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Curso Técnico em Biotecnologia Processos Bioquímicos Determinação do Ponto Isoelétrico e precipitação das proteínas de amostras biológicas NOTA: 9,5 Gabriele Mentz Nathalia Gonçalves Pâmela Stradolini Profº. Dra. Alessandra Nejar Bruno e Dr. Leonardo da Silva Bittencourt Porto Alegre, 18 de Outubro de 2019 1. INTRODUÇÃO 1.1 PROTEÍNAS Proteínas são polímeros de aminoácidos responsáveis por controlar praticamente todos os processos que ocorrem dentro de uma célula. As proteínas de cada organismo, da mais simples das bactérias aos seres humanos, são construídas a partir do mesmo conjunto onipresente de 20 aminoácidos (Nelson e Cox, 2019). As proteínas têm muitos papéis importantes no corpo; diferentes da gordura e do glicogênio, elas não são apenas uma reserva de substratos energéticos. A proteína muscular é essencial para o movimento corporal. Outras proteínas funcionam como enzimas (catalisadores de reações bioquímicas) ou como componentes estruturais de células e tecidos (Nelson e Cox, 2019). Os 20 aminoácidos comumente encontrados nas proteínas estão unidos entre si por ligações peptídicas. A sequência linear dos aminoácidos ligados contém a informação necessária para formar uma molécula proteica com estrutura tridimensional única (Harvey e Ferrier, 2012). A estrutura de grandes moléculas, tais como proteínas, pode ser descrita em vários níveis de complexidade, arranjada em um tipo de hierarquia conceitual. Quatro níveis de estrutura proteica são comumente definidos (Nelson e Cox, 2019). Figura 1 - Níveis estruturais de proteína - Princípios de Bioquímica de Lehninger; Nelson e Cox 2019. 1.1.1 Estrutura Primária A sequência de aminoácidos em uma proteína é denominada estrutura primária da proteína. A sequência linear dos aminoácidos ligados contém a informação necessária para formar uma molécula proteica com estrutura tridimensional única (Harvey e Ferrier, 2012). Figura 2- Estrutura Primária de proteína – Bioquímica ilustrada; Harvey e Ferrier, 2012 1.1.1.1 Ligação Peptídica Nas proteínas, os aminoácidos são unidos covalentemente por ligações peptídicas, as quais são ligações amida entre o grupo a-carboxila de um aminoácido e o grupo a-amino de outro. As ligações peptídicas não são rompidas por condições desnaturantes, como aquecimento ou altas concentrações de ureia. Deve haver uma exposição prolongada a um ácido ou a uma base forte em temperaturas elevadas para hidrolisar essas ligações de forma não enzimática (Harvey e Ferrier, 2012). • Características das ligações peptídicas: A ligação peptídica tem um caráter de dupla-ligação parcial, ou seja, é mais curta do que uma ligação simples, além de rígida e planar. Figura 3 - Características das ligações peptídicas - Bioquímica Ilustrada; Harvey e Ferrier, 2012. A ligação peptídica geralmente é uma ligação trans, em grande parte devido à interferência estérica dos grupos R quando em posição cis (Harvey e Ferrier, 2012). 1.1.2 Estrutura Secundária Estrutura secundária se refere a qualquer segmento de uma cadeia polipeptídica e descreve o arranjo espacial de seus átomos na cadeia principal, sem considerar a posição de suas cadeias laterais ou sua relação com outros segmentos (Nelson e Cox, 2019). O esqueleto polipeptídico não assume uma estrutura tridimensional aleatória, mas, em vez disso, geralmente forma arranjos regulares de aminoácidos que estão localizados próximos uns aos outros na sequência linear (Harvey e Ferrier, 2012). Figura 4 - Estrutura de proteína Secundária - Bioquímica Ilustrada; Harvey e Ferrier, 2012. 1.1.2.1 α Hélice Apresenta estrutura helicoidal, que consiste em um esqueleto polipeptídico central espiralado e bem compacto, com as cadeias laterais dos aminoácidos que a compõem estendendo-se para fora do eixo central, de modo a evitar a interferência estérica entre si (Harvey e Ferrier, 2012). 1.1.2.3 Folha β Outra forma de estrutura secundária, na qual todos os componentes da ligação peptídica estão envolvidos com ligações de hidrogênio. As superfícies das folhas β apresentam uma aparência "pregueada" e, portanto, essas estruturas são frequentemente denominadas ''folhas β pregueadas". Ao contrário da α hélice, as folhas β são compostas de duas ou mais cadeias peptídicas ou segmentos de cadeias polipeptídicas, que se apresentam quase totalmente estendidos. Nas folhas β as ligações de hidrogênio são perpendiculares ao esqueleto polipeptídico (Harvey e Ferrier, 2012). 1.1.2 Estrutura Terciária e Quaternária A estrutura primária de uma cadeia polipeptídica determina sua estrutura terciária (Harvey e Ferrier, 2012). O arranjo tridimensional total de todos os átomos de uma proteína é chamado de estrutura terciária. Enquanto o termo “estrutura secundária” se refere ao arranjo espacial dos resíduos de aminoácidos adjacentes em um segmento polipeptídico, a estrutura terciária inclui aspectos de alcance mais longo da sequência de aminoácidos (Nelson e Cox, 2019). Figura 5 - Estrutura de Proteína terciária - Bioquímica Ilustrada; Harvey e Ferrier, 2012. Algumas proteínas contêm duas ou mais cadeias polipeptídicas distintas, ou subunidades, que podem ser idênticas ou diferentes. O arranjo destas subunidades proteicas em complexos tridimensionais constitui a estrutura quaternária. Figura 6 - Estrutura de Proteína Quaternária - Bioquímica Ilustrada; Harvey e Ferrier, 2012. 1.2 SOLUBILIDADE A solubilidade das proteínas é determinada por três fatores principais: grau de hidratação, densidade e distribuição de cargas ao longo da cadeia e presença de substâncias não-protéicas como fosfatos, carboidratos e lipídios, que podem apresentar efeito estabilizante (Zuñiga, 2003). Para que uma proteína se solubilize, deve interagir com o solvente por meio de pontes de hidrogênio, dipolo-dipolo, e interações iônicas. A solubilidade é função principalmente do pH, força iônica, tipo de solvente e temperatura (FENNEMA, 1993). A insolubilidade completa das proteínas produz um precipitado, que ocorre quando várias moléculas do polipeptídio se aproximam de tal forma, que produzem agregados de proteína suficientemente grandes, visíveis a olho nú e que podem ser centrifugados em baixa força. Estes agregados são formados por ajuste do pH no ponto isoelétrico da proteína, com a adição de sal, uso de certos solventes ou combinação destes com a temperatura (ARAÚJO, 1999). Em valores de pH superiores ou inferiores ao do ponto isoelétrico, a proteína apresenta cargas positivas ou negativas e as moléculas de água podem interagir com estas cargas, contribuindo assim para a solubilização (FENNEMA, 1993). 1.3 DESNATURAÇÃO A desnaturação proteica resulta no desdobramento e na desorganização das estruturas secundária e terciária, sem que ocorra hidrólise das ligações peptídicas. Os agentes desnaturantes incluem calor, solventes orgânicos, agitação mecânica, ácidos ou bases fortes, detergentes e íons de metais pesados, como chumbo e mercúrio. A desnaturação pode, sob condições ideais, ser reversível; nesse caso, a proteína dobra-se novamente em sua estrutura original (nativa) quando o agente desnaturante for removido. Entretanto, as proteínas, em sua maioria, uma vez desnaturadas, ficam permanentemente desordenadas. As proteínas desnaturadas são, com frequência, insolúveis; portanto, precipitam quando em solução (Harvey e Ferrier, 2012). 1.4 PONTO ISOELÉTRICO O ponto isoelétrico (pi) é o pH no qual um aminoácido é eletricamente neutro, ou seja, a soma das cargas positivas é igual à soma das cargas negativas. Para um aminoácido como a alanina, por exemplo,que apresenta apenas dois hidrogênios dissociáveis (um do grupo a-carboxila e um do grupo a-amino), o pi é a média entre pK, e pK2. Assim, o PIpi está a meio caminho entre o pK1 e o pK2. Ele corresponde ao pH em que predomina a Forma li (com carga líquida igual a zero) e em que há também quantidades iguais das Formas 1 (carga líquida +1) e Ili (carga 1 íquida -1) (Harvey e Ferrier, 2012). 1.5 APLICAÇÃO A importância da aplicação dessa técnica na biotecnologia acontece pelo motivo de ser uma técnica barata, fácil, versátil, rápida e eficiente para desnaturar e precipitar todas as proteínas de uma amostra biológica utilizando as propriedades da mesma, como as cargas e estruturas visando a separação ou o isolamento de proteínas de uma determinada amostra biológica. . Essa técnica é muito útil, por exemplo, para desenvolver alimentos para pessoas com intolerância à lactose, um distúrbio digestivo onde o organismo não digere ou digere parcialmente o açúcar do leite e derivados, que ocorre quando produz uma quantidade insuficiente ou não produz a enzima lactase, que quebra a lactose, açúcar do leite (BRUNA, 2014). 2. OBJETIVO - Verificar experimentalmente a precipitação de proteínas com e sem desnaturação. - Determinar o ponto isoelétrico médio das proteínas de amostras biológicas. 3. MATERIAIS E MÉTODOS Comentado [A1]: Aqui o mecanismo pelo qual cada agente desnaturante atua poderia ser explicado! Comentado [A2]: Aqui poderiam ser incluídas informações sobre como obter o ponto isoelétrico de forma mais exata, a importância disto e introduzir conceitos sobre titulação, 3.1 Materiais Para o ponto Isoelétrico: • 1 Estante para tubos de ensaio • 7 tubos de ensaio de vidro • Água destilada • 8mL de Ácido acético 0,1 M • 7 mL de Amostras protéicas (leite, claro de ovo e solução de proteína isolada de soja). • Indicador de pH ou potenciômetro • 3 pipetas de vidro de 5mL • 1 pipeta de vidro de 1mL • 1 micropipeta de 40-200 uL • 1 micropipeta de 200- 1.000 uL Para a precipitação de proteínas: • 6 Tubos Falcon de 15 ml • 2 tubos de vidro grande • 8 ml de clara de ovo • 15 ml de leite • 4 ml de solução saturada de (NH4)2SO4 (sulfato de amônio) – aprox. 4 M • 35 ml tampão fosfato ph 7,0 • 2 ml da solução de acetato de chumbo 20% • 2 ml ácido tricloroacético 10% • Pêras • 3 pipetas de vidro de 2 ml; 3 pipetas de vidro de 5ml; 2 pipetas de vidro de 1ml • 1 béquer de vidro de 2 L para banho maria • Banho maria • Centrífuga com adaptador para tubos falcon 3.2 Métodos Para o ponto isoelétrico: Para a determinação do ponto isoelétrico, em tubos de ensaio foram pipetados água destilada, ácido acético e a solução proteica conforme a tabela abaixo: Nº do tubo 0 1 2 3 4 5 6 Água destilada (mL) 4,5 4,4 4,3 4,0 3,5 2,5 0,5 Ácido acético 0,1 M (mL) 0,0 0,1 0,2 0,5 1,0 2,0 4,0 Solução protéica (mL) 1,0 1,0 1,0 1,0 1,0 1,0 1,0 Para a precipitação de proteínas: Experimento 1. Precipitação por sais 1. Foram adicionados, em 2 tubos falcon, 2 mL da solução protéica a ser testada. Nosso grupo testou o leite de vaca. 2. Em um dos tubos contendo já o leite, foram adicionados, pelas paredes do tubo, 2 mL da solução de sulfato amônio -(NH4)2SO4; 3. No tubo controle com o leite, foram adicionados 2mL de tampão fosfato (PBS) pH 7,0, ao invés de (NH4)2SO4. 4. Ambos foram misturados, por inversão, e o resultado foi anotado e comparado com o tubo contendo o sal (tubo teste) e o tubo controle; 5. As amostras foram centrifugadas a 3000 rpm por 10 minutos; 6. O sobrenadante foi descartado e observado o tamanho do pellet formado; Experimento 2. Precipitação por metais pesados 1. Foi adicionado, em 2 tubos falcon de centrífuga, 1 mL de leite; 2. Em um dos tubos, foi adicionado 1 mL da solução de acetato de chumbo - (CH3COO)2Pb; 3. No outro tubo (controle), foi adicionado 1 mL de PBS ao invés de acetato de chumbo. 4. Ambos foram misturados por inversão; Experimento 3. Precipitação por ácidos fortes 1. Foi adicionado, em um tubo falcon de centrífuga, 1 mL de leite; 2. No mesmo tubo, foi adicionado 1 mL da solução de Ácido tricloroacético 10% (ou outro ácido forte a 10%). 3. A amostra foi misturada por inversão; Experimento 4. Precipitação pelo calor 1. Foram adicionados a um tubo de ensaio de vidro 3 mL de solução de leite. 2. O tubo foi colocado em banho-maria fervente por 15 minutos. 3. O grupo fez a observação e anotação dos resultados para fazer a comparação dos experimentos posteriormente. 4. RESULTADOS Experimento 1. Precipitação por sais Figura 7 - Comparação da amostra onde formou o pellet de caseína com a amostra controle. Comentado [A3]: Faltou alguma figura sopbre o experimento de ponto isoelétrico e/ou a descrição do mesmo por se tratar de uma técnica qualitativa. Figura 8 - Pellet de caseína formado através da precipitação de sais após centrifugação da amostra. Experimento 2. Precipitação por metais pesados Figura 9 - Figura 7 - Amostra de leite mais acetato de chumbo. Figura 10 - Amostra controle dos experimentos 2 e 3. Experimento 3. Precipitação por ácidos fortes Figura 11 - Amostra de leite mais ácido tricloroacético. Experimento 4. Precipitação pelo calor Figura 12 - Amostra de leite precipitada por calor, com pouca formação de uma "nata" 5. CONCLUSÃO E DISCUSSÕES • Ponto Isoelétrico De acordo com a literatura, o ponto isoelétrico da caseína, proteína purificada e insolúvel em água, compreende-se entre 4,5 e 4,6 (CITAÇÃO???). O resultado obtido neste experimento compreende-se na leitura de pH realizado no tubo 4 com 3,5 mL de agua destilada, 1 mL de ácido acético 0,1M e com o 1mL de leite, apresentou uma precipitação mais evidente em relação aos outros tubos, significando que o pH em 5,7 aproximadamente, se encontra em ponto isoelétrico. A solubilidade das proteínas, como foi explicado em aula, depende de vários fatores. Dentre eles, o principal é a presença das cargas elétricas ao longo da molécula. A existência de uma carga positiva ou negativa determina a interação com o meio aquoso, além de estabelecer um estado de repulsão entre as próprias moléculas de proteína, aumentando a interação com o solvente e, consequentemente, favorecendo a solubilidade. Como vimos, no ponto isoelétrico existe um equilíbrio entre o número de cargas positivas e negativas, o que gera uma situação em que as forças de repulsão entre as moléculas de proteína e as forças de interação com o solvente são mínimas, por isso a solubilidade é mínima neste ponto. Assim, as proteínas vão formando aglomerados que, cada vez maiores, tendem a precipitar. Pequenos erros operacionais, variações de calibração de vidrarias, bem como a falta da leitura da temperatura real da solução pelo potenciômetro à medida que se fez as leituras de pH devem ser levados em consideração para que não existisse exatidão no valor obtido. Saber o método de se medir o ponto isoelétrico é importante sendo eficiente apesar dos erros ocorridos. • Precipitação de proteínas Foi observado durante o experimento, quando ocorreu a precipitação de proteínas que a principal propriedade observada foi: a solubilidade. A diminuição de solubilidade em algumas amostras, é explicada pela exposição de radicais apolares (hidrofóbicos) e outros, os quais prejudicam a interação proteína-solvente e favorecem a interação proteína-proteína, formando um precipitado. Além da solubilidade alterações como a viscosidade da solução foram observadas nas amostras,assim como em algumas também houve a alteração de coloração. O sal utilizado, sulfato de amônio (NH4)2SO4, devido a sua propriedade em baixa concentração pode aumentar a solubilidade de muitas proteínas (solubilização por salificação), isso porque a interação da proteína com o sal causa a diminuição da interação proteína-proteína. Já em concentrações elevadas, a solubilidade da proteína se reduz gradativamente (precipitação por salificação), isso porque acredita-se que a concentração elevada de sal pode remover água de hidratação das moléculas proteicas, levando a um aumento na interação proteína-proteína, ocorrendo precipitação. Após a adição do sal nós utilizamos a centrífuga para acelerar o processo de precipitação, porém, se esperássemos por muito tempo conseguiríamos observar a mudança do conteúdo do tubo do mesmo jeito. A precipitação por metal pesado foi utilizado o acetato de chumbo (CH3COO)2Pb, a adição de sais de metais pesados, tais como mercúrio, chumbo, cobre, zinco levam a formação de sais denominados “quelatos’’ entre os aminoácidos ácidos e estes metais. As proteínas precipitam porque estes sais são insolúveis em água e também porque, com a quebra das ligações iônicas, os aminoácidos hidrofóbicos ficam mais expostos ao meio aquoso. Os metais pesados (Pb, Hg, Ag, Cu) causam a desnaturação de proteínas, isto é, modificam a sua conformação natural com a atividade biológica, para uma conformação não natural, biologicamente inativa (desnaturada). As moléculas proteicas desnaturadas precipitam porque o chumbo é insolúvel em água. Os metais pesados precipitam as proteínas por desnaturação. O ácido forte utilizado no experimento “precipitação de proteínas” foi o ácido tricloroacético 10%. Quando a proteína está com pH abaixo do ponto isoelétrico, as bases provenientes de ácidos fortes são exemplos de íons negativos que se combinam com partes positivas de proteínas, formando complexos insolúveis, que precipitam na solução. Como exemplos dessas bases podemos citar os alcaloides, uma classe de compostos naturais, e as bases derivadas do ácido tricloroacético (TCA). Esses reagentes também têm ação desnaturante, ou seja, provocam a perda da conformação tridimensional da proteína de forma irreversível. Consequentemente, a proteína separada por esse método perde a sua função. Precipitação por ação de calor, o calor fornecido a proteína provoca desestabilização das interações fracas (pontes de hidrogênio, interações dipolo-dipolo, interações de Van der Vaals, etc.) acarretando em um desarranjo da conformação tridimensional desta estrutura. Esse fenômeno recebe o nome de desnaturação e altera as estruturas secundária, terciária e quaternária das proteínas, não afetando suas estruturas primárias (pontes dissulfeto e ligações covalentes não são afetadas). A desnaturação promove alterações na solubilidade da proteína, levando à sua precipitação. Com o aquecimento da solução de proteínas, verificou-se precipitação. Ao realizar os experimentos, foi possível observar a propriedade da proteína aqui discutida, a solubilidade. E, de acordo com a observação e o estudo detalhado, conclui-se que as proteínas sofrem alterações causadas pela desnaturação quando expostas ao calor, ácidos, sais, metais pesados, entre outros, que resultam na diminuição da solubilidade, perda de atividade, alteração na viscosidade, etc. Sendo o melhor método a precipitação por sais em conjunto da centrífuga. 6. REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS ARAUJO, J.M.A ., Química de Alimentos - Teoria e Prática, editora UFV. 1999. P.275-309. BRUNA, Maria Helena Varella. Intolerância à Lactose. 2014. Disponível em: <https://drauziovarella.uol.com.br/doencas-e-sintomas/intolerancia-a-lactose/>. Acesso em: 18 out. 2019. FENNEMA, O. R. Aminoácidos, péptidos y proteínas. IN: Química de los alimentos. Zaragoza, Espanha: Ed Acribia 1993. p. 275-414. HARVEY, A., Ferrier, D; Bioquímica ilustrada - 5. ed. - Porto Alegre : Artmed, 2012. NELSON, D. L.; COX, M. M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. 5. ed. Porto Alegre: Artmed, 2011 NELSON, L.. Cox, M; Princípios de Bioquímica de Lehninger - 6. ed. – Porto Alegre : Artmed, 2014. NELSON, David L.; COX, Michael M.; Princípios de Bioquímica de Lehninger - 7. Ed. Porto Alegre : Artmed, 2019. VOLHARDT, K. et al; Química Orgânica – Estrutura e Função 6ª edição; 2013. ZUÑIGA, A.D.G. Estratégia de purificação das proteínas α-lactoalbumina e β- lactoalbumina do soro do queijo, Viçosa, Minas Gerais, 2003.
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