantindo, assim, um meio adequado às reações. Como as enzimas funcionam Alterações de energia durante a reação - Complexo ativado é uma borrara de energia a ser vencida pelo reagente para que a reação se inicie. - Energia de ativação é a menor energia a ser fornecida para que o substrato vença o complexo ativado. - Na ausência de enzimas, poucas moléculas de substrato apresentam energia suficiente para superar o complexo ativado. Isso implica menor velocidade da reação. - Em geral, quanto menor a energia de ativação, maior a velocidade da reação. Fatores que afetam a velocidade da reação - Temperatura, Ph e concentração de substrato. A) Concentração de substrato - A velocidade da reação é dada pelo número de moléculas do produto sintetizadas por unidade de tempo. - Quanto maior a concentração de substrato, maior a velocidade de reação até que ela atinja uma velocidade máxima. - Vmáx: indica que todos os sítios ativos das enzimas estão ocupados. - O gráfico da maioria das enzimas é uma hipérbole; as enzimas alostéricas (contêm uma região separada daquela em que se liga o substrato, na qual pequenas moléculas regulatórias podem ligar-se e modificar a atividade catalítica destas enzimas) têm curva sigmoide (não seguem o modelo de Michaelis). B) Temperatura - O aumento da temperatura implica aumento da velocidade da reação até um dado ponto. A partir de então, o aumento da temperatura promove desnaturação da proteína, que resulta em redução da velocidade - Maior temperatura, maior agitação, mais colisões ideais, maior velocidade de reação. - Nota-se, então, que existe uma temperatura ideal ao funcionamento das enzimas e esse valor está entre 35 e 40°C para os seres humanos. C) Ph - O Ph altera a velocidade da reação de duas maneiras: Gustavo Henrique 157D 1. A ação enzimática pode ter uma condição para seu funcionamento, um determinado estado de ionização de seus grupos. - Desse modo, o aumento ou diminuição da [H+] alteraria o estado de ionização desses grupos. 2. Extremos de Ph podem também promover a desnaturação da proteína. - O Ph ideal varia de acordo com a enzima. Equação de Michelis-Menten - Modelo de reação: E+S –k-1 k1 ES –k2 E+P K1, K-1 e K2 são constantes de velocidade. - A equação descreve como a velocidade da reação varia em relação à concentração de substrato. , sendo Km = (K2)+(K-1)/K1 Km = constante de Michaelis-Menten. V0 = velocidade inicial, no momento em que a enzima e o substrato são misturados. Vmáx = velocidademáxima. [S] = concentração de substrato. Km relação entre todos os outros K´s da reação, excluindo o Kcat, que é o K específico da etapa lenta, a qual determina a velocidade máxima. - É específico para cada enzima e seu substrato. - Reflete a afinidade entre a enzima e o substrato. - É numericamente igual à concentração do substrato quando a velocidade da reação = ½ da velocidade máxima. - O Km não varia com a concentração da enzima. 1. Km baixo = alta afinidade da enzima pelo substrato (metade da velocidade máxima atingida com menos substrato). 2. Km alto = baixa afinidade da enzima pelo substrato (metade da velocidade máxima atingida com mais substrato). - A velocidade da reação é diretamente proporcional à concentração da enzima V=K.[S] - Vmáx= Kcat.[Enzima] Substitui na equção de Michaelis. Inibição enzimática Inibidor: substâncias que diminuem a velocidade da reação catalisada por enzima. Pode ser: - Reversível: liga-se à enzima por ligação não covalente. - Irreversível: liga-se à enzima por ligação covalente. Os tipos mais comuns de interação reversível são: inibição competitiva e inibição não competitiva. A) Inibição competitiva - O inibidor liga-se reversivelmente ao mesmo sítio que o substrato ocuparia. - Ainda que a velocidade da reação torne-se menor, ela pode atingir a velocidade máxima com o aumento da concentração do substrato. - O inibidor competitivo aumenta o Km, ou seja, diminui a afinidade da enzima ao substrato. B) Inibição não competitiva/ acompetitiva - O inibidor e o substrato se ligam reversivelmente a sítios diferentes da enzima. - Nesse tipo de inibição, a reação fica impedida de ocorrer. - A Vmáx´da reação é menor que a Vmáx da reação sem o inibidor e o aumento da concentração do substrato não faz com que a Vmáx´seja igual à Vmáx. - V máx´= velocidade máxima com o inibidor. - Km não se altera, pois o sítio da enzima para o substrato não é ocupado. Gustavo Henrique 157D Regulação da atividade enzimática A) Regulação das enzimas alostéricas - Enzimas alostéricas são enzimas reguladas por moléculas chamadas efetores/moduladores, que se ligam de modo não covalente a uma região diferente do sítio ativo. - Efetores negativos: inibem a atividade enzimática. - Efetores positivos: aumentam a atividade enzimática. 1. Efetor homotrópico: é quando o próprio substrato age como efetor. Um substrato alostérico normalmente é um efetor positivo. - A presença de uma molécula do substrato no sítio ativo de uma enzima aumenta as propriedades de catálise de outros sítios da mesma enzima. 2. Efetor heterotrópico: é quando o efetor não é o próprio substrato. - São típicas, por exemplo, nas situações de inibição por retroalimentação. Exemplo: A ------> B ------> C ------> D A enzima que converte B em C tem um sítio alostérico. Assim, havendo excesso de D, ele se liga no sítio da enzima e ela interrompe a cadeia de síntese. OBS: Atualmente o modelo chave-fechadura é obsoleto, já que hoje se sabe que uma enzima completamente complementar com o seu substrato pode ser uma enzima pobre. O modelo mais aceito é o do estado de transição, em que a enzima se adapta ao formato específico exigido pelo substrato. PROTEÍNAS GLOBULARES Hemeproteínas Globulares - Hemeproteínas são um grupo especializado de proteínas que apresentam um complexo heme (Fe2+) como grupo prostético. - Grupo prostético: são conhecidos como coenzimas, moléculas orgânicas que se ligam a enzimas de modo permanente. - A função do grupo heme varia conforme o ambiente criado pela estrutura terciária da proteína. - Não há sítio de reação ativo, mas possui um sítio de ligação. A) Estrutura do Heme - É um complexo formado por um anel porfirínico e um átomo de ferro. - O Fe realiza 4 ligações com os N´s presentes no anel e pode formar 2 ligações adicionais, uma em cada lado do plano do anel. Ex: na mioglobina e na hemoglobina: 1 ligação com a cadeia lateral da histidina, aminoácido presente na mioglobina, e 1 ligação com o oxigênio. B) Estrutura e função da mioglobina - É uma hemeproteína presente no coração e nos músculos esqueléticos (mais em tecidos). - Armazena e carrega oxigênio, aumentando a velocidade do transporte de oxigênio dentro da célula. - A mioglobina é constituída por uma cadeia polipeptídica, já a hemoglobina, por sua vez, apresenta mais de uma cadeia polipeptídica em sua estrutura. 1. Conteúdo de αhélice - A mioglobina é uma molécula compacta, sendo que quase toda sua cadeia polipeptídica está dobrada em 8 αhélices. 2. Localização dos resíduos de AA´s polares e apolares - O interior é basicamente constituído por AA´s apolares. Sua estrutura é estabilizada por interações hidrofóbicas. - O exterior é basicamente constituído por aminoácidos carregados que realizam ligações de hidrogênio entre si e com a água. 3. Ligação do grupo heme - O grupo heme situa-se em uma fenda na molécula, a qual é revestida por aminoácidos apolares a exceção a esses AA´s são 2 resíduos de histidina, sendo um proximal – ligando-se diretamente ao grupo heme – e o outro distal, que não interage diretamente com o grupo heme, mas ajuda a estabilizar a ligação do oxigênio ao íon Fe2+ (esse ambiente permite a ligação reversível do oxigênio). C) Estrutura e função da hemoglobina - É exclusiva do eritrócitos e sua principal função é transportar o O2 dos pulmões até os cailares dos tecidos. Hemoglobina A: é a principal hemoglobina em adultos. - Possui 4 cadeias polipeptídicas (2 cadeias α e 2 cadeias β) que estão unidas por ligações não covalentes. - Cada subunidade contém fragmentos em αhélice e uma fenda onde se liga o grupo heme. - É estrutural e funcionalmente mais complexa que a mioglobina, pois transporta CO2 dos tecidos aos pulmões e pode carregar até 4 moléculas de O2 dos pulmões até as células. - As propriedades de ligação do O2 na hemoglobina são reguladas por interações com efeitos alostéricos. O2 é pouco solúvel em soluções aquosas (sangue), por isso são necessárias proteínas carregadoras. Estrutura quaternária da hemoglobina - O tetrâmero pode ser considerado a união de 2 dímeros (αβ) - As 2 cadeias polipeptídicas α e β são unidas por ligações hidrofóbicas presentes também no interior das cadeias. - Isso implica dizer que existem AA´s apolares na superfície da cadeias α e β. Gustavo Henrique 157D - Os 2 dímeros estão unidos por ligações polares/ligações de hidrogênio/ligações iônicas. α --------- β - - α --------- β ------- são ligações hidrofóbicas predominantemente. Já – são ligações polares/ de hidrogênio/ iônicas. - Os dímeros αβ 1 e αβ2 conseguem trocar de lugar e isso implica duas conformações relativamente diferentes que são observáveis quando o O2 está ligado (oxiemoglobina) ou não (desoxiemoglobina) às cadeias polipeptídicas. - A desoxiemoglobina apresenta uma estrutura T (tensa) e a oxiemoglobina uma estrutura R (relaxada), pois algumas ligações entre os dímeros são desfeitas. - Forma T (tensa): as ligações de hidrogênio e iônicas entre os dímeros restringem a liberdade das cadeias Forma com baixa afinidade pelo oxigênio. - Forma R (relaxada): a ligação do oxigênio promove a ruptura de algumas ligações entre os dímeros, o que permite maior liberdade Forma com alta afinidade pelo oxigênio. D) Ligação do oxigênio à mioglobina e à hemoglobina - Mioglobina: 1 grupo heme 1 molécula de O2. - Hemoglobina: 4 grupos hemes 4 moléculas de O2. Curva de dissociação do oxigênio - É uma curva que relaciona a saturação dos sítios em relação à pressão parcial de O2. - A curva da mioglobina é diferente da curva da hemoglobina. - A mioglobina tem maior afinidade pelo O2, em relação à hemoglobina, em TODAS as p(O2). - Quanto maior a afinidade, menor a P50 (Pressão necessária para que metade - 50%- dos sítios estejam ocupados). 1) Mioglobina (Mb) Curva hiperbólica - Mb e MbOxigenada estão em equilíbrio simples: Mb + O2MbO2 - A Mb captura o O2 liberado pela hemoglobina em baixas pO2 (encontradas nos músculos) e o transporta até as células. 2) Hemoglobina (Hb) Curva sigmoidal - Curva sigmoide: as subunidades interferem na ligação com o O2. - Mudanças conformacionais permitem à hemoglobina captar e liberar o O2. - A hemoglobina libera de 30 a 40% de O2 nos tecidos. - A ligação de 1 molécula de O2 aumenta a afinidade por O2 dos demais grupos (reação em cadeia) Efeito chamado de interação heme-heme ou efeito cooperativo. E) Efeitos alostéricos - São consequências que afetam uma região da hemoglobina em decorrência de alterações que ocorrem em um local distinto (não afetam a ligação entre O2 e mioglobina). - Essas alterações são denominadas efeitos alostéricos e podem ser, por exemplo: alterações no Ph, na pressão parcial de CO2, as interações heme-heme, etc. 1. Interações heme-heme - A curva sigmoide reflete mudanças estruturais que se iniciam em um grupo heme e são estendidas aos demais grupos. Por exemplo, o último O2 a se ligar tem afinidade de cerca de 300 vezes maior que as dos demais grupos. A) Ligando e liberando oxigênio - Em alta p(O2), as hemoglobinas tendem a ficar saturadas com O2. Isso acontece nos pulmões. - Em baixa p(O2), as hemoglobinas tendem a liberar O2 – isso ocorre, por exemplo, nos tecidos e músculos. B) Significado da curva sigmoidal de dissociação do O2 - Analisar uma faixa de variação de p(O2). - Tomando a região de p(O2) nos tecidos, onde se tem a curva sigmoide para análise: 2. Efeito Bohr - Descreve a relação entre a liberação de O2, pela hemoglobina, com a p(CO2) e pH. - pH baixo (+ácido) e alta p(CO2): aumenta a liberação de O2. * Há redução da afinidade da Hb pelo O2. * Pensar na respiração: troca CO2 por O2. A) Origem dos prótons que diminuem o pH - A concentração de CO2 e de H+ é maior nos capilares dos tecidos do que nos alvéolos pulmonares. CO2 + H2O ------ anidrase carbônica ---> H2CO3 H2CO3 ----- espontaneamente ----> H+ + HCO3 — B) Mecanismo do Efeito Bohr * A curva sigmoide indica que a hemoglobina é capaz de se ligar e de liberar O2, já que ocorre brusca alteração na % de saturação. Isso não ocorre na mioglobina, já que sua % de saturação praticamente não muda. Gustavo Henrique 157D - É um reflexo do fato que a Hb tem maior afinidade por prótons que por O2. HbO2 + H+ ---------> HbH+ + O2 Oxiemoglobina Desoxiemoglobina - Um mesmo AA tem pKa diferente na oxiemoglobina e na desoxiemoglobina (o pH ácido, por exemplo, protona a hemoglobina, o que estabiliza a forma desoxiemoglobina). 3. Efeito da 2,3 bifosfoglicerato na afinidade por O2. - É o fosfato orgânico mais abundante nos eritrócitos. - Sua concentração é quase igual à da Hb. A) Ligação da 2,3 BPG à desoxiemoglobina - A 2,3 BPG reduz a afinidade da Hb por oxigênio ao se ligar à desoxiemoglobina (sem oxigênio). HbO2 + 2,3BPG --------> Hb-2,3BPG + O2 “Reação de substituição” B) Sítio de ligação da 2,3 BPG - A 2,3 BPG liga-se a uma fenda que existe na hemoglobina. - Quando a Hb se liga ao O2, o 2,3 BPG é expulso espécie de inibição competitiva. C) Deslocamento da curva de dissociação do O2 - A alta concentração de 2,3BPG implica: maior p (O2) para que se atinja um mesmo nível de saturação que na ausência de 2,3 BPG. D) Resposta dos níveis de 2,3 BPG à hipóxia e anemias crônicas - Os níveis de 2,3 BPG aumentam em resposta à hipóxia crônica (Ex: altitudes elevadas) e à anemia crônica isso permite maior descarga de O2 nos músculos/tecidos. * Ao chegar em elevadas altitudes, o p(O2) nos pulmões diminui de cerca de 98% para 80%, e o corpo reconhece que a taxa de aporte de oxigênio (diferença entre o nível de saturação no pulmão e no tecido) diminuiu e age de maneira rápida, aumentando o número de hemoglobinas circulantes no corpo. * Ao se aumentar o BPG, o θ (nível de saturação) nos tecidos diminui um pouco (por exemplo, 80% 77%), mas é compensado pela grande diminuição do θ nos tecidos (60% 50%)- curva mais inclinada. Dessa forma, a diferença, que determina a liberação/aporte de O2, aumenta (20% 27%), sendo algo vantajoso. E) 2,3 BPG no sangue transfundido - O 2,3 BPG é essencial ao funcionamento normal de transporte de O2 pela hemoglobina. - No sangue transfusionado, a concentração de 2,3 BPG é menor, o que faz com que o sangue transfusionado tenha maior afinidade pelo O2. 4. Ligação do CO2 - A maior parte do CO2 é transportada na forma HCO3 —. - Parte do CO2 é transportada na forma de carbomino- emoglobina (Hb – NH – COO—). - Desloca o gráfico sigmoide para a direita (Efeito Bohr). 5. Ligação do CO - O CO liga-se fortemente, mas reversivelmente ao Fe do Hb, formando carboxiemoglobina (HbCO). - A ligação do CO resulta em alteração conformacional da Hb, o que altera o gráfico de sigmoide para hiberbólico. - A afinidade do Hb por CO é 220x maior que a por O2. - Tratamento: terapia de 100% O2 em alta pressão (terapia hiperbólica com oxigênio). Hemoglobina F (HbF): - A HbF é a principal hemoglobina encontrada no feto e no recém-nascido. - A síntese de hemoglobina normal adulta se inicia apenas no 8° mês de gestação e substitui gradualmente a HbF. - Só tem as 2 cadeias α, não possui as 2 cadeias β. Isso diminui a interação do 2,3 BPG com a hemoglobina (o 2,3 BPG se liga melhor à cadeia β), o que a faz estar menos exposta ao efeito alostérico dessa substância (de reduzir a afinidade pelo O2), aumentando sua afinidade pelo O2 em relação à hemoglobina adulta (HbA) Facilita transferência de O2 da circulação materna à fetal. Hemoglobinopatias - São doenças genéticas que resultam em: *Alterações estruturais: Anemia Falciforme, doença da hemoglobina C e da SC. * Produção insuficiente de hemoglobinas: Talassemias. A) Anemia Falciforme - Produto de alteração de um nucleotídeo no gene da cadeia de β globina (mutação pontual). - É homozigota recessiva, de herança autossômica. - Ela se manifesta quando HbF é substituída por HbS. 1. Substituição de AA`s nas cadeias do HbS. - 2 dímeros: α1β1 e α2β2 – o ácido glutâmico da posição 6 é substituído pela valina, na cadeia β. 2. Alterações falciformes e anóxia tecidual - A substituição do AA promove alteração na forma da hemoglobina. - Em condições de baixa p(O2), ocorre uma distorção das células e isso produz células vermelhas rijas e deformadas. - Estas bloqueiam mecanicamente o fluxo sanguíneo nos capilares, o que leva à anóxia tecidual (falta total de oxigênio). 3. Vantagem seletiva do heterozigoto - Os heterozigotos da anemia falciforme têm maior resistência à malária, cuja doença passa pela penetração do parasita nas hemácias. - As hemácias dos portadores de HbS têm menor expectativa de vida. B) Doença da hemoglobina C - O ácido glutâmico (glutamato) da posição 6 é substituído por uma lisina, na cadeia de β globina. C) Doença da hemoglobina SC - Algumas cadeias com mutação para a anemia falciforme (ácido glutâmico valina) e outros para a doença da HbC (ácido glutâmico lisina). B) Talassemias - São doenças hemolíticas hereditárias. - A síntese da cadeia α ou β é defeituosa. Talassemia α Gustavo Henrique 157D - A síntese da cadeia α é reduzida ou inexiste – mutação por deleção. - Existe um gradiente na doença, já que o genoma humano contém 4 cópias do gene da αglobina (2 em cada cromossomo 16). * Doença mais grave: as 4 cadeias α afetadas. Menos grave: só 1 cadeia α afetada. Portador silencioso (α-/αα): neste tipo de alteração, o indivíduo é o portador de um gene defeituoso, herdado de um dos pais, sem apresentar sintomas ou necessitar de tratamento. Ou seja, o portador silencioso não é considerado doente e não precisam de tratamento. Traço talassemia alfa (α-/α- ou –/αα): este tipo de talassemia alfa acontece quando dois genes são defeituosos, o hemograma apresenta algumas alterações leves,e o portador pode apresentar palidez na pele e, quando adulto, sentir um pouco de cansaço. Doença da hemoglobina H (α-/–): considerado entre os casos mais graves, onde a pessoa herda dos pais três genes alterados, o indivíduo pode manifestar a doença da hemoglobina H (que tem uma função semelhante à da hemoglobina normal, mas é mais instável e seu tempo de vida menor, por isso as hemácias terão menor duração no organismo), resultando em anemia e necessidade de tratamento. Hidropsia fetal (–/–): há casos em que a mutação atinge os quatro genes, o que causa completa incapacidade do organismo em produzir as cadeias alfa, tornando impossível a produção normal de hemoglobina. A doença desenvolvida é incompatível com a vida e leva o feto ao óbito ainda no útero. Mas felizmente, isso é raro. Talassemia β - A síntese da cadeia β é reduzida ou inexiste – mutação pontual. - A síntese da cadeia α é normal. - Os tretâmeros ficam instáveis e ocorre morte prematura das células que produziriam os glóbulos vermelhos maduros. - Possui 3 tipos: Talassemia β menor (ou traço talassêmico): seus portadores apresentam apenas uma herança genética da talassemia, adquirida do pai ou da mãe. Eles apresentam uma leve anemia, sem necessidade de tratamento. Talassemia β intermediária: como o nome sugere, este tipo está entre a talassemia menor (sem gravidade alguma) e a talassemia maior (mais grave), e é causada por uma mutação que pode ter sido herdada apenas do pai ou da mãe, não de ambos. Por este motivo, em alguns casos o portador pode apresentar uma anemia mais discreta, e em outros mais grave. Talassemia β maior: este é o tipo mais grave, pois seus portadores apresentam uma anemia severa. A produção de hemoglobina é falha, originando hemácias (glóbulos vermelhos) mais frágeis e de menor duração, e capacidade de levar oxigênio por todo o organismo é reduzida. BIOENERGÉTICA - Descreve a transferência e a utilização da energia em sistemas biológicos. - Utiliza ideias básicas da termodinâmica, em especial o conceito de energia livre. - ∆G fornece uma medida da possibilidade de que uma reação química ocorra. - Preocupa-se com os estados energéticos inicial e final. - Em suma, diz se um processo é possível. Energia Livre - O sentido de uma reação química e até que ponto ela ocorre são determinados pelo grau em que dois fatores são alterados durante a reação: * Entalpia (∆H) medida da mudança no conteúdo de calor dos reagentes e produtos. * Entropia (∆S) medida da desorganização dos reagentes e produtos. - A entalpia e a entropia não são capazes, sozinhas, de dizerem se uma reação ocorre espontaneamente; isso só é possível de ser analisado quando elas são combinadas, no cálculo da energia livre (G), que prediz o sentido em que uma reação ocorrerá espontaneamente. Variação da energia livre: ∆G = ∆H - T . ∆S - ∆G aproxima-se de zero na medida em que as reações aproximam-se do equilíbrio. - Prediz se uma reação é favorável. - O sinal de ∆G prediz o sentido da reação: Se ∆G for negativo, há perda líquida de energia, e a reação é espontânea é exergônica. Se ∆G for positivo, há ganho líquido de energia, e a reação não é espontânea reação endergônica alguma energia deve ser adicionada ao sistema para fazer com que a reação ocorra. - Se ∆G for igual à zero: os reagentes estão em equilíbrio. - Quando uma reação ocorre espontaneamente - ou seja, alguma energia livre está sendo perdida - a reação continua até que ∆G atinja zero e o equilíbrio seja estabelecido. Variação de energia livre padrão: ∆G0= - RT ln Keq Relação entre energia livre padrão e energia livre: ∆G = ∆G0 + RT ln Keq - Keq, na reação A+B C+D, é [C][D]/[A][B] Reações no sentido direto e inverso - O ∆G nas reações de sentido direto é de mesma magnitude que do sentido inverso, mas com sinais opostos: se o ∆G de uma reação no sentido direto é -5000 cal/mol, então o ∆G da reação no sentido inverso é +5000 cal/mol. Transformações químicas - Na natureza, nada se cria, tudo se transforma a energia é transformada em vários tipos de energia e é sempre conservada. - A fonte magma de energia é o Sol seres autotróficos captam diretamente a energia solar. Mas, até mesmo os seres heterotróficos dependem da energia do Sol indiretamente, principalmente no que tange à transferência de energia entre as cadeias tróficas. Gustavo Henrique 157D Metabolismo A) Catabolismo: reações catabólicas (exergônicas) visam capturar energia química, obtida da degradação de moléculas combustíveis, formando trifosfato de adenosina. É um processo convergente, no qual muitos precursores biossintéticos poliméricos formam produtos finais simples. 1. Hidrólise de moléculas complexas: quebradas em seus blocos constitutivos. 2. Conversão de blocos constitutivos em intermediários mais simples: serão degradados em acetil-coenzima A e uma variedade de moléculas simples. 3. Oxidação da acetil-CoA: dada no ciclo dos ácidos tricarboxílicos (ciclo de Krebs), gera grandes quantidades de ATP via fosforilação oxidativa. - ATP: é o mais energético, exergônico, geralmente é acoplado com reações endergônicas para gerar a energia necessária para a ocorrência desta. B) Anabolismo: reações endergônicas, envolvem a redução de moléculas a partir de um poder redutor como o NADPH. É um processo divergente, no qual poucos precursores biossintéticos formam uma ampla variedade de produtos poliméricos. * Observações: - Se um reduz, o outro oxida. - Agente oxidante: reduz. - Agente redutor: oxida. - Antioxidante: oxida mais rapidamente/facilmente. - Balanço do potencial redutor no interior das células: NAD e FAD. Estrutura do NAD Estrutura do FAD GLICÍDEOS (CARBOIDRATOS) As “oses” ou monossacarídeos: moléculas a base de carbono e de água (H e OH carbono hidratado), com grupos funcionais de aldeído ou cetona. Resumindo: são hidrocarbonetos com grupos funcionais de aldeídos ou cetonas contendo múltiplas hidroxilas. - Configuração D ou L baseada no gliceraldeído e no carbono quiral mais distante do aldeído/cetona. Se OH desse carbono quiral estiver à direita, é isômero D. Se OH desse carbono quiral estiver à esquerda, é isômero L. - Projeção/Forma de Fisher: corresponde à estrutura molecular plana. Aldose: monossacarídeo constituído por um aldeído. Cetose: monossacarídeo constituido por uma cetona. Exemplo: aldoses (1° e 3°) e cetoses (2° e 4°) de 6 carbonos. Formação de hemiacetais e hemicetais Gustavo Henrique 157D - Um aldeído ou uma cetona podem reagir com um grupo álcool em uma razão de 1:1 para gerar um hemiacetal ou um hemicetal, respectivamente, criando um novo centro quiral no carbono da carbonila. A substituição de um segundo grupo álcool produz um acetal ou cetal. Quando o segundo álcool é parte de outra molécula de açúcar (“ose”), a ligação produzida é uma ligação glicosídica. Centro assimétrico adicional é criado quando se forma uma hemiacetal (hemicetal) cíclico. O carbono deste centro quiral recebe o nome de carbono anomérico (anômero). Exemplo: D-glicose existindo na forma em equilíbrio 1/3 alfa- D-glicose, 2/3 beta-D-glicose e menos de 1% aberta. Nomenclatura de glicídeos (Ciclização) *Primeiro olho o carbono 6´: - Molécula D, carbono 6´ voltado para cima. - Molécula L, carbono 6´voltado para baixo. *Depois olho o OH resultante da ligação glicosídica presente no carbono 1´: - Molécula de OH no plano oposto ao carbono 6´: alfa. - Molécula de OH no mesmo plano do carbono 6´: beta. * Depois analiso os restos do carbono do anel: - À direita na estrutura de Fisher, voltado para baixo. - À esquerda na estrutura de Fisher, voltado para cima. Piranoses e Furanoses Epímeros compostos orgânicos que se diferem apenas pela rotação de um dos carbonos quirais. - “Oses modificadas” incorporação de outros grupos a partir dos carboidratos originais nome oriundo da molécula original.Potencial redutor de alguns sacarídeos - Presença de grupos hemiacetal/hemicetal, que por efeito de mutarotação, são prontamente convertidos em aldeído/cetona livre (forma aberta/linear). 2. Aldeído/cetonas livres podem reduzir Cu(2+) a Cu(+), sendo considerados açúcares redutores (açúcares com potencial de reduzir). Ligação glicosídica entre monossacarídeos (acetal/cetal) 1. O processo de formação das moléculas de oligossacarídeos/polissacarídeos é mediado por enzimas (glicosiltransferases). 2. Processo diferente da formação de proteínas e oligonucleotídeos (mais variáveis/maior diversidade). 3. Processo pode ocorrer com a inversão ou manutenção da configuração anomérica. - Só é necessário especificar as duas cadeias em alfa/beta quando não sobra na molécula uma região com poder redutor (grupos hemicetal/hemiacetal no carbono 1´, que quando quebrados se convertem prontamente em aldeído/cetona livre). Mas, quando sobra grupo hemicetal/hemiacetal redutor (região circulada), é preciso especificar só a uma das cadeias, a qual está sem extremidade com poder redutor. Gustavo Henrique 157D Funções de oligossacarídeos 1. Armazenamento de energia 2. Integridade estrutural 3. Sinalização celular 4. Reconhecimento celular 5. Modificação de proteínas e lipídeos - Os oligossacarídeos mais importantes são os dissacarídeos, como sacarose, lactose e maltose. Sacarose: glicose + frutose. Lactose: glicose + galactose. Maltose: glicose + glicose. Exemplos de Polissacarídeos Glicosilação O processo de glicolisação pode ser definido como a adição enzimática de carboidratos (também chamados de açúcares, sacarídeos ou hidratos de carbono) a sítios específicos na superfície de proteínas e lipídeos, que, conforme a especificidade da molécula orgânica, pode ocorrer tanto no retículo endoplasmático quanto no Complexo de Golgi. Assim, a glicosilação leva, além da formação de glicolipídeos, à formação de glicoproteínas, constituindo um processo co e pós traducional, ou seja, que pode ocorrer durante e após a tradução, momento em que as proteínas são alvo de diversas modificações estruturais. Essa reação possui alta importância funcional, visto que confere estabilidade, heterogeneidade e maior solubilidade às moléculas glicosiladas, sendo essencial para a adesão e sinalização celular (por exemplo, antígeno do sistema ABO Padrão diferenciado de glicosilação terminal) e para o enovelamento proteico. N-glicosilação: adição de carboidrato ao nitrogênio da cadeia lateral de certas proteínas. O-glicosilação: adição de carboidrato à hidroxila da cadeia lateral de certas proteínas. P-glicosilação: adição de carboidrato ao fosfato da cadeia lateral de certas proteínas. C-glicosilação: adição de carboidratos ao carbono da cadeia lateral de certas proteínas. - Glicoproteínas são formadas, principalmente, por N e O- glicolisações. Glicoproteínas Eritropoietina: Proteína glicosilada no sangue que induz a produção de hemácia no sangue. Lectina: Proteína com alta estereoespecifidade para oligossacarídeos. Glicolipídeos - Diferentes espécies bacterianas têm estruturas de lipopolissacarídeos sutilmente diferentes, embora tenha em comum uma região lipídica (lipídeo A), também conhecida como endotoxina, oligossacarídeo central e uma cadeia “O- específica”, o principal determinante do sorotipo (reatividade imunológica) da bactéria. -Glicocálix: reconhecimento celular mediado por glicolipídes. 5% de proteínas + 95% de aminoglicanos Dois monossacarídeos podem se juntar e possuem a possibilidade de formar vários oligossacarídeos distintos, devido às diferentes conformações das ligações glicosídicas.