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Aminoácidos FACULDADE META – FAMETA BIOQUÍMICA Prof. Me. Adem Nagibe dos Santos Geber Filho Introdução As proteínas são as moléculas mais abundantes e com maior diversidade de funções nos sistemas vivos; Ex.:Actina, miosina, colágeno, hemoglobina, enzimas e etc. Porém, todas tem em comum a característica estrutural de serem polímeros lineares de aminoácidos; Os aminoácidos são as unidades fundamentais formadoras das proteínas. Introdução Mais de 300 diferentes aminoácidos foram descritos na natureza; No entanto, apenas 20 deles são usualmente encontrados como constituintes de proteínas em mamíferos. Isso ocorre porque o organismo humano só dispõe de códons para essa quantidade de aminoácidos. VÍDEO DE CÓDONS Aminoácidos proteogênicos. Introdução Aminoácidos são as unidades fundamentais das PROTEÍNAS e PEPTÍDEOS. Todas as proteínas são formadas a partir da ligação em sequência de apenas 20 aminoácidos que podem repetir-se na cadeia e variar em sua sequências dando origem a uma gama imensa de proteínas diferentes P A V K I H3N + S T L N G C C M L G T Y T Q D F N F H T F Q T G G A P H Molécula da calcitonina humana. A porção aminoterminal forma um anel com uma ponte dissulfeto entre dois resíduos de cisteína. O resíduo de prolina na porção aminoterminal é necessário para a tividade biológica. COO-H3N + C Y Q N C P G Ocitocina I LS V S E Q L M H N GL L H L N SME R V Q L RW L L L Q L H N F H3N + COO- Molécula do paratormônio, um peptídeo linear. V Estrutura dos aminoácidos Cada aminoácido (com algumas exceções) apresenta um grupo carboxila, um grupo amino primário e uma cadeia lateral que o distingue dos demais (o “grupo R”) ligados ao átomo de carbono (α). Carbono (α ) ou assimétrico Estrutura dos aminoácidos Moléculas constituídas por um grupamento amino, um grupo carboxílico e uma cadeira lateral R unidas a um único átomo de Carbono (α ) Estrutura dos aminoácidos As exceções a essa regra são a glicina e a prolina, no caso da glicina, seu grupamento R restringe-se a um átomo de hidrogênio, o que faz com que esse aminoácido não apresente carbono ou assimétrico. Já a prolina, possui grupamento imino (amina cíclica) ao invés de amino, o que a caracteriza como um iminoácido. COO- NH 3 + C H H COO- NH 3 + C H H H 2 N+ CH 2 CH 2 H 2 C Glicina Prolina Classificação dos aminoácidos A natureza das cadeias laterais determinam o papel do aminoácido na proteína; Por isso, é útil classificá-los de acordo com as propriedades de suas cadeias laterais; Apolares – apresentam distribuição homogênea de elétrons; Polares – apresentam distribuição desigual de elétrons, como no caso de ácidos e bases. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais apolares: Possuem uma cadeia lateral apolar (incapaz de receber ou doar prótons, participar de ligações iônicas ou de hidrogênio; Podem ser vistas como “oleosas”, ou semelhantes a lipídeos, que promove interações hidrofóbicas. Glicina Alanina Leucina Valina Isoleucina Prolina Fenilalanina Triptofano Metionina H-CH (NH2)-COOH CH3-CH (NH2)-COOH CH3(CH3)-CH2-CH (NH2)-COOH CH3-CH(CH3)-CH (NH2)-COOH CH3-CH2-CH (CH3)-CH (NH2)-COOH CH2-CH2-CH2- C6H5-CH2-CH (NH2)-COOH R aromático- CH (NH2)-COOH CH3-S-CH2-CH2-CH (NH2)-COOH AMINOÁCIDOS APOLARES - Apresentam radicais de hidrocarbonetos apolares ou hidrocarbonetos modificados, exceto a glicina. São radicais hidróficos. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais apolares: Nas proteínas encontradas em soluções aquosas (ambiente polar) essas cadeias tendem a agrupar-se no interior da proteínas – efeito hidrofóbico. Nas proteínas localizadas em ambiente hidrofóbico, como interior de uma membrana, os grupos R apolares são encontrados na superfície da membrana, interagindo com o ambiente lipídico. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais apolares: Ex.: Anemia falciforme – uma doença caracterizada pela forma em foice dos eritrócitos do paciente, resultante da substituição do glutamato, uma aminoácido com grupo R polar, pelo aminoácido valina, com grupo R apolar, na posição 6 da subunidade beta (β) da hemoglobina. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais polares, desprovidas de carga elétrica: Esses aminoácidos apresentam carga líquida igual a zero em pH neutro; Serina, treonina e tirosina, contém um grupo hidroxila polar que pode participar de ligações de hidrogênio; Asparagina e glutamina contêm grupo carbonila e um grupo amida, que pode também participar de ligações de hidrogênio. Classificação dos aminoácidos Serina Treonina Cisteina Tirosina Asparagin a Glutamina OH-CH2- CH (NH2)- COOH OH-CH (CH3)- CH (NH2)- COOH SH-CH2- CH (NH2)- COOH OH-C6H4-CH2- CH (NH2)- COOH NH2-CO-CH2- CH (NH2)- COOH NH2-CO-CH2-CH2- CH (NH2)- COOH AMINOÁCIDOS POLARES NEUTROS Apresentam radicais que tendem a formar pontes de hidrogênio. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais ácidas: Os aminoácidos ácido aspártico e ácido glutâmico são doadores de prótons. Classificação dos aminoácidos Aminoácidos com cadeias laterais básicas: As cadeias laterais dos aminoácidos básicos são aceptoras de prótons. Classificação dos aminoácidos Classificação dos aminoácidos quanto a sua essencialidade NÃO ESSENCIAISFenilalanina CH 2 Valina CH CH 3 CH 3 Triptofano N H CH 2 Leucina CH CH 3 CH 3 CH 2 Isoleucina CH CH 2 CH2 CH 3 Metionia CH 2 SCH2 CH3 CH CH 3 OH Treonina CH 2 CH2 CH2 NH2 Lisina ESSENCIAIS CONDICIONALEMENTE ESSENCIAIS H Glicina Prolina Tirosina Serina Cisteína Arginina Histidina Glutamina CH 2 SCH2 CH3 CH 2 OH CH 2 OH CH SH NHN CH 2 CH 2 CONH2CH2 NH C NH NH 2 [CH2]3-NH Alanina Ácido aspártico Ácido glutâmico Asparagina CH 3 CH 2 COOHCH2 CH 2 COOH CH 2 CONH2 Classificação dos aminoácidos A qualidade das proteínas pode ser determinada pela quantidade de aminoácidos essenciais nela presente. Proteínas que apresentam grande quantidade de aminoácidos essenciais são classificadas nutricionalmente como proteínas de alto valor biológico. Classificação dos aminoácidos Os nomes dos aminoácidos podem ser dados a partir de abreviaturas de três letras ou mesmo de uma só letra. As abreviaturas de uma só letra são determinadas pelas seguintes regras. Regra 1 – Primeira letra especial Se somente um aminoácido inicia com determinada letra, ela será usada como seu símbolo. Por exemplo: I= Isoleucina Cisteína Cys C Histidina His H Isoleucina Ile I Metionina Met M Serina Ser S Valina Val V Abreviaturas em símbolos para os aminoácidos de ocorrência comum Classificação dos aminoácidos Abreviaturas em símbolos para os aminoácidos de ocorrência comum REGRA 2 – Os aminoácidos de ocorrência mais comum tem prioridade. Se mais de uma aminoácido inicia com determinada letra, o mais comum desse aminoácido receberá essa letra como seu símbolo. Por exemplo, a glicina é mais comum que o glutamato, de modo que a letra G indica glicina. Alanina Ala A Glicina Gly G Leucina Leu L Prolina Pro P Treonina Thr T Classificaçãodos aminoácidos Abreviaturas em símbolos para os aminoácidos de ocorrência comum REGRA 3 – Nomes de sons semelhante à pronúncia na língua inglesa. Alguns dos símbolos de uma só letra foram adotados em função da semelhança existente entre o som e o nome do aminoácido na língua inglesa ou mesmo outros aspectos relacionado à palavra. Arginina Arg R aRginine Asparagina Asn N contém N Aspartato Asp D asparDic Glutamato Glu E glutEmate Glutamina Gln Q Qtamine Fenilalanina Fen F Fenylalanine Tirosina Tir Y tYrosine Triptofano Trp W Duplo anel REGRA 4 – Letra próxima à letra inicial. Neste caso é escolhida a letra mais próxima à letra que inicia o nome do aminoácido. Lisina Lys K K a letra mais próxima de L Classificação dos aminoácidos T-S....- Os resíduos em destaque (letras maiores e em negrito) são locais de fosforilação pela ARK. Destaca as regiões onde o receptor liga-se à proteína G. * Indica os sítios de ligação do agonista. Indica glicosilação ** Sítios de fosforilação pela PKA. Figura 3 - Topologia do adrenoceptor 2 com suas regiões ou domínios relevantes indicados. O receptor adrenérgico-2 apresenta sete domínios transmembrânicos em -hélice com 24 resíduos hidrofóbicos cada, apresenta no segmento extracelular amino- terminal dois sítios de glicosilação. As alças hidrofílicas que conectam os sete domínios hidrofílicos não são necessárias para a conexão com o ligante (adrenalina), uma vez que o acoplamento se dá no núcleo hidrofóbico do receptor. A ligação da adrenalina com o receptor adrenérgico-2 inicia a cascata da proteína G ativando a adenilciclase e com isso gerando AMPc como segundo mensageiro intracelular. A substituição do aminoácido Asp 113 no terceiro domínio transmembrana por um Asn ou Gln resulta em um dramático efeito de redução de afinidade do receptor para com o agonista. Esse resíduo de Asp parece ser conservado em todos os receptores que se ligam a aminas biogênicas e que são modulados por mecanismo de proteína G, mas encontra-se ausente nos receptores cujos ligantes não são aminas. G-M-G I-V-M-S L-I-V L-A-I-V F-G-N V-L-V-I T-A-I L-I-H A-A-G-F P-V-V A-L-G-M V-L-D A-C-A-L S-T-I E-F-W T-S-I-D V-L-C V-T-A-S I-E-T L-C-V-I A-V-D Y-W-H M-Q-I-P L-F-S T-L-G-S V-I-W V-M-L-I I-V-R Q-A-Y A-I-A-S S-I-V S-F-Y-V P-L-Y L-M-V-F V-Y-S I-V-H V-I-N-V I-F-F P-L-W-C L-T-F T-G-M-I I-G-L E-V-Y I-L-L-N W-I-G Y-V-N-S G-F-N P-L-I-Y C-R-S -V -V -W -V -E -D -R -Q -O -T -V -D -H -D -P -A -H -S-R-N-P-A-L-L-F-A-S-G-N-G-P-Q-G-M ─ NH2 -M -K -M - W-T-F-G-N -C -W -F - -R -A -T -H -Q -E -A -I -N -N -T -F -F -D -C -C -T -E C-Y-A-N- S S S S -N-L-I- R- -Q -D - K - - R- L-Q-T-V- E -F -K -A - T -N -Y -F - P -S -T -I -A -F -Y -R L -T -K -N -K -A - - F -K-Y-Q-S- L- A -E -Q -F -Y -R - H -G -I -R -R -S -S -K -E -H -K -A -L -K -T - * * -K-R-Q-L K -D -I -K -Q - Q-V-H-F-R-G-E-S- -S-Q-V-E-Q-D-G-R-T-G L -N - I -R -F -D -P - -A-F - -Q -E - L- L -Y G -N -G -Y -A -K -L -S -S -R -R -L -C - K-E-Q-E-V-H-Y-G-S-Q-E-G-T-N-G-N-S-S N -E - -K-L-L-C-E-D-L-L-P-G-T-E-D-F-V-G-H-Q- G-T T - G COOH ─ L-L-S-D-N-T-S-C-N-R-G-Q-S-D-I-N-D-S-P-V- LIC LEC * * * * * * A necessidade de representar estruturas com sequências extensas de aminoácidos como o receptor beta 2 ao lado levou os bioquímicos a proporem uma abreviatura mais simples para os aminoácidos. Observe que na titulação da glicina em pH ácido o aminoácido tende a aceptar prótons de hidrogênio comportando-se como uma base enquanto que em pH alcalino o aminoácido tende a doar prótons de hidrogênio comportando-se portanto como um ácido. Em pH neutro o aminoácido tende assumir valor de carga igual a zero uma vez que assume um ponto isoelétrico. Proproedades ácido-base dos aminoácidos: Titulação da Glicina pH = 7,0 Carga 0 pH = 2,0 Carga + 1 pH = 11,0 Carga - 1 H C NH3 + COOH H H C NH3 + COO - H H C NH2 COO - H H+ H+ H+ H+ RESUMO QUESTÕES 1) Conceitue os aminoácidos indicando suas relações na formação das proteínas. Quantos aminoácidos são encontrados na natureza? 2) O que são aminoácidos proteogênicos? 3) Desenhe e indique a estrutura básica de uma aminoácido. 4) Os aminoácidos podem ser classificados como apolares e polares. Diferencie estes aminoácidos e indique suas localizações nas proteínas em soluções aquosas e ambientes hidrofóbicos. 5) O que são os aminoácidos com cadeia laterais ácidas e básicas? 6) Uma outra classificação dos aminoácidos refere-se a sua essencialidade, explique tal classificação.
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