As doenças transmitidas pelo alimento apresentam algumas classificações.

Infecção, Toxinfecção, Toxinose..

Doenças Toxinogênicas (Toxinoses) 
São as doenças causadas por toxinas microbianas (bacterianas), pré-formadas no alimento. Neste caso, a bactéria presente no alimento produz toxinas que ao serem ingeridas desencadeiam o quadro sintomático de intoxicação alimentar no indivíduo. São exemplos de micro-organismos causadores de intoxicações alimentares (toxinoses): Clostridium botulinum, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, entre outros. 

Toxinfecção Alimentar 
É a doença alimentar decorrente da liberação de toxina “in vivo”, sem a colonização pelo micro-organismo produtor. O micro-organismo é ingerido no alimento e no interior do organismo irá produzir a toxina responsável pelo desencadeamento dos sintomas característico da síndrome. São exemplos de micro-organismos causadores de toxinfecções alimentares: Clostridium perfringens, Bacillus cereus (síndrome diarreica), entre outros. 

Doenças Tóxicas 
São síndromes que têm como agente uma toxina ou uma substância química. A presença das substâncias químicas tóxicas, como os pesticidas em alimentos vegetais, alguns desinfetantes em alimentos processados podem causar doenças tóxicas em quem os consumir.