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X NUMBER X MAY 2019 1 PRODUÇÃO E PURIFICAÇÃO DE EGFP OBTIDA DE Escherichia coli BL21 Bruna Fernandes Silva1, Letícia Caroline Manzi Fernandes1, Letícia Rodrigues Bento1, Thainá Oliveira dos Santos1 Descoberta em 1962 pelo químico japonês Osamu Shimomura, a proteína verde fluorescente, mais conhecida por GFP (do inglês Green Fluorescent Protein) é um tipo de proteína bioluminescente produzida pelo cnidário Aequorea victoria, uma espécie de medusa. Sua principal característica é a produção de luz verde fluorescente quando estimulada com luz ultravioleta, ademais ao ligar-se a outras proteínas as propriedades destes ligantes não são modificadas. Tais qualidades possibilitam a utilização da GFP no reconhecimento genético, atuando como marcador biológico, além de permitir o monitoramento da expressão de genes e das interações proteína-proteína. Atualmente, a GFP é produzida em laboratório majoritariamente por bactérias, como a Escherichia coli. A fim de diminuir os custos de produção e aumentar a produtividade, foram desenvolvidas diferentes mutantes da GFP, destacando-se a EGFP (Enhanced Green Fluorescente Protein). Deste modo, tendo em vista a vasta gama de aplicações da GFP este projeto tem como objetivo a produção e purificação da proteína EGFP produzida por Escherichia coli BL21 com os plasmídeos pET-28ª e plysS. O cultivo será realizado em meio Luria-Bertani (LB) sob temperatura de 30°C e rotação de 200 rpm, partindo de uma densidade óptica inicial igual a 0,1 A. A produção será induzida pela adição de Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) durante a fase exponencial do crescimento celular, quando a densidade óptica for aproximadamente igual a 1,0 UA. As proteínas totais e a EGFP serão quantificadas pelo método de leitura direta em 280 nm. Posteriormente, será realizado o rompimento celular por meio da técnica de congelamento/ descongelamento seguida por sonicação e será quantificada a produção de EGFP. A proteína verde fluorescente (GFP) é uma proteína isolada, inicialmente pelos pesquisadores Osamu Shimomura e Frank Johnson na década de 60, da medusa Aequorea victoria que apresenta grânulos bioluminescentes ao redor de seu corpo (CHALFIE; KAIN, 2005). A GFP selvagem possui 238 aminoácidos e um peso molecular de 27 kDa, organizada em forma enovelada em conformação barril-β, foi popularizada pelo seu amplo espectro de aplicação na área biológica e de biotecnologia, compreendendo seu uso como biomarcador, componente em biossensor e aplicações em bioprocessos. (LOA, 2018) Por intermédio do amplo uso na biotecnologia e ciências biológicas, tornou-se necessária a produção da GFP de modo mais efetivo e maiores quantidades. Após o isolamento da GFP da Aequorea victoria, diversos estudos foram desenvolvidos para o melhoramento da sua fluorescência, produção e enovelamento utilizando de técnicas de biologia molecular. À vista disso descobriu-se que era possível produzir a proteínas através de cepas geneticamente modificadas. A Enhanced Green Fluorescent Protein (eGFP) é uma das formas modificadas da proteína na qual possui mutações em uma região em torno do cromóforo. Assim a proteína mais eficiente foi produzida por cepas de E.coli modificadas. (CORMACK et al., 1996). A Escherichia coli é uma bactéria do tipo bacilar Gram- negativa, encontrada principalmente no trato gastrointestinal de mamíferos e outras espécies de sangue quente. Em sua maioria são inofensivas, mas algumas cepas podem causar infecções a seres humanos. Amplamente estudada, a Escherichia coli, possui seu mapa genético muito bem estudado e definido, assim algumas cepas foram desenvolvidas para serem usadas em laboratório, entre elas a Escherichia coli BL21, tornando-se competentes para incorporação de plasmídeos (ISHII, 2006). Os plasmídeos são ferramentas utilizadas pela biologia molecular para fazer a transformação desejada. Para clonagem e expressão de proteínas recombinantes em E. coli utiliza-se o sistema pET, no caso o pET-28a, onde os genes alvos são clonados sob um forte controle de transcrição de bacteriófago T7, e a expressão é induzida fornecendo uma fonte de polimerase de RNA T7 na célula hospedeira. Os genes alvo são inicialmente clonados usando hospedeiros que não contém o RNA T7, eliminando a instabilidade do plasmídeo devido à produção de outras proteínas. Assim quando estabelecidos num hospedeiro de não expressão, os plasmídeos são transferidos para um hospedeiro de expressão contendo a cópia do gene do RNA polimerase T7 sob controle de LacUv5 e a expressão é induzida pela adição de IPTG (NOVAGEN, 1999). Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside, ou IPTG, é um reagente biológico que mimetiza a alolactose, um metabólito da lactose que desencadeia a transcrição do operon lac e por isso é utilizado para induzir a expressão em bactérias E. coli recombinantes (BIOLOGIC SCORP, 2018). Ao plasmídeo também são adicionados genes de resistência aos antibióticos canamicina, antibiótico aminoglicosídeo de espectro curto que não tem efeito sob vírus, e cloranfenicol, que é um antibiótico de amplo espectro produzido por Streptomyces sp (STRATTON, 2002). Portanto, esses antibióticos são adicionados ao meio de crescimento para que não ocorra contaminação da produção por outras espécies de microrganismos ou cepas de E. coli não transformadas. Nas células transformadas também é inserido o plasmídeo pLysS, que reconhece a falta de expressão celular e produz uma lisozima que causara a morte celular quando esta não expressar. 1Departamento de Bioprocessos e Biotecnologia, UNESP, Campus Araraquara, São Paulo, Brasil X NUMBER X MAY 2019 2 A EGFP produz uma luz verde brilhante quando excitada no UV, a emissão máxima de fluorescência acontece entre 360-400 nm, tendo o seu pico de excitação aproximado em 394 nm, e pico máximo de emissão em aproximadamente 509 nm. Por apresentar modificações em seu cromóforo a EGFP apresenta menor toxicidade, maior velocidade de expressão e fluorescência mais intensa quando comparada com sua forma in natura (CHIARINI, PENNA, 2003). Em virtude das melhores características e do grande potencial de aplicação em bioprocessos, o presente estudo tem por objetivo produzir a EGFP a partir da cepa E. coli BL21 modificada, e avaliar os métodos de cultivo, extração e purificação, que possam a vir ser utilizados em trabalhos futuros. Resultados Curva de Crescimento A fim de determinar o tempo de indução para a produção de EGFP foi avaliado o padrão de crescimento da Escherichia coli, conforme metodologia apresentada. Partindo de uma densidade celular inicial de 0,152 U.A. e após decorridas onze horas de cultivo foi obtida a relação entre a densidade óptica quantificada em 600 nm e o tempo em horas, conforme mostra a figura 1. De acordo com a curva de crescimento da E. coli pode-se perceber que a partir das dez horas de cultivo a densidade óptica permaneceu praticamente constante, indicando o fim da fase exponencial do crescimento bacteriano. Deste modo, foi estabelecido que a indução seria realizada após cinco horas de cultivo, a fim de induzir a produção de EGFP durante o meio da fase exponencial, de modo a obter maior rendimento na produção do produto de interesse, conforme AUCOIN et al. 2006. Ademais a fase lag teve duração de aproximadamente uma hora, de forma similar ao cultivo realizado por ROBICHON et al. 2011, no qual a E. coli BL21(DE3) teve uma fase de adaptação com duração inferior a 1 hora. Produção de EGFP A figura 2 mostra a concentração de EGFP produzida e a densidade óptica após a indução com IPTG quantificadas conforme metodologia elucidada na de produção de EGFP. É possível perceber que a formação de produto teve um aumento significativo após duas horas de indução, tal resultado mostra-se coerente com o obtido por POHLE et al. 2013 que realizou o cultivo de Escherichia coli BL21 (F– ompT hsdSB(rB – mB – ) gal dcm; Novagen, Merck, 69449-4 contendo o plasmídeo pGLO (Bio-Rad, 166-0405EDU) para a produção de GFP recombinante, utilizando como indutor a L-arabinose. Decorridas cinco horas da indução foi atingida uma concentração de aproximadamente 38 ng/µL de EGFP. Quantificação de proteínas totais e EGFP Seguidos os procedimentos descritos no item 2.5 para o rompimento celular, foram realizadas as metodologias analíticas de quantificação de proteínas totais das amostras, bem como da EGFP produzida e a porcentagem de pureza. A determinação das concentrações de proteínas totais e de EGFP presentes foram obtidas a partir curvas padrões fornecidas para os equipamentos utilizados nas análises, segundo as equações 1 e 2, respectivamente. y1 = 0,588x1 + 0,0188 (equação 1) y2= 17723x2 (equação 2) onde y1 corresponde aos valores de absorbância, x1 a concentração de proteínas totais em mg/mL, y2 é a fluorescência e x2 a concentração de EGFP em ng/uL. Os valores das referidas concentrações obtidas encontram-se elencadas nas tabelas A e B. a Amostra A1 A2 A3 Média [P](mg/ml) 1 0,767 0,767 0,759 0,764 12,967 2 0,741 0,741 0,741 0,741 12,570 3 0,722 0,713 0,722 0,719 12,196 b Amostra F1 F2 F3 Média EGFP (ng/µL) 1 34784 32870 34010 33888 191 2 42245 44155 37664 41355 233 3 47889 45337 41496 44907 253 Tabela: a) Concentração de proteínas totais (mg/mL). B) Concentração de EGFP (ng/µL) A partir destes dados foi possível calcular o percentual de pureza alcançado neste processo, dividindo-se a concentração de EGFP produzida pelo teor de proteínas totais. Desta forma, como ilustrado na figura x, pode-se observar que as porcentagens de pureza variaram de 1 a 2%, aproximadamente. Materiais e métodos Microrganismo e meio de cultura. A linhagem microbiológica utilizada neste projeto será a bactéria Escherichia coli BL21, modificada geneticamente para a superprodução da proteína verde fluorescente. Esta cepa contém os plasmídeos pET-28a e plysS construídos para a expressão da proteína EGFP, além da enzima lisozima e genes de resistência à canamicina e cloranfenicol como marca de seleção. Em todos os cultivos do microrganismo será utilizado meio de cultura Luria-Bertani (LB) composto por: triptona (10g/L), extrato de levedura (5g/L), cloreto de sódio (10g/L) e ágar (20g/L) para meios sólidos (Casal et al, 2010). O meio apresentará pH entre 7 e 8, acrescentado de antibióticos e compostos indutores quando necessário Para adaptar o microrganismo às condições de cultivo, serão preparados pré-inóculos a partir de amostras criopreservadas em LB adicionado de 40% (m/v) de glicerol. O cultivo será realizado em frascos tipo erlenmeyers de 250 mL contendo 50 mL de meio LB com os antibióticos canamicina e cloranfenicol a uma concentração de 50 ug/mL cada. Os pré-inóculos serão incubados overnight a 37°C, sob uma agitação de 200 rpm em um agitador orbital tipo shaker. Inóculo. Serão inoculados em 3 frascos tipo erlenmeyers de 500 mL volumes de células pré-inoculadas correspondentes a uma densidade óptica de 0,1 UA. Para isso serão retiradas amostras de 1 mL do pré- inóculo, seguidas pela leitura de absorbância a 600 nm em um espectrofotômetro. O volume de trabalho será 100 mL (20% do volume total), composto por meio LB acrescido de canamicina e cloranfenicol (50µg/mL) e os cultivos serão incubados a uma temperatura de 30°C e agitação de 200 rpm por 12 horas, em um agitador orbital tipo shaker. Curva de crescimento e tempo de indução da e. Coli bl21. O padrão de crescimento da cepa utilizada neste estudo será obtido a partir do monitoramento da densidade populacional da mesma dentro de um período de 12 horas. Este processo será feito retirando duplicatas de amostras em intervalos de 1 hora do inóculo previamente feito nas condições descritas no item 2.3. Tais amostras serão analisadas em um espectrofotômetro para a medição da densidade óptica a 600 nm. X NUMBER X MAY 2019 3 1 2 3 Figuras: 1) Curva de Crescimento da Escherichia coli BL21 com plasmídeos pET-28a e plysS. 2) Produção de EGFP e densidade óptica em função do tempo 3) Gráfico do percentual de pureza do processo. ____________________________________________________________________________________________________________________ Assumindo a lei de Lambert-Beer (1852) para a correlação linear entre os dados, em casos necessários serão feitas diluições com meio LB. A partir dos dados de absorbância será construído um gráfico que relaciona a densidade celular em função do tempo, em que será possível analisar a curva de crescimento e determinar o ponto de indução do processo de produção da proteína de interesse, a saber, próximo à metade da fase exponencial do crescimento. Produção da EGFP. A produção será realizada a partir das condições de cultivo descritas no item 2.4 até atingir uma densidade óptica 600 nm de aproximadamente 0,1 UA. Neste ponto, será adicionado IPTG na concentração de 0,005 mM para induzir a produção de EGFP. A produção de EGFP será acompanhada indiretamente através de leituras de fluorescência conforme o 2.7.2. Após terminar a produção o cultivo será centrifugado e o meio sobrenadante será descartado, o pellet será ressuspendido em um tampão de lise Tris-HCl (0,1M e pH=7,0) que será utilizado na etapa de rompimento celular. Rompimento celular. O rompimento será feito através de congelamento/descongelamento rápido. Para isto, as amostras serão congeladas em ultrafreezer (-80°C) e descongeladas em banho-maria a 20°C em 3 ciclos, utilizando o tampão de lise Tris-HCl mencionado anteriormente. Após o último descongelamento será aplicada a técnica de sonicação (30 pulsos/5 segundos/10 de amplitude). Em conseguinte, as amostras serão centrifugadas a 4000 rpm/15min para separar os debris da proteína, e a EGFP no sobrenadante será quantificada, utilizando o tampão do congelamento como o branco nas leituras de fluorescência. Uma amostra de 2mL do sobrenadante deve ser reservada para futura eletroforese em gel de poliacrilamida com dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE). Separação E Purificação Da EGFP. O sistema aquoso bifásico será utilizado para a separação e purificação de EGFP. Deverão ser feitos dois sistemas respectivos para uma purificação de alta performance. As fases dos diagramas, segundo Lo (2018), serão EtOH + Na3C6H5O7+ agua, EtOH+K3C6H5O7+ agua, 1-PrOH + K3C6H5O7+ agua, e 2- PrOH + K3C6H5O7+ água. Toda a preparação e execução do sistema aquoso bifásico seguirão a metodología descrita em Lo (2018). METODOLOGÍAS ANALÍTICAS DE PROTEÍNAS Quantificação de proteínas. A quantificação de proteínas totais será realizada pelo método de absorção no ultra-violeta, para isso as amostras serão lidas a 280 nm no espectrofotômetro UV-Vis Bel X NUMBER X MAY 2019 4 Photonics UV-M51. E a partir da curva de calibração de proteínas, será determinada a quantidade de proteínas totais no cultivo. Este método é baseado no fato de que as proteínas mostram absorção na região de 280 nm e na região abaixo de 220 nm, sendo a primeira devido a diversos aminoácidos (fenilalanina, cisteína, cistina, metionina, triptofano, histidina e tirosina), e a segunda devido à ligação peptídica. No entanto, em 280 nm, em pH neutro, somente os aminoácidos triptofano, tirosina e cistina possuem uma absortividade molar significativamente grande (Zaia, et al., 1998). Quantificação de EGFP por fluorescência. A fluorescência será quantificada utilizando a leitora de placas PerkinElmer EnSpire operando nos comprimentos de onda de excitação e emissão máxima de EGFP, 488 nm e 507 nm, respectivamente. As amostras serão colocadas em microplacas de 96 poços com o fundo negro, contendo 200 uL de amostra em cada poço. E a quantidade de EGFP será determinada a partir da curva de calibração (Lo et al., 2018). Eletroforese SDS-PAGE. Para analisar a pureza das amostras obtidas, deverão ser realizadas duas eletroforese em gel de poliacrilamida com sódio dodecil sulfato (SDS-PAGE). Uma para a amostra armazenada após o rompimento celular e a outra após o processo de purificação da proteína. A técnica seguirá os parâmetros determinado por Lo (2018). Cálculo Do Coeficiente De Partição, Pureza e Rendimento. O coeficiente de partição (K) da EGFP foi calculado como a razão da concentração de EGFP na fase superior para a concentração de EGFP na fase inferior do sistema aquoso bifásico: A pureza de EGFP na amostra de fase e matéria-prima foi calculada como: O rendimento de EGFP (Y,%) foi calculado como a razão entre a concentração de EGFP na amostra de fase (fase superior ou inferior) e a concentração de EGFP na matéria-prima: Referencias 1. Aucoin, M. G., McMurray-Beaulieu, V., Poulin, F., Boivin, E. B., Chen, J., Ardelean, F. M., … Jolicoeur, M. (2006). Identifying conditions for inducible protein production in E. coli: combining a fed-batch and multiple induction approach. Microbial cell factories, 5, 27. doi:10.1186/1475-2859-5-27 2. CASAL, M.; SCHULLER, D.; RODRIGUES, G.; PAIS, C. Métodos convencionais em microbiologia. Repositorium, 2018 Disponível em: <https://repositorium.sdum.uminho.pt/bit stream/1822/2241 /1/U1.pdf>. Acesso em: 18 de mar. de 2019. 3. 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